snphb (snph)


Basic Information

Item Value
gene id snphb
gene name snph
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047610.1
NCBI id CM018556.1
chromosome length 25111544
location 12485170 ~ 12505963 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026920421.2
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TTACGCGTCTGCTTTCGTCTCAGCTGTGGTCGTTTTTCCTCGCACGGATTGCAAACAAACCTCACGCACAGGCGTCGCTTCCCGCCAGCCTTCCCTGTGCGCGCTGTCGGTGCAGTCCGCGCCCGAGCAGCGCGGGGGAAACGCCACGACAGCTCTTCAATGAAACGAGGAAATCCTGCACCAAAAGCGGGAGGCGGTAAACAGgctGGTTTGAGCTAAGCTGTTCGAGCTGTGCTAAGTGGAGGAGAAACAGAGGGAGGATAGGAGCGAGACACTGAGCTGCAGAGAGTGTGCTAGCTTGCCTCCATGTCTTCACCTGTCAATAAGAGATCTACTTCTGGGTCCCGCAGGCGGAGTCCTGCGCCTATCAGTAACCGTGATCCCTATGGCAATGCCtctctcagcagcagcagcaactcAGGATCATGCAAGGGGAGTGACTGCAGCCCCACCCCCAGGCGCCATATGAAATACACCTCCTGCACGGATAACCATGGTATTAAGCCACCTCCTCCTGAGCAGTACCTGACCCCTCTGCAGCAGAAAGAGGTGTGCATCAGACATCTGAGGGCACGGCTCAAAGAGACTGTTGAAAGACTCCAGGACAGagacacagagatagatGAGTTGCGGACTCAGGTGTCCCGGATGCAGGAGGACTGGATTGAGGAGGAGTGCCATCGTGTTGAGGCCCAACTGGCCCTGAAGGAGGCACGCCGGGAGATCCAGCAGCTGAAGCAGGTCATTGATGTTGTACGCTCCAGCCTGGGTGAGGCAGACTCGGGTGTGCAGAAGTGTTTCCAAGACATCAATGTCCAGAACCACAAGTTGGAGACCCTGCTGCAGAGCATGGAGCTGGCACAAGCCGGAGTGGCAAAAGTTGCAGAGGCCCCAGCTGGGGGTGGGGCAGTGGGGGCAGGGCCGTGGGTTGGTGAGGGGTCAGTGGGCTCTTGTGAAGGCTCGCCGGCCCGTTCACTAACCCGCAGCTCTACCTACACTAAACTGAGCGAGCTGGCACCACCTGAACGCAATGAAAGTGGCAGTGGCTCAGATGTGGCGTGCTGCCTGTCAGCCGAGGGTACTCAGGATAGTGGTTTTGTGTGCTGTGGGGAGATGGATGGGGGTGGAGCCACACGGGCTGAGCTGCTGCTGGAAGCTGCTTGCCTATCAGAGGAAACAGCATCGCTGCTGAGCGCTTGCTCACGCCTGCCACACTCAGCTACCTACGAGGCACTGAGCTGTGGAGAGACACGGATGTTGCCACTGCGCTGCAGCCTGGGTAGAACTTCTGGAGGAGAGGCAGCCACGAGCATCAGCCACCCCTGCCTGTCGCATCACCACCTGTACCTGCACCACCTACGAGAACAGGCAATTCAGACAGAATGTGACTCTGGACCCGCCTCAGCCCCAGTCCATGGAGCTGCTTTTGGCTCTGACTTGGACACTATTGCTGAGGTTCGCACTTTCCGCTCTCAGGCCTGCAGCCCCACCTCCACCTGGCTGTCAGATGAGGGTGATGATCTAGACTCGGTCACCACTGAGTCTGTCATCACGGCCACAGCTGGTGGGAAAGCCGTTTTCACAGCTGTCTCTACAGAGTCAGCTCTGGCACTAGGTACCATGCCGTTTACTGCAGTGGAACCATTTAATAAATCCTCTGCTGCCAACGAGGCTGCTGTGACAATGGCTGTTGTTGATGATTCTTTTGCTGTGCTGCCCACTGCAAAAGCCATGCCAGAGACTGATCCTGCACTAAATCCTTCTAGTCAAGATCTACCCCCAAGCCCTGATTCTGCCTCCTGCCCTGTGCCAGTGATGCCATTGGTGGAGGAGAATGGAGAGCCCACCCCACAAACCACCCAGCCACAGTGTGTAGCTTCACAGACCAACACCAATGGGGTCACTGTTGTAGAGGTGGATGAGGATAATGAAGAAGACCAAGACGAAGGAGCAGCCAGCGCAGAGGGCTCTGGCTGTGGTGTGCCTGTAAAGAGCTACTGGAGCCGCCATTTTTTAGTGGATCTCTTGGCTGTGGCAGTGCCAGTGGTACCCACAGTGGCATGGCTGTGTCGGGGCCCACGGCGCGGAGGCCAGCCCATGTACAACATTGGGGCATTGCTGCGCGGATGCTGTACCGTAGCCCTGCACTCCCTGCGACGAGGGGGAGGTTTGCGGCATTACCCAGCAGGGGGAGGGGGGCCAGGAGGCATAAATATATGAGATCAAACCTGGAGCACCAGAGAGGATCCTCGAGCTGCTCACAGTGCTGTTTGCAGATCAGACTGGCAGAGACTGTGAGGTGTTAATGAACAGTTGACACCAGGTCAAGAGGCAAGATTAACACTGCACCTTGGTTATTAGTTAAATCCTAAGCATCACAACTCTAGTCCTGATATAGTATGTTGTCCTGATATAGGACGGAAGAAAGTGGGAGAAGTGTTTTATCAATAAATCTTTATTGAAAACATGTCAGTCCTTTGTGGTTTTATAAAATGGTACCCTTTACTTTCAAAACCTCATCTGTGACCCTGTTATCGACAATTAGTTGGCAGGACAAGAAGCTTCTGATGGTCATCTGACAAACATGAACAATGCTGTTGGTATTTTCAGGAGTATAAACAGAGTGAGGAAAAGAACACAATGTCTAAttctctgtcttcctgtctcCTGATCCCATGATGTACTCTTCTGTTCAAATAAAAtgggggtaaaaaaaataaataaaataacaaaacctACAAGTGAGTGTTAATACatgtgagtttgtgtttgtgttgtgttattgtgcAGTGTAGCTGAAGCACCTGAACAACTGGAGATGATTGTTGCTACAGCAGTTGTAGGTGCATGGTTAGTTCTCCCATTATAGAACTGCTAATCTATTTATAAGCTTCACATAGACTACCGGTGTTCAAGGTGGCTTCTCCTGCTAGAATGTAATCCATAGGCAAAAAGTACCTGAAACATATTAGCTTTATTGTGTTATTCTAAAccaaaatgagtgtgtgaaagacaaAGTACAGAATTACTATCAGAGGACTTTTGGGCCTCTAGATGGGCTACATTTGCAAAAATTAAAGCATTGAAGGATGCATGGAGAACAAGCAATCATACAAtgtttatagtaataataataatgacgcTTAATTAAGATGATCATAAGAACAAGTCTATATGAGATTTCTGTAGAGGTacatttcatgtttcttttGCACTTTGAGAATTTGTCAATCTTAATAATCCCTGTACTGTAGTTATGATGGTAGTGTctcatttttcagtgttttgtgttACTGAAGTATCTCCATGGAAATGTTACTTTTGACTCAATCAGCTCTATGTGGTGTGACATTTACTGATATCACCTGCACTAAAATTCACTTTATCACCAAGTTACTTGAAGTTTAGTGTGTATGCAATGTTCAATGTTTGTAGGGCAGATATTCACAGAGATCACAGTTTCAACTGACTCAATCATGTACATGCACTGTTACTGTTTTATCCTTGTGAATGTCCCTCTACTATATATCTTTGATTACAACCTTCATTAGTTGCCTTTTGCTCCCCTCTGTGTGGAGTCACTTTTTGTGCTGTCAGCTGGCTTTTAGGTATTGCAATATACATTCACATGGACATTGTGTCATCATATGATTTTCTGAGCTGTTGTTGCTTTTTCCTACTAAAACCACATGACAATCTTTTGTGTTGTGCATTGTGTATTGAAAACATTAACTGACCTGTGGTGTGTTAAGTAAATATGCTAGCCTCATTCTGGCTATTTTAGCacttgtgtgtgattgtatgaCACTGAACACGTGGcataaatttaatttgttttcaaaaatttataatttcatattttacGTTATGATTGTTTTAGATAATGAAtgtgtggcctttgtgtatTATTTGTCCTGAAATGGTCAAAGGATGTTCAAGGAATGCCATTTTGGTCCAAACTTGACAGCAATCCATTACCTCTAATTTATTAGCCAGTAAAGAGCCATTTAAATTATCTTCAATGCTGTTGATAGCAAGATGAAAGCAAGATGTTTGCATTTAAGTGACTAATAAGGCCTtgaaagttttctgtaaagccATATTCTACTAAAGGATTGTATGTGCAACCTACATTCTAGTCTGAGTAATGTACATGATTTAATGAAGGACTCCTCGTGTGGTAGCGTGGGGACTTCAATTTGTGTGTGAGGGTCTGTGTGTTATGAAATGTGTGCTTAAAATGCTTGATGGTTCTTTTATTCCACTATCTTTGTGTTCCTTTGAATGACTTACTCTAACAGATTTATGAATCATAATTAACCCCAGACAAACTCTTACTTATACTACATGTAACTTAATGAATTACCAACTAGGGGCCCTATTTTTGCAAACCATCACAGGAACCTGAATAATCATGATGTTGTATGGAAGACGAAGTATTATTAAGCACTCTTCACCTTGTACCAATAACACCACAAAGCTTTTAGAGAATGCAGGCCAGCAGGGCTTATAACACTAAGGTTTGGAATTTTTACATTTGGGCATAGTATAACATATTTCCTTTAGTTACTTGAAGCTGAGCTTTAACACCTAAGTTTGTTATTTATCTCAGCATACAAAAAAGAACAGAATGTCATATGCATCACATGTGATACGTGTGAATGATAGCACTCTATATTTTTTTAGCTATGCGTAAATTATGTTACACTTCCAaacaatgtgtaaaaatgaGGTAAAATGAGGAACAATAAAATTGTTTCTTTCAATGTTTGTAATGTCATTTATGTCAAGTTGTTTGTCAAACAAATATGGGTAAAAGTCTATTCCCAACTGTAATACAGCTATTTTAATAGTAATCATAGAGTGTACAGGAATCCATGTTCACAgctgtcatttcattttcattcactaCTCTGTATATAAAAGATTATATTAAACAGCATGGTGAATATA

Function

symbol description
snph Predicted to enable syntaxin-1 binding activity. Predicted to be involved in neuron differentiation. Located in cytoplasmic microtubule.

NR:

description
syntaphilin-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026920421.2 True 5145 mRNA 0.45 7 12485170 12505963
XM_026920422.2 False 5069 mRNA 0.45 6 12485170 12505962
XM_026920423.2 False 5028 mRNA 0.45 6 12485170 12505963
XM_026920424.2 False 4953 mRNA 0.45 5 12485170 12505963

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113530362 NA coding downstream 54675 12422647 ~ 12430495 (-)
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zgc:194242 LOC108276244 coding downstream 78449 12401465 ~ 12406721 (-)
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G253977 NA non-coding upstream 155281 12661244 ~ 12709317 (-)
LOC117599211 NA non-coding upstream 186382 12692345 ~ 12714080 (-)
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LOC113530816 LOC108276066,LOC108276064,LOC108276065,LOC108275619 other downstream 625824 11838796 ~ 11859346 (-)
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LOC113530309 NA other downstream 1022464 11456020 ~ 11462706 (-)
abhd6b LOC108275644,LOC108436291 other downstream 1460161 11020531 ~ 11025009 (-)
plagl2 plagl2,LOC107690855,LOC107681868,LOC107559482,LOC107747490,LOC107558237,LOC107707758 other upstream 391511 12897474 ~ 12934308 (-)
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LOC113530423 LOC108276099 other upstream 1623000 14128963 ~ 14150581 (-)
G255071 krt8,LOC108411779,LOC100304655,LOC107551542,LOC107681390,LOC107705700,LOC107666368,LOC102212080,LOC102292851,LOC102776167,LOC101486263,LOC103367855,LOC107391340 other upstream 2193309 14699272 ~ 14704270 (-)
LOC113530775 NA other upstream 2752522 15258485 ~ 15317365 (-)

Expression


Co-expression Network