cntn3a.2 (cntn3a.2,LOC108275552,LOC108438229,LOC107727029,LOC107681399,LOC107705655)


Basic Information

Item Value
gene id cntn3a.2
gene name cntn3a.2,LOC108275552,LOC108438229,LOC107727029,LOC107681399,LOC107705655
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047610.1
NCBI id CM018556.1
chromosome length 25111544
location 14364413 ~ 14440337 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026921298.2
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>XM_026921299.2
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Function

symbol description
cntn3a.2 Predicted to enable cell-cell adhesion mediator activity. Predicted to be involved in axon guidance; dendrite self-avoidance; and homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules. Predicted to be active in axon and plasma membrane. Orthologous to human CNTN3 (contactin 3).

NR:

description
contactin-3-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_026921299.2 False 6870 mRNA 0.43 23 14364917 14440337

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
si:dkey-178k16.1 LOC108276489,LOC108438207 coding upstream 100232 14204846 ~ 14264181 (+)
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LOC113530266 dnmt3b,dnmt3bb.2,LOC107559473,LOC107747973,LOC105013881,LOC107603154 other upstream 1978417 12366613 ~ 12385996 (+)
ppdpfb pdpfb,ppdpf,LOC107747982,LOC107563664,LOC107657053,LOC107560892 other upstream 2220886 12141472 ~ 12143527 (+)
G254991 krt18,LOC107681396,LOC107727028,LOC107666358,LOC107551541 other downstream 181980 14622317 ~ 14673952 (+)
rps21 rps21,LOC107666483 other downstream 676733 15117070 ~ 15167668 (+)
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spo11 spo11 other downstream 1791676 16232013 ~ 16326614 (+)
LOC113530371 LOC108276302,LOC108443130,LOC107673205 other downstream 1923209 16363546 ~ 16396245 (+)

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