fam120c (fam120c,LOC108436345,LOC107657034,LOC107741318,LOC107672004)


Basic Information

Item Value
gene id fam120c
gene name fam120c,LOC108436345,LOC107657034,LOC107741318,LOC107672004
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047610.1
NCBI id CM018556.1
chromosome length 25111544
location 11600642 ~ 11620370 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

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Function

symbol description
fam120c Predicted to be active in nucleus. Orthologous to human FAM120C (family with sequence similarity 120C).

NR:

description
PREDICTED: constitutive coactivator of PPAR-gamma-like protein 2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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nucks1b nucks1,LOC108435247,LOC107563650,LOC107737648 coding downstream 131763 11752133 ~ 11757875 (+)
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LOC117599271 NA non-coding downstream 176887 11797257 ~ 11799304 (+)
G253548 NA non-coding downstream 318709 11939079 ~ 11941237 (+)
LOC117599216 NA non-coding downstream 325962 11946332 ~ 11974544 (+)
arhgap4b arhgap4b,LOC108276080,LOC108436338,LOC107560914,LOC107672018,LOC107737637,LOC107741320 other upstream 92892 11483419 ~ 11507750 (+)
zgc:103759 LOC108276081,LOC108436299 other upstream 121266 11470051 ~ 11479376 (+)
wu:fa11c10 fam110a,LOC108276421,LOC106566438,LOC107562466,LOC104960682 other upstream 185193 11392434 ~ 11415449 (+)
oard1 oard1 other upstream 363275 11231378 ~ 11237367 (+)
atp2b3b atp2b3,atp2b3b,LOC107593407,LOC107737604,LOC107672007,LOC107712727 other upstream 687046 10872029 ~ 10913596 (+)
G253367 naca,LOC106571941 other downstream 271780 11892150 ~ 11900364 (+)
trim101 LOC108276180 other downstream 493252 12113622 ~ 12121372 (+)
ppdpfb pdpfb,ppdpf,LOC107747982,LOC107563664,LOC107657053,LOC107560892 other downstream 521102 12141472 ~ 12143527 (+)
LOC113530266 dnmt3b,dnmt3bb.2,LOC107559473,LOC107747973,LOC105013881,LOC107603154 other downstream 746243 12366613 ~ 12385996 (+)
rbbp8l rbbp8nl other downstream 1216681 12837051 ~ 12854380 (+)

Expression


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