LOC117599401 (ehd1b,LOC108276895,LOC107718765,LOC107720605,LOC107693884,LOC107548869)


Basic Information

Item Value
gene id LOC117599401
gene name ehd1b,LOC108276895,LOC107718765,LOC107720605,LOC107693884,LOC107548869
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047611.1
NCBI id CM018557.1
chromosome length 24879021
location 52397 ~ 54649 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU309166
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>TU309167
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>TU309168
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>TU309170
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>TU309174
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>TU309175
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>TU309176
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>TU309177
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>XR_004579855.1
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Function

symbol description
ehd1b Predicted to enable ATP binding activity; GTP binding activity; and calcium ion binding activity. Involved in cilium assembly. Predicted to be located in endosome and membrane. Predicted to be active in cytoplasmic vesicle; perinuclear region of cytoplasm; and plasma membrane. Is expressed in several structures, including cardiovascular system; mesoderm; musculature system; pronephric duct; and sensory system. Orthologous to human EHD1 (EH domain containing 1).

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU309166 False 1567 lncRNA 0.45 4 52397 54649
TU309167 False 1485 lncRNA 0.45 3 52397 54649
TU309168 False 1649 lncRNA 0.45 4 52397 54649
TU309170 False 1526 lncRNA 0.45 4 52397 54649
TU309174 False 1403 lncRNA 0.44 5 52397 54649
TU309175 True 1653 lncRNA 0.45 4 52397 54649
TU309176 False 1526 lncRNA 0.45 5 52397 54649
TU309177 False 1362 lncRNA 0.44 3 52397 54649
XR_004579855.1 False 308 lncRNA 0.47 3 52776 53806

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
mrpl49 mrpl49,LOC107580894 coding downstream 9130 63779 ~ 66290 (+)
znhit2 znhit2 coding downstream 11939 66588 ~ 69388 (+)
LOC113538163 LOC108276802 coding downstream 171715 226364 ~ 245418 (+)
il2rga LOC108276805 coding downstream 287022 341671 ~ 351928 (+)
LOC113523717 c2cd2 coding downstream 405613 460262 ~ 476591 (+)
G260984 NA non-coding upstream 36506 15412 ~ 15891 (+)
G261008 NA non-coding downstream 56328 110977 ~ 112632 (+)
G261018 NA non-coding downstream 74491 129140 ~ 133142 (+)
G261022 NA non-coding downstream 76907 131556 ~ 132272 (+)
G261020 NA non-coding downstream 77908 132557 ~ 137612 (+)
G261024 NA non-coding downstream 80770 135419 ~ 135936 (+)
wdr74 wdr74,LOC107548868 other downstream 43040 97689 ~ 104789 (+)
fgf13b fgf13b,fgf13,fgf13a,LOC108276808,LOC105907432,LOC107693932,LOC107720625,LOC107548853,LOC107084161,LOC107560535 other downstream 200297 254946 ~ 266773 (+)
LOC117599405 NA other downstream 256827 311476 ~ 311986 (+)
ska2 ska2,LOC108276801 other downstream 324371 379020 ~ 436298 (+)
G261104 NA other downstream 390118 444767 ~ 480711 (+)

Expression


Co-expression Network