G266497


Basic Information

Item Value
gene id G266497
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047611.1
NCBI id CM018557.1
chromosome length 24879021
location 9937395 ~ 9940300 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU315777
cattttattcattacaaatAGATggtgacacacatacacacacacacacctacatgcaGGAAGGAGAAAGATACTGTGAATATCACTGAAAGGTTGCATACCACAGCCTGAAGGGCACAGCTAATCATCTTGGGCCATTTAAACATCTTCAGAAAGCTTCTTTgtgaaaaataggaaaaatcaATAGTTACTCTATAATGCCTGTGCATATTAGCTATATCTGTGCTGCTTTGAATGATAATAATTATCTGAATAGGGGAAATACCACCATCCTGTTGTTAGCTGCCTGTTAGGAGagcttttaaaagttatttagcCTTGGAGGTCAAGTGTATTCACATTTAGTCTTTGAAAGAGATAGTCAAATGAACAAGCTTCCTGTAAGCTGTGCATTTGGTTACCTGATCATCATAATGAGATGATGGTATTTCCTTAATTCATAACTGTATCACTGGAAGCAGCACAGACAGAATGAACGCTTATTTATAAGATTTAGATAGCAAACTCAAATTTGCATTCGTTTGTTTGAaggtgtgaagtgtgtgaacgATACAGGAATGCAGCCTGGTAGCTTTCTGGTGGTTTTAAATGGCCCAGGTCAGCTTGGCACAGTACATAGCCTTTCGACTAGCTGTGTGCAGCTTCTCGGTTAGTATTCACGCcgcctttcttctttctgcagcTTTGGAAGCTACTTTTTAGAGCCTGACACCAGTGACATGCACTGCCATATAGCTCACGTccgtctcatacacacacacactcacgcacactcacaccCCACTGGAGAGGCAGCCAACAGCGTATAGATTTTGGTATTGCATTATTTTCAACATATCAatatgacacacacaaaaaaaaactataagcAAAGGAAGCAGGTAAATCTGCCTATTAGCATCACTTATGtacaaaatatactgtaaaatagGTATATGTACACTTcttcacatacacatgcaaatatATACAAGGACACAATTGGTTCTAGctatacagtatttaaaaatgaatacagaCATGCTTCTCAGAAGCAGTGAAATGGATTAATGTCCTAGACATTGTATAGCATGGAagcataataatgataataataataataataataataataataataataataataataataataaacacttattCGGATGGATGCCCATGAGCTAAGATTAGGATTGgtgtatgcacacacatttacaggcAAATCCAGCTGAGAATTCACAGCTGGCTTTTTTTGCAGCTGTATTCAAAATCTGTCCCAATCAACTAATTTTCTTCCCATTCTTTGACTATTTAATGTGGCTCTCCGGGGTAAAATGAACCACAGAATACTAGTATATCCGGATaaagaaatctgaaatagttatACTATTTACATCATGATATACTGATACAGATGATGATGCCACCAAAAAGTGTtatagtagatttttttttttaaacagagtggACTTTTTAAAAGAACTTGTTGAAGTCAAGACACAAATCTTACACTCTGACATGGTAAACATTGACGTCAGGTAGTACGATTGTGATTTTCTTCCCACCGTTCCACACTTAATATGCATAATCactgaaaatcatttaaaatgatctAACTATTGTTTCAATGGGAAATGCAACAGCATAAGTGATATTTTAGTGCAACaccaaacattttaatgaatcGTGCTTATTTACTCTGTAAGGATTGGGCTGAGGTGATGGTGAACGCAGCATCGGATGATTTAGCATCATCTAATCTATAGATATTAGTACAGTACTATGCTCGACAGATAGACATCTGCAGGTGTTAGCGCCAAGACGTGAAGATCTTTTCACAATGTCTGTATCTATAAGTTAAGCTGAGATGCTGCAGAGCCCCGTAGCACTTTCTCTCTGGGTCTTTATTTCCAATTATCACTCCATGTTCCTCATACAAAgttcaacaaacaaaaactctgaAGCTGGCAGTTTTGACTATCCAAAAATAAGTGCCCTCCTTTAATCTTATGCCTGTGAAAATATTGTACAGTTAATTACAGCCATCAGATATGAGTTACACACTTCTGATAGCAATAAGTCAAAATAGTCAACTCTGTGGTGAAATGCCTTTAGATGAAAAAGATAGATCTTTCAATTATACCACAAGTCCAGTTGTCTTGACTAGCACTAGTACTAGATATTTCAAATAAGACGGATGATTAAATACCTTCACAGGGGTTATAGCCAGATAAGTATCAGTGTTTCTTGAGAATACCTCTTTGGGCATTTTCATTTTAGCTAGGAAAATGTTTAATCATTCTTGTATTTCCAGCATTGACACCTACTAGAGATCcacctttctctttctcactttcattttttcaccTTTCTCTTCATATTACTTCACTTGTTGCAGCATAAGAAGTTTGTCACATGGTCCGAACCCTGGTTCAAAACCTGATCCTGTCCCTGTTTCTGACCCTGTTCTCAGACCAAACCCTGATTCTTGTTCAAACCCTGGTCCTAAATGGGATCCTGGTACAAACCCTAATATCAACCCTGTTTGTAACCCTGATCCTGGTTCAAACCCTGGACTCCAGGCCTTCCTCCAGAGCCAGGCTCAGATCTTGGTCTCGGGGCCTTCAGTGTCCAGAGGTTGGAAGGAGTTGCGAATACGAGCTGCCTGGGCAGCACATATATGGCCAAAGGCTTTGTTATACCACTCAGGAGACTTCCCC
>TU315778
acacctacatgcaGGAAGGAGAAAGATACTGTGAATATCACTGAAAGGTTGCATACCACAGCCTGAAGGGCACAGCTAATCATCTTGGGCCATTTAAACATCTTCAGAAAGCTTCTTTgtgaaaaataggaaaaatcaATAGTTACTCTATAATGCCTGTGCATATTAGCTATATCTGTGCTGCTTTGAATGATAATAATTATCTGAATAGGGGAAATACCACCATCCTGTTGTTAGCTGCCTGTTAGGAGagcttttaaaagttatttagcCTTGGAGGTCAAGTGTATTCACATTTAGTCTTTGAAAGAGATAGTCAAATGAACAAGCTTCCTGTAAGCTGTGCATTTGGTTACCTGATCATCATAATGAGATGATGGTATTTCCTTAATTCATAACTGTATCACTGGAAGCAGCACAGACAGAATGAACGCTTATTTATAAGATTTAGATAGCAAACTCAAATTTGCATTCGTTTGTTTGAaggtgtgaagtgtgtgaacgATACAGGAATGCAGCCTGGTAGCTTTCTGGTGGTTTTAAATGGCCCAGGTCAGCTTGGCACAGTACATAGCCTTTCGACTAGCTGTGTGCAGCTTCTCGGTTAGTATTCACGCcgcctttcttctttctgcagcTTTGGAAGCTACTTTTTAGAGCCTGACACCAGTGACATGCACTGCCATATAGCTCACGTccgtctcatacacacacacactcacgcacactcacaccCCACTGGAGAGGCAGCCAACAGCGTATAGATTTTGGTATTGCATTATTTTCAACATATCAatatgacacacacaaaaaaaaactataagcAAAGGAAGCAGGTAAATCTGCCTATTAGCATCACTTATGtacaaaatatactgtaaaatagGTATATGTACACTTcttcacatacacatgcaaatatATACAAGGACACAATTGGTTCTAGctatacagtatttaaaaatgaatacagaCATGCTTCTCAGAAGCAGTGAAATGGATTAATGTCCTAGACATTGTATAGCATGGAagcataataatgataataataataataataataataataataataataataataataataataaacacttattCGGATGGATGCCCATGAGCTAAGATTAGGATTGgtgtatgcacacacatttacaggcAAATCCAGCTGAGAATTCACAGCTGGCTTTTTTTGCAGCTGTATTCAAAATCTGTCCCAATCAACTAATTTTCTTCCCATTCTTTGACTATTTAATGTGGCTCTCCGGGGTAAAATGAACCACAGAATACTAGTATATCCGGATaaagaaatctgaaatagttatACTATTTACATCATGATATACTGATACAGATGATGATGCCACCAAAAAGTGTtatagtagatttttttttttaaacagagtggACTTTTTAAAAGAACTTGTTGAAGTCAAGACACAAATCTTACACTCTGACATGGTAAACATTGACGTCAGGTAGTACGATTGTGATTTTCTTCCCACCGTTCCACACTTAATATGCATAATCactgaaaatcatttaaaatgatctAACTATTGTTTCAATGGGAAATGCAACAGCATAAGTGATATTTTAGTGCAACaccaaacattttaatgaatcGTGCTTATTTACTCTGTAAGGATTGGGCTGAGGTGATGGTGAACGCAGCATCGGATGATTTAGCATCATCTAATCTATAGATATTAGTACAGTACTATGCTCGACAGATAGACATCTGCAGGTGTTAGCGCCAAGACGTGAAGATCTTTTCACAATGTCTGTATCTATAAGTTAAGCTGAGATGCTGCAGAGCCCCGTAGCACTTTCTCTCTGGGTCTTTATTTCCAATTATCACTCCATGTTCCTCATACAAAgttcaacaaacaaaaactctgaAGCTGGCAGTTTTGACTATCCAAAAATAAGTGCCCTCCTTTAATCTTATGCCTGTGAAAATATTGTACAGTTAATTACAGCCATCAGATATGAGTTACACACTTCTGATAGCAATAAGTCAAAATAGTCAACTCTGTGGTGAAATGCCTTTAGATGAAAAAGATAGATCTTTCAATTATACCACAAGTCCAGTTGTCTTGACTAGCACTAGTACTAGATATTTCAAATAAGACGGATGATTAAATACCTTCACAGGGGTTATAGCCAGATAAGTATCAGTGTTTCTTGAGAATACCTCTTTGGGCATTTTCATTTTAGCTAGGAAAATGTTTAATCATTCTTGTATTTCCAGCATTGACACCTACTAGAGATCcacctttctctttctcactttcattttttcaccTTTCTCTTCATATTACTTCACTTGTTGCAGCATAAGAAGTTTGTCACATGGTCCGAACCCTGGTTCAAAACCTGATCCTGTCCCTGTTTCTGACCCTGTTCTCAGACCAAACCCTGATTCTTGTTCAAACCCTGGTCCTAAATGGGATCCTGGTACAAACCCTAATATCAACCCTGTTTGTAACCCTGATCCTGGTTCAAACCCTGGACTCCAGGCCTTCCTCCAGAGCCAGGCTCAGATCTTGGTCTCGGGGCCTTCAGTGTCCAGAGGTTGGAAGGAGTTGCGAATACGAGCTGCCTGGGCAGCACATATATGGCCAAAGGCTTTGTTATACCACTCAGGAGACTTCCCC
>TU315779
CTGAGCAAAATAGATGGGATGATGATTTTAGCCATTATCAGGTGGTCCTTTGACCATGGGttaaaaattttacttttatgttAATAAGTGGCCAAGTAATAAAATAAGGTTCTACTGgttacagaataaaaatatgtgCCCATACTTTCACACAAAGCAGAAGAACACAATAACCATGACTCAAGAGTGTTCAgaggttttcattttattcattacaaatAGATggtgacacacatacacacacacacacctacatgcaGGAAGGAGAAAGATACTGTGAATATCACTGAAAGGTTGCATACCACAGCCTGAAGGGCACAGCTAATCATCTTGGGCCATTTAAACATCTTCAGAAAGCTTCTTTgtgaaaaataggaaaaatcaATAGTTACTCTATAATGCCTGTGCATATTAGCTATATCTGTGCTGCTTTGAATGATAATAATTATCTGAATAGGGGAAATACCACCATCCTGTTGTTAGCTGCCTGTTAGGAGagcttttaaaagttatttagcCTTGGAGGTCAAGTGTATTCACATTTAGTCTTTGAAAGAGATAGTCAAATGAACAAGCTTCCTGTAAGCTGTGCATTTGGTTACCTGATCATCATAATGAGATGATGGTATTTCCTTAATTCATAACTGTATCACTGGAAGCAGCACAGACAGAATGAACGCTTATTTATAAGATTTAGATAGCAAACTCAAATTTGCATTCGTTTGTTTGAaggtgtgaagtgtgtgaacgATACAGGAATGCAGCCTGGTAGCTTTCTGGTGGTTTTAAATGGCCCAGGTCAGCTTGGCACAGTACATAGCCTTTCGACTAGCTGTGTGCAGCTTCTCGGTTAGTATTCACGCcgcctttcttctttctgcagcTTTGGAAGCTACTTTTTAGAGCCTGACACCAGTGACATGCACTGCCATATAGCTCACGTccgtctcatacacacacacactcacgcacactcacaccCCACTGGAGAGGCAGCCAACAGCGTATAGATTTTGGTATTGCATTATTTTCAACATATCAatatgacacacacaaaaaaaaactataagcAAAGGAAGCAGGTAAATCTGCCTATTAGCATCACTTATGtacaaaatatactgtaaaatagGTATATGTACACTTcttcacatacacatgcaaatatATACAAGGACACAATTGGTTCTAGctatacagtatttaaaaatgaatacagaCATGCTTCTCAGAAGCAGTGAAATGGATTAATGTCCTAGACATTGTATAGCATGGAagcataataatgataataataataataataataataataataataataataataataataataaacacttattCGGATGGATGCCCATGAGCTAAGATTAGGATTGgtgtatgcacacacatttacaggcAAATCCAGCTGAGAATTCACAGCTGGCTTTTTTTGCAGCTGTATTCAAAATCTGTCCCAATCAACTAATTTTCTTCCCATTCTTTGACTATTTAATGTGGCTCTCCGGGGTAAAATGAACCACAGAATACTAGTATATCCGGATaaagaaatctgaaatagttatACTATTTACATCATGATATACTGATACAGATGATGATGCCACCAAAAAGTGTtatagtagatttttttttttaaacagagtggACTTTTTAAAAGAACTTGTTGAAGTCAAGACACAAATCTTACACTCTGACATGGTAAACATTGACGTCAGGTAGTACGATTGTGATTTTCTTCCCACCGTTCCACACTTAATATGCATAATCactgaaaatcatttaaaatgatctAACTATTGTTTCAATGGGAAATGCAACAGCATAAGTGATATTTTAGTGCAACaccaaacattttaatgaatcGTGCTTATTTACTCTGTAAGGATTGGGCTGAGGTGATGGTGAACGCAGCATCGGATGATTTAGCATCATCTAATCTATAGATATTAGTACAGTACTATGCTCGACAGATAGACATCTGCAGGTGTTAGCGCCAAGACGTGAAGATCTTTTCACAATGTCTGTATCTATAAGTTAAGCTGAGATGCTGCAGAGCCCCGTAGCACTTTCTCTCTGGGTCTTTATTTCCAATTATCACTCCATGTTCCTCATACAAAgttcaacaaacaaaaactctgaAGCTGGCAGTTTTGACTATCCAAAAATAAGTGCCCTCCTTTAATCTTATGCCTGTGAAAATATTGTACAGTTAATTACAGCCATCAGATATGAGTTACACACTTCTGATAGCAATAAGTCAAAATAGTCAACTCTGTGGTGAAATGCCTTTAGATGAAAAAGATAGATCTTTCAATTATACCACAAGTCCAGTTGTCTTGACTAGCACTAGTACTAGATATTTCAAATAAGACGGATGATTAAATACCTTCACAGGGGTTATAGCCAGATAAGTATCAGTGTTTCTTGAGAATACCTCTTTGGGCATTTTCATTTTAGCTAGGAAAATGTTTAATCATTCTTGTATTTCCAGCATTGACACCTACTAGAGATCcacctttctctttctcactttcattttttcaccTTTCTCTTCATATTACTTCACTTGTTGCAGCATAAGAAGTTTGTCACATGGTCCGAACCCTGGTTCAAAACCTGATCCTGTCCCTGTTTCTGACCCTGTTCTCAGACCAAACCCTGATTCTTGTTCAAACCCTGGTCCTAAATGGGATCCTGGTACAAACCCTAATATCAACCCTGTTTGTAACCCTGATCCTGGTTCAAACCCTGGACTCCAGGCCTTCCTCCAGAGCCAGGCTCAGATCTTGGTCTCGGGGCCTTCAGTGTCCAGAGGTTGGAAGGAGTTGCGAATACGAGCTGCCTGGGCAGCACATATATGGCCAAAGGCTTTGTTATACCACTCAGGAGACTTCCCC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU315777 False 2705 lncRNA 0.38 1 9937596 9940300
TU315778 False 2660 lncRNA 0.38 1 9937641 9940300
TU315779 True 2906 lncRNA 0.38 1 9937395 9940300

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ccdc169 NA coding upstream 238077 9690378 ~ 9699318 (+)
sparta spg20 coding upstream 250402 9674854 ~ 9686993 (+)
ccna1 ccna1 coding upstream 265557 9669215 ~ 9671838 (+)
smad9 smad9 coding upstream 286264 9640731 ~ 9651131 (+)
alg5 alg5,LOC102793295 coding upstream 298249 9630385 ~ 9639146 (+)
rfc3 rfc3,LOC107589808,LOC107728889 coding downstream 74507 10014807 ~ 10019753 (+)
zar1l zar1l coding downstream 99109 10039409 ~ 10041796 (+)
hunk hunk,LOC108423838,LOC107691675,LOC107577711,LOC107734458,LOC104954747 coding downstream 292406 10232706 ~ 10241765 (+)
eva1c eva1c coding downstream 315275 10255575 ~ 10268750 (+)
slc46a3 slc46a3 coding downstream 362273 10302573 ~ 10320171 (+)
G266495 NA non-coding upstream 1182 9935989 ~ 9936213 (+)
G266416 NA non-coding upstream 170900 9764641 ~ 9766495 (+)
G266323 NA non-coding upstream 348272 9588878 ~ 9589123 (+)
G266277 NA non-coding upstream 356567 9576587 ~ 9580828 (+)
G266282 NA non-coding upstream 398096 9539082 ~ 9539299 (+)
G266499 stard13,LOC107691680 non-coding downstream 3813 9944113 ~ 9945579 (+)
G266580 NA non-coding downstream 62846 10003146 ~ 10003361 (+)
G266802 NA non-coding downstream 606521 10546821 ~ 10547182 (+)
G266869 NA non-coding downstream 631591 10571891 ~ 10572147 (+)
G266871 frem2a,LOC108276566,LOC107701139,LOC107555183,LOC107693873,LOC107718779,LOC107720635 non-coding downstream 640559 10580859 ~ 10581182 (+)
dclk1a dclk1,LOC107728871,LOC107577778 other upstream 174698 9704360 ~ 9762697 (+)
LOC113543674 NA other upstream 512540 9419665 ~ 9424855 (+)
G266161 NA other upstream 601105 9335801 ~ 9336290 (+)
LOC113534874 LOC108276751 other upstream 673284 9256943 ~ 9264111 (+)
G265807 LOC107756568 other upstream 1267598 8668814 ~ 8669797 (+)
G266868 LOC108276566 other downstream 628728 10569028 ~ 10570705 (+)
scaf4a scaf4,LOC107555128 other downstream 925312 10865612 ~ 10882265 (+)
vps36 vps36,LOC107701118 other downstream 4822013 14762313 ~ 14771073 (+)
trnar-ccu_11 NA other downstream 7147368 17087668 ~ 17087740 (+)
trnam-cau_40 NA other downstream 7147448 17087748 ~ 17087819 (+)

Expression


Co-expression Network