G273865


Basic Information

Item Value
gene id G273865
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047611.1
NCBI id CM018557.1
chromosome length 24879021
location 23261046 ~ 23279789 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU324487
tgtgtgtgtgtgtgtgtggtaacgGTGTCCTATTCATTTAAAGGAACAGCAAACCTCCATTTATAAATTTCTCACATTCAGCTCTACAGTGAAGtttagttcatgtttatagaaGACAGGAAGTCTCGCTGTGTCCTAAACCGCATCGGCACGTGAAAAAGACGCCGATTTTCACTAAAGACAGACTTGTTAGCGTAATTAGTGTAGGTGTGACACACCGAACGTGTCGACTTCATTTGGTGTGAGTGGGGAAAAATGTTCTTGATTGATCTTTTGAGAATTTCGGCGTCTTGTGCTTGAACTTTGAAGTGTTGCTTTTGATGGAGTTGTTGAAACGAGTGTTTAAGGTGTTAGCAAAACGCAGCACTTCTCCTACagtctggtttatacttctgcattGAAGCGTATTTGTGTCGCAACACGGAGACGCACTTCCACGCGCCACACCGATTAACAGGTGCGCAGTCCTCTTAAATCCTAACAgctaatcgtgtgtgtgtgtctatggagCTGTGTGTTAAGCCAGCCTTCAAACGAACGCTGATTGGTTGAGGCGAGGAGGTGTGTCCGGTTGTGATAAATCTGCAAAATTGACATCTATCAAATaagatatgagagagagagatgttgagATACAGCTCGTCTCTAGATGTTagaggtgtaacgatacacaGAATTCAAATTCGATACGATTTCCATGCAGTGGCGTTTCAAACACGatgcattttcaaaaataagCGTTGGCTGAGAAATGTGCTTTAGGTTTCTGTTTTCAGTTGGTTAAATTGAATCGTAAGTAACAATGACTGTATCTGTTCAGACTCGTAGCAGtgtataacaaaataaatttaagcatggctaattaaacattagctctCTGGCCAAGCTTTCAGTGGTGTGACTCTAAAGGGGGCGtgtctgaagtgtttaatttttttattctgctgttATCTATCTGTCGGTTACGCAGCTCTCTGTAGCCctggatgtgtttttgaatgcTGCGTTCTCCGCTTTACTGACTAGAGTCTCATACCTGCAGCTATGAACAGGGCGTGCTGCTTCCTGTTTTCGTCTAGTTCCGTGCAGAAGCGTGGACGCGTGCGCGGTTTTAGAGTCTGTGTAACATTTTCAGTCCACCACTCGCTAGCCGTCAGCGTCGCAGCTTAACGGGAAGCTGATGTGCTTCCTTATACCTGACTGGAAAGAGCGCACACACCAGTATGCTAGCGTAATGCATGCTCATGAAACACGGTGCACTTCTTagctgaaatgttttgtttgtttgtttgtgtttcgaAATTCCAGATATGAGGTAATGAGTGTAAGCTTGATTTAAGCTGAAATGTTTTAGACCTCTCATGATAGAAGCAGTGTGTTATAACGACTTTATTATGCAGCCTGttaaatgtattcagtgtacAAATGTATCGAATCGAAAGCCTCCTATTGAGCGATACGATGTGATGCACGGTATCGTTACACCTCTACTGTATACAAAATAGTATATAAAACTTAATGTTTCAGTTGATGTCAGTTAGCTGAAGTGCTAATAAAGGTCAAAGTTTGAGACATAGACTGCGTTTCAGGGAcgcagtgggcggggcttgttgTATTCTATCGTTATACTTTATGCATTCTATTTAGTGCGGCTCTCTCGTTTCCGGTTCTTTTGCTACACTCGCAATGATGTTTTTTACAGTGTGTCTCGGTAAACGCTCCAGAGATAAACATCAGAGATGTATCTTAGCAAACCTTGTGAGATGTCTCTGAGCtgtgaagctttggaagcttaAAGAGCTGTGAAAGTTTTGAAGACGCAGTGCTCAGAATTTGTTGTTGAAAATGTTCTGTGGTAAATATACTCGCTGTACGGACTAACGTACGCAGTGTTTCCGGAAAACGCAAGAGCCGGACGATTTCAGAACATTTCTCCTCGACTTTTACTTCGTTTTCCTTGAGTTCTTCATTTttctgccctctagtggacacgcagaagtataaaccaggtCGCGCTGTTCGTCCAAGCTTCAGCACTTCGGCAGACCGCGTCTCGTTTCACGCTTTGTGTCCAGAGCTGCTTTTATCCcatttctgattttaaaaaaaaataaataactaccCCTGTCTGGTCCTCGTGTTCGAATGCGACATCGCTGCTAACTTCCGTGAAGTTGTGTGTCGGAGTATTTTGTATCAGGAAATTcttatttttccttttgttttggTCACTGGAAATAAACGTAACCATCGGCTCTGCATTTCCTGTTTAAAATCGAGGTTGATGGAGCGCTGGGTGATGATCAGAACTCCTGAAACgggtcttcttcttcttcttcttcttttcttcttcttctgcagtCTTGTGCACtgaatcttttttcttttctgttgtcCTTCACTCGGACGACAGTGAGatcagaggagtgtgtgttacgcCGCTTTAAAGGAAACGTCTCCTATTTATAATAGGGTAAATTTTTTCAGATGTAACGTGGATGCAGGAATGTGGTAGGGCTTTTTGCCTAAAATAATGGCACCTTTTTTGTTACGCTTTCCACCAGTTTTATGGTAACTGGTGTCCCAGTGTTGAATTGTatcgcctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcttttattaAAAGATGCAGATCATCTCTTGactgtttaaagtttaaacttCGCTTTCTTCCATAATTTCTGGTCAAGATTAATATGAAGTACATATTAAAGCTCTAGATAGTTGACAGTGTTGGACTAGTGAGAACGCTTCTCGCTACAGTAGCGCTCAATGTGCAAAAGTAAGTGCCCCCATAGGCGCTGATTTCACATCACTGTTCCACTGGAATTTTGAAATGTTGAGTCTAAAGATAATTcaactaaaaattaaaaaatatatatattttttaaataaataagcagtaAACCAGGTGCTGtatccacaaaaaaaattaatacattctTACActtttactaaagatgaatttaGAGAAGACATTAAACATGA
>TU324488
aaaaaaaaaaaaaaggataaatcacttGGTTAATATAATCAAACTCTGACATTTTTCCTCACACAGTTAGACTCTAAAAAGTTAAATTCaaaagtaatatatttttaattgaatgTGGCAGATTGAGCACACAGAGTGCtgtcagtaaataaatgaattaaataaacaaatactacAGTTTTACTAAGTGAAACCACAGGAGTATTTTCACATTAAGCTGCATATTAAACTCTTACAATTTAATAATACAATTTAAGAGCATCATGTTACTTAACTCAATGTTAAAACAATAACTCAGAACCACCAAAATTTCTCCCAATATGTTATTGATCATAACTGCTGCCTCCTATTAAAAGAATGACTCCATAAACTTTGTATAAGGTTAAGCTTGTCCTGTTATGTGTATTAAAGTTTATAGTAGGGGGGAAAAGCTTAATGTGAAGATATATGCTTTATATTTAGTTTACGGCTCATTCTTTGGAAAATAGAGAGCACTTGTGATCAATTAAGTGTAAGAGAAATTTAACCTGCGTTATGAGTTCCTGTAGAGCTGGAAACATGAAAATTATTGTGCTTTATTTGGTAGATAGCGTTCATGacaaggtgagtgtgtgagatttttttttataaagtccccctttttttaaaattgtttgttATCTCATTGCACGGCCTCTCTGGACCTCTGCATGCACAATTCTTTACTTCTGAGGATCGCTGGTCGTGATGGTGTGCATGCTCGCCgggcgtgtgtgtatatatacgaCCCTGACAGCAGCTGATGTTGAATATTTTTACGTCTGTATTAGACATTTCCTTTGCAAATCTATTGTTCGATttaactgtataaaataaaagatggtACACATCCGTCAGTTTATACAGACACCGCCATCGTATAGATGGAATTTTACTGCA
>TU324489
AACACATCCAAAATCAGTCAGGAGTTTAGTAATGAAGAGACACTGAGTAGCTAATAAAGTGAACATTGTTTGTGCccttatttgtttttgtttgtttgtttgtttgtttgtttcgaAATTCCAGATATGAGGTAATGAGTGTAAGCTTGATTTAAGCTGAAATGTTTTAGACCTCTCATGATAGAAGCAGTGTGTTATAACGACTTTATTATGCAGCCTGttaaatgtattcagtgtacAAATGTATCGAATCGAAAGCCTCCTATTGAGCGATACGATGTGATGCACGGTATCGTTACACCTCTACTGTATACAAAATAGTATATAAAACTTAATGTTTCAGTTGATGTCAGTTAGCTGAAGTGCTAATAAAGGTCAAAGTTTGAGACATAGACTGCGTTTCAGGGAcgcagtgggcggggcttgttgTATTCTATCGTTATACTTTATGCATTCTATTTAGTGCGGCTCTCTCGTTTCCGGTTCTTTTGCTACACTCGCAATGATGTTTTTTACAGTGTGTCTCGGTAAACGCTCCAGAGATAAACATCAGAGATGTATCTTAGCAAACCTTGTGAGATGTCTCTGAGCtgtgaagctttggaagcttaAAGAGCTGTGAAAGTTTTGAAGACGCAGTGCTCAGAATTTGTTGTTGAAAATGTTCTGTGGTAAATATACTCGCTGTACGGACTAACGTACGCAGTGTTTCCGGAAAACGCAAGAGCCGGACGATTTCAGAACATTTCTCCTCGACTTTTACTTCGTTTTCCTTGAGTTCTTCATTTttctgccctctagtggacacgcagaagtataaaccaggtCGCGCTGTTCGTCCAAGCTTCAGCACTTCGGCAGACCGCGTCTCGTTTCACGCTTTGTGTCCAGAGCTGCTTTTATCCcatttctgattttaaaaaaaaataaataactaccCCTGTCTGGTCCTCGTGTTCGAATGCGACATCGCTGCTAACTTCCGTGAAGTTGTGTGTCGGAGTATTTTGTATCAGGAAATTcttatttttccttttgttttggTCACTGGAAATAAACGTAACCATCGGCTCTGCATTTCCTGTTTAAAATCGAGGTTGATGGAGCGCTGGGTGATGATCAGAACTCCTGAAACgggtcttcttcttcttcttcttcttttcttcttcttctgcagtCTTGTGCACtgaatcttttttcttttctgttgtcCTTCACTCGGACGACAGTGAGatcagaggagtgtgtgttacgcCGCTTTAAAGGAAACGTCTCCTATTTATAATAGGGTAAATTTTTTCAGATGTAACGTGGATGCAGGAATGTGGTAGGGCTTTTTGCCTAAAATAATGGCACCTTTTTTGTTACGCTTTCCACCAGTTTTATGGTAACTGGTGTCCCAGTGTTGAATTGTatcgcctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcttttattaAAAGATGCAGATCATCTCTTGactgtttaaagtttaaacttCGCTTTCTTCCATAATTTCTGGTCAAGATTAATATGAAGTACATATTAAAGCTCTAGATAGTTGACAGTGTTGGACTAGTGAGAACGCTTCTCGCTACAGTAGCGCTCAATGTGCAAAAGTAAGTGCCCCCATAGGCGCTGATTTCACATCACTGTTCCACTGGAATTTTGAAATGTTGAGTCTAAAGATAATTcaactaaaaattaaaaaatatatatattttttaaataaataagcagtaAACCAGGTGCTGtatccacaaaaaaaattaatacattctTACActtttactaaagatgaatttaGAGAAGACATTAAACATGAAACCATTAAGTCTCATTgattttaaactgaattatAAATCACTGGTTCTTTTGAATAAACATCAAATAAGACAGTATTGTCTTACATTTTGtcaagtgtaaaataaaattgataatTGTAATAGAAAATGATTTCCTTGAAAGATTTTCAAGactgaataaaatttaaacagaTGTTTACGCATAAAACCTGCATTTTGCACGAATGCATCAGCTATCTAAATcattaatatgttaaaatgttaaatctcTAGAAGAAAATGTGAGGCTTTAAACACAATTCAAGGCTgttttaagtgatttttttttttgctagtagTCTTGgccaaggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcatgtgtttgtgttcgtTCCTGCTGTACCTCAGctgtagctttttattttaaataaaaggagGACTTGAGAAGCTGTCTTTCCtcttttattattacaacaGCTTCACTGCTACAAACTGGATCTTACATTTGATTACAGCTTCTAATCCTCGGCTTTCTCTAATCTCAGCatgtgagatttttttattcttagatTTATTCAGCGCagatgtttcagtttttttatccgtttatccTCTTACTGTGATTTGTGTGTTGGATCAGCTCGGCTCTGAGTCATGCCTGCACGATGCTTTTATAtcattagagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgcctgcgagtatgtgtgcgcgtgtgtgtgtacatctgatcttctgccccctgctggtccTCTGATGTTTTACTGGATATTAACTCAGTTTTTGAAGCCACAATTCTGAAGAAGTCCAGagaggacatttttttttatcttttcttgCGCCGAACAATAACCATAAAAATTAATATCctgagtatttaaaaaaaaattttttgccTCAGTAAGGTCATGATTATTTCACAGTTGTTCAACAAGTTAATTTCATTTAACTTCTTTTAGAGTGCAGGTTATAAGCCTgtattcctaaaaaaaaaaaaataaatataaatcacttGGTTAATATAATCAAACTCTGACATTTTTCCTCACACAGTTAGACTCTAAAAAGTTAAATTCaaaagtaatatatttttaattgaatgTGGCAGATTGAGCACACAGAGTGCtgtcagtaaataaatgaattaaataaacaaatactacAGTTTTACTAAGTGAAACCACAGGAGTATTTTCACATTAAGCTGCATATTAAACTCTTACAATTTAATAATACAATTTAAGAGCATCATGTTACTTAACTCAATGTTAAAACAATAACTCAGAACCACCAAAATTTCTCCCAATATGTTATTGATCATAACTGCTGCCTCCTATTAAAAGAATGACTCCATAAACTTTGTATAAGGTTAAGCTTGTCCTGTTATGTGTATTAAAGTTTATAGTAGGGGGGAAAAGCTTAATGTGAAGATATATGCTTTATATTTAGTTTACGGCTCATTCTTTGGAAAATAGAGAGCACTTGTGATCAATTAAGTGTAAGAGAAATTTAACCTGCGTTATGAGTTCCTGTAGAGCTGGAAACATGAAAATTATTGTGCTTTATTTGGTAGATAGCGTTCATGacaaggtgagtgtgtgagatttttttttataaagtccccctttttttaaaattgtttgttATCTCATTGCACGGCCTCTCTGGACCTCTGCATGCACAATTCTTTACTTCTGAGGATCGCTGGTCGTGATGGTGTGCATGCTCGCCgggcgtgtgtgtatatatacgaCCCTGACAGCAGCTGATGTTGAATATTTTTACGTCTGTATTAGACATTTCCTTTGCAAATCTATTGTTCGATttaactgtataaaataaaagatggtACACATCCGTCAGTTTATACAGACACCGCCATCGTATAGATGGAATTTTACTGCA

Function

GO:

id name namespace
GO:0016310 phosphorylation biological_process

KEGG:

id description
ko00010 Glycolysis / Gluconeogenesis
ko00030 Pentose phosphate pathway
ko00051 Fructose and mannose metabolism
ko00710 Carbon fixation in photosynthetic organisms

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU324487 False 3006 lncRNA 0.41 2 23274822 23277850
TU324488 False 918 lncRNA 0.33 2 23261046 23279789
TU324489 True 3761 lncRNA 0.36 2 23270148 23279789

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
si:ch211-243g18.2 LOC108277365,LOC108433518,LOC107744167,LOC107685187,LOC107686498,LOC107713290 coding upstream 29011 23220145 ~ 23232035 (+)
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antxr2b LOC108276875,LOC108433535,LOC107685134,LOC107597625,LOC107744079,LOC107686426 coding upstream 221497 23019928 ~ 23039549 (+)
LOC113543956 gpr21,LOC108433543,LOC107686419,LOC101884949,LOC107744074,LOC107597614,LOC107595548 coding downstream 63007 23342796 ~ 23345808 (+)
sh2d3ca sh2d3ca,LOC108277244,LOC108433546,LOC107713320,LOC107597612,LOC107744235 coding downstream 286925 23566714 ~ 23618521 (+)
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G273719 NA non-coding upstream 125214 23135579 ~ 23135832 (+)
LOC117599346 NA non-coding upstream 187108 23068937 ~ 23073938 (+)
G273644 NA non-coding upstream 198701 23047921 ~ 23062345 (+)
G273683 NA non-coding upstream 222430 23037409 ~ 23038616 (+)
LOC117599377 NA non-coding upstream 266249 22992542 ~ 22994797 (+)
G273880 NA non-coding downstream 6211 23286000 ~ 23333549 (+)
G273900 NA non-coding downstream 117019 23396808 ~ 23398531 (+)
G274161 NA non-coding downstream 395854 23675643 ~ 23677227 (+)
G274186 NA non-coding downstream 572208 23851997 ~ 23852218 (+)
G274192 NA non-coding downstream 580035 23859824 ~ 23860703 (+)
lhx6 lhx6,LOC107597616,LOC107685129 other upstream 115479 23049812 ~ 23145567 (+)
lrrtm4l1 lrrtm4l1,LOC108276585,LOC108433509,LOC107730422,LOC107553720 other upstream 595476 22622428 ~ 22665570 (+)
tmem230a tmem230,tmem230a,LOC103035677,LOC105888828,LOC106565272 other upstream 886171 22369256 ~ 22374875 (+)
LOC113544129 LOC108276555,LOC108427250,LOC107687808,LOC107720650,LOC107744134,LOC107678044,LOC563710,LOC107560524 other upstream 1227049 21922551 ~ 22033997 (+)
LOC113543995 NA other upstream 1782166 21476087 ~ 21478880 (+)
LOC113543986 rabgap1,LOC107686418,LOC107744072 other downstream 1772 23281561 ~ 23386107 (+)
cdc37l1 LOC108276758,LOC108433523 other downstream 658189 23937978 ~ 23940132 (+)
hsdl2 hsdl2,LOC107558693,LOC107744249,LOC107658673,LOC107685110 other downstream 823284 24103073 ~ 24112853 (+)
LOC117599389 NA other downstream 946365 24226154 ~ 24232819 (+)
trappc13 trappc13,LOC107667267,LOC107726564 other downstream 1200810 24480599 ~ 24498642 (+)

Expression


Co-expression Network