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Basic Information

Item Value
gene id trim3b
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gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047611.1
NCBI id CM018557.1
chromosome length 24879021
location 10520018 ~ 10554251 (+)
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Sequence

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GTGAGGTGGCTGGAGAAAGCCTGTGTACACTCAGGCGTGGGgtggagagactgagaaagggagggagagagacacgGAATGAAGGAGAGAAGCAGAGGGAGGGTAAAGAGTTTAGAGTTGAGCTTAGGGGGCGTAGGCAGGGACAGTGACACAGGATCTCattttgttgttctgttacTGAGCCCAGCTGGAACCCAGGAAACAGGAATGAAGCCTGCCTGAGATTTCTCCAACTCttctgtgttaAGGTGTATCCTGGCCCCCAGCCGTGTCTGTGAATGTCTGTCACCATGGCTAAGCGTGAGACTGGCAGCACAAGTCCAGTGGTGCGGCAAATAGACAAGCAGTTCCTGGTCTGTAGCATCTGCCTTGATCACTTCCACAACCCCAAAGTGCTGCCCTGCTTACACACCTTCTGCGAACGGTGCTTACAGAACTACATCCCACCCCAGTCACTGACCCTGTCGTGTCCGGTGTGCCGACAGACCTCCATCCTGCCTGAGAAAGGAGTAGCAGCGCTGCAGAATAACTTCTTTATCACCAATCTGATGGAGGTGCTGCAGAGGGATCCGGAATGTTCCCGTCCTGAGGCCTGCAACATGTTGGAGTCTGTGAGCGCAGCAGCTGCTGGAAAGCCTCTTTCCTGCCCAAATCACGAGGGCAAGGTGATGGAGTTTTACTGTGAGTCATGCGAAACTGCCATGTGTTTAGACTGCACAGAGGgggaacacagagaacatgtcACTGTTCCGCTGAGGGACGTTCTGGAACAGCACAAAGCAGCACTGAAGAATCAGCTGGATGCCATTCGCAACAGGTTGCCTCAGCTCACAGTTGCAATTGAACTGGTGAATGAGATCTCCAGGCAGCTGATGGAGCGAAAGACTGAAGCAGTGCATGAGATCAGCTGTACATTTGAGGAGCTAGAGCGGGTTCTTCACCAACGTAAGACTGCCCTCATCACCGACCTAGAGAACATCTGGAGCTCCAAGCAGAAGGTGCTGCAGTCCCAGCTGTTGTCCCTGCAGCAGGCAAAAGAACATATCGAGAGCagctgcagctttacagaacaggCGCTGAGCCATGGGGGTGCTGCCGAGGTGCTGCTGGTGCAGAAGCAGATGGGGGAGCGTGCAGGTGCTCTGGCGTGTCACACCTTCCCTGAACGGCCGCATGAGAACGGACACCTACAATGCCGCCTTGAGACAGAGGGCCTGCGGCGCTCCATCCAGAACCTGGGCGTCCTGATCACCACTAGTGCTGTGGGACACACTAGCGTGGCCACCGGAGAGGGCCTGAGGCACGCCGTCATCGGCCAGCACAGCACCATCACCGTCACCACCAAGGACAAGGACGGAGAACTGGTGCGAAGTGGAAATGCACTTCTGAAAGCGGAGATCACAGGGCCAGAAGGAAGCAAAGCAGTCGAGGTGGAGGTAGTGGACAATAAAAACGGCACATATGAAGTGGGCTACACGCTGAGGAGCGAGGGAGAGTATTCCTTCTCACTGATGCTCTATGGCCAACCTGTGAGAGGGAGTCCGTTCAGACTGCGTGCCGTGAAGCCCAGTGACGTGCCTCAGTCTCCTGAAGACGTGAAGAGGAGAGTGAAGTCACCCAGCGGAAGTGGAGGACACATCAGGCAGAAAGCAGTGCGAAGACCCTCCAGCATGTACAGCACTACTAAGAAGAAGGAGAATCCTATTGAGGATGAGCTTATCTACAGAGTAGgCACAAGAGGCAGAGAGAAGGGTGAGTTCACTAACCTTCAAGGCATCTCCACCTGCAGTGGCAGAGTTGTAGTGGCAGACAGCAACAACCAGTGTATACAGGTGTTTACTAATGATGGACAGTTTAAGCTGAGGTTCGGAGTGAGAGGCCGCTCACCAGGGCAGCTGCAGCGACCCACAGGAGTGACAGTAGACATGAATGGAGACATCATAGTAGCTGATTATGATAATCGATGGATAAGCATCTTCTCCTCAGAAGGGAAGTTTAAGAATAAAATCGGCGCTGGGAGGCTGATGGGGCCGAAGGGCATTGCAGTGGATCGTAACGGACACATCATCGCTGTAGATAACAAGGCATGCTGTGTCTTCATCTTCCAGTCCAACGGGAAACTGGTCACCAGGTTTGGGGCAAGGGGCTCGTTGGACAGACAGTTTGCAGGTCCACACTTTGTGGCTGTCAACAACAAGAATGAAATCATAGTAACAGACTTTCATAACCACTCGGTTAAGGTGTTCAGTGCAGATGGCGAGTTCCTCTTTAAATTTGGCTCACACGGTGAAGGAAATGGGCAGTTTAATGCCCCGACAGGAGTGGCTGTTGATGCAAATGGGAACATCATTGTAGCCGACTGGGGTAACAGCAGGATACAGgTGTTTGACAGCTCAGGCTCCTTCCTGTCCTACATCAACACGAGCGCAGACCCGCTGTATGGGCCGCAGGGTTTGGCGCTCACGTCTGAAGGTCACGTGGTTGTTGCTGACTCGGGGAACCACTGCTTTAAAGTGTATCGCTACCTGCAGTAGTGCTGTTTTGCACGTTCAGCTAAGATCAAGCCCCTTAACCAAACTATAGAGGATGAGCGGAAAGCACGAGAGCATTTTTCTTTCACAGTGCAGTTCTccaaaaaatccttttttttttttttttaaatttataatggTGATCTAGACCTTATGATTGTTTAGAGTGGATGTGGGAGGGTGATATAATAAGCACACATTGTACAATAATTCACCTCTAGGTTGATAAGAAATTGGTAAAATTGAGAATAACTTGTGTACAGCACTTTCTCTGAAGCATGCATTCATAAGCTAGTGTTATAATTTCTGCAGTTTGGTAACTACAGacttgttttttaatctttaaaatggcTCATAAAAATACAAGTTCTATAATTAATTCCATGAtaacatgtaaacatttaccTTAAGATAAACAACCTAATTACAGAGCATAAGCAAATGCACAGTCCTGCAGCTTAATTTAGAAAATTTTGCAATTCAAATTcattaattgcattttttttcagggATTTTCAAAATTCAGCAGTTAAGACACTTGTAATAAATGAGGACAAATGCGTTACATGTCATTAAGGAATTAATTATACTGGTGCATTATGAGTTATATAATTACTAACACTGTTACCAAATGACAAAGAATTATCTGTTGTTATTATACACTTGCATTTTTAACCTTCCTGAGGATTCACTAGTTTCTTAGATCAGAAATGAAATTAGAACTAAAACCTCTGACAGCTTTACTTCCCAtctctctcaaaacacacacatcccgTTTGTCTTTTGAGTGCAAACACCAGTTGTGGATTTTTAtgcctgtgtgtttgtatctATGCGCATATACAAGTGTCTGTaaatatgcatatgtgtgtatatatgagaaTATATATGTAATCTGGAAATGTACCACACTTTGGCTTCTCATCATCCCCTGATTAATGTCACTGATCTGGTGTTGTGCTTCAGATGTACAGACGTAATGCTCAAAGGAAATGAGTGACTGCTGTGTTTACAGCAAGATGCAGCTGCCAAAAGgacctgatttatttttctatttcatttcatcatgcTACTTTATTGTTTAGAGTAGTCctattgaaaaagaaaaaaaaaaacccttgttgGCTTTGGGGGAGGAGCAGCGTTCAGATAAATGTTGTGTTAATTGCAGTGTGTTTGCACATATTGAGTCCCATATACAGAATAtctttgtaaataataatttccaTTTATACAGCCGGTGCATCATTGTGCTTACTGTGGCAGTGGAAAGGTCGTCTTTTTATCAGTATTtaactggttttatttatttgatgttttgtaCAGACTTTGTTCTCTGTTTTGGGTGTTTTTGGAGGAGCTCCGCATAATTCTCACCAGCCAAAGCTTTcaataatgtcttttttttttttgtacatttttctgttCGCTTTTGAGAGCCTCATCCATTTGTCTTGAGGTATCAGGTGCTGTTTAGGCCATAAAGGAAACTCATTATTTTTTACCACTTACAGTCATCAGTCAtatcgagtgtgtgtgagtttaaggTAGTGTCGTGTGagagcattgtgtgtgtagctgttgcTTAATGACTCAGTTTATCTGTTTCTGGACTGGAGTTACATGCCGGGAAAGTTGTGCATGAAGAGGCTATTCCAGCAatgtggactttttttttcttttttaaatcagttttgttGCATCTAATATCTGTAAATGAATATGAGTATTTGTCAAACGTCAGACGTCTCAGAGCAGTGGTTCAGTAGTGGGGACGTGTCGCTCTGCACGTGTGTGTTTTCCGTGTTGATCAGGCTTCAAGCTCTTCGATTCCTTCAGGCAGGTCCCCACATCTGTGTGCATCCCAAACACTCATGTGTGACGACTTACTCAATTCCTTAGATTCATAAGTTTTTACAAATCTTGCAAGAACATGTTTGGGACTTTAAGACACATGATACTTGGCTCAGTTTGACCCAGCACACAGACGGATGCTAAACATGTTGCTGATACTGTAGCtaatttttacactttattttattaactaatTGCACATGTGTAAATCAGCTCACAATTATTTCTCACTGCTAAAGCTGATGTATGCCtgcaatgcattatgggaatgGCTTCTGTGCATTGTAGCATTCTTAAAATAGTTGATAGTTTAGTTTAGAAGTTTTAGCATTTGGGACAAAGCAATTAGATTTTGAGCAACAGGACTGATCCATAGTCAGTTTCTGTCTTCCATTATTGTGTTAGcaaaaagagagcaaaagagcTGAACCTCATCTCTGAGAcgcccaacacacacacacccacacacacacagcactcacTGATAATCATCACTAACTCCTTCCAGAACATAAACTAGAACCCATCATTAATTACAActcattcagtaataaaaagtCTTGTACAGCACATGAACCTTTCAATGTCTTCACTGATCAAGTCTAAcagtgtgtaattaaaaattgtaaatataaagttatttaaaCACT

Function

symbol description
trim3b Predicted to enable ubiquitin protein ligase activity. Predicted to be involved in proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process and protein polyubiquitination. Predicted to be located in cytoplasm. Orthologous to human TRIM3 (tripartite motif containing 3).

NR:

description
PREDICTED: tripartite motif-containing protein 3 isoform X2

GO:

id name namespace
GO:0005622 intracellular anatomical structure cellular_component
GO:0008270 zinc ion binding molecular_function

KEGG:

id description
K11997 TRIM2_3; tripartite motif-containing protein 2/3

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026941835.2 False 5095 mRNA 0.45 13 10534557 10554251
XM_026941837.2 False 5081 mRNA 0.44 13 10526996 10554251
XM_026941838.2 True 5210 mRNA 0.44 14 10520018 10554251
XM_026941839.2 False 5035 mRNA 0.45 12 10534557 10554251

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
fhdc3 LOC108276923 coding upstream 802 10507226 ~ 10519216 (+)
arfip2b arfip2b,LOC108276920,LOC108438961,LOC107718740,LOC107555180,LOC107701145,LOC107557232 coding upstream 14576 10485024 ~ 10505442 (+)
dchs1b LOC108277286,LOC108438972,LOC107718741,LOC107701146,LOC107555179,LOC105907404,LOC107720538,LOC107693876 coding upstream 71853 10353267 ~ 10448165 (+)
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G266580 NA non-coding upstream 516657 10003146 ~ 10003361 (+)
G266499 stard13,LOC107691680 non-coding upstream 574439 9944113 ~ 9945579 (+)
G266497 NA non-coding upstream 579718 9937395 ~ 9940300 (+)
G266495 NA non-coding upstream 583805 9935989 ~ 9936213 (+)
G266416 NA non-coding upstream 753523 9764641 ~ 9766495 (+)
G266869 NA non-coding downstream 17640 10571891 ~ 10572147 (+)
G266871 frem2a,LOC108276566,LOC107701139,LOC107555183,LOC107693873,LOC107718779,LOC107720635 non-coding downstream 26608 10580859 ~ 10581182 (+)
G266892 NA non-coding downstream 112567 10666818 ~ 10668314 (+)
G266901 NA non-coding downstream 178286 10732537 ~ 10734630 (+)
G266946 NA non-coding downstream 265275 10819526 ~ 10819739 (+)
dclk1a dclk1,LOC107728871,LOC107577778 other upstream 757321 9704360 ~ 9762697 (+)
LOC113543674 NA other upstream 1095163 9419665 ~ 9424855 (+)
G266161 NA other upstream 1183728 9335801 ~ 9336290 (+)
LOC113534874 LOC108276751 other upstream 1255907 9256943 ~ 9264111 (+)
G265807 LOC107756568 other upstream 1850221 8668814 ~ 8669797 (+)
G266868 LOC108276566 other downstream 14777 10569028 ~ 10570705 (+)
scaf4a scaf4,LOC107555128 other downstream 311361 10865612 ~ 10882265 (+)
vps36 vps36,LOC107701118 other downstream 4208062 14762313 ~ 14771073 (+)
trnar-ccu_11 NA other downstream 6533417 17087668 ~ 17087740 (+)
trnam-cau_40 NA other downstream 6533497 17087748 ~ 17087819 (+)

Expression


Co-expression Network