LOC113537916 (LOC108254963)


Basic Information

Item Value
gene id LOC113537916
gene name LOC108254963
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047614.1
NCBI id CM018560.1
chromosome length 21552800
location 13569089 ~ 13578359 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026932623.2
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026932623.2 True 7203 mRNA 0.38 3 13569089 13578359

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
cnbpb cnbp,cnbpb,LOC108254964,LOC108431552,LOC106566283,LOC105905103,LOC107742027 coding upstream 128 13565069 ~ 13568961 (+)
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pparg pparg,LOC107742034,LOC107667870,LOC107571218 coding upstream 92500 13440659 ~ 13476589 (+)
syn2b syn2,LOC107758022 coding upstream 143607 13358924 ~ 13425482 (+)
isy1 isy1,LOC108254962,LOC108431508,LOC107700632 coding downstream 1001 13579360 ~ 13586971 (+)
zgc:77375 LOC108254961,LOC108431553,LOC107700631,LOC107758152 coding downstream 10674 13589033 ~ 13606451 (+)
nuf2 nuf2 coding downstream 38650 13617009 ~ 13628791 (+)
si:dkey-42i9.6 NA coding downstream 53746 13632105 ~ 13649265 (+)
si:dkey-42i9.4 LOC108254831,LOC108269908,LOC108431510,LOC108281067 coding downstream 91061 13669420 ~ 13671305 (+)
G307161 NA non-coding upstream 45035 13522009 ~ 13524054 (+)
G307154 NA non-coding upstream 67258 13501466 ~ 13501831 (+)
G307079 NA non-coding upstream 218409 13350453 ~ 13350680 (+)
G306959 NA non-coding upstream 234844 13331687 ~ 13334245 (+)
LOC117599900 NA non-coding downstream 362067 13940426 ~ 13960190 (+)
G307272 NA non-coding downstream 425249 14003608 ~ 14003831 (+)
G307262 pdhb,LOC107721006 non-coding downstream 436803 14015162 ~ 14016394 (+)
G307293 rpp14,LOC103374991 non-coding downstream 473476 14051835 ~ 14058202 (+)
G307281 NA non-coding downstream 517911 14096270 ~ 14096786 (+)
G306480 tuba1c,LOC103148207,LOC106920718,LOC102311436,LOC101065103 other upstream 1106553 12457601 ~ 12462536 (+)
G306103 NA other upstream 2053276 11515059 ~ 11515813 (+)
G305955 iqsec1 other upstream 2087989 11480669 ~ 11481100 (+)
G305869 NA other upstream 2242729 11325604 ~ 11326360 (+)
G305863 iqsec1,iqsec1b other upstream 2253653 11314184 ~ 11315436 (+)
ippk ippk,LOC107755999,LOC106566243 other downstream 95995 13674354 ~ 13692912 (+)
asic1b asic1,asic1b,LOC107721241,LOC107569540 other downstream 601424 14179783 ~ 14476817 (+)
gpd1b gpd1,gpd1b,LOC107698578,LOC107727040,LOC107721242,LOC107694423 other downstream 936233 14514592 ~ 14524976 (+)
dag1 dag1,LOC107757307,LOC107592827,LOC108415278,LOC108415277 other downstream 2178531 15756890 ~ 15799890 (+)
amigo3 amigo3 other downstream 2911002 16489361 ~ 16501684 (+)

Expression


Co-expression Network