LOC113537842 (LOC108255161)



Basic Information


Item Value
gene id LOC113537842
gene name LOC108255161
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_047614.1
NCBI id CM018560.1
chromosome length 21552800
location 21113434 ~ 21135134 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence


>XM_034314468.1
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>XM_034314469.1
ATGGAAacgtgagacacacacacacacacacacacacaagagactGAAATGGAAGGTTGGCATTGAGGatacgtgtgtgtatgaaatcactgacacacacacacacacacacacacaccgagagagagagagagagagagagaaacaaacgTCAGAGAGGAATCGAGGAAACGGAGAGCCctgattaaagtgtgtgtgtgttttatggtgtgtgtgtgttcagtggagagagagagagtgtgtgtgtgttcagtgcagagagagagtgtgtgtgtgtgttcagtgcagTTGTAACCACACACATGGATTTTCCAGTAATTGCGCTTCTAGGAAAAGAGAAACTGGCtactgtacatcacacaccctgctgaggagagcaaaccggGACGCGacgcttctctctctctctctcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagcgcgtTTTTATTAACATCATCACTACTCCTGGAGGTTTGCATCACATTTCCCAGCGACTGTCGCTCAGTGTGggttatttttctgtatttccgGGTGAGTGAAACTGCTCCGTGCGCGTGGATTCGCCGTGCGTCATGACGAGCTCACCtggagctcacacacactcagctcacacacactcagcccaCATCCAGCCCTGAgtgctgaccatcacaccatgGACAACAGCTCAGgagcaGGAGTGATCTTGTACGCTTGTTCCAGCTCGAGTCCCGACAGTCCGTCTAGCGGATATCAGACTCACTCGCCCTCGTCTCAGTCCCAGCCTTCTTCCCCAGAGGAAATCTCCTCTGACCTTCAGCACAGGAGCACGAGCAGCGACCCAAACCCCATCACAGGAACTTCCTCTTCGCCTAAACCTGTCTTCCAGTTCCCCGAACTGAGCAGCACACACGTTACATCATCAGGACAGAGCGCAAACTCACAGTCGCTCACAGGCAGGAGGTCATGCAGTGCGTTTACAAGGACCGGTGGTATGGTGTTGTTGTGTAAAGTGTGTGGAGACATCGCGTCGGGATTCCACTACGGAGTTCACGCATGTGAGGGATGCAaggGTTTCTTCAGACGCAGCATCCAGCAGAACATCAGCTACaagatgtgtgtgaaaaacgAAAACTGTCTGATCGTGAGAATGAACCGTAACCGCTGCCAGCACTGTCGCTTCAAGAAGTGTCTCTCCGTCGGCATGTCCAGAGACGCTGTGCGTTTTGGTCGCATCCCTAAACGTGAGAAGCAGCGCCTCCTGGATGAAATGCAGAGCTACATGAACAGCCACAACACCATGGACGTCGACTCAGCCACGCCCTCCGAAGCCCCGCCCATGGAAACCACACCCAGTCATCAGTGCCACCAGTTAGGGTCAGATGAGGTCATCAGGGCCTCGTCTCATTTCCCCGTCATTGTGAAGGAAGAGGAGAAGCTCGTGAAGATAAACAACAACGATGACAACGACAACAACGATTTCTCGCCGTCTCACGAGTCTCAGCTTCGCTCCGTTCCTCCTCACATCACGTCGACTCCATCCTGCCCCGCCCACGGCAGATTCATGCTCACTCACACTGAAAGCACATCGAAGcccacaggaagtgacatcaagAGAGAGACGCCCTGTTCCTGGAGGCCGAGTGCTGGAGCTAAAGTTCTGGCGTGTCCTCTGAATTCGTGTCCTGTGTCGCCGGCTGATCGCTCCACGCAGCAGGTCTGGGACGCTTTCTCACAGTGTTTCAGTCCCGCAGTTAAAGACGTGGTGGAATTTTCTCGCAGCATCCCGGGATTTCACACACTCAGCCAAGATGACCAGATCCGACTGCTCAAATCAGGAACCTTCCAGGTTTTGATGGTGCGATTTTGTTCGCTCTTCGACGCCAAACAGCGAACAGTGACGTTTTTAAACGGACAGACGTATCCTCTGGCGTCTTTAAGGGCACTTGGCATGGGTTCTCTGCTGGACGCCATGTTTGATTTCAGCGAGAAGCTGAGCATGCTGGGATTGGAGTCGGATGAGATGTCACTCTTCATGGCCGTAGTGCTTGTTTCTGCAGATAGCTCTGGCATTTCTGACATGGCTGCCGTGGAGAAGCTACAGGATGATTTAATCAACGCTTTGCGATCGCTTCTTGCCCAAAGGCGGCCGAACGATGGCGAGATTTTCCCCAAATTGCTCTTACGTCTTCCTGATCTACGAACGTTAAACAGCTTGCACTCAGAAAAACTTTTAGCCTTCCGTATCGACTcgtaaataagaataaataagggatataacataaaaaaaagtgctaaatTACACTGTTGCCTTGAAAAGGGAAAGAATGTAGTGACGGTGATGCCTATAAAAATTTGCATATCATTATAATTGCCTGAATATTATTACAAGAATgtatcataaatcataaatcttACTACCTTTTGTTCTTGTTGGTcagaattttaatataaaagaaCCTCGGCAGCATCTTGTTTGTGATTTAGCTTCATCTCTTGTTTTTACGTGATAGTTGTTGTTTACTCAAAATCTCTTTCAGCAGCTCAGCTACATGCTAACCGAGAATGTTTTCTAGAACATTCAGTAACAAGTTCTATGAAACTTCggctgtaacattttttttaaaacaaaaatgacgtTCGTGTAATACTCTGAAAATGTGATGATGGTTTGTGTTACGTTTTCGGATGTTGTATGCACCACCAAAAATTACGCTATTACTAAAAACTAGAAATATTGCAGCAACATTGCTGAAACGTTAGCTAAATAATGTTCACCGAAATATTTAGAAAACATTCTGCTAATGTTAAACTGTAAACTGGGCTGTTAGGTTACATTACgttagttagctagcatgtTGGTAGCCATGGAAACGACTTCTAGCAGTTGATAAACAGTAAGAAAAATGTTTGCTCTAAAACAGGCAGCTAGCgtaaatatttttaagcatttcgCACCATGCCTTTTCACGTTATTTTGGATTGAtgtctgaaaaaagaaaaaagttttgaaaGGGAAAAACTTTCTATCTTGGAcattattttaagtttttcacacaattgttaaaattgttaaaattgttCATTGTTATTAATTATCAGCACAGGCATAGCTGAATGTTTAAACCTATGtttttaacatatatattttcttttgtttgaagGAACAGTTTGGCATAAATCTCAAACGTATACAAATTTAGTCGAAAACCTGTTTGGTTTCTGAAATTCGCTTCTCCTTTGATGTTTACGTTTGATGCTGTGAAGCTAATTTAGCCTCAACGTAGCTTACATATCTGCCTCAAACATAACCAGATCTTCAGACATGCTGATCTGATGTGGTTTAGAACCCAGGGGCACTTCCTGTTATCTATAaaggcagccatcttggacaaagtgattttttttcctttagcaCAAATTGTTATCGTTCCCCTCCTTCAGTCGCCAACCTCCAAAAacttaaagtaaaattaaaccGAGGATCTATTTGCAgccttaaaaacacaaaatgcgTTATtatttagcaacattagctatGCTAGCCAGGTCCCTACACATAGCACTGTGCTGAAGTTTCCAGTTAAATTGTTAGCTCAGCTCTCAACAGCAGTAGCTATCTGAATTTAGTAGCTAGCCAAATTCagtaacaagctagctaatgtcacGCTAAGTATCAAAAGCAAGAACTTTCAAGCTAGCTGAACTTTTATTATAGAAACTAGCAGTAAGCTTTGCTAGCAAACTTGGTGGCTTTCATGTGATAGAGAGCGAAAACTCTTAGCAAATTTgcgtatttaatattttatatacgttcaggtttttttttataccaaactgtttctttgttgattttatTCTTGTATCTTTTATGATTATACTTTAAATTTTTAGACTTTAATctttaattgcttttttttttttttaaagtttatctcCACATCATTCATCACGACCTCAAATGATCACTTCACTGTACTCCGCATTTTAGGAAGCGTATTGTTTTTATCTTAACGTTTGCTGATTGCTTCTTATCACTGAATTACGACTGTTTGACCTCAGAGTGTAATTTTATCCGGAACTGAGTATCGAggaatgttttcattttgtttttttgtgtgtgttgtatatattgtatctatataatttacatttatataaaatctataaaaaggGGAAAAGAACACCTCATTTTTTAGTGTCGttactaaaataaaatctattatcTGTTATCTGTGTTGTTCTTCCACAAATTCAAGTTAAATCTGTAATATTGCAATTTTAATTCTTATGTTACTCAACTTGCctgtatattttgtaaatgtgttacTGTTATAATCTGCTACAgagttgaaaaataaaaaaataaacaagattgCCTTATCAA

Function


GO:

id name namespace
GO:0009987 cellular process biological_process
GO:0005488 binding molecular_function

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_034314468.1 True 4402 mRNA 0.42 8 21113434 21135134
XM_034314469.1 False 4399 mRNA 0.42 8 21113434 21135134

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
calcoco1b LOC108255279 coding upstream 66857 21033123 ~ 21046577 (+)
smug1 smug1 coding upstream 212023 20896980 ~ 20901411 (+)
slc2a10 slc2a10 coding upstream 451745 20654185 ~ 20661689 (+)
si:ch73-267c23.10 LOC108255296 coding upstream 463261 20633750 ~ 20650173 (+)
LOC113537838 NA coding upstream 492195 20618291 ~ 20621239 (+)
faim2b LOC108255062 coding downstream 2675 21137809 ~ 21149284 (+)
lrp1aa LOC108281054,LOC108424569 coding downstream 76118 21211252 ~ 21371670 (+)
alas1 alas1 coding downstream 275642 21410776 ~ 21435824 (+)
poc1a poc1a,LOC107747840 coding downstream 308165 21443299 ~ 21483333 (+)
dusp7 dusp7,LOC107697567,LOC107677944 coding downstream 356756 21491890 ~ 21510998 (+)
LOC113538073 NA non-coding upstream 100974 21006350 ~ 21012460 (+)
G311482 hoxc12,hoxc12aa,hoxc12ba,LOC107578812,LOC108433365,LOC105912699,LOC105013633 non-coding upstream 129923 20927003 ~ 20983511 (+)
G311649 NA non-coding downstream 15664 21150798 ~ 21155101 (+)
G311652 NA non-coding downstream 24323 21159457 ~ 21164926 (+)
G311653 NA non-coding downstream 26784 21161918 ~ 21164080 (+)
LOC117599907 NA non-coding downstream 31846 21166980 ~ 21185039 (+)
G311665 NA non-coding downstream 56034 21191168 ~ 21191629 (+)
hnrnpa1a LOC108255131,LOC108424623,LOC107707363,LOC107551332,LOC107754559 other upstream 231069 20870652 ~ 20882365 (+)
znf740a znf740a,LOC108254942,LOC108424621,LOC107754560,LOC107551334 other upstream 252707 20807858 ~ 20860727 (+)
errfi1a errfi1 other upstream 936162 20119383 ~ 20177272 (+)
si:dkey-264d12.5 LOC108254816 other upstream 1244953 19848467 ~ 19868481 (+)
vamp3 vamp3 other upstream 1329509 19768983 ~ 19783925 (+)

Expression



Co-expression Network