LOC113533649 (LOC108280860,LOC108433106)


Basic Information

Item Value
gene id LOC113533649
gene name LOC108280860,LOC108433106
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047615.1
NCBI id CM018561.1
chromosome length 21248730
location 12908453 ~ 12928071 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU378345
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KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU378345 False 3831 lncRNA 0.38 2 12908479 12915491
XM_026925923.2 False 9491 mRNA 0.44 4 12908453 12928071
XM_026925924.2 False 9557 mRNA 0.45 4 12908453 12927614
XM_026925925.2 True 9782 mRNA 0.45 4 12908453 12927351

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
svilb LOC108280625 coding downstream 3017 12844080 ~ 12905436 (-)
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LOC113533584 LOC108280423,LOC108280624 coding downstream 75924 12820071 ~ 12832529 (-)
LOC117595732 NA coding downstream 151309 12756704 ~ 12757144 (-)
LOC113533469 NA coding downstream 154201 12752650 ~ 12754252 (-)
kcnj9 kcnj9,LOC108280861,LOC108433105,LOC107698496,LOC107713649,LOC107600231,LOC107757805,LOC107599257 coding upstream 12457 12940528 ~ 12964781 (-)
cdc34b ub2r1,cdc34b,LOC108280790,LOC108433104,LOC105020474 coding upstream 58191 12986262 ~ 12999987 (-)
LOC113533516 NA coding upstream 233465 13161536 ~ 13165217 (-)
cactin cactin,LOC103479278,LOC103479458 coding upstream 357301 13285372 ~ 13294978 (-)
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G319429 NA non-coding downstream 51875 12811315 ~ 12856578 (-)
G319186 NA non-coding downstream 111519 12772649 ~ 12796934 (-)
G319178 NA non-coding downstream 129227 12754768 ~ 12779226 (-)
G319182 NA non-coding downstream 142462 12764254 ~ 12765991 (-)
G319163 NA non-coding downstream 259567 12633893 ~ 12648886 (-)
G319467 NA non-coding upstream 61230 12989301 ~ 13021880 (-)
G319474 NA non-coding upstream 101038 13029109 ~ 13029704 (-)
G319496 NA non-coding upstream 141228 13069299 ~ 13069522 (-)
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G319557 NA non-coding upstream 207533 13135604 ~ 13135860 (-)
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ccl20a.3 LOC108261059 other downstream 2380174 10527282 ~ 10528279 (-)
LOC113542985 crem,crema,LOC108439856,LOC100534480,LOC107659668,LOC107563815 other downstream 3935178 8969204 ~ 8973275 (-)
pitrm1 pitrm1,LOC107698483,LOC107679400 other downstream 3954343 8903824 ~ 8954110 (-)
G317176 NA other downstream 4022744 8883649 ~ 8885709 (-)
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theg NA other upstream 1803663 14731734 ~ 14745487 (-)
LOC113533479 LOC108280451 other upstream 2294707 15222778 ~ 15231580 (-)
LOC113533563 NA other upstream 2759011 15687082 ~ 15724356 (-)

Expression


Co-expression Network