rab31 (rab31)


Basic Information

Item Value
gene id rab31
gene name rab31
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047615.1
NCBI id CM018561.1
chromosome length 21248730
location 14386238 ~ 14466753 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU379170
aaaaaaaaaaaaaaaggccacccgtaacccaaaatacacagcatgtttaCTTTACCTCCCGCATTTGGGTTGATTCGCTTGCTCACTACAATCAAACTGCAATAGAATTTGTTAGAAGCAGCCCGAGTCCGCCTCGCTCAGACCAGACGTGTTGGACCAGTCGTTTTGGTTCTCACCCGCCTAAAAGAATCACATTGCAGGAGAAAACAAACCAGGATTCaattcaaacagactaaacactgcCCAAGTGAAAGAATCCTAAGAGGTCAAATTTAAATTGAAACCAagttaatgaattaaatatgaaccaaaTGGGACGTAACCACTGCTCAGTGCTCAGTCACAGGTAGATGGTTAAGGATATTATAGACTGTTAGGAGTCATTACATCTTATGAGTTTTATAAAAGCTACACATGTTAAATTTGAGATTTACAGTTTTAGTATTCCTATCTCCTTTTATTCGGTACACTAATGAAATTTTCACAGGAGACATTCCAAGTAGAATGATGATCATTCCTGTTTTATAATCTCTCATCATTCATCGTTGTCCTTGGCTGTTTTAATGTCATCTTGAGTTTGAAAACGTAGCCTAAATGTCAGCAGTATACATGTAGGATATGTAATATTTGTAAGAAATGAGTGTGTTGTTCAGGTGTGCAGTCAATAGCTGAAAATCTATTGTGCAATTCTGCAccaatttatgcatttttataaatgttgcCAATAACTTGTACAGGATGCTCAATTATCCAAAATGCTTGTAATTATTACTAATCCATGAAGTGTCTTAAAAGTGTGGTACTGTGAGAGATGAAGACGCTAACACATACGGTAGTTAGCATTGTACTTTGAATGTGCATGCCATCCACAAGTGCCTAAAGTATTCATAAAATGTAGTTGTAAAAGTCGATACAGTGTTTAATATGTAGGTGAAAATGTAAACTAAGCATTGTGCATTTCTAGATTGATCACTCTACAATTGTGTACGGTTTACATGTTGTTACATATTATTTAGTGTTACAGTCGTGCAGATGTTTGCACCCTCACGGTTTTTGCGTATGGAAAATGTAAGTGTATATTAAAATCATCTAAAAAATAACAATGGcaattgccacctcacagctccagggtttccATCCAATCCTGggttcaggttactgtctgtgcagagtttcatatgttctcctcCTGGTCCAgcttctctggtttcttccaaGCTCCCAAaacacatgccagtaggtggattggagACAATAAATTGCCGctagttgtgaatgtgtgtgttattgctgaTGGACAGGCCTCACATCCAGTGTGctcaggataggctccagttcTACCGTGACcccgaccaggataaagcacttattgaagatgaatgaatgactaaaCATAATTCCAAGAAATAATCAAATGTGTATCTTGTAAACAAGATAAGAATCCAAAGTTtcgaaaataattaaaaatgtcaagGTTTGAGCTGATAATTGGCAGAGTTAAAACATAATAGAAATGCTGGTCACACAGTCAGGCAGTTGCCTATGAAAAtggctataaaataaatttctgccttcattttgtcctaagtGGGTGTAAACGTTTGCACGTGACTATAAAAgtggttattttttataatCGGAGTCAGAAGCACTTTGCCAAGTTAAAGATTGATTGGTGAACAGCCACCAGGGGGCAGTGCGAGTTTGACTCTTAAAACAAAGCACATCATGCTgggtctctctctttctgtgtcggTGGAGGTGAAGTCTGTTCACCCCTGATAATGTCCACAGCGCCTTTACTGTGTCActgatttgtgtttgttgtCGTAAGTAATGTACCGCTTTTCACAGCCTTTTGTCCGGATTATTAACGAAGTatgttgaaatattttcagtttgcAAAGCCTCAGAAGAATCATAATGAGATCAGAGTCTCGGTGCAAATTGAAGTCAGTTTCAGTTGAAACAGCAGGTTAAATTTACTTGGCTGTGTCACAGGTTTCTTAATTGTGTAAACCACTAAGAGTGTGAAAATTAAACCTGAAATAGTTCTAGCATAAAGGATAGGCTGTACCAGGATTTAATACAACAgggtatttatttatacagagcAAACCctgagaaaaacacaaaccttTTAACATAAATCTTAatgctgtgtgttattttatatccGTCTTATCCATCTCTTATCTGCTACAACAGAATGACCAAGACAGATGTCTTTGCTTTATGTATGCTGATGCATCAATTACCAATACTGCCTATAATAGCAATAAGCAACAATGCccttattatttacataaattatttacatcTGAATGCTGA
>XM_026925359.2
GGCGCTTCGGCGAGTTTCCGTTAGCTGCGGGCAGGAGATGGTCAGCGCAGGCCGTGGCCACGGTGTGTGATTTACAGGAGGAAAAGTCGCTGGAAGTACGgcgggagagagacagaggaaaaaggaaagaaaaaaaagaaagaaagaaaaagagagagacggggAATAATGCCTCAAATGTTGTAGGGGGTTTTGAAATGGCCATTAGGGAGCTGAAAGTGTGTCTTCTTGGGGACACAGGAGTTGGGAAATCAAGTATTGTTTGCAGATTTGTCCAGGATCACTTTGATCACAACATAAGCCCAACTATTGGCGCATCGTTTTTAACCAAGACGGTCCCCTGCGGCAATGAGCTTCACAAGTTCCTGATCTGGGACACGGCAGGGCAGGAGAGGTTTCACTCTCTGGCCCCGATGTACTACAGAGGATCTGCTGCTGCCGTCATTGTGTATGACATAACCAAACTGGACTCCTTCCAGACTTTGAAAAAGTGGGTGAAGGAGCTAAAGGAGCACGGCCCAGAGGATATTGTGGTGGCAATTGCAGGAAATAAGAATGACCTGGGTGATATACGGGAAGTTCCCACAAAAGACGCCAAGGAATTTGCAGAGTCAATTGCAGCCATATTCATCGAAACCAGTGCTAGAAATGCTGTCAATGTTGAGGAGCTCTTTCAAAGTATTAGTCGGCAGATCCCCCCTCTGGAGAACACCGACGTGGACAGCAACGAGTCGTTCAAGATTACACGCCAGCCACTTCCATCAGCTAGACGCTGCTGTTAGAGGAGTGAGGAATTTGGCTTGCTCTCTTCCTCATAGCTGGATATTTAATTTAGCTTTATAACCATCATAACCTGTAACCTAAAGTTAGCCTGACTTTACTGCtgaagtaaaaatgaatttagATTCAGCAGTTTTAAGCACACAGTAGTTTAACGAGTTTACAAACAAGACACAAGGCAGATTGAGCAATATTTCCAGTGTTCAATGTGAAGCAGTGGAGCagagttagctggctaactCTGTAAGATTAACTTCATAAGGAGCAGAGCCATAGATCTTAAAGCATTGGTGTCAGACTCCAGTGCTGTAACTCCACAGTCCTGAACAGCTTAGAACccagaaaaaagacaaaacccTAAAGCCCGATTGTGCTGTTTGAAAGTACTAACCGTCTTTGTTTAATGTTGGTCCAGTATCAGCTTGCCATATCCAGATGTTCTTATTCATAAGGACACGAAAGGCAAACAAACCCCAAAAGCACGTGTCTTACTCTGAGGATTTTAAAACGTATTAGAAAGCAATTTGCTCAGAATGCCTTTAAAAACTGCTCAGCCTGTTTACATTAGACTTTTATAACCAGTTACTTTACCAACGCCCTCAACTGACAGCTATAATATCCACCATATGTAGAATATAATCAAAGTGTCTcttaaaaatttaaaagcaGATTCACACAGATTAGTCAGTTTACCAAGTCTAGGTCAGAGCAAAAtgtatctatttatatatttgctaTTTGATTtagtttggtttcacactgcacaaaattaaatgagtGTAAAAGCAAGAGGGGCTGGTAGGCCTGAAAATGTCCTTGTAAAACTCTTTCGTTGATTTGTTCAGAAATACTGCAACGAAAATGGTAAAAAGCCTATGTAAAGTAAACAAAGTGAGCACGGAGAACGCATAGCTGAGgctaaataaatgatgagaTAATTATGTTGATAACTAAACAATTTGTTTACTGCATCTAGAATTTTTATTTGCTGGTcaaaatatccagaacacatggcatttctgcagagATTCAGCTCGGTCTTTTGGTTCTGTATGCACCATGCAGCTCgcatctccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagccacccgtaacccaaaatacacagcatgtttaCTTTACCTCCCGCATTTGGGTTGATTCGCTTGCTCACTACAATCAAACTGCAATAGAATTTGTTAGAAGCAGCCCGAGTCCGCCTCGCTCAGACCAGACGTGTTGGACCAGTCGTTTTGGTTCTCACCCGCCTAAAAGAATCACATTGCAGGAGAAAACAAACCAGGATTCaattcaaacagactaaacactgcCCAAGTGAAAGAATCCTAAGAGGTCAAATTTAAATTGAAACCAagttaatgaattaaatatgaaccaaaTGGGACGTAACCACTGCTCAGTGCTCAGTCACAGGTAGATGGTTAAGGATATTATAGACTGTTAGGAGTCATTACATCTTATGAGTTTTATAAAAGCTACACATGTTAAATTTGAGATTTACAGTTTTAGTATTCCTATCTCCTTTTATTCGGTACACTAATGAAATTTTCACAGGAGACATTCCAAGTAGAATGATGATCATTCCTGTTTTATAATCTCTCATCATTCATCGTTGTCCTTGGCTGTTTTAATGTCATCTTGAGTTTGAAAACGTAGCCTAAATGTCAGCAGTATACATGTAGGATATGTAATATTTGTAAGAAATGAGTGTGTTGTTCAGGTGTGCAGTCAATAGCTGAAAATCTATTGTGCAATTCTGCAccaatttatgcatttttataaatgttgcCAATAACTTGTACAGGATGCTCAATTATCCAAAATGCTTGTAATTATTACTAATCCATGAAGTGTCTTAAAAGTGTGGTACTGTGAGAGATGAAGACGCTAACACATACGGTAGTTAGCATTGTACTTTGAATGTGCATGCCATCCACAAGTGCCTAAAGTATTCATAAAATGTAGTTGTAAAAGTCGATACAGTGTTTAATATGTAGGTGAAAATGTAAACTAAGCATTGTGCATTTCTAGATTGATCACTCTACAATTGTGTACGGTTTACATGTTGTTACATATTATTTAGTGTTACAGTCGTGCAGATGTTTGCACCCTCACGGTTTTTGCGTATGGAAAATGTAAGTGTATATTAAAATCATCTAAAAAATAACAATGGcaattgccacctcacagctccagggtttccATCCAATCCTGggttcaggttactgtctgtgcagagtttcatatgttctcctcCTGGTCCAgcttctctggtttcttccaaGCTCCCAAaacacatgccagtaggtggattggagACAATAAATTGCCGctagttgtgaatgtgtgtgttattgctgaTGGACAGGCCTCACATCCAGTGTGctcaggataggctccagttcTACCGTGACcccgaccaggataaagcacttattgaagatgaatgaatgactaaaCATAATTCCAAGAAATAATCAAATGTGTATCTTGTAAACAAGATAAGAATCCAAAGTTtcgaaaataattaaaaatgtcaagGTTTGAGCTGATAATTGGCAGAGTTAAAACATAATAGAAATGCTGGTCACACAGTCAGGCAGTTGCCTATGAAAAtggctataaaataaatttctgccttcattttgtcctaagtGGGTGTAAACGTTTGCACGTGACTATAAAAgtggttattttttataatCGGAGTCAGAAGCACTTTGCCAAGTTAAAGATTGATTGGTGAACAGCCACCAGGGGGCAGTGCGAGTTTGACTCTTAAAACAAAGCACATCATGCTgggtctctctctttctgtgtcggTGGAGGTGAAGTCTGTTCACCCCTGATAATGTCCACAGCGCCTTTACTGTGTCActgatttgtgtttgttgtCGTAAGTAATGTACCGCTTTTCACAGCCTTTTGTCCGGATTATTAACGAAGTatgttgaaatattttcagtttgcAAAGCCTCAGAAGAATCATAATGAGATCAGAGTCTCGGTGCAAATTGAAGTCAGTTTCAGTTGAAACAGCAGGTTAAATTTACTTGGCTGTGTCACAGGTTTCTTAATTGTGTAAACCACTAAGAGTGTGAAAATTAAACCTGAAATAGTTCTAGCATAAAGGATAGGCTGTACCAGGATTTAATACAACAgggtatttatttatacagagcAAACCctgagaaaaacacaaaccttTTAACATAAATCTTAatgctgtgtgttattttatatccGTCTTATCCATCTCTTATCTGCTACAACAGAATGACCAAGACAGATGTCTTTGCTTTATGTATGCTGATGCATCAATTACCAATACTGCCTATAATAGCAATAAGCAACAATGCccttattatttacataaattatttacatcTGAATGCTGATCAGAGTAACAGTTTGTAATAAGcagtttgttaataaatatgcaCAGTAACTTTA

Function

symbol description
rab31 Orthologous to human RAB31 (RAB31, member RAS oncogene family).

NR:

description
ras-related protein Rab-31-like isoform X1

GO:

id name namespace
GO:0007264 small GTPase mediated signal transduction biological_process
GO:0015031 protein transport biological_process
GO:0005525 GTP binding molecular_function

KEGG:

id description
K07891 RAB22; Ras-related protein Rab-22

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU379170 False 2331 lncRNA 0.37 2 14386238 14466698
XM_026925359.2 True 4248 mRNA 0.39 7 14452193 14466753

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
sirt6 sirt6,LOC107667852 coding upstream 14045 14344594 ~ 14372193 (+)
rnf126 rnf126,LOC107569633,LOC107754583,LOC107596227,LOC107750906,LOC105909243 coding upstream 370867 14006357 ~ 14015371 (+)
twsg1a twsg1,tws1a,LOC106579643 coding upstream 382538 13988603 ~ 14003700 (+)
ankrd12 ankrd12,LOC108280287 coding upstream 401182 13949726 ~ 13985056 (+)
ndufv2 ndufv2,LOC107596229,LOC107754586,LOC107696125 coding upstream 438446 13932646 ~ 13947792 (+)
LOC113533212 LOC108280212,LOC108427118,LOC568754,LOC107558277,LOC107667866,LOC107729992,LOC107600185,LOC107750900,LOC107696035 coding downstream 14923 14481676 ~ 14487383 (+)
gna11b gna11b,LOC103033252,LOC108280682,LOC108427217,LOC105889474,LOC107600186,LOC107667855,LOC107696027,LOC107558284 coding downstream 83556 14550309 ~ 14594321 (+)
chico chico,aes,LOC108280588,LOC108427216,LOC107558286,LOC107667856,LOC106574496 coding downstream 136016 14602769 ~ 14628849 (+)
scn12aa scn12aa,LOC100304599,LOC108427209,LOC107655859,LOC107713684,LOC107558292 coding downstream 311469 14778222 ~ 14804806 (+)
LOC113533364 epb41l3,LOC108280699,LOC108427206 coding downstream 651740 15118493 ~ 15139852 (+)
G320149 NA non-coding upstream 70920 14315061 ~ 14315318 (+)
G320150 NA non-coding upstream 73352 14312252 ~ 14312886 (+)
G320099 NA non-coding upstream 142084 14243952 ~ 14244154 (+)
G320095 NA non-coding upstream 145035 14240982 ~ 14241203 (+)
G320070 NA non-coding upstream 179171 14206855 ~ 14207067 (+)
G320371 NA non-coding downstream 82470 14549223 ~ 14560613 (+)
G320386 NA non-coding downstream 147246 14613999 ~ 14671669 (+)
G320797 LOC108280451 non-coding downstream 757118 15223871 ~ 15226072 (+)
G320843 NA non-coding downstream 843851 15310604 ~ 15310809 (+)
G320848 NA non-coding downstream 873813 15340566 ~ 15341207 (+)
zmp:0000000521 zmp:0000000521,LOC108280721,LOC107696078,LOC108442439,LOC107596226,LOC105888700 other upstream 259226 14080249 ~ 14127012 (+)
LOC113533270 mtcl1 other upstream 488324 13837433 ~ 13897914 (+)
sema6ba si:ch211-168n16.1,LOC108280795,LOC108433102,LOC107713651,LOC107600229,LOC107757803,LOC107662975,LOC107698499,LOC105903857 other upstream 1231711 13021142 ~ 13154527 (+)
G319170 NA other upstream 1583219 12765055 ~ 12803019 (+)
G318439 NA other upstream 2916739 11467299 ~ 11469499 (+)
tle2c zgc:136336,LOC108280589,LOC108427215 other downstream 171028 14637781 ~ 14666508 (+)
ly97.3 LOC108280687 other downstream 360489 14827242 ~ 14828778 (+)
LOC113533366 NA other downstream 596968 15063721 ~ 15066371 (+)
LOC113533365 LOC108280254 other downstream 615485 15082238 ~ 15101461 (+)
fcer1gl LOC100304589 other downstream 782762 15249515 ~ 15253555 (+)

Expression


Co-expression Network