G333525


Basic Information

Item Value
gene id G333525
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047616.1
NCBI id CM018562.1
chromosome length 21037487
location 17285753 ~ 17301996 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU394977
TGCATGCTTATATACTTGTTTTATGCTATGTActtctatttctattttcttttcctgcgTAAAACACCTTGAGAGGCTTTTTAAAGGCGCTACTCCAAAATCACCTTTTGAGTGGCATTATAGtcttaaaaagtattatttttaaattgagatAACCTGCAGACACTCTGGGGTAGGGCTAaacaaataatatacagtaaatgggAATATTATTCTGGCATCACAGGGTTTAGTTGCTTTATTTAATCTAATTATATTTCCACAGAATTCTGgccaaatgaatacattaaaacAGAGGTCATGtgtcaatgtttatttttacctttaattttattacagGTATTGCATTCCTCAAGATGGACATATAGACACATTATAAACACATCAAATACCAAATACCACTCCATTTGTTCCCTTTAGTGCAGAACATTTATGAGAGATTACCactgtcattttattaattGAAGAAGCAGCTCATTTCTTGTCAGTTTATGAAGTAAAAAGGAATAAACAGGTTGTGATTAATGTCACTCAGTTTTAAGCCAGTGACATTCCATATGGAATACAAATTCAAATACAGTGCCTGTttatgtgtgttagtgcagtttCGATGGTGTCTCTTTCTTAATGGAGTGTATGTTCAGAAGTATTCGATGGGGTCCTGATGGGCTTTGGGTGTCTGTATTCCATGAAGTGTCAGTTTTTCTCCAGCGTGTGGCAGCGTCTTATAGATACGCAGGTGAACAAAGTCATCGCCACCCACATGGACCTGCAAAGcaaacatgaaaacacataGTTACCTCTATTAGTGGTCATTAAATACAAATTCTACATAAGGACTGTGTGAGTGAGTTTGTGTCCTACCTTGATGAAATAGTTCGTTCCAGCTACCACCTGTGACTTGTAGGATTTAGCAGTGAAGACGTCAAACTTTCTTCCTGCTTTTTCCTCCGCATGAGGCTTCATCTGCGATTTCAAAAACAGTCATTAGTAATCAGGACTTCATGACTCGACCTATGACTTATACACATAGCAGTTACTGATCACGCTTGTGCTGACTCCTGAATACCTtccactgactgactgactgacacacacacacacacacacacacacacacacacaaaaagtttACACAAGCTATCATCATTTAACCACTAGTTTTACTATGAatggaaccttttttttaaaataaaggaatCCCTTTAAATtgaagtttaattttaaaatttaagtcTTTAAGGGATGCAGAATcgatttttctgttttgtccttttttttc
>TU394986
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>TU394987
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>TU394988
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>TU394991
ACAGGGTTTAGTTGCTTTATTTAATCTAATGATATTTCCACAGAATTTGgccaaatgaatacattaaaacAGAGGTCATGTGtcaatgtttattttacctTTAATCTCATTACAGGTATTGCATTCTTCAAGATGGACACATTATAAACACATCAAATACCAAACACCACTCCATTTGTTCGATCAATTTTAAAAGGAATTGAGAGATTGTAAATGACTGATATTTATCACTGCCTTTTTATTAATTGAAGAAGCAGCTCATTTCTTGTCAGTTCAGGAATTAAGATGGAATAAACAGGTTGTGATTAATGTCACTCAGTTTTAAGCCAGTGACATTCCATATGGAATACAAATTCAAATACAGttcctgtttatgtgtgttagtgcagtttCGATCAATTTTAAAAGGAATTGAGAGATTGTAAATGACTGATATTTATCACTGCCTTTCTATTAATTGAAGAAGCAGCTCATTTCTTGTCAGTTCAGGAATTAAGATGGAATAAACAGGTTGTGATTAATGTCACTCAGTTTTAAGCCAGTGACATTCCATATGGAATACAAATTCAAATACAGttcctgtttatgtgtgttagtgcagtttCGATGGTGTCTCTTTCTTAATGGAGTGTATGTTCAGAAGTATTCGATGGGGTCCTGATGGGCTTTGGGTGTCTGTATTCCATGAAGTGCCAGTTTTTCTCCATCGTGTGGCAGCGTCTTATAGATACGCAGGTGAACATAGTCATTGCCACCCACATGGACCTGCAAAATACATTTGTCAGTGGCCATCAGGTAGAAGCTATTATTTGAAGTAAAAGGGCTTCAAGTCTATTCAATAGGAGACTGTGAGTGAGTTTGTGTCCTACCTTGATGAAATAGTTCGTTCCAGCTACCACCTGTGTCTTGTAGGATTTAGCAGTGAAGATTTGAAACTTTCTTCCTGCTTTTTGCTCTGCATGAGGCTTCATCTTTATCACAGATTTGCTGCACCTCAGCAGTGGCCTCTTCCACCTTGGCGAGCCCTCCACACAAAGCCATTATTACTGTAGCTGTCAGAAACATGAATTAGACAAAACAATTAGTTCAACTTAACTGTACTAAAACTCCAAAGTTA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04610 Complement and coagulation cascades
ko04972 Pancreatic secretion
ko04974 Protein digestion and absorption
ko05150 Staphylococcus aureus infection

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU394977 True 1282 lncRNA 0.36 2 17285753 17299701
TU394986 False 979 lncRNA 0.39 4 17290137 17301996
TU394987 False 1107 lncRNA 0.36 2 17285753 17291010
TU394988 False 1043 lncRNA 0.37 3 17287256 17295034
TU394991 False 1117 lncRNA 0.37 5 17287256 17301996

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
si:ch211-161h7.5 LOC108256129 coding downstream 4130 17277404 ~ 17281623 (-)
si:ch211-161h7.4 LOC108256371 coding downstream 9625 17266256 ~ 17276128 (-)
nktr nktr,LOC107670423 coding downstream 124546 17142461 ~ 17161207 (-)
ctdspla ctdspl,ctdspla,LOC107701658,LOC107584947 coding downstream 212111 17030860 ~ 17073642 (-)
vill vill coding downstream 256860 17015624 ~ 17028893 (-)
ccdc58 ccdc58,LOC107733097,LOC107701664 coding upstream 3159 17305155 ~ 17309921 (-)
kpna1 kpna1,LOC107591240,LOC107754951,LOC107733038 coding upstream 14524 17316520 ~ 17329657 (-)
qtrt2 qtrt2 coding upstream 62645 17364641 ~ 17378007 (-)
zdhhc23b zdhhc23 coding upstream 88659 17390655 ~ 17397944 (-)
gramd1c gramd1c coding upstream 98364 17400360 ~ 17415956 (-)
G333470 NA non-coding downstream 199549 17085883 ~ 17086204 (-)
G333454 NA non-coding downstream 248241 17037167 ~ 17037512 (-)
G333452 NA non-coding downstream 255056 17030465 ~ 17030697 (-)
G333417 NA non-coding downstream 277020 17007827 ~ 17008733 (-)
G333434 acaa1 non-coding downstream 330290 16953725 ~ 16955463 (-)
G333649 NA non-coding upstream 76300 17378296 ~ 17378572 (-)
G333650 ccdc191 non-coding upstream 78859 17380855 ~ 17381236 (-)
G333652 NA non-coding upstream 81746 17383742 ~ 17384023 (-)
G333653 ccdc191 non-coding upstream 83283 17385279 ~ 17385646 (-)
G333656 NA non-coding upstream 87458 17389454 ~ 17389741 (-)
vipr1b vipr1,vipr1b,LOC108256372,LOC107733233,LOC107754936 other downstream 46637 17185524 ~ 17239116 (-)
zbtb47b zbtb47,znf652,LOC108256615 other downstream 146068 17116098 ~ 17139685 (-)
myd88 myd88 other downstream 396329 16885151 ~ 16889424 (-)
oxsr1b oxsr1,oxsr1b other downstream 405869 16829790 ~ 16879884 (-)
cpa6 cpa6,LOC106579545 other downstream 972837 16281271 ~ 16312916 (-)
LOC113541127 LOC108256571 other upstream 605588 17907584 ~ 17908812 (-)
c22h11orf65 c23h11orf65 other upstream 607328 17909324 ~ 17916556 (-)
zmp:0000000991 NA other upstream 614088 17916084 ~ 17931814 (-)
mybl1 mybl1,LOC107663687,LOC107590196 other upstream 1135518 18437514 ~ 18520205 (-)
pkia pkia,LOC107666628,LOC107705234 other upstream 1703502 19005498 ~ 19015855 (-)

Expression


Co-expression Network