sec22c (sec22c)


Basic Information

Item Value
gene id sec22c
gene name sec22c
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047616.1
NCBI id CM018562.1
chromosome length 21037487
location 17163000 ~ 17171598 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026938204.2
AATTTGGGATGCGGCGAGCGTTTGTTCAAGTTTCTGTGACGTTTCCCTCAAAcgcagagagaaataaaaagctgtTGGTTGTCAAAGAGCAGAcatgttatactgtataacaataaataaaccgGATTAACTGAGCTGCTTCTGTCCTCAGCATTCTGCAACTAACCCACAGGGCAAAAGCGTGTTGTGCAGCTGTTCATTACTATCATGCAGAAGGAGTTGAGTAAATCACTAAGGATGAGTCTTgcggcaggtgtgtgtgaacgAGCATGTCACTGATCGTGTTTGTGCTGGTGGCGCGGCTCAGGGATGGACTCCCTCTGTCCGCCTCCACCGACTTCCAGCACAGCAGGGAGCTGCAGGAGAGGAAGCAGCAGATCCGCACCGTTTCAAAATCACTGAACTCGCTTCCTGAGAGAGGGATCATCATGGGCCAGGAGCTCCATATCTActtCTTCACGTCTGACGGCGTGGCctacctgagtgtgtgtgtgtgcagtgtgtctgCTGCCGTGGCCTTCAGCTTCCTGGAAGATCTTCGCTGGGAGTTCACGGCCAGCTTCGACAGCTCGGTGGTGGCCCAGGCGTGCCGGCCGTACCCGTTCCTGGACTTCGACGGCGTGATTCAGAAGCTGCAGCAGCACTATAACCAGAGCGGAGGTCCTGCTCTCGGAGTCACTCTGAGCACAGTGCAGGAGGAGCTCAGCCTCAGTCCTCCTCACGTCCTCACCATGGACGAGATACAGCTCAGTAACGGAGTCCTAAACGGCCACGCAGAGCAGACGGCCTCGTCAGGTCAGACTCAGAGGCTGGAGCCCGTGTCCGCTCCTGGAATCCTCTCGCTCATCCTCAACATCATGTGTGCTGCTCTCAATCTGATCCGGGGCGTCCACCTCATCGAATACACCTTCCAGGATGATTATGATGGATTATGGAATGTCGTGGCGTTTCTTGTGGCGTTTGTGTGCTGCGTTTGCCAGTGCCAGCTTTATTTATTCCACTCATCCCGGAAGAAGATCAAGTCCTTAACACTCCTCACCATGATCATCCTCTGCAACGGCTTCCTGTTTGGCCTGAGGAACGTGTGGCAGCTGGCCTTCCACGTGTCCGTGGCCTTCGTCTCCACCCTCCTCATCCTCAACCGCAAACTACTGGACAGGAGCTCAGACTGTGGGGtgtgagctcacacacacacacacacacacacacacacacacaccctggcgGAGTCTGCTGGTGCTGCGTCTGAAAACACACGAGGTAGGACACAATGTAGGACGTGACACGTGACTGTCTCAGGCTAGCAACAGCAAAATGATCCATTTTCAACAGAAGACCAAATTCCAGGACAAACAATTGGACAATTTCTgaatttttgtatatttgagTGTTTATAGCATAATACTGTTTCAtcagttgtatttttttaatcgcaCACAAATAGGTGGCTAATGAGcgggtttttttcttcacaaatcGCTATGCTTTTTTGTAGGACATATTCTGAATGTAATAAGGTTGAGAGATTAATACAGGAACTTTAGGGACAATCTTAAATAAATTGTAGGGtttgtgttaaatatgttaaatatgaaaaatatccccttgctaaaaaaaaaaaaaatgtttgatgtaattTTTTATCAGGTATTTAATCTACTTTTGTATCAGGAGATTtaagtcctttttttttggcaagttTCTGATTTATTGATTTGTGTTAAAAAGCTGAGTTGAGTAGCCCTGTCATCGCACAGTATCCCAATGACGTATTACACAGGACCTAGTTTCTTAGCATATTTgtcaaaaaataattatttgcaCTAATTAATTGTTTacaagtaaatttaaaaatataattttctaGGTGTAATGCTCAGAACTATGCTCATTTTGTAGCTGGCAGTATTAGCTGGTATGATTAACAGATGATGATGTACCATATTTTCTGGAGTTTACAGCAAGTTGTTTTTCCCCACCCTTCTCCTAAAGCAGGTTATACGCTAGAATCCTGGCATtagccttttattttattattttttttaaatgatagtCCTTGCTGCAGCCCCAAGAGTtgagggggtggagctggatctgATCCTACTCCTCCTAAGCCTAACCCTAATCCCCCTGAGCCAGATGAAATACTGGACTCTTTAAAAGCTACACTGGTTGTACATTAGTATGTACCAGACATTTTTATGTAACACAGTGACTACAGTGAAATtacatttatgtgttttatCCTCAATGAACTGAAATTACAGTCCAGAAAATATGGTACAATATTAATTCcagttttaatttttgttttttttcagtaacgGTTACATTGTGACATTGTGATGAATATTGACAGAGTTGTAACTAGCCGTGTGCCGACATAATGATGTTACATTAACCGAATGATTGAATAACGTTTTATTATCACAGTTTagcttttatgttttaaaacaaaaacagtcttACAGCAGTTGTTCAGCTAACATAACTAATCTTTTTACACAGTTAGCTGTTGTAGCATAGACCAAGCTGACAAACTCGGCTAGCTAAAtgaatctagctagctaattacatacacacactgtggtgTCTGCCAGGCCAAACACTTTTCAGTCACTTCATTTTAGTCTTAATTTATCAGAATTAATTTGAAACCAATAAGCCTACATTTCATGCATTAGCTTTGCAATTAATCTTTAATACCAAGTGTTGTGGTAACAGCTAGCATCTAATGCTACATGCTTCATTATTTCACATAGCATGTGTTTCTACATAGagttacattttgtagtgttcaACAGCAATTATTTATgatacattatatttaaaatgatttaacatCTTGTTATATGGCAGGCTTAGTAAACTCTAAATCGTCAAGGGCTCCATTTTTACTGACAAACTTTTTAAACAACTTTTAGCGTAAAGCTACAAATCCTGATCATGGCCTCACTCTGAGGTTAAGCTCATGAACAGACTGAGGCGACAGTGAGGATTTTTACAAATGCACATATCCTAACGCTCGaagtctgtaattcctaaactacTGTGTATATtggaataataaaacatatttttatatttttacatttgtaatgtTTAGAGATGACGTGTATAGTGTAGAAGTTTTAGCTGTGCTAATAGGTTTCAAGAAAATGCTTGTTGTAaatgttttgattgtttttttcccagattTGTAGACAACAAATGTAGAAAAATTCCTGTGGGTTTACATGATGTACAAAgtcagttatttattatttttaattaatgtacatTTTGAAGGAAAGTTTGTTGCAGAAAGAGCTGAGATTGTACTATTTATACCTGTGGTTATAACGTGCCTGTGTGTTCTTATGTCATATATTCGAATTTACAGAAaccaaacaaaatcaaacaaccaTACAAACAAAACACGCTCATAGCTGAGGATCATAGCGTCTGTCATTTATACAGTTCAATAGATCACACTGGGTTAAACATGGATTCACTCACTAGCTGGTGGTAGGTTCTGTGTTAGAGATGcaaaggttgtgagttcaaatcccatgaACTGAGCTACATAAAGACAAGGAAAAtttctgtaaaacattttaggaaaaaaatgtatggcAGAAGTATAGCGAGAGGTAATTCGAGGATTGTTCAGTAGGTGACATCTACAGGGTAACTACAGATCAGTATAAAATAGCAGAGGAAGAAAGTCCATGACCACAGAGGAACCGCAATGTACTGATCTGTATCTTTGAactcaaatcccagcactgacCGAAAGCCACAGCTGGACCTTAAGCAAAACcctctgaagatgaatgaaagagtaAAGGTCTTTTTGTGTATGCTTAAGGTTTCTTAGCTTCGTAAGAGTTATAGATGGTTTCTTGTAGAGAAACGCTGTGCTCTAGTGTTCTACATACAACCGTCAGGGACAACCAGAAACCCTGTAAAGCTTCCAAGTTTGACCTTTTTTCTCCTAAGCGTGTACTAATGTGGTGTAGTATCGCAGTAGACAGAAGCAACAAACAaatacttgtttttattttaatttttttaaactgctgtcATCTGTGAGATGCCGTTTAATCTGTTAGGATTTTTATAAATCATGTAATGGACAACCAGCATAAAAAGTGTTACCTGTTCTGCATAAAGGCCCAGCAGTGGCTCTTTGGGAATCCTGCTATTTAAACTCAtacaaaagtttgtgcactGAGTTTCCACTGATAGTGAGGAAGAAGCTCTAGTACATgcttataaacaaacacacacacacacacaaaaaaaagtaaattatgaAACTGTGGATCCAGTGAATTGGCCTGGTAATACACTCTGTTCTGTTACATCAAAAAAACACCATACAGTAGATCAGGTTTGTCCAGCAATATTAGGAATCACATACACAGTGCTCTGTTTTGAGTATTTAACCATGTGTGTAAGTTTAAGCATGTGATCTACAGTAAAGTCTTAGGCAATATGTTACTTTttctttatagaaaaaaaaatctgtaacatttgGTTTTGGTTAGTAAAGTAGGTTtcgaaatgtaattttttttttttactaacacaataatacaaaagtcataaaatgaacatttaagacaaaattaatataaaaaaagagattaCATGGTACTGTTCAGTACTGTACAATCTTTCAGTAATAATTCTGTTATgaaataagctccactcttttTCCATTATACAGCTTGTATGTTCGGCTCGGAGTGTGATTTCTACATCTTGGgtttttttctaaaagaaatGTGGTCCTTACACTCGTCCATGAACTATACTGACCAAACGAATGATAGTTTGTTTTAACTGCCATAACTGTAATGTAACATTTTCCTATTAGCTATGAACAGTCTTTACATACAGGAAAGATTTGTTTATGTGAGTGATTTTATCATGATTtgtgaattaaatttttaaaaatgtcaa
>XM_034298269.1
AATTTGGGATGCGGCGAGCGTTTGTTCAAGTTTCTGTGACGTTTCCCTCAAAcgcagagagaaataaaaagctgtTGGTTGTCAAAGAGCAGAcatgttatactgtataacaataaataaaccgGATTAACTGAGCTGCTTCTGTCCTCAGCATTCTGCAACTAACCCACAGGGCAAAAGCGTGTTGTGCAGCTGTTCATTACTATCATGCAGAAGGAGTTGAGTAAATCACTAAGGTAAGAGACGGATGAGTCTTgcggcaggtgtgtgtgaacgAGCATGTCACTGATCGTGTTTGTGCTGGTGGCGCGGCTCAGGGATGGACTCCCTCTGTCCGCCTCCACCGACTTCCAGCACAGCAGGGAGCTGCAGGAGAGGAAGCAGCAGATCCGCACCGTTTCAAAATCACTGAACTCGCTTCCTGAGAGAGGGATCATCATGGGCCAGGAGCTCCATATCTActtCTTCACGTCTGACGGCGTGGCctacctgagtgtgtgtgtgtgcagtgtgtctgCTGCCGTGGCCTTCAGCTTCCTGGAAGATCTTCGCTGGGAGTTCACGGCCAGCTTCGACAGCTCGGTGGTGGCCCAGGCGTGCCGGCCGTACCCGTTCCTGGACTTCGACGGCGTGATTCAGAAGCTGCAGCAGCACTATAACCAGAGCGGAGGTCCTGCTCTCGGAGTCACTCTGAGCACAGTGCAGGAGGAGCTCAGCCTCAGTCCTCCTCACGTCCTCACCATGGACGAGATACAGCTCAGTAACGGAGTCCTAAACGGCCACGCAGAGCAGACGGCCTCGTCAGGTCAGACTCAGAGGCTGGAGCCCGTGTCCGCTCCTGGAATCCTCTCGCTCATCCTCAACATCATGTGTGCTGCTCTCAATCTGATCCGGGGCGTCCACCTCATCGAATACACCTTCCAGGATGATTATGATGGATTATGGAATGTCGTGGCGTTTCTTGTGGCGTTTGTGTGCTGCGTTTGCCAGTGCCAGCTTTATTTATTCCACTCATCCCGGAAGAAGATCAAGTCCTTAACACTCCTCACCATGATCATCCTCTGCAACGGCTTCCTGTTTGGCCTGAGGAACGTGTGGCAGCTGGCCTTCCACGTGTCCGTGGCCTTCGTCTCCACCCTCCTCATCCTCAACCGCAAACTACTGGACAGGAGCTCAGACTGTGGGGtgtgagctcacacacacacacacacacacacacacacacacaccctggcgGAGTCTGCTGGTGCTGCGTCTGAAAACACACGAGGTAGGACACAATGTAGGACGTGACACGTGACTGTCTCAGGCTAGCAACAGCAAAATGATCCATTTTCAACAGAAGACCAAATTCCAGGACAAACAATTGGACAATTTCTgaatttttgtatatttgagTGTTTATAGCATAATACTGTTTCAtcagttgtatttttttaatcgcaCACAAATAGGTGGCTAATGAGcgggtttttttcttcacaaatcGCTATGCTTTTTTGTAGGACATATTCTGAATGTAATAAGGTTGAGAGATTAATACAGGAACTTTAGGGACAATCTTAAATAAATTGTAGGGtttgtgttaaatatgttaaatatgaaaaatatccccttgctaaaaaaaaaaaaaatgtttgatgtaattTTTTATCAGGTATTTAATCTACTTTTGTATCAGGAGATTtaagtcctttttttttggcaagttTCTGATTTATTGATTTGTGTTAAAAAGCTGAGTTGAGTAGCCCTGTCATCGCACAGTATCCCAATGACGTATTACACAGGACCTAGTTTCTTAGCATATTTgtcaaaaaataattatttgcaCTAATTAATTGTTTacaagtaaatttaaaaatataattttctaGGTGTAATGCTCAGAACTATGCTCATTTTGTAGCTGGCAGTATTAGCTGGTATGATTAACAGATGATGATGTACCATATTTTCTGGAGTTTACAGCAAGTTGTTTTTCCCCACCCTTCTCCTAAAGCAGGTTATACGCTAGAATCCTGGCATtagccttttattttattattttttttaaatgatagtCCTTGCTGCAGCCCCAAGAGTtgagggggtggagctggatctgATCCTACTCCTCCTAAGCCTAACCCTAATCCCCCTGAGCCAGATGAAATACTGGACTCTTTAAAAGCTACACTGGTTGTACATTAGTATGTACCAGACATTTTTATGTAACACAGTGACTACAGTGAAATtacatttatgtgttttatCCTCAATGAACTGAAATTACAGTCCAGAAAATATGGTACAATATTAATTCcagttttaatttttgttttttttcagtaacgGTTACATTGTGACATTGTGATGAATATTGACAGAGTTGTAACTAGCCGTGTGCCGACATAATGATGTTACATTAACCGAATGATTGAATAACGTTTTATTATCACAGTTTagcttttatgttttaaaacaaaaacagtcttACAGCAGTTGTTCAGCTAACATAACTAATCTTTTTACACAGTTAGCTGTTGTAGCATAGACCAAGCTGACAAACTCGGCTAGCTAAAtgaatctagctagctaattacatacacacactgtggtgTCTGCCAGGCCAAACACTTTTCAGTCACTTCATTTTAGTCTTAATTTATCAGAATTAATTTGAAACCAATAAGCCTACATTTCATGCATTAGCTTTGCAATTAATCTTTAATACCAAGTGTTGTGGTAACAGCTAGCATCTAATGCTACATGCTTCATTATTTCACATAGCATGTGTTTCTACATAGagttacattttgtagtgttcaACAGCAATTATTTATgatacattatatttaaaatgatttaacatCTTGTTATATGGCAGGCTTAGTAAACTCTAAATCGTCAAGGGCTCCATTTTTACTGACAAACTTTTTAAACAACTTTTAGCGTAAAGCTACAAATCCTGATCATGGCCTCACTCTGAGGTTAAGCTCATGAACAGACTGAGGCGACAGTGAGGATTTTTACAAATGCACATATCCTAACGCTCGaagtctgtaattcctaaactacTGTGTATATtggaataataaaacatatttttatatttttacatttgtaatgtTTAGAGATGACGTGTATAGTGTAGAAGTTTTAGCTGTGCTAATAGGTTTCAAGAAAATGCTTGTTGTAaatgttttgattgtttttttcccagattTGTAGACAACAAATGTAGAAAAATTCCTGTGGGTTTACATGATGTACAAAgtcagttatttattatttttaattaatgtacatTTTGAAGGAAAGTTTGTTGCAGAAAGAGCTGAGATTGTACTATTTATACCTGTGGTTATAACGTGCCTGTGTGTTCTTATGTCATATATTCGAATTTACAGAAaccaaacaaaatcaaacaaccaTACAAACAAAACACGCTCATAGCTGAGGATCATAGCGTCTGTCATTTATACAGTTCAATAGATCACACTGGGTTAAACATGGATTCACTCACTAGCTGGTGGTAGGTTCTGTGTTAGAGATGcaaaggttgtgagttcaaatcccatgaACTGAGCTACATAAAGACAAGGAAAAtttctgtaaaacattttaggaaaaaaatgtatggcAGAAGTATAGCGAGAGGTAATTCGAGGATTGTTCAGTAGGTGACATCTACAGGGTAACTACAGATCAGTATAAAATAGCAGAGGAAGAAAGTCCATGACCACAGAGGAACCGCAATGTACTGATCTGTATCTTTGAactcaaatcccagcactgacCGAAAGCCACAGCTGGACCTTAAGCAAAACcctctgaagatgaatgaaagagtaAAGGTCTTTTTGTGTATGCTTAAGGTTTCTTAGCTTCGTAAGAGTTATAGATGGTTTCTTGTAGAGAAACGCTGTGCTCTAGTGTTCTACATACAACCGTCAGGGACAACCAGAAACCCTGTAAAGCTTCCAAGTTTGACCTTTTTTCTCCTAAGCGTGTACTAATGTGGTGTAGTATCGCAGTAGACAGAAGCAACAAACAaatacttgtttttattttaatttttttaaactgctgtcATCTGTGAGATGCCGTTTAATCTGTTAGGATTTTTATAAATCATGTAATGGACAACCAGCATAAAAAGTGTTACCTGTTCTGCATAAAGGCCCAGCAGTGGCTCTTTGGGAATCCTGCTATTTAAACTCAtacaaaagtttgtgcactGAGTTTCCACTGATAGTGAGGAAGAAGCTCTAGTACATgcttataaacaaacacacacacacacacaaaaaaaagtaaattatgaAACTGTGGATCCAGTGAATTGGCCTGGTAATACACTCTGTTCTGTTACATCAAAAAAACACCATACAGTAGATCAGGTTTGTCCAGCAATATTAGGAATCACATACACAGTGCTCTGTTTTGAGTATTTAACCATGTGTGTAAGTTTAAGCATGTGATCTACAGTAAAGTCTTAGGCAATATGTTACTTTttctttatagaaaaaaaaatctgtaacatttgGTTTTGGTTAGTAAAGTAGGTTtcgaaatgtaattttttttttttactaacacaataatacaaaagtcataaaatgaacatttaagacaaaattaatataaaaaaagagattaCATGGTACTGTTCAGTACTGTACAATCTTTCAGTAATAATTCTGTTATgaaataagctccactcttttTCCATTATACAGCTTGTATGTTCGGCTCGGAGTGTGATTTCTACATCTTGGgtttttttctaaaagaaatGTGGTCCTTACACTCGTCCATGAACTATACTGACCAAACGAATGATAGTTTGTTTTAACTGCCATAACTGTAATGTAACATTTTCCTATTAGCTATGAACAGTCTTTACATACAGGAAAGATTTGTTTATGTGAGTGATTTTATCATGATTtgtgaattaaatttttaaaaatgtcaa

Function

symbol description
sec22c Predicted to act upstream of or within endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport. Predicted to be located in endoplasmic reticulum membrane. Predicted to be integral component of membrane. Orthologous to human SEC22C (SEC22 homolog C, vesicle trafficking protein).

NR:

description
PREDICTED: vesicle-trafficking protein SEC22c

GO:

id name namespace
GO:0006887 exocytosis biological_process
GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport biological_process
GO:0048280 vesicle fusion with Golgi apparatus biological_process
GO:0031201 SNARE complex cellular_component
GO:0005484 SNAP receptor activity molecular_function
GO:0000149 SNARE binding molecular_function

KEGG:

id description
K08520 SEC22A_C; SEC22 vesicle trafficking protein A/C

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026938204.2 False 4950 mRNA 0.39 7 17163000 17171598
XM_034298269.1 True 4960 mRNA 0.39 7 17163000 17171598

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
klhl40b klhl40,LOC108256616,LOC107701660,LOC107754945,LOC107585012,LOC107591253,LOC107733151 coding upstream 47224 17111768 ~ 17115776 (+)
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spag6 spag6,LOC107686700,LOC107741767,LOC107727238 coding upstream 77524 17074213 ~ 17085476 (+)
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LOC113541296 csta,LOC108256407,LOC107654238,LOC107701640,LOC108256406,LOC108256405,LOC107591268 coding downstream 113506 17285104 ~ 17286736 (+)
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LOC113541297 LOC108256406 coding downstream 124975 17296573 ~ 17299390 (+)
fam162a NA coding downstream 139123 17310721 ~ 17315700 (+)
si:ch211-161h7.8 LOC108256135 coding downstream 158236 17329834 ~ 17333509 (+)
G333244 map3k20,LOC108439325,LOC108256334,LOC102795565,LOC101475626 non-coding upstream 265145 16893006 ~ 16897855 (+)
LOC113541357 NA non-coding upstream 272839 16888906 ~ 16890161 (+)
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G333148 NA non-coding upstream 529217 16605148 ~ 16633783 (+)
G333157 NA non-coding upstream 542911 16595781 ~ 16620089 (+)
G333360 NA non-coding downstream 14531 17186129 ~ 17186675 (+)
G333548 NA non-coding downstream 191273 17362871 ~ 17363075 (+)
G333582 NA non-coding downstream 274587 17446185 ~ 17447043 (+)
G333787 NA non-coding downstream 496038 17667636 ~ 17667844 (+)
G333791 NA non-coding downstream 498818 17670416 ~ 17670625 (+)
hhatlb hhatl,hhatlb,LOC108256744,LOC107585011,LOC107701661 other upstream 52973 17100164 ~ 17110027 (+)
G332636 NA other upstream 1596337 15566175 ~ 15566663 (+)
stau2 stau2,LOC107691439 other upstream 1848032 15134353 ~ 15314968 (+)
si:ch73-173p19.2 LOC108256301 other upstream 1897105 15251635 ~ 15265895 (+)
G331476 NA other upstream 3904584 13257894 ~ 13258416 (+)
G333388 csta,LOC108256407,LOC107654238,LOC107701640,LOC108256406,LOC108256405,LOC107591268 other downstream 113484 17285082 ~ 17302004 (+)
rnf6 rnf6,LOC106590444 other downstream 364346 17535944 ~ 17542387 (+)
pan3 pan3,LOC107705213 other downstream 589933 17761531 ~ 17796521 (+)
G333943 LOC108256468 other downstream 815164 17986762 ~ 17993014 (+)
mtfr1 mtfr1 other downstream 1143756 18315354 ~ 18323295 (+)

Expression


Co-expression Network