si:dkey-118j18.2 (si:dkey-118j18.2,LOC108256605,LOC106578436)


Basic Information

Item Value
gene id si:dkey-118j18.2
gene name si:dkey-118j18.2,LOC108256605,LOC106578436
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047616.1
NCBI id CM018562.1
chromosome length 21037487
location 13737766 ~ 13749633 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_034297984.1
CTCTGGTATCGCCCATCCCTACTGAATTCGGCACTGAAACCCCCTAGAAAATGGCTGATCCCTAGTATGCACACTACATGCAGAAGATGGCGATTTGAGACGCGTCCTTGCGTCTCAGGTTTTTTGTTACGGAAGCTGAGTTAGCCATGCGCAAAGATTTATTAATGTAAGCGCataaaaaacaactaaaaaaaaaccccgaAGTGAGCGATAGTGTCTGGAAAACAGCACAGAACTAAGAAAAAAACGCGTTTAGGTTTTAATTTTTGACGGAGAATTGTGTTGTTTTTCGATAGTTTATTTACACGCGCTGTGTTTGGCCATTAAACACGAGCCACATTCCTCGCTTAgctggaaaataaacaaacgCAATGCTAGCGGCTAATGGACTGTAGATAACGAGCAACGCGGCGCGAGCCAGACTGAAGATTATGAAGATTGATTATGAAGACTGATTCAGACTGAGAAGGTTAAACTATGGAGCTCTACTGGTACATAGTTgtcataatatttattatgataAAGATCTTCTTCTACGTCTGCTGGTACCGCTCAAGACAGAGGCAGCTGGCCGCATATCTCAGTAATCCACGCAATGCCCAGATCGTTATTGTGGGAGGAAGAGCCTATCTGCACCAGATGTGCGAGAACCAAAACACGTCAATCTGGCCGAATTGGTACGGAGTTCAGGACGATGGCTCCGTAGGCGAACCGTCCGtttctcttcctccatcttCATCCCTCTCTCATCTGGATTTACCCCCTCCATACGAGGCTGTTTCTGGAGCGGACGACCTGAAGCCTCCTCCGTACAGCGAGTTTGCTCAGAATGACGACACGGACACGTCTCAGAGCATTGCAATCCCAGAAGGCAACAATTCGAGCATCAGCGATGACCCGCCTCCATACACCCCCACTGCCAATCAGCACACCAGCGTTCAGTGCCAAGCGGAGCCTGAGGGGGGATCCAGCTAGTCTCTTCCAATGTCAGTTCTCAGTTTTGTTCACAGCAAGGGCTGTATTTCTCCATGCAGTTGCTCAGCGTTTAGTTAGGGACTCATTCTTTTGTCAGTTTTACTCTTAATAAAGGTGCATGAGGTGGATTCTAGACATCGTAAAAGATTAGGGGAATTtggtggtttaaaaaaaaattaagaaaaagaaagtggcCTAATAATGTTCTAGAAATGTTTCTCTTCTAGAAGAAATGAGATGGtgagctgctttggtgttaatgggTGCTTTAAGCTCACTCATGCCTTATTTTGATTTCCTCTTATATAACCAGCATCATGATGATAACACACTTGTGTACCATGTTTTCTAGACAGTATGTCGCACCGGGTATAAGTATGAATTCTTTCCGCTTAGAGCAAACATTCATATATACGTTGCTTTGTTGTGTAAGTCACTGTAATGTATCCATCTTCTTATTTTACATATAGTATGTTCTGCTTCTAAAACAGCACTTAAGCACACCTAAAGCCTTGTTTTTGCTACTGAAAATGtcataacacattttcttttacttttaaactGAAACCTCCTTATTTACTCAATAAGGACCTTTTGTTGGTGTGAACACTGCTGCTCTGATAGTAATTTCTGCTAGCAACGATCTGTCCATCACCATTGGAAGTATCAAGGTAATAGTAGTGTGCCCTCCAATAACCGTACTGTAACAAGTGAAATAGAACGCCTACCGTAAAACAAACTCATCACTGTACAAGTTACACCATCTGCATCTGATGGTCTGGAAAATATggttacacacacagaaaaacacacacaccccactgcGTTGACCTTGTCCTATATGCATTTCAACTTTCTGAGATTTAATGACTGCTTTAatgcaggggtggacaaatgataaatatattaGCTAGCCCTCCTGGCAAGTGGAAGCTCCAGTGTGTTGCCCAGATTCATATTTAGGTTGCCCAGAAACCTAATTGACTAGGTTTAAAAATGGTAGGTAACATGATTTAATAACATATGGATAGTTAGTTATGCTCATTAATACAAAATAAGGGAAACGAAACAATTACATGACACAGGGAGTCCTTATCTTCATCTAATAaagttttaatgtattaaaagtCACCAGGTTGTTGTTGAACATTTTGGCTATGAACTAGCGTTCTCGTCTCAAATCACAGTATAAATATTACTTGACTGATTATTACTTGGCTGGCAGTGTTCCTACATACTCGCTTattcctgatttaaaaaaaaagctgtcttcTGTAATCTGCCtagttaaaaaaatcattctacCACCAGCCAGATTGCTGCTTGGCCGATGTGTCtagtgcagcaggtggaggGATTTGGAAGCATGTGCTATTTACAGCATCGCTGTGCGTTGTATCAGTGCATTACTTTTAAGCATACACATGAAATTAAAACTTCAGTAGTCAGTAAGAAGTatggtttatttttgctttctctggttgttgaacctgcTTGTTGGACTGCTGGGCAActatgactttaaaaaaaaaaagacctaaaTGCCTGGACATAAAATCTGTTAGTCCCAGGCACCTGGGCCCCTGGGCccctgatttgtccacccctgtagTGTGTCCACCTTGAATTAAGTGTACATAAGTGTGTAGATTGACCAGTGCCATGTTAGAATAAGATTTTTCAGATGTAGACGTGTTGAGAAACATTTGTTCTCGTCTCTATAAATGCCCAAAGGGAGAGGATTCTGTGCAGAGGTTTAACCTCATGTTTATGCATAACCTCGCTTTGTATGTGATGACAATTTCTAAAACTATCCCTAAGCACTTTTATGTCTTGTAATTGCCTtacttctgtctgtgtgtactgtaagtaggcatgtgccgataatAGGGTGTACAGTATAGCTCAATATTCAAGTTATCATGGACTCTTAAAGCTATCAGAACCATCCTCGCATTGCATTCATGAGGAATTAAGTTTCATTCAGAAGGCTGGGTCCTATCTGCTCCCTCCTTCATATCGTGAATGAgatgcattttgttttcagttaaaATGCTGCTATGCTTGTGAGAACAGGTCctgataaacattttattttcttaacttGATATCATGATGTTATCATAACCGTGATAAATGTTACTCACTTATCGTGATATGACAATGTAATATCGGCACACGCCTATTTGTAAGCGGCGAATATAATTAATGATCATCGGAGTCCACGTGGCAATGatgatgtgtgtaaatgcagAGAGTATGACTGCCGTACTCTTTGGCTTATCAGGTGACCgtaatgattttatgcatttacacCACACAGTAATGAACTCGCCTTCTTTATGATTTCtttcagtatgtgtgtttggTAGTAGACgttcatattaatgttaatgtgttttgaagAATGTATGACTGTGCAGTTGTCAAATGTATCAGGTTAACATTCACTTACTGGCCAATTTATTAGACACACCTACCTTATTGGTGGCTGATGCACCTGTACCAGTGCCACACAaactaccatgtcagtgtcactgctgaaCGGAGAATGAACcatcacccaaataatatctgtttGGTAATGATCATATGATAGTCCTTTTCCACTAATGGACAGGGTAGAGGGGGCTAAGATTTGTACAGAGCGACAGATGGGTTACAGTATTTATACACTTGTAAAGTGGCCAGTATGGTTGGTGAATCTGTTAAAATGGTCAATAAGTAGCTACCAtgtaataaactggcaactcaatGTAA
>XM_034297985.1
TCCTCTGGTATCGCCCATCCCTACTGAATTCGGCACTGAAACCCCCTAGAAAATGGCTGATCCCTAGTATGCACACTACATGCAGAAGATGGCGATTTGAGACGCGTCCTTGCGTCTCAGGTTTTTTGTTACGGAAGCTGAGTTAGCCATGCGCAAAGATTTATTAATGTAAGCGCataaaaaacaactaaaaaaaaaccccgaAGTGAGCGATAGTGTCTGGAAAACAGCACAGAACTAAGAAAAAAACGCGTTTAGGTTTTAATTTTTGACGGAGAATTGTGTTGTTTTTCGATAGTTTATTTACACGCGCTGTGTTTGGCCATTAAACACGAGCCACATTCCTCGCTTAgctggaaaataaacaaacgCAATGCTAGCGGCTAATGGACTGTAGATAACGAGCAACGCGGCGCGAGACTGAAGATTATGAAGATTGATTATGAAGACTGATTCAGACTGAGAAGGTTAAACTATGGAGCTCTACTGGTACATAGTTgtcataatatttattatgataAAGATCTTCTTCTACGTCTGCTGGTACCGCTCAAGACAGAGGCAGCTGGCCGCATATCTCAGTAATCCACGCAATGCCCAGATCGTTATTGTGGGAGGAAGAGCCTATCTGCACCAGATGTGCGAGAACCAAAACACGTCAATCTGGCCGAATTGGTACGGAGTTCAGGACGATGGCTCCGTAGGCGAACCGTCCGtttctcttcctccatcttCATCCCTCTCTCATCTGGATTTACCCCCTCCATACGAGGCTGTTTCTGGAGCGGACGACCTGAAGCCTCCTCCGTACAGCGAGTTTGCTCAGAATGACGACACGGACACGTCTCAGAGCATTGCAATCCCAGAAGGCAACAATTCGAGCATCAGCGATGACCCGCCTCCATACACCCCCACTGCCAATCAGCACACCAGCGTTCAGTGCCAAGCGGAGCCTGAGGGGGGATCCAGCTAGTCTCTTCCAATGTCAGTTCTCAGTTTTGTTCACAGCAAGGGCTGTATTTCTCCATGCAGTTGCTCAGCGTTTAGTTAGGGACTCATTCTTTTGTCAGTTTTACTCTTAATAAAGGTGCATGAGGTGGATTCTAGACATCGTAAAAGATTAGGGGAATTtggtggtttaaaaaaaaattaagaaaaagaaagtggcCTAATAATGTTCTAGAAATGTTTCTCTTCTAGAAGAAATGAGATGGtgagctgctttggtgttaatgggTGCTTTAAGCTCACTCATGCCTTATTTTGATTTCCTCTTATATAACCAGCATCATGATGATAACACACTTGTGTACCATGTTTTCTAGACAGTATGTCGCACCGGGTATAAGTATGAATTCTTTCCGCTTAGAGCAAACATTCATATATACGTTGCTTTGTTGTGTAAGTCACTGTAATGTATCCATCTTCTTATTTTACATATAGTATGTTCTGCTTCTAAAACAGCACTTAAGCACACCTAAAGCCTTGTTTTTGCTACTGAAAATGtcataacacattttcttttacttttaaactGAAACCTCCTTATTTACTCAATAAGGACCTTTTGTTGGTGTGAACACTGCTGCTCTGATAGTAATTTCTGCTAGCAACGATCTGTCCATCACCATTGGAAGTATCAAGGTAATAGTAGTGTGCCCTCCAATAACCGTACTGTAACAAGTGAAATAGAACGCCTACCGTAAAACAAACTCATCACTGTACAAGTTACACCATCTGCATCTGATGGTCTGGAAAATATggttacacacacagaaaaacacacacaccccactgcGTTGACCTTGTCCTATATGCATTTCAACTTTCTGAGATTTAATGACTGCTTTAatgcaggggtggacaaatgataaatatattaGCTAGCCCTCCTGGCAAGTGGAAGCTCCAGTGTGTTGCCCAGATTCATATTTAGGTTGCCCAGAAACCTAATTGACTAGGTTTAAAAATGGTAGGTAACATGATTTAATAACATATGGATAGTTAGTTATGCTCATTAATACAAAATAAGGGAAACGAAACAATTACATGACACAGGGAGTCCTTATCTTCATCTAATAaagttttaatgtattaaaagtCACCAGGTTGTTGTTGAACATTTTGGCTATGAACTAGCGTTCTCGTCTCAAATCACAGTATAAATATTACTTGACTGATTATTACTTGGCTGGCAGTGTTCCTACATACTCGCTTattcctgatttaaaaaaaaagctgtcttcTGTAATCTGCCtagttaaaaaaatcattctacCACCAGCCAGATTGCTGCTTGGCCGATGTGTCtagtgcagcaggtggaggGATTTGGAAGCATGTGCTATTTACAGCATCGCTGTGCGTTGTATCAGTGCATTACTTTTAAGCATACACATGAAATTAAAACTTCAGTAGTCAGTAAGAAGTatggtttatttttgctttctctggttgttgaacctgcTTGTTGGACTGCTGGGCAActatgactttaaaaaaaaaaagacctaaaTGCCTGGACATAAAATCTGTTAGTCCCAGGCACCTGGGCCCCTGGGCccctgatttgtccacccctgtagTGTGTCCACCTTGAATTAAGTGTACATAAGTGTGTAGATTGACCAGTGCCATGTTAGAATAAGATTTTTCAGATGTAGACGTGTTGAGAAACATTTGTTCTCGTCTCTATAAATGCCCAAAGGGAGAGGATTCTGTGCAGAGGTTTAACCTCATGTTTATGCATAACCTCGCTTTGTATGTGATGACAATTTCTAAAACTATCCCTAAGCACTTTTATGTCTTGTAATTGCCTtacttctgtctgtgtgtactgtaagtaggcatgtgccgataatAGGGTGTACAGTATAGCTCAATATTCAAGTTATCATGGACTCTTAAAGCTATCAGAACCATCCTCGCATTGCATTCATGAGGAATTAAGTTTCATTCAGAAGGCTGGGTCCTATCTGCTCCCTCCTTCATATCGTGAATGAgatgcattttgttttcagttaaaATGCTGCTATGCTTGTGAGAACAGGTCctgataaacattttattttcttaacttGATATCATGATGTTATCATAACCGTGATAAATGTTACTCACTTATCGTGATATGACAATGTAATATCGGCACACGCCTATTTGTAAGCGGCGAATATAATTAATGATCATCGGAGTCCACGTGGCAATGatgatgtgtgtaaatgcagAGAGTATGACTGCCGTACTCTTTGGCTTATCAGGTGACCgtaatgattttatgcatttacacCACACAGTAATGAACTCGCCTTCTTTATGATTTCtttcagtatgtgtgtttggTAGTAGACgttcatattaatgttaatgtgttttgaagAATGTATGACTGTGCAGTTGTCAAATGTATCAGGTTAACATTCACTTACTGGCCAATTTATTAGACACACCTACCTTATTGGTGGCTGATGCACCTGTACCAGTGCCACACAaactaccatgtcagtgtcactgctgaaCGGAGAATGAACcatcacccaaataatatctgtttGGTAATGATCATATGATAGTCCTTTTCCACTAATGGACAGGGTAGAGGGGGCTAAGATTTGTACAGAGCGACAGATGGGTTACAGTATTTATACACTTGTAAAGTGGCCAGTATGGTTGGTGAATCTGTTAAAATGGTCAATAAGTAGCTACCAtgtaataaactggcaactcaatGTAA
>XM_034297986.1
CTGTCTTCTTTTGGTAGCCaggtctgtctgtgtctgcccGTCTCTATGGCGAGGTTGTGATCACTGAGTCTGGACATGGTCAGGACTTTTCTTAGTTTGGGGTCGGACACCGTGCTCAGCCAGACTGAAGATTATGAAGATTGATTATGAAGACTGATTCAGACTGAGAAGGTTAAACTATGGAGCTCTACTGGTACATAGTTgtcataatatttattatgataAAGATCTTCTTCTACGTCTGCTGGTACCGCTCAAGACAGAGGCAGCTGGCCGCATATCTCAGTAATCCACGCAATGCCCAGATCGTTATTGTGGGAGGAAGAGCCTATCTGCACCAGATGTGCGAGAACCAAAACACGTCAATCTGGCCGAATTGGTACGGAGTTCAGGACGATGGCTCCGTAGGCGAACCGTCCGtttctcttcctccatcttCATCCCTCTCTCATCTGGATTTACCCCCTCCATACGAGGCTGTTTCTGGAGCGGACGACCTGAAGCCTCCTCCGTACAGCGAGTTTGCTCAGAATGACGACACGGACACGTCTCAGAGCATTGCAATCCCAGAAGGCAACAATTCGAGCATCAGCGATGACCCGCCTCCATACACCCCCACTGCCAATCAGCACACCAGCGTTCAGTGCCAAGCGGAGCCTGAGGGGGGATCCAGCTAGTCTCTTCCAATGTCAGTTCTCAGTTTTGTTCACAGCAAGGGCTGTATTTCTCCATGCAGTTGCTCAGCGTTTAGTTAGGGACTCATTCTTTTGTCAGTTTTACTCTTAATAAAGGTGCATGAGGTGGATTCTAGACATCGTAAAAGATTAGGGGAATTtggtggtttaaaaaaaaattaagaaaaagaaagtggcCTAATAATGTTCTAGAAATGTTTCTCTTCTAGAAGAAATGAGATGGtgagctgctttggtgttaatgggTGCTTTAAGCTCACTCATGCCTTATTTTGATTTCCTCTTATATAACCAGCATCATGATGATAACACACTTGTGTACCATGTTTTCTAGACAGTATGTCGCACCGGGTATAAGTATGAATTCTTTCCGCTTAGAGCAAACATTCATATATACGTTGCTTTGTTGTGTAAGTCACTGTAATGTATCCATCTTCTTATTTTACATATAGTATGTTCTGCTTCTAAAACAGCACTTAAGCACACCTAAAGCCTTGTTTTTGCTACTGAAAATGtcataacacattttcttttacttttaaactGAAACCTCCTTATTTACTCAATAAGGACCTTTTGTTGGTGTGAACACTGCTGCTCTGATAGTAATTTCTGCTAGCAACGATCTGTCCATCACCATTGGAAGTATCAAGGTAATAGTAGTGTGCCCTCCAATAACCGTACTGTAACAAGTGAAATAGAACGCCTACCGTAAAACAAACTCATCACTGTACAAGTTACACCATCTGCATCTGATGGTCTGGAAAATATggttacacacacagaaaaacacacacaccccactgcGTTGACCTTGTCCTATATGCATTTCAACTTTCTGAGATTTAATGACTGCTTTAatgcaggggtggacaaatgataaatatattaGCTAGCCCTCCTGGCAAGTGGAAGCTCCAGTGTGTTGCCCAGATTCATATTTAGGTTGCCCAGAAACCTAATTGACTAGGTTTAAAAATGGTAGGTAACATGATTTAATAACATATGGATAGTTAGTTATGCTCATTAATACAAAATAAGGGAAACGAAACAATTACATGACACAGGGAGTCCTTATCTTCATCTAATAaagttttaatgtattaaaagtCACCAGGTTGTTGTTGAACATTTTGGCTATGAACTAGCGTTCTCGTCTCAAATCACAGTATAAATATTACTTGACTGATTATTACTTGGCTGGCAGTGTTCCTACATACTCGCTTattcctgatttaaaaaaaaagctgtcttcTGTAATCTGCCtagttaaaaaaatcattctacCACCAGCCAGATTGCTGCTTGGCCGATGTGTCtagtgcagcaggtggaggGATTTGGAAGCATGTGCTATTTACAGCATCGCTGTGCGTTGTATCAGTGCATTACTTTTAAGCATACACATGAAATTAAAACTTCAGTAGTCAGTAAGAAGTatggtttatttttgctttctctggttgttgaacctgcTTGTTGGACTGCTGGGCAActatgactttaaaaaaaaaaa

Function

symbol description
si:dkey-118j18.2 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane.

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_034297984.1 True 3735 mRNA 0.41 5 13737766 13748070
XM_034297985.1 False 3733 mRNA 0.41 5 13737766 13748072
XM_034297986.1 False 2211 mRNA 0.41 5 13738992 13749633

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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zfx LOC108256485,LOC108439659 coding downstream 377669 13351341 ~ 13360097 (-)
pip4k2aa pip4k2a,pip4k2aa,LOC107686705,LOC107695407,LOC107741799,LOC107549201,LOC107595124,LOC107727230 coding downstream 418327 13287330 ~ 13319439 (-)
neto1l neto1 coding upstream 16226 13765859 ~ 13867147 (-)
fbxo15 fbxo15 coding upstream 204924 13954557 ~ 13968352 (-)
LOC113541290 socs6,LOC107689432,LOC107596044,LOC107727394 coding upstream 467505 14217138 ~ 14223311 (-)
dok6 dok6,LOC107657792,LOC107596042,LOC107741641,LOC107589921,LOC107689434,LOC107727392 coding upstream 563449 14313082 ~ 14373453 (-)
pi15a pi15a,LOC108256124,LOC107758808,LOC107589991,LOC107657806,LOC107689437,LOC107706855 coding upstream 670261 14419894 ~ 14429370 (-)
G331569 mtrr non-coding downstream 323955 13412902 ~ 13413811 (-)
G331568 NA non-coding downstream 330308 13406386 ~ 13407458 (-)
G331565 NA non-coding downstream 355331 13380609 ~ 13382435 (-)
G331560 c8g non-coding downstream 389909 13343614 ~ 13347857 (-)
G331546 NA non-coding downstream 458380 13278136 ~ 13279386 (-)
G332056 NA non-coding upstream 716761 14466394 ~ 14466613 (-)
G332169 NA non-coding upstream 764102 14513735 ~ 14522615 (-)
G332147 NA non-coding upstream 787619 14537252 ~ 14564704 (-)
G332164 NA non-coding upstream 794399 14544032 ~ 14634926 (-)
G332196 NA non-coding upstream 964584 14714217 ~ 14797198 (-)
LOC113541288 NA other downstream 1059828 12676545 ~ 12677938 (-)
cdv3 cdv3 other downstream 1741066 11944054 ~ 11996700 (-)
G330379 NA other downstream 2654615 11082268 ~ 11083151 (-)
ackr4b ackr4 other downstream 2806991 10923126 ~ 10930775 (-)
G330185 NA other downstream 3214503 10522732 ~ 10523263 (-)
LOC113541105 NA other upstream 8025 13757658 ~ 13762615 (-)
LOC113541102 msc other upstream 1183362 14932995 ~ 14937404 (-)
LOC113541115 kcnb2,si:dkey-192j17.1,LOC107657825,LOC107560266,LOC108426548,LOC107754205,LOC107589933 other upstream 1213204 14962837 ~ 15065810 (-)
sec61g NA other upstream 1865865 15615498 ~ 15618842 (-)
cpa6 cpa6,LOC106579545 other upstream 2531638 16281271 ~ 16312916 (-)

Expression


Co-expression Network