LOC113537484


Basic Information

Item Value
gene id LOC113537484
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047620.1
NCBI id CM018566.1
chromosome length 19313417
location 5345595 ~ 5365148 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04610 Complement and coagulation cascades
ko04972 Pancreatic secretion
ko04974 Protein digestion and absorption
ko05150 Staphylococcus aureus infection

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_003403765.2 True 5651 lncRNA 0.41 4 5357239 5365148
XR_003403766.1 False 476 lncRNA 0.44 3 5362918 5365148
XR_004577333.1 False 4502 lncRNA 0.40 5 5345595 5365148

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC113537465 atp1a1a.1,LOC108258575,LOC108429870,LOC107653678,LOC107717912,LOC107718011,LOC107698904,LOC107555257 coding downstream 77397 5253693 ~ 5268198 (-)
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urp2 LOC108258299 coding upstream 44463 5409611 ~ 5412773 (-)
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LOC113537576 NA non-coding upstream 50478 5415626 ~ 5429432 (-)
G370941 NA non-coding upstream 140964 5506112 ~ 5506317 (-)
G370942 NA non-coding upstream 142954 5508102 ~ 5508369 (-)
LOC117596170 NA non-coding upstream 145568 5510716 ~ 5518380 (-)
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G370658 NA other downstream 456214 4843329 ~ 4889381 (-)
LOC117596167 NA other downstream 2492384 2843212 ~ 2853211 (-)
LOC113535702 mx1 other downstream 2771124 2566757 ~ 2574471 (-)
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LOC113537294 NA other upstream 23756 5388904 ~ 5395012 (-)
LOC113537235 son,LOC107698912,LOC107709257,LOC107698212,LOC107571887,LOC107555269,LOC565999 other upstream 164844 5529992 ~ 5547032 (-)
LOC113537623 NA other upstream 576891 5942039 ~ 5952313 (-)
tpp2 tpp2,si:ch73-244f7.4,LOC107665822 other upstream 650578 6015726 ~ 6033393 (-)
LOC113537742 LOC108258591 other upstream 993491 6358639 ~ 6363203 (-)

Expression


Co-expression Network