G391576


Basic Information

Item Value
gene id G391576
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047622.1
NCBI id CM018568.1
chromosome length 15845479
location 5486476 ~ 5489315 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU464377
TACCTGTAGTTGATCCAGAACTTGATGGCGTTTCTGATGTGTCTGCTGTAGTCACGGATGTGTCAATAACACCTGTTGATGGTCCCATTGTAGTACCTGAAGTTGATCCAGAAAATGTGTGACTAACATCAGTTGAAGATTCCAGTGTTGTTCGTggagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgtaGATGTGACAGCTgcggattctgttgtttcactaagactagttgaggtcggcagtgtcgtttctgcagttgttccagaagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgatgtttctttaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcggttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggatgctgttgtttcactaagactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaagactagttgatgttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaagactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcggttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaagactagttgaggttaacagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaagactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaagactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcggttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaagactagtcgagattagcagtgtcgtttctgcagttgttccagaagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgatgtttctttaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcggttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggatgctgttgtttcactaagactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaacactAGTTGAGGtcagcagtgtcgtttctgcggTTGtgccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcgcTAACACTAGTTGAGGtcagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgaagttgaagatgtgacagctgtggatgctgttgtttcactaagactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaagactagttgaggttaacagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactAGTTGAGGtcagcagtgtcgtttctgcggTTGtgccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggatgctgttgtttcactaagactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttgatgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcggttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatatTGCAGATGTGACATCTGCAGTTGTTTCAGTGCTTGGTGATATTGTGGTTGTTTGTCCAAATGATATTTGTAGAATGCTA
>TU464378
TACCTGTAGTTGATCCAGAACTTGATGGCGTTTCTGATGTGTCTGCTGTAGTCACGGATGTGTCAATAACACCTGTTGATGGTCCCATTGTAGTACCTGAAGTTGATCCAGAAAATGTGTGACTAACATCAGTTGAAGATTCCAGTGTTGTTCGTggagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaacactAGTTGAGGtcagcagtgtcgtttctgcggTTGtgccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcgcTAACACTAGTTGAGGtcagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgaagttgaagatgtgacagctgtggatgctgttgtttcactaagactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaagactagttgaggttaacagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactAGTTGAGGtcagcagtgtcgtttctgcggTTGtgccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggatgctgttgtttcactaagactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttgatgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcggttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatatTGCAGATGTGACATCTGCAGTTGTTTCAGTGCTTGGTGATATTGTGGTTGTTTGTCCAAATGATATTTGTAGAATGCTA
>TU464379
TACCTGTAGTTGATCCAGAACTTGATGGCGTTTCTGATGTGTCTGCTGTAGTCACGGATGTGTCAATAACACCTGTTGATGGTCCCATTGTAGTACCTGAAGTTGATCCAGAAAATGTGTGACTAACATCAGTTGAAGATTCCAGTGTTGTTCGTggagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgtaGATGTGACAGCTgcggattctgttgtttcactaagactagttgaggtcggcagtgtcgtttctgcagttgttccagaagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgatgtttctttaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcggttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggatgctgttgtttcactaagactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcggttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatatTGCAGATGTGACATCTGCAGTTGTTTCAGTGCTTGGTGATATTGTGGTTGTTTGTCCAAATGATATTTGTAGAATGCTA
>TU464380
TACCTGTAGTTGATCCAGAACTTGATGGCGTTTCTGATGTGTCTGCTGTAGTCACGGATGTGTCAATAACACCTGTTGATGGTCCCATTGTAGTACCTGAAGTTGATCCAGAAAATGTGTGACTAACATCAGTTGAAGATTCCAGTGTTGTTCGTggagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgtaGATGTGACAGCTgcggattctgttgtttcactaagactagttgaggtcggcagtgtcgtttctgcagttgttccagaagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgatgtttctttaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcggttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaagactagttgaggttaacagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaagactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgttgtttcactaagactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcggttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaagactagtcgagattagcagtgtcgtttctgcagttgttccagaagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggattctgatgtttctttaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcggttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgtggatgctgttgtttcactaagactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttgatgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcggttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagttgaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatgttgaagatgtgacagctgcggattctgttgtttcactaacactagtagaggttagcagtgtcgtttctgcagttgttccagcagaagaacttggtgatatTGCAGATGTGACATCTGCAGTTGTTTCAGTGCTTGGTGATATTGTGGTTGTTTGTCCAAATGATATTTGTAGAATGCTA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU464377 True 2741 lncRNA 0.44 2 5486476 5489315
TU464378 False 1454 lncRNA 0.44 2 5486476 5489315
TU464379 False 1058 lncRNA 0.44 3 5486476 5489315
TU464380 False 1751 lncRNA 0.44 4 5486476 5489315

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
epdl1 LOC108260763 coding upstream 43751 5437417 ~ 5442725 (+)
alpk1 alpk1 coding upstream 49595 5428037 ~ 5436881 (+)
LOC113545754 LOC108260764 coding upstream 67386 5413890 ~ 5419090 (+)
LOC113545788 LOC108260872,LOC108440424,LOC102225496,LOC103145193,LOC103480658,LOC105936236,LOC107086908 coding upstream 116978 5367444 ~ 5369498 (+)
LOC113545783 elavl2 coding upstream 255037 5187559 ~ 5231439 (+)
LOC113544404 LOC108260837,LOC108436836 coding downstream 100585 5589900 ~ 5593569 (+)
si:cabz01076231.1 LOC108260839,LOC108436834,LOC107656773,LOC107574011,LOC107709299 coding downstream 117007 5606322 ~ 5611615 (+)
tmem154 NA coding downstream 269626 5758941 ~ 5773253 (+)
gatb gatb,LOC106602370 coding downstream 476169 5965484 ~ 5979895 (+)
sh3d19 NA coding downstream 519948 6009263 ~ 6026147 (+)
G391612 NA non-coding upstream 81724 5404521 ~ 5404752 (+)
G391574 NA non-coding upstream 109679 5372041 ~ 5376797 (+)
LOC117596387 NA non-coding upstream 300819 5176090 ~ 5185657 (+)
LOC117596386 NA non-coding upstream 329769 5096248 ~ 5156707 (+)
LOC117596306 NA non-coding upstream 412070 4864296 ~ 5074406 (+)
G391585 NA non-coding downstream 42523 5531838 ~ 5534270 (+)
G391580 NA non-coding downstream 45620 5534935 ~ 5536415 (+)
G391643 NA non-coding downstream 51849 5541164 ~ 5541456 (+)
G391586 NA non-coding downstream 52720 5542035 ~ 5542361 (+)
LOC117596392 NA non-coding downstream 159019 5648334 ~ 5649863 (+)
LOC113545745 ptprd other upstream 629502 4463898 ~ 4856974 (+)
LOC113545782 rasgrp2,LOC108261011,LOC108427446 other upstream 2085651 3359377 ~ 3400825 (+)
LOC113545784 clhc1 other upstream 3099609 2364554 ~ 2386867 (+)
rnf24 rnf24,LOC107689472,LOC107551705 other upstream 3735714 1715265 ~ 1750762 (+)
adra1d adra1d,LOC107689480,LOC107719776,LOC107711521 other upstream 3853704 1619297 ~ 1632772 (+)
LOC113544283 fbxw7,LOC107745860 other downstream 342229 5831544 ~ 5910592 (+)
lrba lrba other downstream 550099 6039414 ~ 6239078 (+)
LOC113544406 LOC108260665,LOC108260638 other downstream 1125544 6614859 ~ 6618682 (+)
LOC117596330 NA other downstream 1407678 6896993 ~ 6900940 (+)
G393467 slit1 other downstream 1938303 7427618 ~ 7430910 (+)

Expression


Co-expression Network