si:ch211-63p21.1 (LOC108260971,LOC108437862)


Basic Information

Item Value
gene id si:ch211-63p21.1
gene name LOC108260971,LOC108437862
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047622.1
NCBI id CM018568.1
chromosome length 15845479
location 7401369 ~ 7409804 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026942869.2
CGCGATTACGTTCCCTGTTTTGGGAATTTTATTTATGGCACGCGCGTTCTCGACGTGCTCTCTGGCTCTCTAACGCTGTCACCGACTACAATGTCAAACCTTTTAGGAGTATCGCGAGCTTCCGTTTTCACGCCAAGGGCAGAAGATCCGTcgtgatttgtttgttgatttatttttgaccCGAACTGACTTCACTTGAAGGGATATTTTGCGCTAAAGTGATGCTGTCTTCACAATAAACCAAGCTAAGGTCTATGTTAGAGCGACGAAGACAGAAATGGAGGTGACAAGGCGAAGAGACTCCAGTGGCCAGTTCTCTGACAACTCGGACCATGACTGTGAGGAAAGCAGCCTGAAGTGTAACGAATGTGGGAAAAACAGGGCAATAATGGCCAGATACTCAGAGGGCTATGGCACTGAGGAGGAGTGCGTCCAGTCCGATCCTCAGCGAGAGAGCGATGCAGATGCAGACGTAGAGGATGCAGACACCAGACTACAGGTCGTGGGCTCTCTCCAGCGAATCAGCTCTCGGAAACGAAGGCGTCAGCGAGTAACCCGGCAAGACACCACAGAGAGCGAGGATGATGGGGGACAGAGCCACAGGAACCACCGCTGGAGTCTGAGATTGAGTCCCCATCGCTCACCCAGTAGAACCATACTagagGAAAGTGTTTCTCAGGTCAGGCCGCTGGTGATTTGTCACTGTAATCCAGCAGATACCCCGGCTGCTTCAGACAACCACCCCGAAAAAGGAAAATGGTCGACGAACATAtggcctttctctctctctttacctcttttcttcttcctcattcTTCTCCCCCTCTTCATTTCCATCATAATTGTGTTCTTTTCATTCCTCTTCCCGCTTACTAATACCTGACCCCCTCTGCAACAGATACCTCAAGGAATCAGTTTTTTTGTTGATACGTATACTATGAGAAGCACAAAAATTGGCCTTGAAACGAAAGTGTAACGTCTGATACATGTTAGCTAGAGGATATTAGTTGCATTAATTATTTGAACCCTTACGTAAGagtttaaaatacattacatcactaatacattttttttgtcagaatgCTGTAATTCACTCCTTATTCCTTTCTGTTATCTTGACTgaagtgtcagtgtgtaatcaCCCACAATAATCCATCGTATTGCATTTATTaatggttatttaaaaaaaaaagcaaaaatcttAATTAGATCATTAATTTGCTATTTATTACGGCTTGTTATTAAGTGTCACCATGATTGTTTTGAGCTCAGATGTTATTTCCTACGCCACCAGTGcgtgtctgtgtatatgtgtacgTATAGATGCTCGAGTGTTTGAGAGCCAAAGCATCACAGTAACATGATGCGTGCATGGAAAGATTGAACACGGAAACGAATTACTATGCAATGTACAGACAAGTCTTTTAGGGTatgtttatgatagaaaatacactttttttttttttaattttcattttgtgaATGCATGGCTGAAGTAATATTAAGCAAACCTCAACGGATGCATCAAATCTGTGATAAGTGGCAGAGCTTATTACTTATTTCGATTAAGTTTCACATCAATGTTAGCATTAAAGATTTAAGTGCTAGTTATGTTTAAGTGAGAagtacatttaatgtcattttcttttcctctgtactgttttttttttaaatgcatcttAATAACAGCCCTGATGCGATTGCTCAGGCATTCCTGTTCAGTATTATGTTTAATGCTATTAAGTTTGTGCTTTTACAGCTCCACAAGCTCCATGACGTTTCTGTCTGTGTCACGGTCTCATGCTTTTCCTcttaagctttaaaatgaaaatgaggtGTATGTTTGTGAAAATTTTGGGTCCATttgaacataaataaaaatttggtTTGAAAGCA
>XM_026942870.2
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>XM_034301380.1
CCGTGCGCGATTACGTTCCCTGTTTTGGGAATTTTATTTATGGCACGCGCGTTCTCGACGTGCTCTCTGGCTCTCTAACGCTGTCACCGACTACAATGTCAAACCTTTTAGGAGTATCGCGAGCTTCCGTTTTCACGCCAAGGGCAGAAGATCCGTcgtgatttgtttgttgatttatttttgaccCGAACTGACTTCACTTGAAGGGATATTTTGCGCTAAAGTGATGCTGTCTTCACAATAAACCAAGCTAAGGTCTATGTTAGAGCGACGAAGACAGAAATGGAGGTGACAAGGCGAAGAGACTCCAGTGGCCAGTTCTCTGACAACTCGGACCATGACTGTGAGGAGGAGTGCGTCCAGTCCGATCCTCAGCGAGAGAGCGATGCAGATGCAGACGTAGAGGATGCAGACACCAGACTACAGGTCGTGGGCTCTCTCCAGCGAATCAGCTCTCGGAAACGAAGGCGTCAGCGAGTAACCCGGCAAGACACCACAGAGAGCGAGGATGATGGGGGACAGAGCCACAGGAACCACCGCTGGAGTCTGAGATTGAGTCCCCATCGCTCACCCAGTAGAACCATACTagagGAAAGTGTTTCTCAGGTCAGGCCGCTGGTGATTTGTCACTGTAATCCAGCAGATACCCCGGCTGCTTCAGACAACCACCCCGAAAAAGGAAAATGGTCGACGAACATAtggcctttctctctctctttacctcttttcttcttcctcattcTTCTCCCCCTCTTCATTTCCATCATAATTGTGTTCTTTTCATTCCTCTTCCCGCTTACTAATACCTGACCCCCTCTGCAACAGATACCTCAAGGAATCAGTTTTTTTGTTGATACGTATACTATGAGAAGCACAAAAATTGGCCTTGAAACGAAAGTGTAACGTCTGATACATGTTAGCTAGAGGATATTAGTTGCATTAATTATTTGAACCCTTACGTAAGagtttaaaatacattacatcactaatacattttttttgtcagaatgCTGTAATTCACTCCTTATTCCTTTCTGTTATCTTGACTgaagtgtcagtgtgtaatcaCCCACAATAATCCATCGTATTGCATTTATTaatggttatttaaaaaaaaaagcaaaaatcttAATTAGATCATTAATTTGCTATTTATTACGGCTTGTTATTAAGTGTCACCATGATTGTTTTGAGCTCAGATGTTATTTCCTACGCCACCAGTGcgtgtctgtgtatatgtgtacgTATAGATGCTCGAGTGTTTGAGAGCCAAAGCATCACAGTAACATGATGCGTGCATGGAAAGATTGAACACGGAAACGAATTACTATGCAATGTACAGACAAGTCTTTTAGGGTatgtttatgatagaaaatacactttttttttttttaattttcattttgtgaATGCATGGCTGAAGTAATATTAAGCAAACCTCAACGGATGCATCAAATCTGTGATAAGTGGCAGAGCTTATTACTTATTTCGATTAAGTTTCACATCAATGTTAGCATTAAAGATTTAAGTGCTAGTTATGTTTAAGTGAGAagtacatttaatgtcattttcttttcctctgtactgttttttttttaaatgcatcttAATAACAGCCCTGATGCGATTGCTCAGGCATTCCTGTTCAGTATTATGTTTAATGCTATTAAGTTTGTGCTTTTACAGCTCCACAAGCTCCATGACGTTTCTGTCTGTGTCACGGTCTCATGCTTTTCCTcttaagctttaaaatgaaaatgaggtGTATGTTTGTGAAAATTTTGGGTCCATttgaacataaataaaaatttggtTTGAAAGCA

Function

NR:

description
uncharacterized protein LOC110531548

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026942869.2 False 1896 mRNA 0.41 6 7401374 7409804
XM_026942870.2 True 1906 mRNA 0.41 6 7401372 7409804
XM_034301380.1 False 1823 mRNA 0.41 5 7401369 7409804

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113544270 LOC108260482 coding upstream 94839 7301639 ~ 7306530 (+)
LOC113544234 LOC108260940 coding upstream 359457 7034279 ~ 7041912 (+)
casq1b LOC108260939,LOC108442777,LOC106577953,LOC100194596,LOC107726186 coding upstream 368639 7000205 ~ 7032730 (+)
zgc:92594 LOC108260947 coding upstream 454646 6939707 ~ 6946723 (+)
sb:cb1081 NA coding upstream 463996 6926560 ~ 6937373 (+)
LOC113544382 LOC108260553 coding downstream 3392 7413196 ~ 7419635 (+)
LOC113544435 LOC108260879,LOC108437854,LOC105900835,LOC103357730 coding downstream 210296 7620100 ~ 7636047 (+)
LOC113544437 xpo5 coding downstream 549079 7958883 ~ 7978619 (+)
efemp1 efemp1,LOC108437849 coding downstream 607408 8017212 ~ 8051220 (+)
LOC113544397 mark1,LOC108260538,LOC108414040 coding downstream 657629 8067433 ~ 8125438 (+)
G393450 zgc:55733,LOC108260929,LOC107707310,LOC107657188 non-coding upstream 29868 7367880 ~ 7371501 (+)
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LOC113544421 NA non-coding upstream 249800 7133096 ~ 7151569 (+)
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LOC117596330 NA other upstream 500429 6896993 ~ 6900940 (+)
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LOC113544283 fbxw7,LOC107745860 other upstream 1490777 5831544 ~ 5910592 (+)
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agpat4 agpat4,LOC107739871,LOC107553196 other downstream 2691133 10100937 ~ 10116924 (+)

Expression


Co-expression Network