AMCG00000972


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00000972
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030137.1
NCBI id CM030137.1
chromosome length 27060302
location 11286495 ~ 11303124 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00000972
ATTGTGCGGATTCACACTTTCATGCACTGCCGGATTCAATCTGCTTTTCAGAGAAGACGCCAATGAGTTTGAGCTTGAATCGCCAGTCACCTTTTTAATACCTCGCCTCATTAAAACTGATATCAGGAACCAGtacTGGCTACCAATGATGCAGCAGACCTTGTGCATTTTCTAACTCTCTGCCTCCAAGCCttaagtatacatttatttccagaaACTGGACTTTTTAAGTAAAAATGATTCTCTTACGACGTTTGTTACGAAGGCGATTGTTTCCTTGGAAACTGGTCCTCGTTGCCCTAATTTTTATCACTTTCTTGTTTCTCATCCAACGTGAAGTTGTGAGCCATAGTCCAAAAGAGGAACCCTGGCTGAAGGACATTGTAGACAAGAGAGATGCTGTGCTGGGAATGATGATGGGGGCAGTCAATAATTTTAGGGACGCAATgccaaaaatgcaaattaaggcTCCTGTTCGGCAGCCAGGAAGTGGTGGTAGCCACCCCTGTCTGCCAGGATATTACACGGCAGCAGAAATGAAACCAGCCTTGGAAAGACCGCCTCAGGACCCCAATGCTCCTGGAGCCTCCGGGAAGCCTTTCCACATGGATAAACTAACCCCGGCAGAacagaaggagaaggagaaaggagAAGAGAAGCATTGCTTTAACCTGTTTGCCAGTGATCGCATTTCGTTGAGCAGAGACCTTGGACCAGACACAAGACCACCCGAgtGCATTGAACAAAACTTCAAGCGCTGCCCACCTCTTCTGACTACAAGTGTGATCATTGTGTTCCATAATGAAGCATGGAGCACACTGCTGAGAACTGTGTACAGTGTGCTGCACACTTCTCCTGCGATCTTTCTGAAAGAAATCATTCTGGTGGATGACGCAAGTGTTGACGAGGTGTTGAAGGATCAGTTggataattatttaaaacagctGCACATAGTCAAAGTAGTGcgtcaaaaagaaagaaagggactTATCACAGCACGGCTTTTGGGAGCTTCAGTAGCGACAGGAGACGTCCTCACTTTCCTTGATGCTCACTGTGAATGTTTTCAGGGCTGGCTGGAGCCCTTACTTGCCAGAATAGCAGAGAACTATACAGCGGTTGTGAGTCCGGACATCACAACGATTGACCTCAACTCCTTTGAGTTCATGAAACCTTCTCCTTATGGACAAAATCACAACCGAGGCAACTTTGACTGGGGTTTATCGTTCGGATGGGAAAGTATTCCTGATCACGAGAAACATAGAAGAAAAGATGAAACCTACTCGATCAGAACTCCAACATTTGCTGGGGGACTCTTTTCAATCTCAAAGgactatttttattatattggaAGTTATGATGAAGAAATGGAAATATGGGGAggagaaaatattgaaatgtcttTCCGGGTGTGGCAGTGTGGTGGGCAGTTGGAGATTATCCCTTGCTCTGTGGTGGGTCATGTTTTCCGCACTAAAAGCCCACATACGTTCCCTAAGGGCACCCAGGTTATTGCGCGCAATCAAGTCCGCCTAGCTGAAGTCTGGATGGATGATTATAAGGAAATATTTTACAGAAGAAACCAGCAAGCTTCACAGATGGCAAAAGAAGTGAAGAATGTAGGTAAAGACCTGTGTCTCGATGCTGGGGAGAACAATGAGGGAGGTAAACAACTGATCATGTATCCATGCCATGGACTTGGAGGGAACCagTATTTTGAATATTCTACCCATCATGAGATACGGCACAACATTCAAAAGGAGCTGTGCTTGCACGGGACAGAGGGAGACGTACGACTGGATGACTGTCAGTATAAAGGTCACAATACCGTTGTTGGAAGAGAACAGAAGTGGGAGTTAACGGAGgACAAGCTTTTTTTTAACCCGGGATCAAAAATGTGTCTGTCGGCACGCGCTGAGCACCCAGGCCTGGCCCCATGCAATTCTGCAGACCGGTTCCAGCTCTGGGTTTTCACCTGATCTCCATGACTCTTTTtaagaaatgaagaaacagcTGATATTTTCATCAACTGCTGTGGAAAAAGTGGAAGTACTACAACTTTTTAacatcttttatattttaatttgtatgcagTAAGAACGCTGCTGGAAACTGATTGATCTACTTTGTgggaaacaacaacacaattgcACTTGTGGAAAGGAAAGTGATTTCTTACACAACCTTTTGTCATTTACAGAGCtacaggaagaaaacaaaagcttatTTTAGCTGAAATATACAAGTCATTACTTTAAAGGTCAAAGAGTACCAAAGAACTTTGCAAAGTGGTCAATATTTAAgaagtttcttttaattatagaATGTATgggatgattgtttttaatggttatttaatttgtttaacaaCTGCGagaatgtaataatttatttgtaacatttcacaGCACCCAACGTCGTGTGTGTGCAGTAGGTTCCTTTCTATATTTAATGCAGCGTTTTTCCAGAGATTAAAAGATTGTACCAAGAGACCGTctcaaaaatgcattataaaaaaaaaatatatatatatatagactgaAGTAGGTGTGTAACTCTTAAGGTGTAATTTCTTGAGGTAATCAAGCTAGAAGTTTGTAATGTTTCATGGTGGAACAATATCCGAGTTAAGCTGAAAAAACTGTCCAAGTTAACGGTATTATTTGCTTGATGGACTGAGATTTGAATTCATAATAATGTTTTCAAGCAGTACTGATTCATTCAGGAAACCTATTTTAAACTCTAAGTTACAATGAAACCCAATTTCTCCTGATAATCCACAGTTTTTCAGATCCAGTGAGACTTTTGTGAATTGAGGCAGTCTCTTCTCTTTGCACTGTTACACTATGGAAACCGATGTGTTGTGGTACTATCATTAAAGCACCAAGCTTTAAGAGACAGgcaatttttattaaaatagtgTTGTAATTGTATGTAGATGTAGATGACTTATTAAACCTAGGTTACTTTATGATGACTTTAATAGAGAGGGCTGTAATCAATTTCTGCTAGGTTCCTTTCAGGTTGTGAtgtgctgtattaaaaaaaaataactgtgatAATGGATAATCATAATAGTCCTTAAGTGCCTCATCCATGCACCGCGTATTAAACCAATTCAGAACATTACACTCCAATGTTTAAGATTGAAAAAAatcttatgtatttttcaaatccCCTTTTATAAAAGGTATGCAAGGAACTCCAAACAGAATAAACTGCAGCGATCATTTCTGTGTGCCCTACTGTGGAATGAGACGTGTTTCACGTGCTCAACTGTTTGGCAAGTGAGACAACGGGTGTTTGCATCTGAAATGGAAGAcatggtttcattttctttatctgaGGAGTTCTgttgtttaaattgaataatagtttttctaatttgtttttctggagGGGTCTTCAACAGTTAGAACAGAATAAATTTGACATCTGTGGGACTAGGGTAGGCTTGAGGATTTCTTCAGTAAAATGTCTTTGAGATCAAATAGATCAAAGGACattatcaaaaaaatatatactggattctTGCATTTGTTTGCCTGGGTAAGAATTAATTGTTATGTGGGGAGGTTGTTGGCATACTTGAAGTACTTCCTTTATAGTGTCTTCAAGGAAAcaagttttgaaaatatttcttcTGATAGTAAGTAATAATCTAAAACCAGaccaaaatgtgtgtgtgagtcatgcatttatttttttatgctggTGGTTAAGGTTTCCTTTGTGGATAGGTGGGTGGgagggaaatatttttttattgcaataaaagcaaaaagcagACTCCGTTACATTAATTCACCTGTAGGTGGCAAGCTGTTCCCAAATGCAGGGTCTGTGTTACAATAGCCAAAAGAGGGCACTGTAAACCTGCTGAAAGAGCTCTTCTAAGTGCTTCTTGGTCAAGTATTTTAGCTTAAAACAGAGAGTAAAAATAGAACATTGAACTGATGCAAATTTAAGtagcaaatgtgtattttttttaaatgtattttattgcctGTGTTCAGAATCATACTTATTTCAATGATACCCCTTTAGAAATTTGGACTGACtactttatttcctttttttgtttttactgaattataatttattttaaaatgcaggactAAGTGCTTCCTTTGCACCAgcatatgtttgtgtttctcttctagGTCTAATGGCATTGGTGTGGATATTAAGTTTATAGGTTTCTCTACATTAGCCTTGCCTGCAGCATGCAATCTGGTACAATACTAAATTTTGTCTTCCCTGcagcctgtttttattttattttttcttatggGGGGGGTTGAggtattttctgtcatttaacACATGACAATTTTGAGTATTTTGATGTTCTTATCTTACTGTAGGAATACATAACATTGTAAAATCTAAAGAAACAATTAAGGGCTAGTGCTGTCTCCTTAGCTTACAACGGTGATATGCATAAGTGATCATGTACATATTTAATCCAATATCCTgctttttttgtaacatttgttttctcaatGTGTACATGCACTGTGCTGAATGAATAATACGACTGGTGAAAGTAAAACAGATAATTAAATGCCAACAAATGATTAGTtccatgtacattttatttttttccccaaagtcTGATCTTggtggaaaaacaataaaagtcaACATAATTGCATTTTGGCTCATTTttcaattgtaattaaaaaccgAAAGACAATGTTATACATCTACATAAAAGCAATAGCTttctgtgcaaaaacaaaacaaaacggaaCTAAAAACTCACTTTTCAGGTTCATGGACTTCAAAGATTTGATAAATCCATTTGAAAGCTGAATTGGACAATAACAGGCTCATAcagtgtaaaagaaaaatacagtctAGTACAATTTACATCAATcatgaaacaaaagacaatttaagactaaaaaatgtttttttttctccaatacAGACTGTTGTAATAaaccacaataaatacatatttttataatatcattcataataaatactgaaaatgataaatacaGCAGAGTATCACTAATTTGGATCAGTGTAGCGTGCCTTTGTTTGATGCATTGCCACACTATTTTTCATAGAATCTGTATGCCTGGCAATCATATGTACAGGGTGTTTTCTTGTCTTTATACACTTGTGAAAAATATATCCTGTACAGCTCTGTACCACATAGTTAACAATTTATGAATTGTAGGGTAAATAGGATAGGATAAAAGCCAGCAAAACTTTGAATCATGCATGGTATCCCTTGAGTAAGTACGATAACCCTGTGTAAATTTATTACTGACCTTTTAAATGATGTTTAAACATGTTATCAACTGGATCCAAATAAGGCAAATTACATAATCTGGAAATGTATCAGTAACACTTACAAAATTGTGAAATTAGGTTAATatgataaaacatgttttgtaagaATGGAGTATTGCTAACATATTTATTCCACGTTTcgattttataattatttggaAGCCTATAAAGATTGTCTAAactctgcatttttgttttcaaatggtaATTGTCAAGACAATAGCAacaaaatactataataatttAACTTCTCATTATAAATCTCCAAATATTGATGTTTTTGGGaattgattattaaaatgtgtaattcatTGGCTAAGCCATCACTTGATGTTTGATCTTTCAGTTAATTTAGTTTATCCCCTCCAAAATAATGCAACATTGTATTGGGAACAGTAGGGTACTATTTGAATACACTTGATGTGAAAATTACAACAGAAGGATAACTTCTAAGTCAAAGCCACTGTAAACTTCATATGTCTATAAAGCTTTGTTGAtttcattcttactttacagacACTATTGCACATAAgtacaagaaaatgaaaaatagctATTATCACTTCGTATAAACCTTTAagtcaatttacattaaatgtttgcTGTCACAGAAGAATTAAATTGATACCATCAAAAATATCTTGATTTACAGCACTTTGCATCCATCCAGAAATGTAATCTATAATCCACTCTTCTACAATTCGATTACTAGCCAATGGGTTAAATCATTATTCGttacattttccagttttcagGATTATAGTCCTAGTACATGCCACTGTAAAAAATTCACTCTGGAGTATTTTTGGTGAGAGTGAGcacagcaatacaaagtgaattTCACAGCTATTCATAAAATTGTATTGAGTGGGAAAGATGTACAGACATTATTAGGTAAAGATACAGAAATACTAGTCTCCGAATTTGACCTTCCCCTAAATTATCCATTCACATTAAATCTAGaatataaattacttttcttaAAGTACTCTGTTTTAGCAGATGGATAAACTCAATGTGGCtagacaatgtttttttctgataaatGTACTTTCAGACTGCAGTGTCAGAATCATGAGGTCAAATAATATCgaggaatacatttgcaaattggAGACCTATGCAAAGGAATATGGTGGTTTGCCCTTTTGAGCATTCCTTAAGAATTGGGAAGTAAATTGTCTATAATGGGTTGTAATGGGCACTATATCAAAGTTCAGTGCACCTACATTCCTTAGCTTACTAATGATTATTACAACACATTTAGTTTTCTGTTTCCCTCAGACCCAGTTTAAAGGGATCAAAGAGGCACCGTTCCTGTCAGGGATAATCTGAACAATTAACCATTTTTGGAAGTTTATAGAAGCAGACAATATACTGGTATTTTAGAATGAACTGTGCATTAAGTTAACTGAGCACTATGTAAAAAGCTTAAGTGTAAACATGTAAAAGATTGTAACTTAACATATGTTGCAATGGCACAGTGGTTAAATTGAGAAAGCACAATAAAAAGATTGGAGAAGAACCAAAATCTGCTGTTGGAAAAGTAAAGATTAATCAGCAAGTGTGTTTCTGAAAGTGCTAATCTTCATATAGACTTAGAAACAAACTTTAAGCATCCAAATGGTCAAAATTCACTTTTGGTTTTCATCTCACAAGATGACATTTAGtctgtgtgaaaataaatggtCAAACATCTCGTATTCAATTGATCTGGACAAAGTATATAATACACCCAGGTATGACAGTAGCAAGTGCAGGAACAATACTGAATAGTAAATCTGGAATATTTACTAGTCAAAATGTACTGACCACTCATTTAACAGAATATTTCAAGTATCTGTGACTGCGCTTTCTCAGTATGGATCCTAAAAAAGTGCATATGCAGTCTTTGTATGGAAATATGGATGTCGCAGATCAAAAATGCCTTTGGTCTTCTaaccaaaagcaaaaaatataaaattaaaaattactttttagAGCCTGCTGCATGCTTTCATAAATTGTAAAAAGCACAAACTAATTATAAACAGATATGTGGTagcagataaaacaatatttatacagTATACTGATCTGGGATTTCTGTGAATCCACTTTTTCTGTCCATCAGTTTATCATGAATTTCCAATGTCATCTGCTCAAAAATACCATGCTATTCATTATCAAAACATTTAAGTTTTACATACACTTCATAActccataaataaattaaaacattaaacttttttttccacaattgACACATGGACATATAAAAGTTCTATCCACAAGATCTGCTGAAAACTAGAACCTTTAAAAGGATACTTACAATATACTTACATAGCACAGGCCTAAGCTGACAGTTTTTAAGTCTTTTCTTGTTTCACTTTGcgtttaaaattaattacatttgacagGTAGGATGTTTTCAAAAAGTTACATAAAGTATTCAGAACCTGGACTCTTATTAAAACAGGCAAGGTCTAAAAATGAAAATTTCATGTGCAATCAAGTCATGTaggtagaaaaaaaacaacataactgAAGCATTAGCCACAATTTTATACTTCCTCTtaaataacatatattttacCGATTAATTACATCTGAAAGTTCTTTATTGGACCAaggctgattaaaaaaaaaaaaaagaaatcgaAATAGGCTCCTCACACTAAACTGGTGTGACCTTGGGGATGCTCTCCAATGCAGGGGGAATCTTTTTATTGTCTGGCAGATTGGGGACTTCAGAGAGTCCACTCGAAACCTCCTTTGGCTGCTCAGCCGTGAAACAATTCCCGTTAGTGACGTAACGGTCTTGAGAATTATTGTTCAAGTAGTTGTGAAACTCCATCTGAGAGTGACCTGGCGTCTGTTCACAGTATATCCCATTTGACTGAACGTTATTTTCCTGGTCTGCAGTACAACAGACAATTACAGAAGATGCTCCATTTGAAACAGCGAAATGGTGATTGGTATACCTCTCTTCGGCCTGCCTGGAATAGTCTGTGTACTGCTCCGAGGCCATGCTGTAAGGCACCAATGACATCGCCCCGTTATTACTGGTAACCCTGTCTTGGTAAGGTGAAGCTTCATTGTACGCTTCATTGGACTGATTGGCTGCTAAATTTCCTGCAGAGGTGTTGGAGTTTTCTATCTGATAGTAGTCCGCGGACGAATTCGCGTAATAGGAATTGGAGTTGTTGTGATTTTCATGGACCACGGTACCATCGGAATAACACAACACGGATGAAAGAGAGACGACTTCGGTGCGTGACACATTCGGTGTTGCCCTGCCGTCCTCGAAATCCTCCAGTTTGTCCTCCTCGTCGTCCTCATCATCCGATTCGCTCGCTGCCAAGCTCTGGGTGCTGGAGTCCGTGAGACCACTGCACAGGCTACTGCCATCGTCTTCGTCTTCCTCGTCTTCCTCGTTGTCCTCCTCgtcgtcttcctcctcctcctcctcctc

Function

GO: NA

KEGG:

id description
K00710 GALNT; polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00000972 True 8764 mRNA 0.37 10 11286495 11303124

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00000973 NA coding upstream 2814 11259400 ~ 11283681 (+)
AMCG00000976 NA coding upstream 33272 11242598 ~ 11253223 (+)
AMCG00000974 scn1lab,LOC107706643,LOC107581364,LOC107705566,LOC107677574 coding upstream 44112 11213271 ~ 11242383 (+)
AMCG00000975 NA coding upstream 73456 11211761 ~ 11213039 (+)
AMCG00000966 gran,gca,LOC108242177,LOC106575298 coding upstream 526998 10753086 ~ 10759497 (+)
AMCG00000986 NA coding downstream 75859 11378983 ~ 11393332 (+)
AMCG00000980 NA coding downstream 93763 11396887 ~ 11410209 (+)
AMCG00000989 b3galt1,LOC106586201,LOC106581793,LOC106575305 coding downstream 205624 11508748 ~ 11509983 (+)
AMCG00000981 cers6 coding downstream 255617 11558741 ~ 11597550 (+)
AMCG00000982 NA coding downstream 297144 11600268 ~ 11611654 (+)
G127509 NA non-coding upstream 841558 10442993 ~ 10444937 (+)
G127278 NA non-coding upstream 1908906 9363107 ~ 9377589 (+)
G127206 NA non-coding upstream 2203614 9081327 ~ 9082881 (+)
G127144 NA non-coding upstream 2646672 8638596 ~ 8639823 (+)
G127096 NA non-coding upstream 2991622 8294518 ~ 8294873 (+)
G127774 atp5b,LOC107682211,LOC103355037,LOC102782720,LOC100705231,LOC102302090 non-coding downstream 368644 11671768 ~ 11742750 (+)
G127924 NA non-coding downstream 791017 12094141 ~ 12096863 (+)
G128074 LOC103479331,LOC106632289,LOC101486364 non-coding downstream 1236957 12540081 ~ 12540318 (+)
G128101 NA non-coding downstream 1302915 12606039 ~ 12655172 (+)
G128107 ola1,LOC107660044 non-coding downstream 1335861 12638985 ~ 12676174 (+)
AMCG00000949 NA other upstream 1132308 10100283 ~ 10154187 (+)
G127134 NA other upstream 2666300 8617199 ~ 8620195 (+)
AMCG00000848 NA other upstream 5820514 5461301 ~ 5465981 (+)
AMCG00000734 NA other upstream 9472338 1805407 ~ 1814157 (+)
AMCG00000729 satb2,LOC107690605,LOC107569722 other upstream 9587922 1668845 ~ 1698573 (+)
AMCG00001002 myo3b other downstream 696540 11999664 ~ 12011425 (+)
AMCG00001022 NA other downstream 985826 12288950 ~ 12385042 (+)
AMCG00001098 NA other downstream 3847151 15150275 ~ 15184392 (+)
G128823 NA other downstream 4105988 15409112 ~ 15420880 (+)
AMCG00001114 NA other downstream 4157408 15460532 ~ 15463853 (+)

Expression


Co-expression Network