G128624


Basic Information

Item Value
gene id G128624
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030137.1
NCBI id CM030137.1
chromosome length 27060302
location 14589025 ~ 14602330 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU161249
TTTTGAGGTGCAGAAACCATGCtttatttcaaatcaataatgtaataaatctCAAGGAGGttcaaaataaagttaatcctacataattaaatttaaataaataaaagtgcaggGCATAccattaatgcatttcatttgtctTAACACAGCAGATTTTGTTTACTGTGGTACATTCACTTTATGGTTGCCCTGAATAATGAGGTGAAATCCTAATCctagcacacaaacacaccaacaaTGCACCCTTGTGAACCTCCAAGAGGTGGCACTGCTTCTGCAAGGAAGTACTTGAATGGTTTTCTTGAGGGTATGGCCAGGTGATGGTACTTTTTAAAACCAAGCCAAGCAGTCCCGTGCCAGAAACAGTGCACATAAAATTAACTTAGTGTACAAAGTGCAGGCCGCTTGCACTTTGCACATTAAttcaataatgtttaatttgtcatttaaacaGTAGTATGACATAGTCAGTCTGAATACAAGGCCTTTGGATGCTACCTGCATGAGGGTAAATGTAAATAGCACCTAAGGTCTTATATTCATGTTGTTTCATATGTTAAGTTATTGTGCTTGCAGAACTGCAATGCACAAAATTGTCTATCGGAGTTAGTCTTCAACAGGGAGCCTCTCTACCTGTTGAGGCAATCTTAGACTTCAACATTTTGTTGAGGCACATAGTTTCATTTCCAGGTTTTCCAGGGTATTCGTTTCCTAAGAAACTTTCTCCTGTCAACCAGTTAGtttcatttgtttcagtttataaTGTCACAAATAAcaagttatacatttttcataaccGGTCATTTCGGCTATATACATTATGTACATGTCACAGAAAAATGGTTAAAAATCCTAAGTCAAATAGTTATCCAATATGGCACATTCTATAACACCTTTAGACTTCGTCTAGTTTGGTATAAATTAGTGTCAGGTTCGGTACAAAAATAGTTCATATTTACAGAAACAGTAAGAAGTcattattcattaataaataataaggcaCTTGagggaaaagggaaatattcattttttgttagttgttttgtttaaatagatCGAATACTGATGTTCACAGTTGCAGAGTCAGATCCAAGCTCATTGGACAGTTTCAAAGTGTATTGTCCAGCATCCTTCTCCTTGACACTAGTGATGATGAGAGTGGTGAGGTCTTCAGTGGTTTCAATGTAGAACCTGCCACCCTCTTCCTCACTAGAAAGGGTCTTGCCCCCACGAGACCACTGAATCTCCGGGATTGGTTCTCCAGAGAAGGCACAGGCTACTGTAAGAACCTTTCCTTTCTCAATGCTGATGTCTTCAGGGAGAGCTTCAATTTTGGGTGGTGCTCCTtttaaaaccatgtttaaTCATTCTGCTAGAAGACCCTTCTATGTGTGAGTGACTTGACATTCCCATGACACTGCTGGAGCTCATTGCTACAACCGACTCTTTCATGGAGGACATGCTACTTGCAGACATGCTCGCAAATTTAACTTCAGTCATGCTGGAGCTGCTGAAGGAGGCTTCCTGCTTAGAGGCTGCCATGTGCGCTGACATGGAAGAGAAACTTTCCTGCATGCTTGCAGCAGAGCTTTTCTCCAAAGCTACCTTTCTGACAGGTTCTTCAATCAGGCAAGTACATTTAGGGATGCTGTAGCTGAGCACTGTCCGTatgtatttttagcttttaCCGTGTATTTCCCACTGTCTGTAACAGATGCATTGCGAATTTCCAGTGTATAGACATTTTTAGAACGGCTTAACTTCATATTGGACCTCACAGATaGTCACATTGTCTTTAAGCCACTCAACTTCAGGAGATGGGTCTCCTGTTATCTCACATGTAAATTTCACATCCTGGCCCTCATTGATATTTTGGGACTTAGGCTGCACAATAAAAGTAGGTGCATCATAACGCTTCTTGGTGACGGTCATATCAAACTGACACTTCACAATCCCATGCTCCGTCTTAGCCTCGCATGTAAGGATTCCCTCTTCTTTGTTACTGATATTCTTGATCGTCAAAGTGTGGTCATTCCCTGATACACCATATCTGTATTTATCAGTGTTAACAAGATCAACTCCATTGAGGATCCATTTCACACTGGATGCTCCAGGGATGTTTGCCTTCAATGTAAGAGCCTGGCCTTCAGATACGGTCATCTGGGAATGAGATGCCTTTATTTCTGTATGAGATGTTTTGACTTCTTCATAAacaatttcctttttaacaattttttcttttacttcacTTCTTTCGTGTGAAGTTGAAATTGTTCCTTTTTGTTCTGCAACTTTAAGTGCAGAagctgTGTTACATTTTGTCCATTCAAACTGATCCACCTTCTGCATTTCAATCAGATATCCTGTAACCTTTGAGCCTCCTTCTTCATCAGGTGGGCTCCAGGCCAAAGAAACTGAGGTTCTTGTTGTATCTGTAACTCTTGGGTTTTGTGGGGTGCCTGGTGGGTC
>TU161250
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>TU161251
TTTTGAGGTGCAGAAACCATGCtttatttcaaatcaataatgtaataaatctCAAGGAGGttcaaaataaagttaatcctacataattaaatttaaataaataaaagtgcaggGCATAccattaatgcatttcatttgtctTAACACAGCAGATTTTGTTTACTGTGGTACATTCACTTTATGGTTGCCCTGAATAATGAGGTGAAATCCTAATCctagcacacaaacacaccaacaaTGCACCCTTGTGAACCTCCAAGAGGTGGCACTGCTTCTGCAAGGAAGTACTTGAATGGTTTTCTTGAGGGTATGGCCAGGTGATGGTACTTTTTAAAACCAAGCCAAGCAGTCCCGTGCCAGAAACAGTGCACATAAAATTAACTTAGTGTACAAAGTGCAGGCCGCTTGCACTTTGCACATTAAttcaataatgtttaatttgtcatttaaacaGTAGTATGACATAGTCAGTCTGAATACAAGGCCTTTGGATGCTACCTGCATGAGGGTAAATGTAAATAGCACCTAAGGTCTTATATTCATGTTGTTTCATATGTTAAGTTATTGTGCTTGCAGAACTGCAATGCACAAAATTGTCTATCGGAGTTAGTCTTCAACAGGGAGCCTCTCTACCTGTTGAGGCAATCTTAGACTTCAACATTTTGTTGAGGCACATAGTTTCATTTCCAGGTTTTCCAGGGTATTCGTTTCCTAAGAAACTTTCTCCTGTCAACCAGTTAGtttcatttgtttcagtttataaTGTCACAAATAAcaagttatacatttttcataaccGGTCATTTCGGCTATATACATTATGTACATGTCACAGAAAAATGGTTAAAAATCCTAAGTCAAATAGTTATCCAATATGGCACATTCTATAACACCTTTAGACTTCGTCTAGTTTGGTATAAATTAGTGTCAGGTTCGGTACAAAAATAGTTCATATTTACAGAAACAGTAAGAAGTcattattcattaataaataataaggcaCTTGagggaaaagggaaatattcattttttgttagttgttttgtttaaatagatCGAATACTGATGTTCACAGTTGCAGAGTCAGATCCAAGCTCATTGGACAGTTTCAAAGTGTATTGTCCAGCATCCTTCTCCTTGACACTAGTGATGATGAGAGTGGTGAGGTCTTCAGTGGTTTCAATGTAGAACCTGCCACCCTCTTCCTCACTAGAAAGGGTCTTGCCCCCACGAGACCACTGAATCTCCGGGATTGGTTCTCCAGAGAAGGCACAGGCTACTGTAAGAACCTTTCCTTTCTCAATGCTGATGTCTTCAGGGAGAGCTTCAATTTTGGGTGGTGCTCCTGTTCCACAAAaagattaaattactttaaatatacacacaccacaTCGGTGATTCAAATTTGTAAAGATTCTTTCCACAGGCAACTCTACAACTACTGGGTATTTGAATCCTCACctttaaaaccatgtttaaTCATTCTGCTAGAAGACCCTTCTATGTGTGAGTGACTTGACATTCCCATGACACTGCTGGAGCTCATTGCTACAACCGACTCTTTCATGGAGGACATGCTACTTGCAGACATGCTCGCAAATTTAACTTCAGTCATGCTGGAGCTGCTGAAGGAGGCTTCCTGCTTAGAGGCTGCCATGTGCGCTGACATGGAAGAGAAACTTTCCTGCATGCTTGCAGCAGAGCTTTTCTCCAAAGCTACCTTTCTGACAGGTTCTTCAATCAGGCAAGTACATTTAGGGATGCTGTAGCTGAGCACTGTCCGTatgtatttttagcttttaCCGTGTATTTCCCACTGTCTGTAACAGATGCATTGCGAATTTCCAGTGTATAGACATTTTTAGAACGGCTTAACTTCATATTGGACCTCACAGATacctaaaaacaaaagaaattgGCATTCATTTATGTAAACTGCTATTTATATTCAGTActggttacatttttaattgctaaTTACTTACTGTCACATTGTCTTTAAGCCACTCAACTTCAGGAGATGGGTCTCCTGTTATCTCACATGTAAATTTCACATCCTGGCCCTCATTGATATTTTGGGACTTAGGCTGCACAATAAAAGTAGGTGCATCATAACGCTTCTTGGTGACGGTCATATCAAACTGACACTTCACAATCCCATGCTCCGTCTTAGCCTCGCATGTAAGGATTCCCTCTTCTTTGTTACTGATATTCTTGATCGTCAAAGTGTGGTCATTCCCTGATACACCATATCTGTATTTATCAGTGTTAACAAGATCAACTCCATTGAGGATCCATTTCACACTGGATGCTCCAGGGATGTTTGCCTTCAATGTAAGAGCCTGGCCTTCAGATACGGTCATCTGGGAATGAGATGCCTTTATTTCTGTATGAGATGTTTTGACTTCTTCATAAacaatttcctttttaacaattttttcttttacttcacTTCTTTCGTGTGAAGTTGAAATTGTTCCTTTTTGTTCTGCAACTTTAAGTGCAGAagctgTGTTACATTTTGTCCATTCAAACTGATCCACCTTCTGCATTTCAATCAGATATCCTGTAACCTTTGAGCCTCCTTCTTCATCAGGTGGGCTCCAGGCCAAAGAAACTGAGGTTCTTGTTGTATCTGTAACTCTTGGGTTTTGTGGGGTGCCTGGTGGGTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU161249 False 2469 lncRNA 0.40 5 14589025 14602330
TU161250 False 2245 lncRNA 0.39 5 14589025 14602330
TU161251 True 2672 lncRNA 0.39 3 14589025 14602330

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00001081 ub2e3,ube2e3 coding downstream 436167 14149024 ~ 14152858 (-)
AMCG00001080 NA coding downstream 504239 14054414 ~ 14084786 (-)
AMCG00001076 NA coding downstream 607093 13963203 ~ 13981932 (-)
AMCG00001077 NA coding downstream 628982 13939711 ~ 13960043 (-)
AMCG00001073 nckap1,LOC107676070 coding downstream 744624 13820019 ~ 13844401 (-)
AMCG00001092 LOC107691396,LOC107582034,LOC107556426 coding upstream 9356 14611686 ~ 14619008 (-)
AMCG00001093 dfnb59,LOC102786563 coding upstream 22095 14624425 ~ 14627710 (-)
AMCG00001091 NA coding upstream 130362 14732692 ~ 14761267 (-)
AMCG00001096 LOC105018745,LOC107657514 coding upstream 178876 14781206 ~ 14991380 (-)
AMCG00001097 NA coding upstream 392920 14995250 ~ 14998306 (-)
G128614 NA non-coding downstream 3971 14584289 ~ 14585054 (-)
G128395 neurod1,ndf1 non-coding downstream 580354 14006269 ~ 14008671 (-)
G128358 NA non-coding downstream 803112 13784033 ~ 13785913 (-)
G128355 NA non-coding downstream 809369 13779232 ~ 13779656 (-)
G128322 NA non-coding downstream 991659 13596785 ~ 13597366 (-)
G128631 NA non-coding upstream 17242 14619572 ~ 14623133 (-)
G128676 NA non-coding upstream 171232 14773562 ~ 14775639 (-)
G128681 NA non-coding upstream 354511 14956841 ~ 14957052 (-)
G128703 NA non-coding upstream 469588 15071918 ~ 15073870 (-)
G128839 NA non-coding upstream 804438 15406768 ~ 15409154 (-)
AMCG00001068 LOC107576050 other downstream 815147 13767541 ~ 13773878 (-)
AMCG00001061 cycsb,LOC108273362,LOC108430847,LOC107740584 other downstream 1229255 13356983 ~ 13359770 (-)
G128160 wipf1 other downstream 1837509 12732184 ~ 12751516 (-)
AMCG00001039 NA other downstream 1856424 12725694 ~ 12732601 (-)
AMCG00001041 cir1,si:ch73-167c12.2 other downstream 1885115 12697177 ~ 12703910 (-)
G128741 NA other upstream 576911 15179241 ~ 15180322 (-)
AMCG00001118 hibch other upstream 761737 15364067 ~ 15433469 (-)
AMCG00001119 ftcd other upstream 806840 15409170 ~ 15432330 (-)
AMCG00001127 NA other upstream 917286 15519616 ~ 15909126 (-)
AMCG00001156 NA other upstream 2524029 17126359 ~ 17187630 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G1801066 NA non-coding NC_048586.1 CM023240.2 32806574 ~ 32809523 (-)