AMCG00001392


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00001392
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030143.1
NCBI id CM030143.1
chromosome length 20516281
location 1691676 ~ 1694986 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00001392
ATGGACGAGAAGGTGAAGGTGGAAATATTCCCAGGCACTGGAGCTTATATTGACAAACTGTCCTGGATCCTTGCAGAGAGGTGCAGCACGAATACATCATATGTAAGAACCCTGACGGTTGCTGTCTTTGACATTCCAACATTACTAAAGAGCAATCTTTGTGGTGGTGGCAGCAAGAGAGATCCAACTTCGGAGAAAAAGACACCTCTGGATCGCTTAAAGGTGGAAGCCATGTATATGGTATATAAATGCTGTTGTACAAAATGTCTAACTCTCCTTTTTAACTGTATATAACGAAAAGGGTTAGCATTTCCAATGTTCCTTTTgcctttgttttagtttcagaCACTagagttaatttattaataaataataataccttaCATGTAGCAGCTGGAAAGATCCCAAAGTGCTTTACTGACTCACTTCAACCACCACTCAAGTGAAGCACCCTCTGGGGTGCAGTGATTTTGTACCAGCAGATTACTACACAGCAATTAAGGTGGAGTCATAAGAAATTTGTTATACCTGATTCAGGAAAGCCTGATTTGGATTTACCTTGTAAATCACCTTGGATTAATGCTTCAGACAtaagaatacataataataataataataataataataataataataataaatagtgcaATGGGATCTTTGACAATATAAACTTTCATGTCTCATGTAAATTTGACTTTTGAGCAAATACTTCACATTTCAGTCCAGTTGTGCCACATCAGTGCAATGCTTAAGCAAGGTATTAATGGAGAAAAGGCTGCCTTTGCATAGCTGCTTCCCCAAGTACAGATTTTACTATGAACTGTAGTGCAAGACAAGTTTAAGTGCATACACCAAAACATCTaaatacacccacacacaaaattTTTGTTGATTTACTTTGGCAATATGTAACTTCTCAAAGATATGTGATacgtttttttaaaatatttttatatatctatgtGCAAGTCTTTAAATctctgtgaaaaatgttttttagcGGCTACCTTGAAAAAGTTTCCCTATACCCCAACGAGTGTAATTGGTGGTGCAAATAACAGCAAGATAAATGAACTACGATAGAATTAAACCAGAGTGAAGATTTGAAGAACCagatctgtattttttgttttgttttcaacagggttggggtcaattccaattcaatcTTTAAGTcccttttcaattcaattccaataaAGCCTATTCtttgaatgcaaaaataatttggaatttggaattgaTTTGAAGGAGGAattggaattaaaaaacaggaattgaccccaaccatGGTTTTCAGTGAGTGTTGATAGGTCAGGGCTTCTgtaaaaacttgttttgtttgtttgttttttaagacaaGCAATTTTTTGGCTGTTATCTTTTTgggtattgtttaaaaaataagttgtaaTACTTTTGCATACCACAGTATTTCAAAGTTATATTACAAAAACTGCATAGGACCATTGTGCTTCTTGTCTGTCCTTCTTTAGGTAACCCcctttggggggagggggggataaGAGTAAAGGTAATGTAAATGTTACTTATTTTTGaatacatgttgaaaataaacaaacattttgtgtATACA
>TU198135
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>TU198136
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>TU198137
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00001392 False 1597 mRNA 0.35 2 1691676 1694986
TU198135 True 2104 lncRNA 0.36 4 1691677 1694985
TU198136 False 2080 lncRNA 0.36 4 1691677 1694985
TU198137 False 1986 lncRNA 0.36 3 1691677 1694985

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00001393 NA coding upstream 23973 1655576 ~ 1667703 (+)
AMCG00001388 NA coding upstream 53764 1632813 ~ 1637912 (+)
AMCG00001391 klc4,LOC108263390,LOC102210354 coding upstream 91689 1576221 ~ 1599987 (+)
AMCG00001389 NA coding upstream 155437 1507240 ~ 1536239 (+)
AMCG00001390 LOC106933308,LOC103137645,LOC102233463,LOC106963892 coding upstream 209762 1478128 ~ 1481914 (+)
AMCG00001394 NA coding downstream 27446 1722432 ~ 1893698 (+)
AMCG00001395 NA coding downstream 325337 2020323 ~ 2022140 (+)
AMCG00001399 NA coding downstream 361901 2056887 ~ 2058997 (+)
AMCG00001400 NA coding downstream 381767 2076753 ~ 2104545 (+)
AMCG00001407 NA coding downstream 517265 2212251 ~ 2218503 (+)
G157256 NA non-coding upstream 587160 1101909 ~ 1104516 (+)
G157247 NA non-coding upstream 736702 954595 ~ 954974 (+)
G157244 NA non-coding upstream 752195 939239 ~ 939481 (+)
G157231 NA non-coding upstream 896119 795318 ~ 795557 (+)
G157195 NA non-coding upstream 1113556 577921 ~ 578120 (+)
G157327 NA non-coding downstream 13959 1708945 ~ 1711815 (+)
G157336 NA non-coding downstream 94405 1789391 ~ 1791527 (+)
G157361 NA non-coding downstream 202088 1897074 ~ 1897280 (+)
G157372 NA non-coding downstream 309147 2004133 ~ 2083118 (+)
G157373 NA non-coding downstream 312334 2007320 ~ 2011467 (+)
G157196 NA other upstream 1102376 587975 ~ 589300 (+)
G157369 NA other downstream 276895 1971881 ~ 2000928 (+)
AMCG00001436 gng4 other downstream 2053568 3748554 ~ 3765362 (+)
G157781 NA other downstream 2180223 3875209 ~ 3880779 (+)
AMCG00001433 NA other downstream 2327811 4022797 ~ 4023910 (+)
AMCG00001430 srf other downstream 2350370 4045356 ~ 4062333 (+)

Expression


Co-expression Network