AMCG00001486


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00001486
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030143.1
NCBI id CM030143.1
chromosome length 20516281
location 5593680 ~ 5633349 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00001486
ATGCCGCATAGCCCCCGCGGTTACGCTTCGAGGTTCCCGCTGTTTAGCTCGCTGTCCAGGTCGTCCAGTGGATATTTCTCGTTCGACTACGATTCCCTTCCCAGCTCCCCACCTATGAGCCATAACAAGTCAACGCAGACTCCCAGCCCGTCTAGCCAAGCCATTGCCCATGCCCAGCGGCGCATATCCCGAGAGCAGGACCCCCGGCAGCACCATGAAATGCCTCCAGACACACAGGAGGTGTGGGTCGCCCAGGAACTGCGGCGGATCGGCGATGAGTTCAACACGTTGTATTTGCAAAGGGCCTGTAATCTGGATGTGACATACCCGTTATCTGGTAACATGCAGCCCCACATGGCAGTGCTGGGCAACAGGGACCGGAATGGGCGCGTCGCACAGTACGACTTCGACCAAGTGCACAACAACCGCAACTTCTGTCTCTGGGTCACTATCCTCAAAGATCCTTACTGTGATCTGGTGCTGTCCTTCATCAGCTTCACTGGCAACCCATGA
>TU199165
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>TU199168
CGGGGAGAGCCGCTGTGTCTCTCGCTGCCGTTTCAAACGCGTTCACACTGCGAAGGAAGTTGATGACTTCGTGCCATCGCAGCGCcgtacaaatattgtttttctctctttctttttttttttttaaagaagggaTCTCTTgtcgtgaaaaaaaaaaagaatcgaCTCAGACTGATACTGGTTTCTATCGGTCTGATCGCtgtgacatttcagttttgactCGCACAATAAGCTCGTCTTTGGCACACCTACACTTTTTCGCCTGGCTGGGGGTGAGTCACACATGATCAAGTTCGTCcgcagattttttttctttttcgctCGTTTGTTACAACTGTCAATGTGCCGCTAGTTAGTCGCCATTGTGGATATGTCCGATCTGTCCAGAAATGCCTCCAGACACACAGGAGGTGTGGGTCGCCCAGGAACTGCGGCGGATCGGCGATGAGTTCAACACGTTGTATTTGCAAAGGGGCAACAGGGACCGGAATGGGCGCGTCGCACAGTACGACTTCGACCAAGTGCACAACAACCGCAACTTCTGTCTCTGGGTCACTATCCTCGTGCGGCGTCTCATACACATCTTAATGTGGTGGAGATGAATGCCAGGCCTTTCTGATGTCTTCCTACCCTCAGACTGGTTTCTGAGACCCAGCAGAACATGTAGCATTtggaagattttattttccatgttcttttgtaaatatataaatatatagagatttttttaatattttttaaatgtagaagtATTTTCAGCAATGAAGATTGATGAATTGGACTTCACTTTTTTATATGAACTTATCATGGAGAAGGAAACTTTACTGCAGCAAGATATCTGTAGGATGTATCGGGATGATTTTACAAGGATGTCGGTGAAATCTGGAATTTTACAACCCATGTCTGTTTCCTGCAGTTACCTGAAAATCTGAGCcaccaaaaagaaagaaaagtgttcCTTCCTTTGAGTTCTGAAGATGAAAAACTCCTTGCAAATTAATTCAACACTTCAATGCAAGGAGGGTTTCAATTTTGTCTTGCAGATTTTCCTGTagtaaatgtttcattttcgttgtttttttgttttgttttgtgtaaatatttccttttcctcttctcgtctctatttattttgtttctcttcaatatttaacttgtttaatgtatgtgtactctaattttttaaattcttatttttagGTTTTGATTTTGAAGTGGTAAATAATCAGTTAAACAGTTACCAGATATGGTATCAACTGGCATCAACTTACAATTACACTCACTGCTCTCCATTCAGATACAAACCTTTTTCTGTGGCTTGTTATGTTGCAAAAGCAGCCACTTTGTTTCTTCTCCCTTTAATGATATATTGTGTATACAACAATTATTCAGGAAGTACTACATTGATTTTCTTGTAATTTTGTATAATGAATGTGCATGCTGCCAAAGAAagatactgaaatgtatttatacattataggttttcaaaatattcccccttttcctttaaaactttaaaactaaGATTCTGTGCCACCTGCTCTGAGGTAATTACTCCAGTAGAATCAGTATTGTAGATCTGTGTGCAGACTTGCTGGAACACAGTTCCTCTAAGTTAATTTGAGTTTAATGTGACTGCTTAATTGTCTACATCGTCCTGCAGTACTGTAAGGAATCCCGATCTGTCATTTTATTGTTACTTTGGTTTATGCTGACCGCTTTAACgtccttttttttcattacgTCTCAAGTAATCGTTGATTTTTTTTAGTTGTTCTTTTCCTGAATAACTGTTTCAGCAAAGCTGGCTTGCCACCCttgtttaacatgtttattttgggaGAAAGAAGAAGCCCAAAAGCAAATTGGTTGTTTTTCTATTCAATTTCACGTTTTCGATCCAGGATTATGAGACCATGCTGTAGCACCGCATGCATAATTGGTGGTGACAGTGGACATCTGTTTTCGTTGCAGTATTTGAACGTGCCTTCACAGGATGAGTGAGTTAGAGttagtgtatgtttttatagaaGTTGGCATGCACATGTAgattaataatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtagagaaaTACAATTGGATGGTATAAAGGAATACAAACTTTTTAGATGGatagatttacattttagaaTGTATTCGCAAGaccttttcattgtaattattgATGTTTCAAAAGTAGATGGAGGAATGTAAAGTCTAGAACTTCAGACTTAAATGGAGTCGGAAGCTAGTCAGTCTGTGTCATAGGAAAATTAACTTGAGGATTGTTTGCTCGAGCACAAAGTCAAAGTATCTACCAATACCTTCTACAattgaatatatacagtgtTAAGTCCTATTTTGAATGTATCGCACAGAGGCCAAACCATTTGTCCTGGTGTGTAGAATAGATGGAAAAGTGGTCTGCTAGTCTGGGATGCTTTCATGATAACTCAGTCTTTGATATGCCCAGTGTAATACACTCCCACTTCATTAGGTCaggatttgaccttttttgtgtgtacgTTTAAAACCGAGGAAGAGGGTCTATATCAGTGTTAgttttgtgtattgattttagTTGTAGATGAAAACTACCGGAAGGAAAAAGTAGGCTGCAATGAGTGAGGAGGCTCTGTCAGTCAAGGTTTgtatccccctccccccccataATCGTCAGTTTATTATTATGCTCCACAGTGTTGCTTCTGATTTGGCATTGTCAATATGGGACGCAGTTTTGAGTTCAAATGCTGCTTTAGAGCTGGAGTTAATGGTCTCATCGCGAGACACGTACTGCTGTTGATGCATTCACTTGCAAGTGTGTAAGGCATTCACACTTTAAACGTCACTGACCTGATTTTAAagaagcagttaaaaaaaaaaaaaaaaaagtctgttacAAGCTCTAACTTCCCCAAAGTGTATATAAATGCACTGCTACAATGAGGATTGTTCTGCAAATGGCAAGCAGTGAGTGTACCGTAAGTTCTTCCTTCTGTGAGACAGGTGAAAGTGCCTGTTTGGGATACAgtttttatggttttgtatGGGTAGTCCAAAACCTGGTATGCAAAGGAATGTGGTAGAgctgccttttctttttacaatgaTAACCTCAGTTTCAGATGAACCTTCTTCCTATCAAATGTCACGTACCTGAAAGTGTCAATGTGAAAGTTACATGGTGTGTTAATACAACTGCTGGTGACCcagaagcaattttttttttggcaaagaCCAGCCTCTCTCAGGTACCAGGTTAAGAGGAAGGGGCTCAATTGTAAGGGACCAATCCCTTGGATGAGTGTTGGGGTGGGAAGTAAAGGTTTGGAAAAACTTGATTTGTCGGTCCTATCAAAGGCACTTTGGTAAACTGACATTTCCATAATACTAAGGTGTCAGTGCTCCACATTTGAACTTCTCGCTTGCTAATTGATGACCATTGGTTTAAAATCATTCTCCTTTTTTGGTGTCCAGATTGTAGTCGGCCCATGAACTAATTCCCAGTCTGCTGCCACAACCATGTGCTTGGAGGAAAACTGCATCAACTGTAACTCTTCTCTAATGCAACAAAGTCTGTGTAGTGCTTAAAGAATGTAAAGATCCCTACTAAAGCATATAGACTACAACCAAGATTTGTAAGTCAAAAACACCCCTGGATGAGTGTTGACTTTATTGAGACCAAAGAGAAATGTCCCTTTCTTcccttcactttattttattaatgaattattgtTAAGCCTGCCTTTATAAGGGAACAgcctttaaaaatgtgctgtaaCATGAATGCTACAAACATTCCCAAGAGTTGTGGATTGCGTTTCCCCTCACTTGTTTTTATTGGATTAGCATTGGTGGCACAGCTTTATAGTATGTGCTGCATTCTTCTAAAGATACAGGGTCTCTTAGAGTAGACTGTCAAATATTGTGCAATAAGAAAACCACTGAAAACACCTGTATTATGCAAGCATTTTGTGTCATTCACTTTACTTTCCCGGCCTTCAAGCATACGTTGtaccattttaaattgtttttattgttaccAAATGTTACAGAGGAGATAAGCTGAAATCATAACCcttttacatttgcttttggTGTTTCAAGTGTTGAAAATGAATGATCAACTCGAACAACATGCATTTAGAGCAAGAGGAATTGAAAGCCAGACTGATTGGCAAACATCTTGGCGTGTGACATCATTTCTTCATATTTCAGTTAAGACATCCAGTGTCAACATGggcctttaaaagaaaaaaacagcagtttaaAGGGATGTTATTTTGAAAGGGCGAGGGTTTTAAAGAGGGTTTTGAACAATGGTTTTCAAGGATTTAATTTCAACTTAAAATAATTGGGTGTCAAATGTATCATGCCTTCATTCATTATGGCTTAATGGATCAATCATGCTGCCAAAGGTGATGGTGATAAAATGGGGAGATTAAAACCAAAGATAAAATTATGTAACCCAACAAATGGACTAATTGCTGTACGattcaaaatgtatcaataatcCTTGCACTGAACACCTGTATTTGCTGATTTTTATCCACTTTATAGGACCCAGTACAGTTGTAGcaacaattttgtattttacttttttttgtttttgcactgaTGCCTACGTTTCTTTTGGAAGCGTTTTCCTATAAAATGTGCAATACTGCTGTAAATACCTGCATATGTCTATGTacccctttttaaaatgtatgtgtacttcttagtaattttgtaaatgataataaaacatgaaatcataA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00001486 False 513 mRNA 0.57 5 5597623 5633349
TU199165 True 4953 TUCP 0.39 3 5597257 5622676
TU199168 False 4757 lncRNA 0.38 3 5593680 5622676

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00001477 acoxl coding upstream 36213 5537336 ~ 5557467 (+)
AMCG00001476 acoxl coding upstream 91412 5491326 ~ 5502268 (+)
AMCG00001475 NA coding upstream 107225 5481284 ~ 5486455 (+)
AMCG00001478 NA coding upstream 124742 5465896 ~ 5468938 (+)
AMCG00001479 NA coding upstream 180144 5403225 ~ 5413536 (+)
AMCG00001488 vip,LOC107597641,LOC107679148,LOC107655780,LOC107585469 coding downstream 186257 5819606 ~ 5826495 (+)
AMCG00001498 NA coding downstream 356913 5990262 ~ 6001627 (+)
AMCG00001497 LOC107578948,LOC107682299 coding downstream 452251 6085600 ~ 6086340 (+)
AMCG00001500 NA coding downstream 551851 6185200 ~ 6191972 (+)
AMCG00001501 NA coding downstream 560913 6194262 ~ 6198251 (+)
G158104 NA non-coding upstream 170588 5421471 ~ 5423092 (+)
G158089 NA non-coding upstream 278444 5313068 ~ 5315236 (+)
G158014 NA non-coding upstream 705328 4888114 ~ 4888352 (+)
G157985 NA non-coding upstream 718536 4872695 ~ 4875144 (+)
G157975 NA non-coding upstream 879520 4713895 ~ 4714160 (+)
G158184 NA non-coding downstream 74743 5708092 ~ 5734559 (+)
G158230 NA non-coding downstream 258697 5892046 ~ 5892246 (+)
G158332 NA non-coding downstream 763571 6396920 ~ 6398188 (+)
G158337 NA non-coding downstream 775672 6409021 ~ 6410557 (+)
G158342 NA non-coding downstream 788651 6422000 ~ 6422235 (+)
AMCG00001480 NA other upstream 210616 5366005 ~ 5383064 (+)
AMCG00001457 NA other upstream 941680 4623467 ~ 4652000 (+)
AMCG00001430 srf other upstream 1531347 4045356 ~ 4062333 (+)
AMCG00001433 NA other upstream 1569770 4022797 ~ 4023910 (+)
G157781 NA other upstream 1712901 3875209 ~ 3880779 (+)
AMCG00001489 NA other downstream 236626 5869975 ~ 5871430 (+)
AMCG00001493 NA other downstream 256487 5889836 ~ 5900998 (+)
AMCG00001509 sf3b5 other downstream 760754 6394103 ~ 6395960 (+)
G158478 NA other downstream 1241419 6874768 ~ 6876578 (+)
G158537 NA other downstream 1390039 7023388 ~ 7028141 (+)

Expression


Co-expression Network