AMCG00002044


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00002044
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030136.1
NCBI id CM030136.1
chromosome length 27394605
location 1486551 ~ 1490567 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00002044
CGACACACCGGAACCGGCCTGTTACACCGGAAGTGCGCGCTACCTTCGCGGAACCGCACCGGAACTCCACAGGTGTTACACCCGGAAGTGCAGCACACGGCCGACTCGTACAGTCCGGGTGAAACTTCATTGTTACAGCTGAGGAGGATCACAGTGCAGCGCTTTGCCGGACGTTGTGAAGGACAGCCATCATGGAGCCGGCCTGCCGAAAAGACAAACAGAAGCAGAAGGAGACGCCGAACCGAGCGGACAAGGCCCGGCAGAGATCCGCTCAGCAGGAGCTGAAGCAGCGGCAGAGAGCGGAGATCTACGCCCTGAACAAGGTGATGACAGAACTGGAGCAGCAGCAGTTCGAAGCCTTCTGCAAGCAGATGCAATCGCAGGCAGAGTGAGGGGCGCCAGGGGTCACGATTATAACGGAAGAGAAGGATCAAGTCAACGTCCAGCACCCAAACTCAATCAAAGCAGCTGTTCCATTAAgggcataaaaacaaaaaggctaaTTCCCCTAAAGTATGAAGTTCACAATCTTTCTAAATCTTCTTGTGACCGAGTCTGGGTTAATATTCCTGCTACACACATTTGGAAGCCTATATGATGCTCGGGTTTGGGGGAAGAAAACCAATAATAATTTCCACCTCATTGGCGTGTCTTACACACAGGAAGGGCTGAGCTAGTATTACTCAATTAGTTGACCTACTGGAAGAACATACCAAGGACTAAGTACAGATAACAACCTCAGAGGTGAACGTGCTTCTGGTTCCAGTTCAGACCTGTCAGCAGACCAGTGTGGCCCTGACCTGTGCCACAGAGAATCTCGTTTCCTTCATGTAACCCTGCAGAGAAATCTGTCTGCTGGATAAGACTGAAACGAGTGAATGCTCAGTGGCTGAAGACGTGCTACAGTCTGAAATCTACTGGTCATTATGGACACATATGGTGTCACTGTTTCAGAGTGTTAGATTAGGGTTAGATTTGTAttagaagaattaaaaaaaaaaaacagactggtGCTATGAAgtgaaatgtattctttgtttacatttaatggTAAAAGTGGCATAATGGTAATCATAAAGTATTAATGGCATTGTATTCGTTTTTATACCATTTAGATTGACCTGTCCTGTATCCAGGTctcattataatgtaattagGCCAAGGTATTctctcctgtgtgtttgttgtgttttggccacaatttacaaaataccaAATTCAGAATTACCAGAGGTGTCATTTTTGAGTAAAGTTTGTAACATTATCAAATGACGTGTGTGTCTAATGCATTAACCAATCCTTTAGATTTCGTCATGAGAAGCTGCTAGTCTGCTAGTTGGCTTTGATCTTTTAAGCAAATcataagttttgtttttcaaagtctGTTGGTCTGGAATCATCAAAATGTAACCTGCAGTTTAGTTCACATTATTGACCGTGCGTTCTGAATTAAAAGTAAcatatgtgtgagagagaagtGAACTACAAATGTCAAGGTCAACCTGTAGTGTAAATCAACTGTAAACTCAAGATCACATTATGTTGTGTTCATTaggttcagtttatttttttcatttcatattccaTTTCCCATTCCCTTAGATGTAttcctggtttctgttccagtcTTTTTAATTGGCTCAATTTTGATTTTAGAACATGGGTTTTGTAagccaaaaatacattttatcaaaCAAACAAGTGCTGTTGGCAGGTTGTGTATTTATACTGAAGTGTGCGTGTGTTTCCCATTTTTGGCAGTAGAAGGAAAATTAGGTTTTGAAGATTGGCTTTTTTAATCACGAGTAGATTGGAGCCGTTCGATGAAACAGTTTCTGTATTAGATTTGCTGTGAATGCTGCGTTTCCAGTTCTGTAACGAATGCCAATATGCAATTGAATATTAATGTAGAGGCTTatgaaaactttattttattgtaatggaGTATGGGGGTGAAAACccatgtgaaatattaataactATGAACTATTAAGTTATGGCTGTCTTTTGAGCATtcaatttttgaaaaacaaaaacacatatatatgcaaaaaCCAACAAAAGCCTTAGGATATAAACATGTAGCTGCTGCAGCAGTCACAGCTGTAAGcttattttaatacatctttaaaaatacaatactgttgTGCTCTAGGACAATGTATTCAATGATTGGTCCGAAAGGTCTtgttccatttaaaatgtgcgggattgtatttaatttaataaatgtcatGGCTTGAATAGTG
>TU150962
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>TU150963
CGACACACCGGAACCGGCCTGTTACACCGGAAGTGCGCGCTACCTTCGCGGAACCGCACCGGAACTCCACAGGTGTTACACCCGGAAGTGCAGCACACGGCCGACTCGTACAGTCCGGGTGAAACTTCATTGTTACAGCTGAGGAGGATCACAGTGCAGCGCTTTGCCGGACGGTAACGTTTTTATTACACATTTGTGAAGGACAGCCATCATGGAGCCGGCCTGCCGAAAAGACAAACAGAAGCAGAAGGAGACGCCGAACCGAGCGGACAAGGCCCGGCAGAGATCCGCTCAGCAGGAGCTGAAGCAGCGGCAGAGAGCGGAGATCTACGCCCTGAACAAGGTGATGACAGAACTGGAGCAGCAGCAGTTCGAAGCCTTCTGCAAGCAGATGCAATCGCAGGCAGAGTGAGGGGCGCCAGGGGTCACGATTATAACGGAAGAGAAGGATCAAGTCAACGTCCAGCACCCAAACTCAATCAAAGCAGCTGTTCCATTAAgggcataaaaacaaaaaggctaaTTCCCCTAAAGTATGAAGTTCACAATCTTTCTAAATCTTCTTGTGACCGAGTCTGGGTTAATATTCCTGCTACACACATTTGGAAGCCTATATGATGCTCGGGTTTGGGGGAAGAAAACCAATAATAATTTCCACCTCATTGGCGTGTCTTACACACAGGAAGGGCTGAGCTAGTATTACTCAATTAGTTGACCTACTGGAAGAACATACCAAGGACTAAGTACAGATAACAACCTCAGAGGTGAACGTGCTTCTGGTTCCAGTTCAGACCTGTCAGCAGACCAGTGTGGCCCTGACCTGTGCCACAGAGAATCTCGTTTCCTTCATGTAACCCTGCAGAGAAATCTGTCTGCTGGATAAGACTGAAACGAGTGAATGCTCAGTGGCTGAAGACGTGCTACAGTCTGAAATCTACTGGTCATTATGGACACATATGGTGTCACTGTTTCAGAGTGTTAGATTAGGGTTAGATTTGTAttagaagaattaaaaaaaaaaaacagactggtGCTATGAAgtgaaatgtattctttgtttacatttaatggTAAAAGTGGCATAATGGTAATCATAAAGTATTAATGGCATTGTATTCGTTTTTATACCATTTAGATTGACCTGTCCTGTATCCAGGTctcattataatgtaattagGCCAAGGTATTctctcctgtgtgtttgttgtgttttggccacaatttacaaaataccaAATTCAGAATTACCAGAGGTGTCATTTTTGAGTAAAGTTTGTAACATTATCAAATGACGTGTGTGTCTAATGCATTAACCAATCCTTTAGATTTCGTCATGAGAAGCTGCTAGTCTGCTAGTTGGCTTTGATCTTTTAAGCAAATcataagttttgtttttcaaagtctGTTGGTCTGGAATCATCAAAATGTAACCTGCAGTTTAGTTCACATTATTGACCGTGCGTTCTGAATTAAAAGTAAcatatgtgtgagagagaagtGAACTACAAATGTCAAGGTCAACCTGTAGTGTAAATCAACTGTAAACTCAAGATCACATTATGTTGTGTTCATTaggttcagtttatttttttcatttcatattccaTTTCCCATTCCCTTAGATGTAttcctggtttctgttccagtcTTTTTAATTGGCTCAATTTTGATTTTAGAACATGGGTTTTGTAagccaaaaatacattttatcaaaCAAACAAGTGCTGTTGGCAGGTTGTGTATTTATACTGAAGTGTGCGTGTGTTTCCCATTTTTGGCAGTAGAAGGAAAATTAGGTTTTGAAGATTGGCTTTTTTAATCACGAGTAGATTGGAGCCGTTCGATGAAACAGTTTCTGTATTAGATTTGCTGTGAATGCTGCGTTTCCAGTTCTGTAACGAATGCCAATATGCAATTGAATATTAATGTAGAGGCTTatgaaaactttattttattgtaatggaGTATGGGGGTGAAAACccatgtgaaatattaataactATGAACTATTAAGTTATGGCTGTCTTTTGAGCATtcaatttttgaaaaacaaaaacacatatatatgcaaaaaCCAACAAAAGCCTTAGGATATAAACATGTAGCTGCTGCAGCAGTCACAGCTGTAAGcttattttaatacatctttaaaaatacaatactgttgTGCTCTAGGACAATGTATTCAATGATTGGTCCGAAAGGTCTtgttccatttaaaatgtgcgggattgtatttaatttaataaatgtcatGGCTTGAATAGTGTTATGTCTCTTGTCTTGTTTATCCCATGGGTTGAATTCCATGCTCTATCCACT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00002044 False 2249 mRNA 0.41 3 1486604 1490567
TU150962 False 2302 lncRNA 0.41 3 1486551 1490567
TU150963 True 2322 lncRNA 0.40 3 1486551 1490567

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00002042 NA coding downstream 38795 1441179 ~ 1447756 (-)
AMCG00002043 NA coding downstream 55867 1420067 ~ 1430684 (-)
AMCG00002037 NA coding downstream 108621 1373743 ~ 1377930 (-)
AMCG00002035 cldn19,LOC106583106 coding downstream 135793 1329547 ~ 1350758 (-)
AMCG00002036 NA coding downstream 160702 1319995 ~ 1325849 (-)
AMCG00002049 NA coding upstream 328173 1818740 ~ 1821514 (-)
AMCG00002055 NA coding upstream 519906 2010473 ~ 2012433 (-)
AMCG00002057 NA coding upstream 594862 2085429 ~ 2119334 (-)
AMCG00002056 efhd2,LOC107683000,LOC107707677,LOC107591793,LOC107550510 coding upstream 630774 2121341 ~ 2127768 (-)
AMCG00002058 NA coding upstream 670977 2161544 ~ 2161834 (-)
G120431 NA non-coding downstream 258392 1225719 ~ 1228159 (-)
G120399 NA non-coding downstream 499327 985403 ~ 987224 (-)
G120334 NA non-coding downstream 796593 686944 ~ 689958 (-)
G120320 NA non-coding downstream 1065626 420588 ~ 420925 (-)
G120513 NA non-coding upstream 383646 1874213 ~ 1876061 (-)
G120527 NA non-coding upstream 441686 1932253 ~ 1975025 (-)
G120533 NA non-coding upstream 497802 1988369 ~ 1988627 (-)
G120571 NA non-coding upstream 502040 1992607 ~ 1992897 (-)
G120572 NA non-coding upstream 502766 1993333 ~ 1993623 (-)
AMCG00002078 NA other upstream 1354815 2845382 ~ 2847937 (-)
AMCG00002085 NA other upstream 1430685 2921252 ~ 2931018 (-)
G120748 NA other upstream 1504941 2995508 ~ 3004917 (-)
AMCG00002094 vamp3,LOC107582408 other upstream 1622875 3113442 ~ 3128440 (-)
AMCG00002091 LOC103354943,LOC102299287,LOC101482394,LOC108441428 other upstream 1682938 3173505 ~ 3186353 (-)

Expression


Co-expression Network