AMCG00002181


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00002181
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030136.1
NCBI id CM030136.1
chromosome length 27394605
location 6326884 ~ 6345200 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00002181
ATGAAACGGCTAAAGATTTCATGTGATTATGGAGAGACTCATAACCCGGGGCTTGAGTGCCGGCACACTGTGCTGTCTGAGGCCGTGTCTCGGGTGAAAACACATCGAAAGGGGGCTGATCGGTGCCCTGCCGGTTTCATGAGTCAGCTGGCTGCGGGGGGGGCACTGTCACATGACGCGGGTCTGAGCCGCAGCGCCGAGGAGGTCACAAGAAGGAAAAGTTGTCTTTTTAAGGCGGACAAGAGTGCACAACAACCCGAGCTCCAAGACATGGAAGTCCCAGCCATAAACCTGAAGGCTATAATACTGGTTCACTGGCTTCTGACCGTATGGAGCTGTATGTTTGAGTGGTTTCCCAGTTCCTATACCTGGAGTAATTTTAGTGTCCTGGGGCTGGGTGTGTGGGCTGTTGCTCAGAGGGACTCTATCGACGCTGTGCTGATGTTTCTGATCAGCCTGGTCCTGACGATACTGACTGACATCATTCAGATCGCCATTTACTACCCCATTTTTGACGTGAAGTTCACAGGCCAAATCAGAGACACCTTTCACTTCTGTGCCGGCATGTCCATCCTCAGCCTGTTGCTCAAACCCGTGTCCTGCTTCTTCGTCTACCAGATGTACCGTGAGAGGGGTGGCGAATACAACGTCAACTTTGGTTTTCCCAGCATGACCCGGAACAGGGACTCCTACCAGTCCATTGACCCACAGGACACTTCTCCTGCAGCGGCGCACCAGTATGCCCCGGCCGAGGAGGGCAAAGCCGGGCCACGCGTCTActgaagggggagagagagcgagacaggGAGCGGCCAAGGGTTTACACAAGCCAAGGGCTGCCTGTAGGCTGTGGTTTCAACACGATAGGGGGGTGAGGTAGGCCCATGAGGGGGAAAGGAAACAGCCTGGAGGAATTCTACATGGTGTTATACTAAAAGTTCCCTGCACTGCTTTCAAGCTCCACACTTTTAGGTCAGGAAAatgagtttttaaaatacagattgcGGTTAATGTGGCTATTGGGTACAAagctgtttaaatatttcacacatGAGTAAACGTCTCTTCGGATGAGGtcattgtatatattaatgttacGTTTATTTTTAACGATGCTGTCAGAATGTGGTTtaataatgtgtgaatgtgttttatCACCACCGGGGACTTTCCTGCAGGTAGTTTCCCTCCCCACAGACAACATAAAAGAAGCGTCGCCTGTTGCTAAATATTTCTTTTTAGTGTCTGTACTAAGGAATACTTTTGCTTCCAGGTTAATGCCTGCGGTTCTGTTGTATGTGATTAGATATACAGACCTGAAGGGGAAAACCTCAGAAGACAATGTATTGTGCCAGTTTGGCCCTTGGGTATGTGAAGACTATTGCTACTGACGAAGAGCAAATAATGGGGAACGTAGGACACAAAAGCTATTGCTCTTGGGAGCGATTGTTGCCCAGCTTAAGCAATTTCTCTTATCAGTTTGCAAGATGTCAGACCAACAGCTGCCTCAAGGACATGCTAGACAAATGCAAGCTGATATCTTGAACTAAAATGGACTAATTTATAACTGGGCAGGGTGTCACCAATAGAAAGTCAAACTGCAGGGAGGTTACTTAACCTGTTGAAGTATTGTAAGCCACTGTATTCCTTGTGAACCCCACTATTTGCTCTTTAACATCACATACCCATTGAGCTCCACTCCTGTCTGCTGCGTTAGATGTTTCCGTTTTGGTCGGTTCCTATAGCTTTCAACAACATCTCAGTAGATGATTCCTCATTCAGCTCATTGGGCAGAACCCCAATGAAACCCATCTTTGTAAAGTGATTATTGAAATGTAGTTACAGCCACAGAGCTGAAGCACATTTCTACACCCTTTTCAGTGTAAATCTAGAGCAAAGCTGTATAGGGTTTAATTGAAAGCCTTCAACAACTGCTTTGCATTATGGATAAGACATCTTGGCAAGAGGAAATCTTTTATTCTGGCGTTCACCTCAAGTCTGCAGCAGAATGTGTGATGTCTATCTAATCTATCCATCTAATAGACTCCTCACTTAATTTTGTTCATATGCCACGAGCTGAAAGACTAAGTGTTATTGTACTGGTGCCGACCGTGCGTTGTGTCTTAATCATGTAAACCCACGATTTAGCTAAAATTATGCGTTTAAAATTACATGAACTGTAggcagaactttttttttctttccctgccTGTGACGTCTGCACTGTAGTCATGGCATGAATGCAGGTGCACAACACGTTCTCGTTATACTTTGTTGCCTTTGGTCTTTGGGGCTGGAGACAGGCGTGTGATGTGTAATTACAGGCAGTTTACTGGTGTGCCATGTGCTGTGACTCGTGTTTCTTCTTTATTAGGAGGGGTCTGTGGCTGAATTACGGGGTGCCCACGCACAAGAATGGCCCCTAGATCTGCCAGCTGTGCCAGCCTCTTCCCCCGTGCGtctcggtgtaaatccctttgGAGACGTAATGAGGTTGTGGGCAGTGCACGTCTGCAAATTGATtttcttgtgaaaaaaaaacaattcacgCTGTAGAGCTTTGTGAATTATGCCAGACTTTTAATTGGTATAATTTTTTAACCTCTCTCAATTGTGCatctctttgttgttgttgttgttgttgtttttttaattaaccacGTTGCTTAATACCACACCTGAAActagtttgatttgttttgatcttCAATAGATGATATATTTGGGGAATTTAGTGTCCCCATCGAATCTGATCTATTGCACTTGGGGGATGGTAATATGAAGTAGTCTACTGTACAGCATGGTGCATTGTGGGTCTTGCAAAAACCAAGATAACAGAACTTAAGTCCTGTTAAGCTAAACTGCTTTCTGACTGCTTATTTGATCTCaaattatagtatatatttaaaggtaACTTGATAATGTATTCGgacagaataataaagttttacCCGAGCATGGAACGAAGCACAGGCCTTCTGCTGTACCTGTCTTGGTGTTTCTGATTAATCTTGACCTAAACCCATTGAATGAATCTTGGTAGCTATATGTTCTATTAAAATACCACCACAACCTCttagctttgttttgtgttcagtgtgtatGTACCGTAAAGAAATGTATACCAGATACTTATCCACAATTATAATTCTTTCCTCCTTTATTAAGAAGATACTGTCGAGTTCCAATTAGCCTTCATGTTCTGCAGTTCCTTCTCCTGCTCTTTCATTTCGAGTGCCGTCTTATTCATGGGAGGTTGTATCCCAGTGCCATGACCTTGTTTAATGCATTGCGTTTTAAATGTAGATCTCAGTCTcggctgtttgtttttcacgtCGCATTAGTGCAATTACAGGTTTCCATAGGAACTGCGTACAAGGACGGTGTGTCTGGTTTTCCAATATTTGTTGatgaactaaaacaaaatggttgTTTCTATGCcttatttattgatgtactCGCGTCCACCGTATGGTACGATTGATGTCGATGGGACCAGTGTTCGGTTGGAAAGAAATGTGGGATCTTGGGCTTCAGAGCTGGCCCAGGGCTCTCGAGATGCATGGACAGgttttacattgtgtgtatacaGATTAAATCATCTCAGTCCATGATGTCCTCCAGTACGTCGCTTAGATATGTTATTACTATTGGAGTACTAGCTTTATAATTGTTAGGTTGTAAGTTTGCGGTGATGTCGCTTTACACTAGAGGTCTTTGTTGAAGGAGATCCTAACTAAAGAGGTCTGGAAGGAAGATGTCTTGAGGTCTGAATCAATCCTCTCGTGCTGCCGAGCTTTTGCCATTGACACTTCATGTTGCAGCGTACACTTTGTTCTTTAGATTCTACACTGGATATATTCACTATCCTAGACTCTGAGGATGCTAGCAGCTTGGTAAAGATGGACAGCTCACTCAACTTCATTCCCGAATAAGGTGTTAAAGCTTTACTTAATCAAAGCATTTTGTGTCATTCTAACAGATATGTGATTTccgttttttaattataaacctAAACGATGTGACCCTTTCAATGTGATTAAAGGTAGGGTGTGACGTTTTAATGTACAACCAAgaggattttattattattattatttttgtcctgCTGAAAATGAAGTTACACTGGTCATGCACAGTACCGTTGTGTCATAATAGTTACTAGAGTTTATTTGCAAACCTTGGCTCTGTCTGAGCATTTGCGTGATTCATGCTGGTGTCACATTCCACACACTTATGCACTTTGCGTCTCGTCGCGTTGACTGTTCTGCGGACGTGATGTTGTTCCACACCTGGCGAAGGGAGTTGCTCTGAGCTGGTCCAATTGCTCCATCCATCTGCGAGTTTTCATCTCGTCGGCTGAAGGTTTCTCAACTTGCTTGGCCGTGATTAAGGGCCATTTAAATACCTACAGCAGGTCATTTCTCAGCAGCGGCGTTTGCGAGTTAATCATGCGCCACTTATATTCCATCCAGGGGGATAATCTGTTGTTTCAGAGATCCAGTGATAGATTTGTCTGTGGAGAGAGTTGCTGCTAATGTCCTTGCCTCTCCTTACTGCCTGCAAGAACACATCACTGTTAACCCCAGCGAGGTTCACAGCACAGATGTCCCGTGCTTCCCAgcctgaaaaaaacacaaacgcagCAGCAGTTTGATTTATCTCCTTCGGTGGGGTACAGACAGCATGTTAACAGATTGTTCTGGTAGCCGCGACAGTTTCCTTCACTCATTCCCAACAAACCCAGCTTGATTTCTAGAGCTGTCTAATGTGTTTTTGCAGCCGGCAGTTTGTGTTCTTTGACGTAGCACTGGGCGGTTTATGTGGATTGTTGTTTattaaatgccttttttgtttcttagttATCGCTTTGCACTTGATGTCATGTTGAAAGCAAgccttgttttattattgctttctatttatgtgttgtttttcgGCATAACTGCTGTTCGGGTAGTTGGTGATGATGTTGAAAGTATTAAGGGCAGGTGTGAGGGTGTGGTCCTGGCACAATGTCTaaaagaaatgttatttaaatgttttagggCTTTACCACTTTAGAGATTATAGCACTTGAAAAAAGCGATCAATTTAtagccagtgttttttttataattagtttGAATCCTGTATGTTGAGAATACGTGCCATACTTGCATTAAACATTGAGTTGGTGCACCCTTTGTAATCTAAAGtacttttcacattaaaaacaaacaaaggaacaaTCTTATTATCTCTGGAGTATTGGAAGTTAATATACAATTTGATGCATTTActccatgtttttttgttttgcatttcggCTTCAGTCACTTTATATGTGAAATTCATCcaatttcagtttgtgtttgtcagtgtatCTACTGTGCCAAGGAATGAGCCGGTTGCAAGGGATCCTACTGGCAGAACTCGTGTCAGGTCACTTACGTAATAATTTATAATCGGCAGCTTTTATCCACCGGCCCCTTGCAGAGACTGAGGGGGCTTCAGGCGTGCATCAGTCACTTACGCAGTTTTCCATATCATCTGAAGGTCAAGTGCTTTGCGTGGGTACCAGTCAACAGTAGCAGTCGGGCTTGAGCTCGGATCCCCCTGGTTCCAGGAATGTACGGAGAATGCACAGTCGTTAATCTGCAAACCTAGGTTGAATTGaagcaaaatattacatttcagatgCACAGTACCTTGCATTTTCATGTATGGCAAAAAAGCAGATCTATACGttctccttctcttcctttttAGGTAATCCAAACATAAAAAGGTTCGATTTGCAGGGGGAAAACAAGTATCTATTTTTCTTAGTAAGtaagataacattttaaaagtaaatatacaaccaaacaaaacataacctCTGTTCTACAACTAATGTAGTCAGTCTGATTTAGTAATCTCTCTCGGATGTATTATCTGAGAGATTGTATTTTGCAGCAGTGTGGTAGAATACTGTGCATTTCCAGTTGTATCGCTGTAATAAGCACTTTTCCAAACTCAATCCTGTGACAGTGCTACAGGATTTTTTGCTGCTTGagatcagtttaaaaaaattaaataatgccaTTTCTAGGTTGGTAAACAAAGTGTTTTGGGCAGGTGGTGTCAAATGTGAAGGCTGTTGCACAAGGTGGATGTCAAAACTGCTCTATGgattgaataatacattaaagtcacccctgcacacacacacatcccataATAGACTGTTACAAATTGAGCTTGAATGAAGTGAAAAGAAACATGTAATAAAGTTTATATGTCACCAACAAAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko00010 Glycolysis / Gluconeogenesis
ko00680 Methane metabolism

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00002181 True 6277 mRNA 0.42 6 6326884 6345200

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00002180 NA coding upstream 2325 6316286 ~ 6324559 (+)
AMCG00002183 pank4,LOC106565907 coding upstream 30637 6287217 ~ 6296247 (+)
AMCG00002184 pank4,LOC107669004,LOC107745330,LOC107742899,LOC107560420 coding upstream 41323 6284545 ~ 6285561 (+)
AMCG00002174 NA coding upstream 84805 6229136 ~ 6242079 (+)
AMCG00002176 aldh4a1,LOC106582961 coding upstream 100054 6216381 ~ 6226830 (+)
AMCG00002179 icmt,LOC107737573 coding downstream 11205 6356405 ~ 6360644 (+)
AMCG00002182 rpl22,LOC107737211,LOC107593380,LOC102779685,LOC103047485,LOC108414460 coding downstream 37855 6383055 ~ 6385782 (+)
AMCG00002186 chd5,LOC102784485 coding downstream 57710 6402910 ~ 6424263 (+)
AMCG00002188 NA coding downstream 175309 6520509 ~ 6522224 (+)
AMCG00002189 acot7,LOC107754737,LOC107693425 coding downstream 191881 6537081 ~ 6553474 (+)
G121402 NA non-coding upstream 48984 6277518 ~ 6277900 (+)
G121228 NA non-coding upstream 756637 5474136 ~ 5570247 (+)
G121198 NA non-coding upstream 1050961 5243709 ~ 5275923 (+)
G121187 NA non-coding upstream 1098785 5227674 ~ 5228099 (+)
G121178 dhrs3 non-coding upstream 1122270 5202849 ~ 5204614 (+)
G121526 NA non-coding downstream 447776 6792976 ~ 6798043 (+)
G121680 NA non-coding downstream 1215866 7561066 ~ 7562732 (+)
G121688 ski,LOC106572818 non-coding downstream 1301518 7646718 ~ 7648316 (+)
G121722 NA non-coding downstream 1484607 7829807 ~ 7834211 (+)
G121741 NA non-coding downstream 1565358 7910558 ~ 7917243 (+)
AMCG00002152 NA other upstream 1100228 5218830 ~ 5226656 (+)
AMCG00002098 NA other upstream 2784707 3533814 ~ 3542177 (+)
G120742 NA other upstream 3367409 2956908 ~ 2959475 (+)
AMCG00002076 NA other upstream 3472757 2852154 ~ 2854127 (+)
G120518 NA other upstream 4386068 1924022 ~ 1940816 (+)
AMCG00002190 acot7 other downstream 241454 6586654 ~ 6602608 (+)
AMCG00002215 NA other downstream 1048600 7393800 ~ 7411230 (+)
AMCG00002245 NA other downstream 2393571 8738771 ~ 8792478 (+)
AMCG00002272 NA other downstream 3499005 9844205 ~ 9851312 (+)
AMCG00002294 rere other downstream 4222712 10567912 ~ 10604839 (+)

Expression


Co-expression Network