AMCG00002574


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00002574
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030136.1
NCBI id CM030136.1
chromosome length 27394605
location 20370543 ~ 20396006 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00002574
ATGCACATTCCTCAGCTCTTAGAGCATAGTGTTCCAGCCTTGATTAAGTACATCCGACCAGTGTTTGTGTCGCGGTCAGATCAGGACTCCCGAAGGAAAACGGTTGAAGAGATCAAACGAAGAGCTCACTCAGGGGGAGAGTGGCCTCAGATAATGATATTCCCAGAGGGAACGTGCACCAACAGGTCCTGTCTGATCACATTTAAGCCTGGAGCTTTCATTCCTGCAGTGCCTGTGCAGCCAGTTGTGCTTCGTTACCCCAACAGAATGgatacAATCACATGGACGTGGCAAGGCCCTGGAGCgTTTAAGATCCTGTGGCTCACTCTGTGCCAGTTACACAATGTTGTGGAGATTGAGTACCTACCAATCTATACTCCATctgaagaggagaaggagaatcCTGCTTTATTTGCAAACAATGTGAGGAGTGTGATGGCAAAGGCTTTGGAGGTTCCTGTGACGGATTACTCATTTGAGGATTGCCAGTTAGCCATGGCTGAAGGCCAGCTCAGGCTTCCTGTGGACACGTGCCTCTTAGATTTCGCCAAGCTTGTTCGAAGATTGGGaTTGAAACCTGAGAAGACTGGTAAGGCCCTTGAGGAATATGCCAGCGCAGCACGGAAGTTCAAAGGGGAAAAGTTGAACTTGGAGGACTTTGCGAGATTTCTAAACCTCTCGGTCTCAGATACACTAAGAGAGATGTTTGCACTTTTTGATGAGAATGAGGATGGGAAAATGGACATCCGAGAGTATGTGATTGCCTTATCAGTAGTGTGCAGACCGTCTAAAACTCTGGAAACAATAAAGCTTGCCTTTAAGCTGTTTGTGGCCGAGGAAGATCGGGCAATTTCAGAAGAGGATTTAGCCTGCATTTTAAAGACAGCCCTGGGAGTGTCAGAGCTGAATGTAGCAGATCTCTTTAGTGCTATAGATGTGGAAGACCAGGGAAAAATCTGCTTTGATGATTTCAACAACTTTGCGGAGCAGCACCCCGATTTTGCCGAGGAGTACCTCTACCCGGAGCAGACCAGGTTCGAGAGCTGCGCCGAGACCCCAGCGACGACGGTGGCCAACGGCTTCTGCCCGGACTTCACTCCCGAGGGCCATGATGGTGTAAGAAACCCCCTGCGCAAGAAACTGAACTGAATGATCATCTTGGTCGCCCGAGTCGGCTCTCCTGGTGAGAGAAAGTGGCTTCTTCTGAGGGTGTGCACCGCGGTCATTCAGACACATGAGGGATTTATTTAACTGTGTGAACATGCGACCCCCTTCCCACTTGTATATACGACCATTtctaaatagttttttgttttgttttgttagggttttgcatttcttttttgcttgggatgtttagtttttttgttttttgttttttttttgttagagaGGGAATTCGAAAGCCTCAAAATGTGAATGTGCTTCATCTGTTAAAGAATACTTGAAGGGAAAccaagcattcatttttttaaatgttcctttccttctattttcctttttaaatttagCGAACAGTGTAACATACTGACTGtgcatgttttaaacaaaaatcaaatggggagaaaaaatatatatagctctggttGTGTTTAGTGATCTCTGTTAAGTGAAATagtgatgtattcattttgtgagatgtttattttctttgtgttagATTTACCATTGTTTTCAAGAAGCCTTTGAAaacaatggggggggggggagtgtttGCATAGGATGGTCTTGAAATGCAAATTTCAAACAGTATTGGACTAAAGAACAAGAATCTGACTGAATTGCCTTCAACTTCCCGTAATAATATAACAACCTAGCAATTGTGTTTTCGTTAGGGACTAGACACAACAGATCAGTCGGATGTGAGAAGCACTCAGACAAAACTAGATGCTGGTTAAAATAATCTGAGCCAGTTCAATTTCAACCTCAGGGGATCATAAATCAGAATCGGGacattaagaaaaagaaaaacaataaatccatTGTGAGTCACAACCAAGGTGATACAAATTCCTCTTCCTTAGACCAGGTGTATGCTTTCGTATTGTATGACCATACAATATGTTTGTACCCTTTCCTTCTCTTATCAATATCTTCATCAAACTGTACTGAAAGAGatatttgtgttacatttaagttaaatatgcacaagtttttttttgtttgttttttttcttttcctcaaaTGCTTATGAAAATAGTCTCAGTGGACCaaaaactgaatgaatgaatgaatgaatgaattgaaTGGTTGTGTGTTACGGGGCAAAAAGACCAAAATCTGAGCAATGATGACAACGGCAGTGCAATGTCTGAAACGTTTTAAGATTTTGAAGGTATTCTTTTAGAGAGTGCTTATGGTATTGTGTCTTTTGTTTCATCAGTAGCATATATGCACATGGGGTACCGTGTTCTGTCAATACACGTGATCCAGCAAACACAATTTCGAAATTCCATGACATGACGTTGACTTGACCTTATACATGCCTCCTTCATGCCTTACAGATAGATTTGAaattttcatttacattctGCTCCCTAGCGAAGATGGCGTACAGTTCAGAAATATTATTTGTTgcaatttcatgtttttttttttaatccacctTGAGCCTAGCACTGCCTTTCAGATCTTCTCAGAGTTTTAAACAGTCATTCCAATTAAAAAGAtgctatattatttatatagacAACGCAGAAACTAATCAATCATTCAGATCTCATTTTTCGTTTTGTAattctctgtgtatttgtgtaactCGGCTCCCCTGGTTGGCTGTTCTTGTTTTCATGTGAATACACACTGCAATATCCATGTGTTCTGTGTGATGTAATAGTCATGCATTAAGATTTATACAAGTTTAAAACTGCTTGTTTGGTTCTAGAGGAAAAGGTTTTTGAAGTATGAAAATTGACACAACTTTGAACaccctgcatttttttttaatgcaagcTGTTTAGGGGATTTAGACGCGGGTGCACTACTgtataatgcaaataaatacctGTAGTTATCAATAGCACTAAATAGCGTGGAATAAAGTAATTTGGTTAGAATTAGTAGTACTGTAAAACCTTAAGTAAGCAAGGAAGCTGGTTTTCAGGACAGAAATACCTGCATCATCTCGAACTTCGGTGTCGGATGATGGAtttccccatttatttatttatttatttatttttctttccatgaaCTTCATGTGGTCGTACCTCATCCAGTTTAGCTAAACATTTATTGGGTTTCTGTCTGGGTAGTTTTTGTTACAATGGGGCCACGTTTTTTGATAAGACATTGCAATGGTTCTTTTTAGAGCTGTGTTATTGCAATACATGTTTCCATGTTATTTTGGGTCATCtaattttttattgtcattcaTACATTTCCACTCCTTGGTCAAAGGCTTTCCTATTAAGGCGCTGAGTTAAGGTGCTGAGGACGAAGTGCATATGCTGCCACATTGCCTAAATGGTAATATCTGGGTGCATTAAAGCTCATACTGTGTTAAAGTTATTGTTAAATGaatataacatgttttaaaatataattgaataacGCAGTGGTTTCAGAATCTGCAAAAACTGTTACGGTTAAGAGATTTGCTTGTCTGCGAATTCTCAAGTCTTACAACTTTTGGTCactattcattacatttaatttgtgttgaatttaatgtttaaacgTAGCCCAATTAGGAAACCAGATATTTAAACCCATGAAACAGATCGGTATATGTAACGTACATTCGCACATTAAAAGGGGCTTAACATACAAACACGCTTATAAAATTATTCATTCGAAAACATTGATTTTGGTACTTGTAATGTCATCCTTTGGTCTTGCGCTCCTTTGCTTTCcctttaaattgtaaataaaatgctgtGTAATTGTAAGAAAAATAGTTACACATGACACCTGTTCAAGCAGCATGTTCAAGCACGCCAAATTATTTAcaggtctttttttaaatgatttttgttgtatttttaagtgttttaattaacattctTGAGAGCCTAAAATGGAAAATCTAAAGCAACATTAAAGCTCGTTCAGACGATCTAAAACGTGagttaatttagatttttattgtCCATGCCCTGATTAAGAGCAATATGCACCTAGAGAATGCAGTTTACACACTATACTAACACACAACCCAGAATAAGATCAGTTTGGATTAAACCTAAAAATGGCAGTTCTTTACAATGGTTCTTTCACGTACATTTTTGCACTGAAATGGTCTTTCAAGTagaaaatacaaagtaatttcTAGATGGTTTGTTGGGGCTTTATGGGAGTGGCATCATAACTTGTCTTCACCAGGTAGTAGGTAGAATTACCAGGAAggataaatatgcaaaaaagcaaaatgcaatttaatgtaAGTAGAAATActaacaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaatggtgATGTTAAAAACAAGGATGTGTAGTTGAAAGAGTGCATATTTTGTGATCGGTAAGAGTAGTTCAACATTGCACAATCTGTCTTTAATACTCAAGTGTGTGTACTGCTTCAGCAAAACTGTATTTCATCACGTTGTACACATTGATAACATCCATTGCAAAATCTGTGAAACCATGAGAATTTCCTGACATTGTGACTGCATTTCTTTGGTGCATAGTTCTACCAGGTCCAAAGTTATCCCAGGGGGtgcatttacaatttaatgtCCTAATATCTGAACCATAGAATGCACTGACGATCTTTTATAGTAGCATTGTTACATACTTTTTGCTCCATTTGAAAACAacttgtttatatgtattttggaGATTCCATATGCAGACTTATatcaatttaatatacatttaaaagatgtaGATTGTTCATGCCATAACAAAGATTACGGATTCCTTCATTACTGACAAAGAATCTTACCGATTCCTTCACTAGAtcttacttttttctttcagcatTCCACACTAAGAAATGATAATGGTTTTTCTggtcattattaatattattaat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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K13510 LPCAT1_2; lysophosphatidylcholine acyltransferase / lyso-PAF acetyltransferase

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00002574 True 6724 mRNA 0.37 12 20370543 20396006

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00002572 LOC106593690 coding upstream 131603 20229727 ~ 20238940 (+)
AMCG00002571 irx2,irx2a,LOC107558646,LOC107554509 coding upstream 336683 20030158 ~ 20033860 (+)
AMCG00002564 med10,LOC106588698,LOC107691542,LOC107595625,LOC107584362 coding upstream 960144 19407058 ~ 19410399 (+)
AMCG00002565 nsun2,LOC107595606 coding upstream 985242 19367316 ~ 19385301 (+)
AMCG00002553 NA coding upstream 1560164 18799860 ~ 18810379 (+)
AMCG00002575 slc6a3,LOC108272311,LOC107558633,LOC107564665 coding downstream 15830 20411836 ~ 20426798 (+)
AMCG00002576 NA coding downstream 61737 20457743 ~ 20463329 (+)
AMCG00002577 NA coding downstream 291344 20687350 ~ 20868956 (+)
AMCG00002581 NA coding downstream 625930 21021936 ~ 21054156 (+)
AMCG00002582 NA coding downstream 658500 21054506 ~ 21070496 (+)
G124178 NA non-coding upstream 10848 20359323 ~ 20359695 (+)
G124165 NA non-coding upstream 129664 20240585 ~ 20240879 (+)
G124150 NA non-coding upstream 208790 20161547 ~ 20161753 (+)
G124094 NA non-coding upstream 975819 19391123 ~ 19394724 (+)
G124070 NA non-coding upstream 986309 19333799 ~ 19384234 (+)
G124232 NA non-coding downstream 165616 20561622 ~ 20562263 (+)
G124331 NA non-coding downstream 729009 21125015 ~ 21170354 (+)
G124364 NA non-coding downstream 1257776 21653782 ~ 21654725 (+)
G124403 NA non-coding downstream 1398988 21794994 ~ 21795202 (+)
G124405 NA non-coding downstream 1399309 21795315 ~ 21795957 (+)
AMCG00002573 NA other upstream 37513 20241848 ~ 20333030 (+)
AMCG00002561 NA other upstream 1236976 19130067 ~ 19133567 (+)
AMCG00002562 LOC106579813 other upstream 1242596 19073693 ~ 19127947 (+)
G123989 NA other upstream 1532012 18832014 ~ 18838531 (+)
G123807 NA other upstream 2385813 17915436 ~ 17984730 (+)
AMCG00002622 NA other downstream 2591539 22987545 ~ 22990164 (+)
AMCG00002623 sqle,LOC106579093,LOC106605546,LOC107686341 other downstream 2672118 23068124 ~ 23180043 (+)
G124689 NA other downstream 2756642 23152648 ~ 23290535 (+)
G124769 NA other downstream 3281929 23677935 ~ 23681385 (+)
G124863 NA other downstream 4026246 24422252 ~ 24422613 (+)

Expression


Co-expression Network