AMCG00003082


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00003082
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030139.1
NCBI id CM030139.1
chromosome length 23121578
location 10973489 ~ 10982163 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00003082
CATCGTTTAAAAAGTATATCGCCTATCCCTATGTGGAGGTATACATTACTATTTTACAAATTGAGCATTTATGAATTCATTACGAagtaatttctaaaaaaaaacaacaacaacagaaagtgTCAATTTTGCTGTAGTAGTCACTTATTTTGGCGATCTATTTTTGAGATCTCTCCGTCTGACCAATTAGATTCATTTCATgcatactgtacacactgtatcATGTCAGAACGGTATCAtgtaaaactgcttttttcCAGCAAAAAGGAAAGCATCGTATTATAAGGCCTGGGAGAGCAGTTGAGAGGTGGCCAAATAgtttgatgtgtgttttttttggaaaCCACTGGAATCTGCTGGACCGCAGACTACATACTCCACATTACTGCAGGTCTCAGACAACAGGGAGTGCCGGCTGGAGGAGCCCAAGGTTAGAAATGGAACTGTCTGTCTGAATGCTGTCTGTTCTTCTGAATCTGATCAGGTTTTGTCCGATATTAAGAGATGGTGTGCTTGTAGGGTGTAGGGGAGGTACCTgcaaccaaaaaacacacaccaataAAACACTTTTAGTAAATAAACTAAGGTTTAGTTATGCAAATAGTTTGGCACCCTATTGTACTCCAAATTCAATATGTTTGACCTCAATGTAAACTTCGTaaggcacagcacagcactagcTTTCCCCTAGTTGGGCTTATTTACTCTTCTGCAGCAGTTTCATTTCCTGCGGGGAGATGAGAACAAATGATAAAGCCACATCCTGTGCCTCAATACAGCTCCCTATCAGCTGAGCTGTGAACAACACTGCACAGCaaaagtgatattttaattttttacccATCATGCCTGGTGCATTAAATTGTACACTGTATAAGATCGTCCATGTTGACTCTCTTGTCTGGGCTGCTCGCTTTATAAAAGATCACAGAGCAGAATGCAGTCAAGCCCACGTCACCTCTTGCAATGTCGAAGAGTGGCAACTGTGACATCTCAGTCTGTACTTTTTAACGTTCAGCCCAGATGTTCTTCCTACACCTTTGTTTTCCACTTCGGTTCGTGACCGAACAATTTAGGTCAGCTTCAATGTTAGCACAATAAGGCCCTCCAATAACATTTCTGGTCTTGTAAACTAAGCAAAGTTAGAACCTTTAAATTAGTACTCattcactgtatttaaaaaagtagtGTCTTCAGGCCTCATATAGGCCAGGCTCTGACTCACCTCACAATTAAGTGTTGTGGTTTGCGGTGGATCACCTGGATAGATTTTAAAGACGTTCAAGAGTTTAAAACATTACTTGGGCCAATGACAGGAAACTCTACAGCAGTTTTCTTTAATTGTGTACAGTAGTTTTCATAACAGTAAAGGCTCTGAAACACATCACACTAAAGTCCCTATAAGCTAGAAGTAGGTGTATGGCAGGTTATGCATAGCAGCATTGTGTGGCCACTCACAACATGAAAGCCTAATCAGCTGGCCAGATGTTCATGTTCATATGATGATGATCAGTAATAATAGCTCTTACATTCTATGACTACTGACATGAATAATGCATAGTTTTAAAGTGTCATGAAATTgagtttttcttctttaatataGATTCCActtattcaaaaaataaatccactcCCACATATTAttcttcagttgtttttaattatgcctATGCCTGTAAATAGTAAAGACGGgaatcatatttaataaaacaaataacaataataagcaGCAGCTCCATGAGTAATTCAGTCATTCAATTACTCATCGTTTAAGTTGTTGTTGAACATAGGAGGACAGGTGCACTTTGTGTTCACTTTTTTATAGTCCATCTATTTATGGTTTGTCAAACTGCACCGTGCAAAGTGTTCTCTTTTTCTCACACCACAGAGAATTTGTCAGTTTGACTTTCAGTGCAACAGTTATTTTCCTTCCTCAGAATTTAGCAGCTGGGGCCAAAGATGTTTAAATATGACAATAATGACAGTAACCATCATGTTCATGAGAAGCTAAATCATGCTTGTCAAATACTTTATACTACAATgacaaattgaaacaaaataacagcCTGTAGCTTGCTGGTTTGGAAAGTAGACTATGTCATATGATCAGCCAATTTGGAAAATCAAAAATGTCTACCTTCCTCAGACATGCCCTTGGAGAAATGCTTACTGGCCTAAATCATTcagtaatttgtatttattgttcaatTTCTGCTTCCAGACATGCCCATTAAAATGATGTTACAACAAACAATTTTGCACCAGATGTCTCTCAAACCATTAATTCTGTCTCTGTCATGCAGTGGGCTCTGGTGTTCGGTGTTACTTCTGCATTCTGTTAACTCTTCACACATCTTGGCCTGGTTTCACAAGGCGTGTGTATCAGTAGGCccatttcttaattttgttgCAGTTAAGCCAACAACCATATTTGATTGTGGGAAGATTAGACCCGATAGCACTGTATCAAATCTCTCCCCCCAAACACCATCGATCAACAACAGCagcaccccccgccccctctgTCGGACTCACATGAATGTCCCCTCCCCTTCTGAAACTAAAGTTACACCACTGTGAGATTACATCCAGATCACAACAATGTGGTAGAAACAAGTTTGTTCTTTCTAGCAGATGATAGATTCAGATAGAACCCAGCAACAATtgtctgaaaaaatatacaccACTCAGAATAGTGAagtaataatacagaaaattaCTCCCTGTCATAGAGTGAACCCCTCAGGTTTGTAAGATaagcttaatttatttagcactgaacttaataaaaacacccagaaatgaaagaaaatgcagtaCCAGGAACCAATCTTCTTGTATTATGTTCCAGTGTTAGTACAGATTCCAGTTGAATCTTGAGTTAAGATAGGGACAatacttcaaaatatatatgtcattTATTCATGTCTTTTACATATGAAATGAGTCTTTGCCTATCTTCAGTGCACTTTGCTCTATTGAGTGAGTTTGGGAGTGTCAATGTGAAATTCCTGAACAGAATAGAAACCATATCAAGGAGCCAAACTTTGAATATATTTAGATTGGAACATCTGCAAGGATGTTTATGGATGGCTGAGTAAGGAAAAGACATGGAGCACAGGAGCGGAGTGAGGTATTACCTGAAAAACCTGGTGGCATCATTAGGGAACAAGAGTCACATTAACACAGAACACAATTGAAAATGCATGATtgaatttggaaaataaaaattcatttctgttaattaaaaacaacataaaaaaatgatcTGGTGTACACTCTCAGTTCCTTTTCTGCTCTTCGGATCTGGAAAGCAACTGGGTTCATCTTCCCCTTTACACAGCACTAGTGACAGTTAGGAATCTTTCACAATGTCCTGTAGAATTAAAAGAgaaatttgctttccaaagcttttaaatctttttagaTTTCCTTATTCTCAATAAGTGTGTTTTCAGGATTGAACATTCTCCATATCATGAAAATAATATCTGCTTGTTTCATCATCATGTATACATAGGCAAAGCCTGCAATCCTTTCAATGTTATCCTCAGACTGTTTAGTAATTATTTaagaaattcaattaaaagctggaaaaataaatatgtgcacaTTTTCCTAAAATGTCACACTCTTGTTTTCATCAGGGCATTCCTGGGACAGCTTACATATTATGACATAACTCTTTCACTTGAATACTATGTTAGCCTGGGTTGAAAACAAAGacttggaaacaaacaaatttaaTAATGCCTTAAATTTGCCGTGTAAATCTCAGGATAAAGCAGCTGTCTTTGAAGATTCAGGCAGGCATTAcataacaaatatacaaacatacaaaaataacacaccAATGAAGATGTCCTTATGTTCcgcaaatggaaaataaaagtttacttCAGTTCACAAAAATGACCTACAGTATCTGTTTCGCATGAGGAATACTGTGTGGCGATAACCTTGTTAGAGTGAAGTCTGTGAACTTCAGACAATTCCTCCACATCAGATCATTTTGATTAGAATGTACAGAATCCACAAATGCATAAGTATAAAAGCATATATTTGTGGAACATGGAGCCCTACTAACCAAGTCTAATAACTGAAAAAATCACCCATGAAACCAATTTCGTTTTACCAaaagtttttttggggggaaagtCCATGCAGTCTACCTGAAAGAGTACCATCATGAACACCCCCCAAACCCCTCAGTATTACTTACTCATCATAATATAGGAACAGTTATTGCCATTGAGCATCAGAGTGGTCAAGGAATGAACCCAAGTGTTAATTAATCAGCTAAGTACATAATGTCCTGTAATTGAAATAAACCTTATGATAAGTACAGGATTATTGTCTGGCAATGACATGTTGTGGAAAAAAAGATGGATAATTTCTGTTTAGAGCCTGgtagaaaaaaacatcaacatgtAATTACATTGTGAAACTGTTGGTATTTAAACATAATGCAGCGATACACAGTATATGGAATGGAAAGGTACGTCAGTAGGGTCAACTAAGACGCCGAGAAGTTAGAATTGCAGAAAAAACAGCTGTAATTAAGACACTTTGAGATTTTTCCTTGGAAGAATGAACAAATGAAGAGAGTAATCGTACATCCAAACCAACCATAAATGATATGAGTTGCGGTGTACCTCAAAGGTACTGTGTAATAGGTataagtattttttatgtacACTTTTAGTCTAATACAGTACGGCCTATCAGAACACCCCTCTCCAATTAATACACacatcaataaaatcaatacatacatacacgaGGGGGTTAAACTACCTCTAAACATGGCATTGAAAAGAGAAGAGTGTTCTGATAGATGTCCTCACGGCTGTAGTGGTTCTTGATCTTAACCTTGATCCTGATCTGACCACCACACCATCAAACCGTTTCAACCTTTCTAACATAAATACTTAAGAGACCAATAGAGGTTGTATATAGtctacacatgtatacatacacatatagtggtgtatacacac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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04672 Intestinal immune network for IgA production

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00003082 True 6945 mRNA 0.37 3 10973489 10982163

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00003086 NA coding upstream 6061 10963206 ~ 10967428 (+)
AMCG00003084 NA coding upstream 11996 10959979 ~ 10961493 (+)
AMCG00003072 LOC108414772 coding upstream 31905 10922596 ~ 10941584 (+)
AMCG00003074 NA coding upstream 55445 10915617 ~ 10918044 (+)
AMCG00003073 NA coding upstream 65779 10900815 ~ 10907710 (+)
AMCG00003083 vps26a,LOC107676600 coding downstream 3963 10986126 ~ 10994512 (+)
AMCG00003087 supv3l1,LOC106589826,LOC102775654,LOC104944967 coding downstream 13142 10995305 ~ 11002093 (+)
AMCG00003088 hkdc1,LOC103047009,LOC106612435,LOC107743550 coding downstream 21800 11003963 ~ 11015125 (+)
AMCG00003085 hk1,LOC107676584,LOC107666459 coding downstream 36879 11019042 ~ 11039328 (+)
AMCG00003092 NA coding downstream 70824 11052987 ~ 11105353 (+)
G140436 NA non-coding upstream 316498 10653333 ~ 10656991 (+)
G140435 loxl4,LOC103368016 non-coding upstream 341000 10632263 ~ 10632489 (+)
G140434 NA non-coding upstream 345607 10624763 ~ 10627882 (+)
G140351 NA non-coding upstream 683554 10288437 ~ 10289935 (+)
G140340 ubtd1b,LOC106578996 non-coding upstream 721964 10247835 ~ 10251525 (+)
G140612 NA non-coding downstream 225343 11207506 ~ 11209502 (+)
G140632 eif4e1c,LOC108444323,LOC103032634,LOC107708453,LOC107690176 non-coding downstream 263093 11245256 ~ 11247278 (+)
G140692 NA non-coding downstream 498642 11480805 ~ 11481037 (+)
G140694 NA non-coding downstream 506067 11488230 ~ 11490662 (+)
G140723 NA non-coding downstream 555484 11537647 ~ 11537954 (+)
G140478 nkx23,LOC106591187,LOC101065636,LOC101073339,LOC101063040,LOC104962797 other upstream 216649 10754901 ~ 10756840 (+)
AMCG00003066 LOC105931228,LOC105012084,LOC107588449,LOC107706116,LOC108435714,LOC103374338,LOC103154480 other upstream 289877 10680771 ~ 10683612 (+)
AMCG00003019 NA other upstream 1120036 9844776 ~ 9853453 (+)
G140189 NA other upstream 1193037 9778250 ~ 9780452 (+)
G140030 NA other upstream 1643025 9325488 ~ 9330464 (+)
G140613 NA other downstream 227410 11209573 ~ 11212111 (+)
G140693 NA other downstream 504028 11486191 ~ 11487884 (+)
AMCG00003129 rab11fip2,LOC107585298,LOC107733785 other downstream 1389836 12371999 ~ 12678159 (+)
G140939 NA other downstream 1748568 12730731 ~ 12739767 (+)
AMCG00003141 LOC105923605 other downstream 1896522 12878685 ~ 12882998 (+)

Expression


Co-expression Network