AMCG00003257 (ablim1)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00003257
gene name ablim1
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030139.1
NCBI id CM030139.1
chromosome length 23121578
location 16464294 ~ 16500994 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00003257
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>TU178262
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Function

symbol description
ablim1 Predicted to enable actin filament binding activity. Acts upstream of or within cilium assembly and lamellipodium assembly. Located in lamellipodium and stress fiber.

NR:

description
PREDICTED: actin-binding LIM protein 1 isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

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TU178262 False 9026 lncRNA 0.37 3 16491426 16500980

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00003253 NA coding upstream 16033 16424886 ~ 16448261 (+)
AMCG00003249 LOC105010526,LOC106607942 coding upstream 471771 15971795 ~ 15992523 (+)
AMCG00003248 gfra1a,LOC107754853,LOC107557962,LOC103356746,LOC107711414 coding upstream 533263 15927768 ~ 15931031 (+)
AMCG00003247 NA coding upstream 572428 15887116 ~ 15891866 (+)
AMCG00003243 tspan14,tsn14,LOC106577130,LOC107743579 coding upstream 1163154 15288624 ~ 15301140 (+)
AMCG00003260 NA coding downstream 89773 16590767 ~ 16610586 (+)
AMCG00003258 LOC107689962 coding downstream 124456 16625450 ~ 16653567 (+)
AMCG00003259 adrb1,LOC102789796,LOC107581665,LOC107689959 coding downstream 164440 16665434 ~ 16671432 (+)
AMCG00003261 NA coding downstream 210278 16711272 ~ 16722062 (+)
AMCG00003262 NA coding downstream 244230 16745224 ~ 16748526 (+)
G141592 NA non-coding upstream 1209450 15252840 ~ 15254844 (+)
G141582 NA non-coding upstream 1246743 15217242 ~ 15217551 (+)
G141574 NA non-coding upstream 1273949 15189983 ~ 15190345 (+)
G141573 NA non-coding upstream 1277969 15186071 ~ 15186325 (+)
G141405 NA non-coding upstream 1947784 14462167 ~ 14516510 (+)
G141829 NA non-coding downstream 297965 16798959 ~ 16801312 (+)
G141885 NA non-coding downstream 531431 17032425 ~ 17035242 (+)
G141955 NA non-coding downstream 1016726 17517720 ~ 17517921 (+)
G141965 NA non-coding downstream 1202178 17703172 ~ 17703460 (+)
G141966 NA non-coding downstream 1211666 17712660 ~ 17712864 (+)
AMCG00003207 NA other upstream 1858746 14601317 ~ 14605548 (+)
AMCG00003195 NA other upstream 2164301 14283850 ~ 14299993 (+)
G141331 NA other upstream 2279651 14180780 ~ 14184643 (+)
AMCG00003182 NA other upstream 2333019 14122783 ~ 14131275 (+)
AMCG00003168 LOC107706030,LOC107743565,LOC107666486 other upstream 2720751 13724910 ~ 13743543 (+)
AMCG00003256 NA other downstream 26195 16527189 ~ 16559206 (+)
G141962 NA other downstream 1175285 17676279 ~ 17678522 (+)
AMCG00003291 bbip1 other downstream 1220250 17721244 ~ 17725381 (+)
G142078 NA other downstream 2087580 18588574 ~ 18692204 (+)
G142172 NA other downstream 3034699 19535693 ~ 19537091 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_006893 ablim1a coding NC_007124.7 CM002897.2 43507383 ~ 43599939 (-)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01180000_08123227_08149912 ABLIM1A coding CI01180000 null 8123100 ~ 8149912 (-)