G139916


Basic Information

Item Value
gene id G139916
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030139.1
NCBI id CM030139.1
chromosome length 23121578
location 8499384 ~ 8507103 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU175982
TTCGCTATTACTAAGACCAGATTTCAGAAATGGTATAAACTTTAGCCactgtaatacaatacaatactgttCTTCATAGTTACACAATTATCTTTTAATCATGTTTGAACATTAACTTCAAAATAACATCATATAAAAAGAGCAACACAAACATggttcaatattttaattcagcAATAAAACTCTTTAAAGTACTAAAGCaagcttttgttttctattcGACAAATAAGGCACATTTCGGAATGCCATTTTATGGGCATTTAACAGCAGAGTTTTACATTCCTTGCACATTCCCATTTTGTTTGCCAGCCTCTCTGTGTTTTGCCCATTTAAATTTTAGCATTAcagtcattaaaaaacattaagttAGAGAAATTAAACCAAGTAAACATTGGTAACTAAATTATCATAAAGCAGTGTACATTATTTAATCTACCTTACATTCAGAAAGGCACTGAAAGTCAGCATGATACAATATTAGTTTGTGTACACTAGGATACTATATAGTGAATAAGGCATACTATAAGTAGTTTGGTGTACTCTAGGGTAACATACAACATTCTGTAGAACTCACTAAACACTCTATATTGCattaaataagaatatattacAAGAGAAAAACGTTCttcaatcaattttaaaatgacatgcacatgcacattcTACCATAGTTGTatgtttcacacattttcattacagAAAAGCAAATTATGAACTATGCAAACAATTTCTACATTAGTTCCTTAACAATACTGCTTTAGTAGATATTTAATACTAGAACTCACAGTTTCTTGTGCTTGAATACAGTGGTGagtgtcaaattaaaatattaaaaaaaaaacttgtatgtATTCCATATTTGAAAGCACACATTATTGCCTTTACATTTACTGTTTCCATAATAATaaattttaataacataaacatCAGTACTTCTCTTAGCTAATAaactttattacatttaatactgCTCTTCAAAATAAGATACTttccaaaatacacatatatgaaCTCCAATaagcatattttaatattagtttAAGCAACTGAATAAcataattggttaattaattcTGATAATATTTTCATCCAtataaaacgaaacaaaaatgGCTTTTAAGAGAGCAAGGGTATTTAAGAATTATGTACCAACCGTCATATAATAATCTATGTAGACATCAATATTTCCTTCTTAGTGTAGTTTTCTTGCATActttatacagaaaaaaagcattgtAAAAAATCCTTCCATAAATATGTTCTGCAGGATAGACCCTCagattgtaaaacatttaagaaaaactcCCAGCTTGTTTGCATTCCAATAAATggccctttttaaaaaaaaaaaaaaaaagctcagacattgcaaaataacattttcaaagaatgaagagtctttaaaaacaaaagatggCCTTcgaatatatacataaaaaggtCATTGCAAAAATCTCGGTGAGGGAAGGAACTTTTTTGTTATACTTTGCAATTGTTCTAAATTTTTTAACATCTACAAAGGTttccaaaatacacacattgtataaataaaagaaagaaaaaaaatctcaatacTCAAAAGGAACTGAAAAAGTCAAGTATATCTATCTCAAGACAAATACATCTGCAagcatttaactttaaatatttcataaatggGTGTAGATTATAGTCTTGTATCAGCTCTGCAGGATTGTCcccttttaaaacattacatgtgTACAGATCACAgcagatttttatatatatatatatatatatatatatgcacttcTCTCCCAAATGTTTTACACACTGTAACTCAAGACCTATATATATGCTTCAAACACTGGATTAGAAATCATTCAGAGCGATCCTGAGTTCCCTGGCAATTAGTCACCGATACAGTGGAATGATATTCGCCTTGCTGATGGGTTCAgatttctaaaaatgtacatttcaaaaaaataataataaccctgTTTTGCAGATACCACTGTCTTTGTTTGTGAAGAGATATGATGCTTAAATCACAGATGCATCATACCTTTCATAATTAGGGAATTAAACATCAATGTCTTTAGTGTATCtatggggaaattaaaatagaCAAGACCTGCAGTATAAAGTAGAAAACAGAAATTTAGAACCAATCAGGACAACATCATAATCACTGGCATTAGTAAGTGGTgcaactggaaataaaataaaaacacattttatattcgTGGGAATAAACCAATCTAGGGTAGTTTGCATTGAAATTGTATTCAGTTGATAATCAGTCAGGAGTCGCATAGAAATTCATAAagttattataaaaatacaactagtttttttttattgaagcaCATTAGATGCCCAGAGGATTTAATATTAACTTTTTGCAtgtgtataattgtttttgtttattagaaTGGTGTATTCAGACTATGCACAGTATAACAGTCAACAGTCAACTGATGCTGTTAAAGAAATTATTAAAGGAAACATTCTCCATAGCAGCCAAACTTTACAAAAAGattacagaaattgaaaaaaggcttacatatttcagtatttttccaGCCCTACCCTATCCCATGGTAGCAATTGCATTTATGTGTAATATAGTCATGTGTTTTAGTCTCTCTTGCCATCTTAAATCCATTATCTCGTCATCTCTGACTCTGCAAATGTTCACACTGATGACATGCAAATAAATCTTAACACTGAACATGCATGTATAGTATTATTTCACACTAGCGTTGTATTCAGACAATTACTCCAGGCACAGAGATGACgtctcaaaacaaaaatgatccTTTTAGAGCATGTGACAACATAGCAGATTGTCAGCTGGGGTGAATGCCTTTACTTAGTGAATCGCTGGCAATGAATGTCGGCTTAAGATAGGACAAGTGTGttaatttaaagtgcatttagtaacattttaatatgttgtaTGGTCTCTGTATCTATCTGCTCTATGTCATATCTTAATACTGTTCAAATAAGAGTTTGTAAACAGAGAAATGGGGAAGCACAAAAAACAAGTTATAATCGGCATGGTTACCAAACAAATAATCTTTCACATTAACCATTTTAAACTTGCTATTAACCTAGTGTATTTCCCACCATTTTCAGAACTTCAAATAACATTTCCTAGCTGTCTCCATGACAACAGAGCTATGATTGTTTTCGCTTGTTGGAAATTTTTGTTCATGCTTCCAAGCCAACTGATGGAGTCAAGGAAAACATTAGCCAGTTTACCATGTcagtaattgtattgttttcccaTCCTTCTATACAAACTTCACAGTGCTATGGGTAACACCACATCATTTTCAGTTAGTTGCTTGACCCTGCATCATGCTCAACCTTGCATACTAAAAAGTAATCCTAACTGTGCAACATCTTTCCTTGTTTTATATTGCCTTTAGCTATGAATTATTGCAGAACTGCATTTTACTTATTgcattcaaaacattaataGTTTTTTAAGCAATTAACAAAAGTCAAAGTATACACTTTAAGCATTTCAAGTTAGTCTCCCCAATTACatattctaaaacaaaaaaacgatgtTATATTGCATATATACAACTACAAATTCACTTGAGTACAATGCCCTACTAAAATGCCTTGGGCTTAAATACGACCATCTTCATGTACAATTTGTCGGAATTTGAGGATGAGATATTCTGAATTGAATCCCTGAACTCCTGTTATTTAAACCTTTCTGTTGCTAACTTGATACTTGAAAAGTTCAAAGCTCAATCTGATGTCAACTTCACAACCAGGAATCaccttgttttctgtttacaatTCCCACAGGGGTCTGTATCTGGCACTGCAGCTTTGTGATATCGAAAGGCAATGAGCTTCAGAATATTTGACTAAAGTAGTCTATCAGGTCAGGATCTGTAATTCTGTCCATTTGAAAGGTTGAATAAACAGAAAATCAGAATGCCGTGCTACCATGGTATAAACATTTAGGCTATATGATAAGGATTCGACTCCGTTcggcaaaaaaaaacattgagaacAACAGTGTTTAACATTTTGGTAAATGGCACGTTCTGTAAACCTTCACTGTAATTTGATTGGCACGTTCACAAAAAAGCCTCTGGAAGCCTTTAAAAACTTCTTAAAAGCAGAGAGGTAAATTTGGAGGCGTTAAACCTTCCTTCAAAAAGTTCAAGTTTTCTGTATAATACTGACAGCAAATTAAAGAACCAAGACCACAGTTTCACTTTACCACTTCAATCggcactgtaaaataatttcttATCAACAAAACTTTCCTGTGTCTTTTcagcacaaaattaaaatttcttctactctctctctgccctttTACACTCAGCAAACAGTTTCCCTTTAAATTACTTAACATTTCTTTCTTCTACTGTCTGTTTCCATCTGCTATGAGATTTGTGGTACAATTTACAGGTAATCCCTTTTCAACAGGATTCCCTttccagaaaaatatattttaaacaagagAATGTTCCTCGTTAACTTACACaactgttcaaattaaaaaatacaattatccTTAATTGGTATTAgtgtaaaacacaaaagtgcaaaagacttgtaacaaaataatactgGCAAGGAAATGCAATCTTACAATTTAAATCTGccaattaacatatttttaaaaaggtagcAACCAAGTATTTAAGCCTCAGAACTGcccaatgtatttaataggattttacagtttttattaggTGAGATATAAATCTCTTTGCCCATTCTAAAGTAAGGTTTTATAGATTTCAATGGCAACTGCAGGCATCCAATATAAGCAACAAACCCTAAAGTAGGTATAAGAATTTGCTTATCTGGTACTATTTAATTAACAGTGCAACAGACCTGAGTAAAAACTTTTGCAATGTAACAGCACCGTATTAAAGCCCTGCACAtctactttgtattttaaatgcagtatgAGATACAGATCATGTTAGTTAAAActtgttattttataaattggtgaGAATGATGGGTAAATGCCACCTTTTGGGAAA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Function

GO:

id name namespace
GO:0061448 connective tissue development biological_process
GO:0051216 cartilage development biological_process

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU175982 True 6682 lncRNA 0.33 3 8499384 8507103

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00002983 zmiz1,LOC103381918 coding upstream 11591 8476692 ~ 8487793 (+)
AMCG00002977 rps24,LOC102780737 coding upstream 264984 8229647 ~ 8234400 (+)
AMCG00002976 NA coding upstream 286289 8206391 ~ 8213095 (+)
AMCG00002973 LOC107595167 coding upstream 326880 8136740 ~ 8172504 (+)
AMCG00002974 NA coding upstream 417590 8070984 ~ 8081794 (+)
AMCG00002984 anx11,LOC100702381,LOC101468000,LOC102303799,LOC102214080,LOC102778943 coding downstream 46476 8553579 ~ 8564616 (+)
AMCG00002989 dlg5 coding downstream 77391 8584494 ~ 8635277 (+)
AMCG00002990 NA coding downstream 134812 8641915 ~ 8642438 (+)
AMCG00002991 kcnma1,LOC102213110,LOC106949528,LOC106919544,LOC107676421,LOC102314531,LOC106517014,LOC108243866 coding downstream 232635 8739738 ~ 8770076 (+)
AMCG00002992 LOC108263740,LOC103386992,LOC106613356 coding downstream 287704 8794807 ~ 8817964 (+)
G139915 NA non-coding upstream 158 8498014 ~ 8499226 (+)
G139906 NA non-coding upstream 219255 8279656 ~ 8280129 (+)
G139880 NA non-coding upstream 317850 8181305 ~ 8181534 (+)
G139850 NA non-coding upstream 477983 8020020 ~ 8021401 (+)
G139838 NA non-coding upstream 493934 8003904 ~ 8005450 (+)
G139917 NA non-coding downstream 774 8507877 ~ 8508483 (+)
G139918 LOC105903367,LOC108245402 non-coding downstream 28977 8536080 ~ 8536374 (+)
G139919 zcchc24,LOC106608383,LOC107564348 non-coding downstream 35624 8542727 ~ 8543283 (+)
G139995 NA non-coding downstream 343076 8850179 ~ 8851686 (+)
G139997 NA non-coding downstream 413365 8920468 ~ 8920730 (+)
AMCG00002982 NA other upstream 2419 8493005 ~ 8496965 (+)
AMCG00002965 eif4ebp2,LOC107564345,LOC107668794,LOC107716353 other upstream 454971 8037577 ~ 8044413 (+)
G139784 NA other upstream 572552 7923182 ~ 7926832 (+)
AMCG00002960 NA other upstream 578476 7909252 ~ 7920908 (+)
G139720 LOC103376252,LOC104927182,LOC102078543,LOC101474510 other upstream 1119897 7376687 ~ 7379487 (+)
AMCG00002996 NA other downstream 729637 9236740 ~ 9244099 (+)
AMCG00002998 NA other downstream 793208 9300311 ~ 9316633 (+)
G140030 NA other downstream 818385 9325488 ~ 9330464 (+)
G140189 NA other downstream 1271147 9778250 ~ 9780452 (+)
AMCG00003019 NA other downstream 1337673 9844776 ~ 9853453 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G91327 NA non-coding NC_048565.1 CM023219.2 81160011 ~ 81164594 (+)