G142419


Basic Information

Item Value
gene id G142419
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030139.1
NCBI id CM030139.1
chromosome length 23121578
location 20767354 ~ 20771779 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU179141
CCATAGAAagtctgtggagggagctgaaggttcgagttgccaaatgtcagcctCAAAACcagacttggagaggatctgcaaagagaagtgggacaaaatccctcctgagatgtgtgcaaacctggtggccaactacaagaaacgtctgacctctatgattgccaacaagggttttgccaccaagtaccaagtcgaaggggtcaaatacttatttccctcattaacatgcaaatcaatttataacttttttgaaatgcgtttttctggatttttttgttattattctgtctctcactgctaaaatacacctaccattacaattatagactgattatttctttgtcagtgggcaaacgtacaaaatcggcaggggatcaaatacttttttcccccactgtgtgtgtatttatttatttatttatttgagaagGTGCAGTTTGGTGCATGTcctgttttggttttataatgTGTGCTTAATAGAATTTGGAATCATGATTCACCTATTTAACCTCCCATCTCACCCCAAATTAGACCAATCTATATGGATTATAGGTATAGGTATTACAGGTATTCTGTCTggtatcttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatatataataatgttgtgaaatatttgtaagaaactgaaatatgttgcttgcataagtattcaacccccaCACATGAATACTTGGTAGAGCCACCTTTCGCTGCAATAACAGCTTTTGGAGTAGTTATGTACCAGCaggcccattcttcttggcagatttgctccaGGTTGTTCAGGTTGGTGGACAACGCTTGATGACCACAATTTCCAAATactgccacagattctcaatgggattgagtTCAGGACTTTGATTTGGCCAGTGTAGGACATTCACCATTTTGTTCCTGACCCACTCCAAtgttgctttcagttttgtagCGGACTGAAGCAAGTTCTCTTGCAGTATTTCCTTGTATTTTGCCCCATCCATTCTTCCTTCCTTAAATTTTAACAAGATGCcaagtccctgctgatgaaaagcATCCTCACAGCATGTTACTGCCACCACCATACTTCACTGTAGGTCTTGAGGCATGGGCAATGTTAGGTTTGCGCCATCTtggtttcatcagaccacaaaaccttttccCACTCGTTTTTGTGGGTCATTCTCATGCTTTCAGATGGTATTTTTGAGTAATGTCTGTCTTGTCACCGTCCCATACAGGCCAGTGTTATGCAGAGCTCTTGATATGGTTGACTCATCCACTTCCAGCCACTaaactctgtagctccttcaaaGTGATTGTTGGCATTTCTCTTTCTTGTTGGAGCACTGAGTTATGAGGGACGGCCTTTTCTTGACAGTGCCTGGGTGGTGTGATGCAGTTTCCACTTCCTGATTATTGATCTAACTATGCTCACTGGGATATCCAAACACATGGATATAATTCTGTACCCTTTTCCTAATCTATGCATTTATAAAGTTATCTCTAATTTCTGTAGAATGCTCTTTGGTCTTTAATTTTGCTTCGGATTCACAGCCTGACCAATGATCCTTCAACAGTGTGGGTTTAATCTAGAAAATGTGAAATCAACTTTAATTTCACACGTGGAGGCTAATGGTAAGGTAATTATGTCCTCATTAGGGCAATTTCTTTAATCTGTGTAAACTTggagcttccacagcacaggggttgaatacttatgcaacatatttcaagtttttaatttttcttagaactatttcccaacataaaaccaattgGTCAGGGGTCTTATGGTttttgggttgttgttttttacacttACAGACGCTACCAAACACACTGGACTCTCAGTTTAGGTGTAAACCTATACAGTGTGTATGGGTTcgtttttttgatttttgtatgcATACAACAATGTTTGTATAAGGGTGTGAAAGGAGGGAATTGTAAAGGTGTCTGACCATGCTAGGAGGGCATATCTCAAAAGATTGAATTGGCACTAAGTAAAGATTTTTGAGCCTGTCCCACTTTTTGTACATCCACTTCCTGTCCAATAATACAAAGAAGGACTTTTCTTTGTAAAATACACCTGTATTGTAAAGCATGTGAAGCATGTTCATGTATTATATCACCGGCTTAGCTTTTCCTTtgagttacattacatttgggTTGTTTATGgaatataaacatgtaatatatGATTCATATATCCTGACAAGCTTTCCCACAATCCAGTGCACATCCAAAAATctatatatgatataatataaAAGGAACAGCATCCATCTAAGGACTATGGCTTAGTTTAACAAACGTACCTTTGTATCAGAAAAACACTTCCAGAGTAACCTTTGGGTTTGTTCCCATTGCTATTCTTCATTTTGAGAATATGCTATTCTTAATACTGTAGGCATCTGATAAGGCCCACCAGAAAAATCAGAGAAGGATAAAATGGAcgtatttgtattgattgaaaCATGATGGCATTTGTCTAATTTCTGGTAGCCAGAATGGAGAAAACAAATTGATCTGAATTAAAAGGCAGATTTCTGATGTGACCAGGTTGGAGggcatttatttctttatgccACAGTGGATATATTTAACCACATACAATTTCAGAATTCTTAAAGTCagatgcatgtttttgtgtttgttctaaTATCCAAGTATTAAAGGCAGCTGTCTCTGCAAGGCACATACGCACAATAAGGCCAACAAAAATGGTTTGTCCAAAACTCAGAACATGACTATAAGTGCAGGGGATTTTAGACTATGGTCATGTTTTGCAAGCATTTCAGAACACTTTGGAATTTGCTGACGTGCCCTCCCAGTGTTTCACTGTTAAGGTGTGTTTCACTGGACTTTAACCTATGTGCATATTGCCATGGTTACCATTTTTTCAGTTCCCTTAATTTGTATCATCTTGAGAACAGTGACTGAACACGCTTTACTGTGCCATGGTCTCCTGTGTTCATATAATTTTGGTAGCCAGGTATTTTCATCAGACTGTCATTTTGTTGTAAGCATTTCTAGTATATTTAGGGCTAGACTGCAGtccagttttaaaatgatttgtaaatgttctaCATTTTACCCTTCTATTATCTTATCAACATAATCAGTTATTTATGCCCTAGAAGCTCTAAAGAAGTGGCAACAGTACTTTTGAGTGCACTTGTGCAAATAACTTTTGCTGTTATTTACCTTGAAAGATAATTTGACTGAAATTTTGGCCTAGTTTGAAGGgtgtattatgtacatttatctAACATTTTGGGTTGGTTAATACATGACCTTACTCCTACcaacagaacaaatattttgttgaagtgtattatattacataatgATTGTATCTATCTTATTCTTTGAAGGTTTCCAGTGCTACTGTTTGTGCCTTGAGCTTTTGCCTCATAATTTTGCGATTATtccactgtaaaaaataatattaaaaaaataataaagcaatatttcACTGGCTTGTACCTTAATTGTTCGCACTAACCACCAGTCTGAAATTAACAACCCAAAACTGTAAACCTTTGAAGATTCAAATCTAGAAAGACAAAACAGGCATTAAAAGAGTAAAGCaatggtttttttttctacaaaggaataaatgttaatttggaaaATTTTAGATAATTTAGTTTGGAGAAAAAAGATTGGACAGTTGCCTGATTTTCTTAAGGTATTCCCAGAAAAAGCCTGGAACGTCTCTCTTTAAAGGAACAGGCTGCACTAGGTTCGTTAAAGATCTGCTGCTGTACAATTCTGACCTCTTGATTTAAATCATCATTATCAATTGATTTGATGTCAATTTAAAGTGGGTAGGGGGGTATTTAAAGACATGCTTCAGGAGCAGGTAAATCTAGAGGGAAGCACTTCATGACAGTGCTCAGTCTGTTtttggaggagggggaggggaatcTTTTGAATGTATGGTTTTCAATAAGCCAGGAAAGCGTGAGCTGGATATTAATCCTTTACATGCTCACTGTGCAGCGAGGTCACTGCATGTCCTGCAGGCTTGCATATAGTGTGAGCTCCCAGTAcccagcatttttgtttttaaactgtgcaGGTTTGGAGACTGCCTGTTTGGAGTTGCCTTCCCCTTTTTATATGAGAGGCACTGTAACTCAGTAGGGtttaaaatctttttaattgtgaatCCAGGGATGACCTTGATGGTAACTGAGTGCTGACTGCATcacttttatgtatatatttttgttttcttgtaagcTACAGTGCCCCTGTGTGGTTGAATTGCTGTATTACACACTGTAGTTGCAACATGGAATGCAGGTTTTGGCTGTGTATTTAATGAgagacactgtgctgtgtgtttcattttaatttgtttgcaaatgtgtGCAGCTTGCTGTGATGTGAAAGCTTTTACACTACTATAACcaag
>TU179142
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Function

NR:

description
PREDICTED: PC-esterase domain-containing protein 1A-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU179141 True 4426 lncRNA 0.38 1 20767354 20771779
TU179142 False 3756 lncRNA 0.38 1 20768024 20771779

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00003351 morn4,LOC107719210 coding upstream 2669 20760320 ~ 20764685 (+)
AMCG00003348 NA coding upstream 173854 20492359 ~ 20593500 (+)
AMCG00003349 slit1,LOC107558211,LOC107753728,LOC107705008,LOC107699140 coding upstream 358670 20403696 ~ 20408684 (+)
AMCG00003343 lbx1a,lbx1,LOC107585373,LOC107716305 coding upstream 639798 20126144 ~ 20127556 (+)
AMCG00003340 NA coding upstream 789439 19955769 ~ 19977915 (+)
AMCG00003359 NA coding downstream 380072 21151851 ~ 21177530 (+)
AMCG00003361 NA coding downstream 753858 21525637 ~ 21748601 (+)
AMCG00003363 NA coding downstream 981567 21753346 ~ 21755934 (+)
AMCG00003370 NA coding downstream 1274534 22046313 ~ 22067314 (+)
AMCG00003371 NA coding downstream 1363122 22134901 ~ 22144437 (+)
G142412 NA non-coding upstream 17990 20745545 ~ 20749364 (+)
G142397 NA non-coding upstream 122560 20644481 ~ 20644794 (+)
G142376 NA non-coding upstream 167809 20595470 ~ 20599545 (+)
G142354 NA non-coding upstream 492738 20274333 ~ 20274616 (+)
G142340 NA non-coding upstream 638639 20128367 ~ 20128715 (+)
G142482 NA non-coding downstream 332041 21103820 ~ 21143131 (+)
G142556 NA non-coding downstream 802335 21574114 ~ 21659778 (+)
G142572 NA non-coding downstream 994562 21766341 ~ 21766544 (+)
G142580 NA non-coding downstream 1029240 21801019 ~ 21806660 (+)
G142620 NA non-coding downstream 1219733 21991512 ~ 21994674 (+)
AMCG00003324 NA other upstream 1108877 19651176 ~ 19658477 (+)
AMCG00003323 rnf122,si:dkey-51a16.9,LOC104925894,LOC103353499,LOC106606324 other upstream 1134204 19618881 ~ 19633150 (+)
G142172 NA other upstream 1230263 19535693 ~ 19537091 (+)
G142078 NA other upstream 2075150 18588574 ~ 18692204 (+)
AMCG00003291 bbip1 other upstream 3041973 17721244 ~ 17725381 (+)

Expression


Co-expression Network