AMCG00004179 (ptrhd1,LOC103399259)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00004179
gene name ptrhd1,LOC103399259
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 36687630 ~ 36697885 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00004179
ATGGCGGCGCCCGTAGGCAGCGGTGGATCTTCTCGTCTGGTGCAGTATGTGGTGGTTCGAGCAGACCTGGTGAGGACCTTGGCCTGGCCCTTGGGTGCCGTTATCACGCAGGCTTGCCATGCAGCAACCGCTGCTATTCACTTGAACTACAACGACCAGGACACGCAGCAGTACCTGGCCGAACTGGACAGCATGCACAAAGTGGTGCTGGAGGCTCCAGATGAAGCCTCTCTCTCAAGCCTGTCAGAAACACTGAGCCAGAAGGGCGTGGCTCACAAATTATGGGTGGAGCAGCCAGAGGACACGCCCACTTGCCTGGCCCTGAAGCCCTACCCTAAAGAAACGGTGCAGCCTCTACTGCGCAAATTCAAACTGTTT
>TU7672
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>TU7673
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>TU7677
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>TU7678
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Function

symbol description
ptrhd1 Predicted to enable aminoacyl-tRNA hydrolase activity. Orthologous to human PTRHD1 (peptidyl-tRNA hydrolase domain containing 1).

NR:

description
putative peptidyl-tRNA hydrolase PTRHD1

GO:

id name namespace
GO:0035335 peptidyl-tyrosine dephosphorylation biological_process
GO:0004045 aminoacyl-tRNA hydrolase activity molecular_function
GO:0004725 protein tyrosine phosphatase activity molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00004179 False 378 mRNA 0.57 2 36689380 36690284
TU7672 False 794 lncRNA 0.49 2 36689382 36690702
TU7673 True 7977 lncRNA 0.57 2 36689382 36697885
TU7677 False 1335 lncRNA 0.44 2 36689382 36691243
TU7678 False 2804 lncRNA 0.41 2 36687630 36697885

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00004176 slc25a27,LOC107553473 coding upstream 17982 36663802 ~ 36669648 (+)
AMCG00004174 NA coding upstream 185514 36501826 ~ 36502116 (+)
AMCG00004173 msra,LOC106571446 coding upstream 218606 36454991 ~ 36469024 (+)
AMCG00004170 ift172,LOC105901225,LOC107716708 coding upstream 297118 36348573 ~ 36390512 (+)
AMCG00004166 NA coding upstream 434732 36237806 ~ 36252898 (+)
AMCG00004180 NA coding downstream 44742 36742627 ~ 36746065 (+)
AMCG00004186 slc5a6,LOC107601523,LOC107690043,LOC103362495 coding downstream 50971 36748856 ~ 36765206 (+)
AMCG00004187 enah,LOC107553420,LOC102788251 coding downstream 92549 36790434 ~ 36873869 (+)
AMCG00004192 NA coding downstream 186473 36884358 ~ 36904094 (+)
AMCG00004191 NA coding downstream 214761 36912646 ~ 36918990 (+)
G6252 NA non-coding upstream 43928 36639660 ~ 36643702 (+)
G6247 NA non-coding upstream 94477 36565570 ~ 36593153 (+)
G6242 NA non-coding upstream 130299 36556106 ~ 36557331 (+)
G6240 NA non-coding upstream 132522 36553904 ~ 36555108 (+)
G6225 NA non-coding upstream 148563 36526668 ~ 36539067 (+)
G6271 NA non-coding downstream 211 36698096 ~ 36698298 (+)
G6272 NA non-coding downstream 1030 36698915 ~ 36700145 (+)
G6273 NA non-coding downstream 3202 36701087 ~ 36701451 (+)
G6274 NA non-coding downstream 4328 36702213 ~ 36702449 (+)
G6275 NA non-coding downstream 4820 36702705 ~ 36702968 (+)
AMCG00004167 NA other upstream 409396 36261788 ~ 36278234 (+)
AMCG00004160 LOC106571404,LOC106607809,LOC105897019 other upstream 642348 36027279 ~ 36045282 (+)
AMCG00004158 NA other upstream 921450 35752450 ~ 35766180 (+)
AMCG00004138 fkbp1b other upstream 1817310 34852863 ~ 34870320 (+)
G5642 NA other upstream 3556444 33130120 ~ 33131186 (+)
G6314 NA other downstream 76116 36774001 ~ 36774523 (+)
G6328 NA other downstream 163662 36861547 ~ 36891746 (+)
G6369 NA other downstream 301472 36999357 ~ 37000158 (+)
AMCG00004210 fam49a,znf395,LOC108440968,LOC106571599,LOC107696187,LOC107553485,LOC106608122 other downstream 1134738 37832623 ~ 37847720 (+)
AMCG00004257 dusp10,LOC106607590 other downstream 3628525 40326410 ~ 40341235 (+)

Expression


Co-expression Network