AMCG00004640


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00004640
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 55529650 ~ 55551225 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00004640
ttattattattattattattattattattattattagtagtagtagtagaagtagtagtagtagtcgtaataatgataatatatgttCGTTTATTTACaagcaaaaacatacaataacattatttatttatttatttattagcagacgcacttatccagggcgatatgtacatatatgttaTAAGatacaaaagaaaagtaaagcaTACAATTCCAAATAGTACAAAATCTATGGATTCTATGTAGAGAAGTATAAGAACAAGACCCATCTTTGCAATACTATTAACCCAGAACCATGCTATGTTGTGGCTCTGCTAATTTGTAAACTCCATGTTGTGCAAACGTTGTCACCTTTTAAATTACACGTATTTAACTACATTcaagaatattatatatttatatttgtgtgacatgtattgtgttttaagaGATGGACCTCTGAAAAATGCAATGTTCACACAAATTGCAGAGCACGTTAACTGTGGTCATGTATgccacaaacaaaatgcaactgaATACAAGCTCACACAACATTGCCAGAATGGGATGTGTTAGCTGGGTATGATCTACAGAAATTGAGTTAGAGAGCCCTGCTCTGCACAGTTCTTCTGCTGttagtataatttatttatctttctataCTGCAGCTGATGATTTTGTGGATAAACACAGGGCCACTCTCATTCAGAGAGTGTGTCCAGTAGATCCCATTGCAGACACCCTTTgcacaaacaagcaaatgcaCCAAGAGTTGTTCGCCAAAATCCATGCTGCTGGGACCGAGCAGGAGAAAATGAGACTACTGTACCAAGCCCTGGATTGTGGGGGATCATCAGTGAAAGCTGCTTTTTTGAAAATCCTGCAAAATGACTTTTCTAATCTTGTGCAAGAGCTTGCGAGTGTGTAATTCCCACAGGCCGGGACACTGCAGCCTCTCAGATGAGAAAGTGGAGGATCTGTGCTCCACTCTGAGCACACGGCGGGACCTCGTAACCTTAGAGCTTCACTTTAACAAGCTGACAGAAAGATGTGCCACCAGCCTTAACAACCTCATATCAAATATGTGGACCCTGCGGGAACTCAGTGTCCGCTGTGATATTATGCTGGAGTCGGGACTGAAAGCCCTGCGTGAATCCCAGAGGTGGTCAAACTGTGATTTGAAGATACAGGGGCTGATGTGTAAGAAGCCAGTGGACAAGTGCACGGATCTCTTATCCATGGATCTGCCATGTAATTCAGAAGCCTATCTGTCTATGTAGAGGAGTGCATTCTGGTAAAATCCTTTCACGTGCTTCCTGCTGCCCACTGGGAGGAACAACATCTGGTCATAATTTCCTTGTGCTTTCTAAATGCAAGATATACGGTTTTCCTATGTTCCTATATAGccttcaacatgtttttttattgctggAGGAATGACAGGAGGCAGTGGCTTCACTCAATCCACCCTTTAACAAGCCGTTTAATTAATATAGGGCCCTGGGTTTTATGCGACCTGCTTCCTAAGACAAGGCAGCAGCTTTCTTgttaaattgggaaataattattaatcTTTAAAGCAAACTAATTTTAAACTCTGCACATTGGTAAGCAATTTCTGGAGATCCTTTACCAGTACTGTGTTTCCATGAAGCCTACGTAAAAAgggatgtattttgaattatatgCAGCAGCAGAATACCATGTTACCTATTGTGCAACTTTATGGATAAAATAAAGGATTTGTATTGGATTGCTTTGGTCAGGTGGTAGTTTTCTACTTTGGCAATGTACTGatatttttaatggtttcaACCAGCTTTTCTGCTTTTCGGGaaagtcaaatgtattcaatgtaGCAATAGACCTTGAATATCATTGTATGCCTTGATCATTATCAGAGAGAAAtccagtcacattattaaaaataacttcaaaGATTTGACGACAGTGTGTATTGATGAATACCTTAAAAGTGTCCTTTGCTATTACCACAActtttggaaaataatgtatattgaaACAGTTTCCAGACATGTTATCAGTTTTGTATGCctaatttatatttagttaCAAATATACAATGTCATGGTCAATATTCCTATTGTTTTGTTCGCAGGTTACCCAATTCTTTGTTCTTCCAACTGACAcctgtggatttaaaaaataaagattatacCAGACATAAA
>TU11941
GTTCCATAGAGAGACGTTAGTACGCTGGTGAGGAGTGAGAAAGGAGGACGGGGGGCTCGCACTCTGTTATCGCTTTTCAAGTTATTTACTTCAGTTCATTTCATTGCTGAACCAACGGTGTGGTGTACGTGCTGCCTTGTAACGGCCATCCTGTAAAAGAAGTAAATCGGATTCGGAGCACTTCACTCGCCGACTCCTGGTCTTTATTTCCACGCTACCCGGAAGGCCAGGATGCTAATAGGATCGTAGCAAACCCGCACAAGTAGTTGTAGCGCAGTTGTCCTCAACTCTGCGGAAATGTGCGCTACACTAACGCTGCCATAATCCGAATAAACCGCCAGCTGCGGTGTTCAAATGATCCATGTGAACTGGACAAAGTGGACAGTGTGGTGTGGATATTCAGACTCTCACGGGTCAGTGCTATTCTGAAGAAACCCTGAGTTTGTGCAGATCCTGCTGTAAAAGGACAACTACAAAGCACCCCTTTTTATTCCCTTTACGGCGGATGGCGGAGAACAAATGCACTGATGATTTTGTGGATAAACACAGGGCCACTCTCATTCAGAGAGTGTGTCCAGTAGATCCCATTGCAGACACCCTTTgcacaaacaagcaaatgcaCCAAGAGTTGTTCGCCAAAATCCATGCTGCTGGGACCGAGCAGGAGAAAATGAGACTACTGTACCAAGCCCTGGATTGTGGGGGATCATCAGTGAAAGCTGCTTTTTTGAAAATCCTGCAAAATGACTTTTCTAATCTTGTGCAAGAGCTTGGCCGGGACACTGCAGCCTCTCAGATGAGAAAGTGGAGGATCTGTGCTCCACTCTGAGCACACGGCGGGACCTCGTAACCTTAGAGCTTCACTTTAACAAGCTGACAGAAAGATGTGCCACCAGCCTTAACAACCTCATATCAAATATGTGGACCCTGCGGGAACTCAGTGTCCGCTGTGATATTATGCTGGAGTCGGGACTGAAAGCCCTGCGTGAATCCCAGAGGTGGTCAAACTGTGATTTGAAGATACAGGGGCTGATGTGTAAGAAGCCAGTGGACAAGTGCACGGATCTCTTATCCATGGATCTGCCATGTAATTCAGAAGCCTATCTGTCTATGTAGAGGAGTGCATTCTGGTAAAATCCTTTCACGTGCTTCCTGCTGCCCACTGGGAGGAACAACATCTGGTCATAATTTCCTTGTGCTTTCTAAATGCAAGATATACGGTTTTCCTATGTTCCTATATAGccttcaacatgtttttttattgctggAGGAATGACAGGAGGCAGTGGCTTCACTCAATCCACCCTTTAACAAGCCGTTTAATTAATATAGGGCCCTGGGTTTTATGCGACCTGCTTCCTAAGACAAGGCAGCAGCTTTCTTgttaaattgggaaataattattaatcTTTAAAGCAAACTAATTTTAAACTCTGCACATTGGTAAGCAATTTCTGGAGATCCTTTACCAGTACTGTGTTTCCATGAAGCCTACGTAAAAAgggatgtattttgaattatatgCAGCAGCAGAATACCATGTTACCTATTGTGCAACTTTATGGATAAAATAAAGGATTTGTATTGGATTGCTTTGGTCAGGTGGTAGTTTTCTACTTTGGCAATGTACTGatatttttaatggtttcaACCAGCTTTTCTGCTTTTCGGGaaagtcaaatgtattcaatgtaGCAATAGACCTTGAATATCATTGTATGCCTTGATCATTATCAGAGAGAAAtccagtcacattattaaaaataacttcaaaGATTTGACGACAGTGTGTATTGATGAATACCTTAAAAGTGTCCTTTGCTATTACCACAActtttggaaaataatgtatattgaaACAGTTTCCAGACATGTTATCAGTTTTGTATGCctaatttatatttagttaCAAATATACAATGTCATGGTCAATATTCCTATTGTTTTGTTCGCAGGTTACCCAATTCTTTGTTCTTCCAACTGACAcctgtggatttaaaaaataaagatta
>TU11944
ATTAAATTGCCCAATATTCTGATTACGTTGTAAAGTATGAAGCTGGTGCAGCACGAAGGGAACTTTGATTGCATGAACTTCTGTGATTAGGACCGCTTTCTCTCAACACCGACTCCATGTTTGTTCTGCTGAGTCTGCAGCTCCAGTGTCAGAGCTGTCCACGCTCCGTCTGCACAGTCCGTGACGTCACACGCAGACTCCCGTCTGCAGTCTAGCCGGCAGAGTAGTGTCGTGAACGCAGCCAAAGGCTCTACTGAGGAGAGCTGAAGAAACCCTGAGTTTGTGCAGATCCTGCTGTAAAAGGACAACTACAAAGCACCCCTTTTTATTCCCTTTACGGCGGATGGCGGAGAACAAATGCACTGATGATTTTGTGGATAAACACAGGGCCACTCTCATTCAGAGAGTGTGTCCAGTAGATCCCATTGCAGACACCCTTTgcacaaacaagcaaatgcaCCAAGAGTTGTTCGCCAAAATCCATGCTGCTGGGACCGAGCAGGAGAAAATGAGACTACTGTACCAAGCCCTGGATTGTGGGGGATCATCAGTGAAAGCTGCTTTTTTGAAAATCCTGCAAAATGACTTTTCTAATCTTGTGCAAGAGCTTGGCCGGGACACTGCAGCCTCTCAGATGAGAAAGTGGAGGATCTGTGCTCCACTCTGAGCACACGGCGGGACCTCGTAACCTTAGAGCTTCACTTTAACAAGCTGACAGAAAGATGTGCCACCAGCCTTAACAACCTCATATCAAATATGTGGACCCTGCGGGAACTCAGTGTCCGCTGTGATATTATGCTGGAGTCGGGACTGAAAGCCCTGCGTGAATCCCAGAGGTGGTCAAACTGTGATTTGAAGATACAGGGGCTGATGTGTAAGAAGCCAGTGGACAAGTGCACGGATCTCTTATCCATGGATCTGCCATGTAATTCAGAAGCCTATCTGTCTATGTAGAGGAGTGCATTCTGGTAAAATCCTTTCACGTGCTTCCTGCTGCCCACTGGGAGGAACAACATCTGGTCATAATTTCCTTGTGCTTTCTAAATGCAAGATATACGGTTTTCCTATGTTCCTATATAGccttcaacatgtttttttattgctggAGGAATGACAGGAGGCAGTGGCTTCACTCAATCCACCCTTTAACAAGCCGTTTAATTAATATAGGGCCCTGGGTTTTATGCGACCTGCTTCCTAAGACAAGGCAGCAGCTTTCTTgttaaattgggaaataattattaatcTTTAAAGCAAACTAATTTTAAACTCTGCACATTGGTAAGCAATTTCTGGAGATCCTTTACCAGTACTGTGTTTCCATGAAGCCTACGTAAAAAgggatgtattttgaattatatgCAGCAGCAGAATACCATGTTACCTATTGTGCAACTTTATGGATAAAATAAAGGATTTGTATTGGATTGCTTTGGTCAGGTGGTAGTTTTCTACTTTGGCAATGTACTGatatttttaatggtttcaACCAGCTTTTCTGCTTTTCGGGaaagtcaaatgtattcaatgtaGCAATAGACCTTGAATATCATTGTATGCCTTGATCATTATCAGAGAGAAAtccagtcacattattaaaaataacttcaaaGATTTGACGACAGTGTGTATTGATGAATACCTTAAAAGTGTCCTTTGCTATTACCACAActtttggaaaataatgtatattgaaACAGTTTCCAGACATGTTATCAGTTTTGTATGCctaatttatatttagttaCAAATATACAATGTCATGGTCAATATTCCTATTGTTTTGTTCGCAGGTTACCCAATTCTTTGTTCTTCCAACTGACAcctgtggatttaaaaaataaagatta

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00004640 True 2168 mRNA 0.38 4 55529650 55534145
TU11941 False 2012 TUCP 0.61 7 55529663 55543553
TU11944 False 1850 TUCP 0.48 6 55529663 55551225

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00004637 NA coding downstream 66924 55460253 ~ 55462726 (-)
AMCG00004629 NA coding downstream 193417 55314396 ~ 55336233 (-)
AMCG00004631 NA coding downstream 215879 55311400 ~ 55313771 (-)
AMCG00004630 NA coding downstream 236626 55272343 ~ 55293024 (-)
AMCG00004633 NA coding downstream 259489 55224835 ~ 55270161 (-)
AMCG00004641 NA coding upstream 63387 55614612 ~ 55628983 (-)
AMCG00004648 NA coding upstream 131227 55682452 ~ 55684986 (-)
AMCG00004654 NA coding upstream 317422 55868647 ~ 55870960 (-)
AMCG00004663 NA coding upstream 541884 56093109 ~ 56096391 (-)
AMCG00004664 NA coding upstream 562180 56113405 ~ 56115924 (-)
G9593 NA non-coding downstream 172017 55346783 ~ 55357633 (-)
G9570 NA non-coding downstream 266363 55262925 ~ 55263287 (-)
G9533 NA non-coding downstream 413156 55114342 ~ 55116494 (-)
G9523 NA non-coding downstream 455275 55074046 ~ 55074375 (-)
G9517 NA non-coding downstream 509554 55019897 ~ 55020096 (-)
G9643 NA non-coding upstream 2599 55553824 ~ 55559308 (-)
G9656 NA non-coding upstream 27051 55578276 ~ 55584995 (-)
G9650 NA non-coding upstream 33823 55585048 ~ 55605575 (-)
G9661 NA non-coding upstream 55702 55606927 ~ 55607416 (-)
G9698 NA non-coding upstream 166912 55718137 ~ 55718729 (-)
G9604 NA other downstream 109592 55367585 ~ 55420058 (-)
G9608 NA other downstream 140711 55382216 ~ 55388939 (-)
AMCG00004618 dscaml1,LOC107592669,LOC107699174,LOC107728164,LOC107699210,LOC107566081 other downstream 609712 54915584 ~ 54919938 (-)
G9414 NA other downstream 909595 54576640 ~ 54620055 (-)
AMCG00004598 NA other downstream 1079309 54441771 ~ 54450341 (-)
AMCG00004649 NA other upstream 186340 55737565 ~ 55743297 (-)
AMCG00004653 znf384l,LOC108433737,LOC107665159,LOC106605395 other upstream 263177 55814402 ~ 55846171 (-)
AMCG00004652 NA other upstream 338757 55889982 ~ 55894086 (-)
AMCG00004660 LOC106605085 other upstream 454826 56006051 ~ 56008866 (-)
AMCG00004665 p3h3,LOC106605089,LOC106583419 other upstream 555488 56106713 ~ 56109085 (-)

Expression


Co-expression Network