G112


Basic Information

Item Value
gene id G112
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 614191 ~ 616320 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU135
ccaatgttttttggtcctcgatttgctaagttttggtacaaacgtctcatatttctttaaatataaccatccatttttgactgaatctgtatctaGTGTTCCCCAgcctaactcttctaagtgctgcatcataccttcaaggtttgcttttctaaaattgtagaccattgttctAGACTTGTTCTAGGGCTGCGATTAAATCCACTAAtccaaaactacagaactgtactcagttgcggcttcatttttagttagatgccactttctaatcataaatgtaactgctatgatgtacaggtttgtagttttctatttgCGGGTAAACCGGcccttggtccttgttttttcaAGTATGCCTcgaagctaaccatattgtgatcacagtttgcacttggttctctaactaatatccctctgactctgtcttggtaatttgaaaatatcaaatcaatgctctctctctctctggttggttccctgacaaattgagttagaaagcagtcatttaccaactcaaccatttctatttctgcttctgtagtcccaactgggctttcccagtctatgtttgggaaattgaaatcccccattataacagccacatccttacTACATGCAGTCTTGATTAATTAGTCAGAAAGATGTTACATTGTACAATCTGAATTGGTGGGCTGTAACacaccactaatcctctggatcttttgttcaaaagtttaaaccACAAAGATTCTGCTTCATTAGCATTATCTAATTTGAGGTAttccccaccacctcttcgaatTATggctgtctctcctaaactgtgtgtatcctttcaacttgtattcattcattttctgtaagccatgtttctgtcactcctacaacatcataatcatacaccagcactgtggcttcaaGGTCCAACaacttgttccttatactcctggcattgaggtacacacatttcaggactttcctactagcagtttccctttgttttctttcattagtaTGCATTAGTTTATGCATTTGGATtaattgtactttgtttttttaagaaaccgAGCTTTATGTATGTTCCATGGCTCATgcgcttatatatatatatatatatatatatatgtcacataTTCAGTTAGTTTAGCTATGGAGCCTCACGGTTTTCTGACTGTGTCATAACACCTGCATTAATTCATGAAATCAActtgtaaatatgtataatgaTTACAATGAATCGTGTAAATAGCTGTAAATATTTGACCTGTGGAACCAGTggaataaatgtttatttgcatgatTTAATATGGAGTCTGTGTGGATAACGACAGGGTGATGCGCGTCAACCATCAGCCCAAGCTAAACCTAAGAAAGCCACTTCTACACTAAAGTCAGAAAACCCAGCTCTCTGGTTGGGTAACTGGACGTGAAAGGAAGCAGAGCTTTTGGATCTCAAGATAAAACAAAG
>TU136
atcggaggactgaaacacatcattcaatacttttaacagggccgtttctgtactgtGGCCGGAAaggaagcctgattgaaatgcttcataaagatgattatcggttaaaaaagcttgcagttggtttgcaactactttctctagaaccttagaaaggaagcgAAGGTTTGAGATAGGTTGATAGTGTTTAAGGTATGacaggtatgacatttgctgtcttcagtcagttggcacatcccctgttctaagtgtcaattggaatattttagttagcggtctatgaataatttccctaatttctttaagtaattttggaaatgtaccatctggcccaggtgatttgttttttttaaattctgctagtccctttagtacctcctcttcatttatcctgatctgtcTTAGAGTTTGAATGGACTCATTGTTAACCTGTGTCatgttataaaaaatatgtatatttttaaagatacttAAATTTTTAGCCTTTAGtggtttcacttcctcctttattgacctcttgctgttacagtattttaaaaaaaatgcattagtaTTAGCTCCAATAGCTAtgtttctatatattctttgtattttatttcattttgatcccttttgtatgctctatacaacattattttattttttttatatttttttgcatacttctaattaaaccattttggccaatgttttttggtcctcgatttgctaagttttggtacaaacgtctcatatttctttaaatataaccatccatttttgactgaatctgtatctaGTGTTCCCCAgcctaactcttctaagtgctgcatcataccttcaaggtttgcttttctaaaattgtagaccattgttctAGACTTGTTCTAGGGCTGCGATTAAATCCACTAAtccaaaactacagaactgtactcagttgcggcttcatttttagttagatgccactttctaatcataaatgtaactgctatgatgtacaggtttgtagttttctatttgCGGGTAAACCGGcccttggtccttgttttttcaAGTATGCCTcgaagctaaccatattgtgatcacagtttgcacttggttctctaactaatatccctctgactctgtcttggtaatttgaaaatatcaaatcaatgctctctctctctctggttggttccctgacaaattgagttagaaagcagtcatttaccaactcaaccatttctatttctgcttctgtagtcccaactgggctttcccagtctatgtttgggaaattgaaatcccccattataacagccacatccttacTACATGCAGTCTTGATTAATTAGTCAGAAAGATGTTACATTGTACAATCTGAATTGGTGGGCTGTAACacaccactaatcctctggatcttttgttcaaaagtttaaaccACAAAGATTCTGCTTCATTAGCATTATCTAATTTGAGGTAttccccaccacctcttcgaatTATggctgtctctcctaaactgtgtgtatcctttcaacttgtattcattcattttctgtaagccatgtttctgtcactcctacaacatcataatcatacaccagcactgtggcttcaaGGTCCAACaacttgttccttatactcctggcattgaggtacacacatttcaggactttcctactagcagtttccctttgttttctttcattagtaTGCATTAGTTTATGCATTTGGATtaattgtactttgtttttttaagaaaccgAGCTTTATGTATGTTCCATGGCT
>TU137
ccaatgttttttggtcctcgatttgctaagttttggtacaaacgtctcatatttctttaaatataaccatccatttttgactgaatctgtatctaGTGTTCCCCAgcctaactcttctaagtgctgcatcataccttcaaggtttgcttttctaaaattgtagaccattgttctAGACTTGTTCTAGGGCTGCGATTAAATCCACTAAtccaaaactacagaactgtactcagttgcggcttcatttttagttagatgccactttctaatcataaatgtaactgctatgatgtacaggtttgtagttttctatttgCGGGTAAACCGGcccttggtccttgttttttcaAGTATGCCTcgaagctaaccatattgtgatcacagtttgcacttggttctctaactaatatccctctgactctgtcttggtaatttgaaaatatcaaatcaatgctctctctctctctggttggttccctgacaaattgagttagaaagcagtcatttaccaactcaaccatttctatttctgcttctgtagtcccaactgggctttcccagtctatgtttgggaaattgaaatcccccattataacagccacatccttacTACATGCAGTCTTGATTAATTAGTCAGAAAGATGTTACATTGTACAATCTGAATTGGTGGGCTGTAACacaccactaatcctctggatcttttgttcaaaagtttaaaccACAAAGATTCTGCTTCATTAGCATTATCTAATTTGAGGTAttccccaccacctcttcgaatTATggctgtctctcctaaactgtgtgtatcctttcaacttgtattcattcattttctgtaagccatgtttctgtcactcctacaacatcataatcatacaccagcactgtggcttcaaGGTCCAACaacttgttccttatactcctggcattgaggtacacacatttcaggactttcctactagcagtttccctttgttttctttcattagtaTGCATTAGTTTATGCATTTGGATtaattgtactttgtttttttaagaaaccgAGCTTTATGTATGTTCCATGGCTCATgcgcttatatatatatatatatatatatatatgtcacataTTCAGTTAGTTTAGCTATGGAGCCTCACGGTTTTCTGACTGTGTCATAACACCTGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU135 False 1447 lncRNA 0.60 1 614191 615637
TU136 True 1752 lncRNA 0.42 1 614569 616320
TU137 False 1168 lncRNA 0.33 1 614470 615637

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00003392 NA coding downstream 17013 594275 ~ 597178 (-)
AMCG00003391 gpr63,LOC106571327,LOC106607724 coding downstream 74450 538794 ~ 539741 (-)
AMCG00003390 NA coding downstream 373678 232621 ~ 240513 (-)
AMCG00003389 LOC108441044 coding downstream 536683 62457 ~ 77508 (-)
AMCG00003393 NA coding upstream 3246 619566 ~ 627690 (-)
AMCG00003394 NA coding upstream 44208 660528 ~ 664276 (-)
AMCG00003399 NA coding upstream 55041 671361 ~ 802713 (-)
AMCG00003401 NA coding upstream 302992 919312 ~ 930578 (-)
AMCG00003402 NA coding upstream 451719 1068039 ~ 1216767 (-)
G103 NA non-coding downstream 55457 519101 ~ 558734 (-)
G89 NA non-coding downstream 128291 485584 ~ 485900 (-)
G122 NA non-coding upstream 118446 734766 ~ 769986 (-)
G188 NA non-coding upstream 417340 1033660 ~ 1035682 (-)
G212 NA non-coding upstream 525918 1142238 ~ 1158563 (-)
G257 NA non-coding upstream 971497 1587817 ~ 1588261 (-)
G263 NA non-coding upstream 1098257 1714577 ~ 1714856 (-)
AMCG00003400 abracl,LOC107727609,LOC107558932,LOC107553474 other upstream 328903 945223 ~ 957196 (-)
AMCG00003423 NA other upstream 1781322 2397642 ~ 2401895 (-)
AMCG00003422 NA other upstream 1811077 2427397 ~ 2438821 (-)
G531 adck3,coq8a,LOC107602173,LOC107675039,LOC107727627 other upstream 2778337 3394657 ~ 3430272 (-)
AMCG00003444 NA other upstream 2919852 3536172 ~ 3538967 (-)

Expression


Co-expression Network