G5788


Basic Information

Item Value
gene id G5788
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 34081826 ~ 34090122 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU7123
CTGCTTAATGTTATCAATATGACTTTACCTTCTAAATCATATTCCAGGAACATCATTGTAGAGCTGCAGGAAGACTTGACTGAAGAGATGAAGGAGGGAGATTTATTCTCAAGGCTTGTGGTCCATGACACGTTGTACACTGGAGATTCCACTTTAACAGTGGCAGAAAGGGCACCAAACAGGGGAATGAAGACTCCAGCAGGTAAGTGGACTGAGAGATCTGGAatttcaattttctgttctggaATTGTGATAGTTGGTAGGTCAAAGTTGGATATCTGATTTACAATGTTATCCAGATGGATTTCCTTGGTTCCAATTGTGAATGTTTTCGGAAGGGTGAATGAAGAGATGGTGATGTCAAACTCAGGCACTGAAACTACAAAGTGGGGTAGTTTGGATTTCACATTATCGAGATATTCAGCACCTACATTGAGTTTAGGGAATTTCACTTTTGGCAAATGAGGCAGAGTCAGTTCAAATGGAAGCGTGCGGATCTTCTTGGGAATTTCAAGCTCATTAAAGTTGATTTGATATGATGGCACCTGGAGAGAGGTCAGAGGAACTTTGAAAGCTGGTGTTGTGATCACAGAAGGGATGGAAATAATGTCAGGGAACTGGAAATTATCAGTTGGAATGTCAATTTCTTGAATTGTCTGTGGGAGGTCTTTCACCCATTTAGGGACTTCTAAGGTTATTTCTGGAATGTTGATTGTAAAGCCATCCTCTAAAGCCTTGACAGGCAAAGGGAAGAAATATCCATCTTTGTTCTTAGTGTAAACAATGGAGGTGGAAGACTTCAGGAACTGCAACTTCTCTTCACTGGTTGTTACATCAAACTTTAGAACATCCCATAGGCTCTTTTCGTAAACTGGTATGGTTACATCCTTCAAGAAGGAGACATGGCCTTGCACAGATCCACTCACATCAAATCGCACCTCCAACTCATCATTTGACAAAAGCAAATCATAGGCAAGGATTTTTGATGTTATTTGTTCCTTACCGCTCCAGGTAAACTTCTGTTTGTCAGAGTTGACACTGAGTGTAAGGGTTTCAAAAATACTTGCTTCCTCAGCAAAACTGCTTGGCTGAGAAATGTCAATCTGAAAATCTGCTAACAACATTGATGGAACCAGGTCTAGAGTTGCTTTGGCTACTTGTTTGCCCTTGGTGTTGAAGGATTTAGCAATGGCTTCATTGTTGCTGGTGTAATTCCACATTGCATAAATGCGGCGTGGAGATGCTTCCAGAGCCACATTCTCATTCATCTCAAAGTTCCAGACCTTGGTCTTTTTGGTATCTACCTTTGAATTGGCATCAGTTTTCATGGTTGACCGCAGGCCATTGGCATTGAGGTAGACATTTGCCtcattattaatggttcctgtGAATTTGTGAGTCTGCATCATGGTCCCATCAATCTTTCCTTTGGTGGATGCCTCCAAGGAGAAGTATGATGTAAGTCCTTCCAAAGCAAGATTTTGCTCAACACTTCCCTTGCCCTTTGTAGGAATCTGGGGCACATCGAAATTATactctaattttatttttgaagcaaCATTGGGTTTTGACTTGCTGTTACCAAGGAGTTCCTGACTAAAATCCACACTAACAATTGGTAAGTTCACTTTGGCATTTGTTGACACAGAGGCTTCCATATTCTTCTTTGTGAGGCTCACAGTGCTGTCATGAGAACCCCCAACATTCACATGGTCCAGTGATAGTGCCGTGGCCAGTTTGAGACCCCTCTTTCTTGTCAGACTTGTTGTACCATCAAGCTTGAATTTAAGAACTTCAAACACAGAGGTTGAAGAAGCACCAAATCGGGCAACGATGTCAGCTTGGTTGTACAGCCCGGCATTTGCATTCAAGGTGATCACAgttgatttaaatgcaaaatcatAGGTTAAGTTGCCCAGAGCAGGAATATTGATGGTGTTCTGAATGTTGGGCAATTTAAATTTGGGAAGGGTCAGCTTACGAAGAGTAGATGGTACATGAAGAAGTGGCAGTTCCAAAGAGGGCAGCACAAGTGTGTATGATGGAATTGAGAAACCAACCATTGGTACTCTTAAACTAGGCGTACTGACTTCCCTTGGTATAAGAAAACTGAATGCAGGCAATTCAGCAGTGAACGGAGAGACCTCAATATTTAATACAGGAACAGTGTATCCAGGAATCCTGAATGTTCTTGGCACCTTGCTGACAGAAGTATCTATTTTAAATCTGTCATATTGCTCCTTGGCTGTGTTGTATGAGTCTGTGAGAAGTATGAAGGCTTGATCTCTTCCATATACAAAGTTCTCATTCAAAACCTTGACATtatcatttattgttttgtacacTGGCTCTAAATTGATGGAAAAGGAATGCATCTCTGGGTTTTTTTGATACTGCACCTTAAAAGACAGGTCAAATGACTGGCGAGTTGTCCCCAAGAGAGATTTAAGGCCAGTGCGTTCCCATAAAGAGAGGTCTTTTACTGAAGGAGTTTTCACTGAGGTGTAAGGCATTTGCATTGCAGGGATAGTaatgggaacattcaaaaagtCAAGATTAGCTTCACCATTCATTGCTGCATAAACCCCAATGTCCTTCTCATTGTTGCCCagtgtgaaattgtgaatgtatttgtaCTGGTTAAATCTGGCTAGAGACTGCCAACCCACCTGCTGAACTCCATAATTCAGGGTCAGGGCATAGTTATTCAGAAGATCGATTTTTCCAGTGAGTTTCAAGGGGAAAGCTATCTTCATGTTTcctttgttatttgtattgaagACAACTTCAAATGGATGCACCAAAAAGTTCAGAGAATGAGTCAATGTTCCACTGATTCTGCCAGTGAGTTCTGCATCATGGTTAGCTATCAGTTCAATTTTCATGTCTGCTAAATGAGCCTTGCCCTTCACCTCCAAAACACTTGTTCGGAGAAAGGGAGTTTCTGTCTGAGCACTCATGTCTAGAGTTACATGGCTAAAGATGACAGCTTCAACTTTAGCagattgtttcattttcaagaCCTTGCTGCTGGTTTCCCCTGCAAAGGTTAGTTTTGCCGTATTGATGTTGATATTGAACTCGAGGTCACTCTTGTGTCTGCCTTCATCCACATACTCCTGAATGGACCACTTCCCATTTCCTGTGTTTCCAATAGTCACTGAAACAGTCCCAGACTCCAGACGAGTGTTAATATTTTGTAGCAGTGCTGCCTGGCATGAAATGTCAGCTGCTGGGATATTCAAATTGTGATTGTACGTTGTGCTCATTGTAGCTGAAACTCCACTCTGTAAGGAGACACGTATGGTATTCACAAGGTCAGCAGTGTACACTTCAGTGGTGGCTTTTGCAGTGGTCCTAGCTGTTCCCAGTACTTCGGCTCCAAGGAATGACAAGGAACTTTCATGGTCAAGAGAGAATGCAATGTGGTTAACCTTGATAGTTTCAGCTAAAACCAGACTCCTCATTTTGGGGGCTGAGATCTGGGCAGTGGCATCCAAAGTATAAGCAAGGCATTCTAAGGTAGATGTTGCTTGGGAGGTAACTGAAGCAGTAAATGTAGGGGTTTCCTGGGTGGTTGTTGCATTTTGAATCTCAGCTGATGTTATCAGATTGTAGTagggagattttattttaaattcaccaTAGAGCTTGCCGAAAGTAGGAACACTGACTTCATGGGGTATGCGTGGCAGCTGAAATTCTGGGATCTGAAGCATAGTGATTTGGAAATTCGTCAGATCCAGTTTTGGAATACTGAATTCAGGGATACTGATTTCAGAAAGTGTTATCTCTGGTAATGTGAAATCAGGTAGGTCAGATAGGTATGCAACTTTTAAGTCCCTGAAATAAATTTTGGGTTCTGGCAGCTggattttaaaatctctgaCTCTGTCTACTACTGAAATAATTCCTTTTCTGATTTCATTAAAGTCAATGGTTATGGATGGGATGGTGTATGTATTCAGAATCTTAACTGCTGGAGTTGTAAAGCGGGCTGGTATGGAAATGTCTTGCAGTTTTTTCAGGTTGATTTTTGTTGATGGAATAAACAGATCTGTAAAAGGAACTGTGAATTCAGGTGTTTCAAACTCTGCTTTCTTCAGTGCACGAAGACTTAGTTCAAATGATGGGATCCTGAGTGTGGCAATCCTAATCTCcggaaaaacaaatccttgttCAATAGTTACCCTTAATATGTTAGCGGTCCTAATTCTGTCATATTTTTCAGCTAGGTTGCTGATCTCTTGGTATGCTTTGTTCCATTGTTCTGTGATGTAATTGACCATATTAATGTAGAAGTCACTAGCCCTTTGAAGATAGATCTGGATTTCCCGTCTAATGTCCATTGTACTGATCCTTTGTTTCAGATCCATGAGATTGTCCTCTACTACTTTTCCAATTTCATTGAGAGCTGTTGTATCTACAAAGTCACGAATCCATGCAATAACTTCTGCaacttttgtgtcttttaatttttctaaataagcaacagcagcattttggatTTCCCTTACATATTCTCTTAAAGCCTCAATTTTCTGTGGTATCTCAAGTGTTTTAATCTGATCATTAACATATTTGGTCATTTCACTAATTCTTTTGTTTGCATCATCTACAAATGTATTGTAGTCAAAGGACTTCAATTCCTTTAGGAGCCAGTCAATACACTCATTCAGATGATCAATGAGTTTCTTATAGTCTACTGCTTTCAGTTGTTTGATTGTGTCATCCAGATACTTTTGAGCCTTATCAGTGTAAGTTTTAACATCAATGCGCTTCAGAGCATTTACTGCTGACTGCACAGTTTCTTTGACTTTATACTGCTTTGAAAGTTGCACTGCCTTATCCATGAGAACCTGTAGCTTCTTGTCAACTTCATACTTAACAATTaattctttcaattttaaataggCAACGTTTATCTTTTCCGTTACTTCATATTCCTCTATCCAGTTGAGGAGCACGTCTTTGATGGCATCtagtatttttgttatttc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Function

GO:

id name namespace
GO:0030145 manganese ion binding molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU7123 True 8025 lncRNA 0.41 2 34081826 34090122

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00004115 NA coding upstream 168941 33905291 ~ 33912885 (+)
AMCG00004113 rhob,LOC105888539,LOC103025336,LOC105907285,LOC106607565 coding upstream 314190 33767046 ~ 33767636 (+)
AMCG00004110 NA coding upstream 320369 33747909 ~ 33761457 (+)
AMCG00004109 NA coding upstream 515963 33561024 ~ 33565863 (+)
AMCG00004108 5nt1a,LOC105899417,LOC102795473 coding upstream 629154 33435750 ~ 33452672 (+)
AMCG00004121 NA coding downstream 29449 34119571 ~ 34130023 (+)
AMCG00004122 NA coding downstream 41004 34131126 ~ 34133612 (+)
AMCG00004125 NA coding downstream 541099 34631221 ~ 34638669 (+)
AMCG00004124 klhl29,LOC107738561,LOC107678777 coding downstream 576270 34666392 ~ 34685790 (+)
AMCG00004126 klhl29,LOC107742703 coding downstream 605281 34695403 ~ 34724610 (+)
G5787 NA non-coding upstream 1041 34078351 ~ 34080785 (+)
G5768 NA non-coding upstream 188683 33892474 ~ 33893143 (+)
G5750 NA non-coding upstream 309978 33769589 ~ 33771848 (+)
G5731 NA non-coding upstream 313012 33685727 ~ 33768814 (+)
G5720 NA non-coding upstream 454319 33626367 ~ 33627507 (+)
G5804 NA non-coding downstream 202149 34292271 ~ 34292501 (+)
G5808 NA non-coding downstream 291746 34381868 ~ 34382099 (+)
G5867 NA non-coding downstream 803980 34894102 ~ 34895661 (+)
G5875 NA non-coding downstream 809514 34899636 ~ 35350027 (+)
G5914 NA non-coding downstream 1210981 35301103 ~ 35306949 (+)
G5642 NA other upstream 950640 33130120 ~ 33131186 (+)
AMCG00004079 NA other upstream 1679443 32400405 ~ 32402383 (+)
AMCG00004056 ypel5,LOC107568027,LOC103458748,LOC102788175,LOC102210471 other upstream 3186999 30887995 ~ 30894827 (+)
AMCG00004039 NA other upstream 3774651 30296867 ~ 30307175 (+)
G5245 NA other upstream 3810302 30271210 ~ 30271524 (+)
AMCG00004138 fkbp1b other downstream 762741 34852863 ~ 34870320 (+)
AMCG00004158 NA other downstream 1662328 35752450 ~ 35766180 (+)
AMCG00004160 LOC106571404,LOC106607809,LOC105897019 other downstream 1937157 36027279 ~ 36045282 (+)
AMCG00004167 NA other downstream 2171666 36261788 ~ 36278234 (+)
AMCG00004179 ptrhd1,LOC103399259 other downstream 2597508 36687630 ~ 36697885 (+)

Expression


Co-expression Network