G6225



Basic Information


Item Value
gene id G6225
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 36526668 ~ 36539067 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence


>TU7622
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CTCTGTGACTGTGTCCTGCCAGTTTAGTTTGAAGGTGTGGGATTGGTTCACACTGCTTTCATTAATGTAGTAATCGCTTTTAACCACAGAGGGCTTGTCACTCAGGTCTGGGATTTTGCCGAAATCTATATCAACAATTTCAAACTTGGGGCTGATAACATCTCCAATACTTGGTGAAAATTCACAACATACATCAACACCTTCTTTAGCAGCCTCAATGTTCTGATTACTCCGATAAATTCGGCTTAAGAACAGGCCATTGTCGGCTCTAAAAACAACTTTCCCATTCTTGTTGAAAACACTGAACTCACAGTAAACATCAGGCATAGCCTTGGCTGCCTCGATATGGTTGACATCACCCCTGTTAATTCGACTGAGATAAACACCTCTCTGATCTTTGAGACGGACTTTCAAATCATTGACTTTCTCCACTATGAATTTGCACCAGGGGTCTTTGGTGCTCTTGGCAGCCTCTATGTTATAAATAGAGCTTCGCTCAATACAGCTGAGGAACTGGCCGTTGTCAGCCTGTAGAGCTACACCCTCTGCAGCACCAATAAAGGATGCCAGTGGACCAAAACCAGCAACTACTGcctacagagacaaaatgacagagacagagcacattgttgaaaaaataagTCATACAACTTTCCTTAagattgtttacatttaaatgacacaTAAAGTTGAGAAGAGAATTCCCATTTCACACTAGAGCATGTCACAGGAACTATTCTGGGAACCCACCGTTAATGAGATTATGCTTCACAGTATTAAATAGCAAAATGATTGACTCTGCAAGAGATACATATCATTAATGAGGCTATAGTTAGACAGTAGACAGTAATACATAGTTAATGCAATGGATGTTAGTACAGGAAGGCATCCTAAACCAATTCACTTGGGTATgggaaacctttttttaaaaacactatgCAGAGCAGAACACTATTTTATTTAGATATCACTTGTCAGATCTCATGTTTTCCACGTATTAGTGATATCTGAG

Function


GO: NA

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU7622 True 11012 lncRNA 0.45 3 36526668 36539067

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00004174 NA coding upstream 24552 36501826 ~ 36502116 (+)
AMCG00004173 msra,LOC106571446 coding upstream 57644 36454991 ~ 36469024 (+)
AMCG00004170 ift172,LOC105901225,LOC107716708 coding upstream 136156 36348573 ~ 36390512 (+)
AMCG00004166 NA coding upstream 273770 36237806 ~ 36252898 (+)
AMCG00004164 si:ch211-243j20.2,LOC108429346,LOC107676254,LOC108279217,LOC107602209,LOC103363074 coding upstream 314720 36187493 ~ 36211948 (+)
AMCG00004176 slc25a27,LOC107553473 coding downstream 124735 36663802 ~ 36669648 (+)
AMCG00004180 NA coding downstream 203560 36742627 ~ 36746065 (+)
AMCG00004186 slc5a6,LOC107601523,LOC107690043,LOC103362495 coding downstream 209789 36748856 ~ 36765206 (+)
AMCG00004187 enah,LOC107553420,LOC102788251 coding downstream 251367 36790434 ~ 36873869 (+)
AMCG00004192 NA coding downstream 345291 36884358 ~ 36904094 (+)
G6224 NA non-coding upstream 6074 36495840 ~ 36520594 (+)
G6102 NA non-coding upstream 360798 36161606 ~ 36165870 (+)
G6067 NA non-coding upstream 706185 35820255 ~ 35820483 (+)
G6007 NA non-coding upstream 1060013 35465862 ~ 35466655 (+)
G6002 NA non-coding upstream 1070781 35455676 ~ 35455887 (+)
G6240 NA non-coding downstream 14837 36553904 ~ 36555108 (+)
G6242 NA non-coding downstream 17039 36556106 ~ 36557331 (+)
G6247 NA non-coding downstream 26503 36565570 ~ 36593153 (+)
G6252 NA non-coding downstream 100593 36639660 ~ 36643702 (+)
G6271 NA non-coding downstream 159029 36698096 ~ 36698298 (+)
AMCG00004167 NA other upstream 248434 36261788 ~ 36278234 (+)
AMCG00004160 LOC106571404,LOC106607809,LOC105897019 other upstream 481386 36027279 ~ 36045282 (+)
AMCG00004158 NA other upstream 760488 35752450 ~ 35766180 (+)
AMCG00004138 fkbp1b other upstream 1656348 34852863 ~ 34870320 (+)
G5642 NA other upstream 3395482 33130120 ~ 33131186 (+)
AMCG00004179 ptrhd1,LOC103399259 other downstream 148563 36687630 ~ 36697885 (+)
G6314 NA other downstream 234934 36774001 ~ 36774523 (+)
G6328 NA other downstream 322480 36861547 ~ 36891746 (+)
G6369 NA other downstream 460290 36999357 ~ 37000158 (+)
AMCG00004210 fam49a,znf395,LOC108440968,LOC106571599,LOC107696187,LOC107553485,LOC106608122 other downstream 1293556 37832623 ~ 37847720 (+)

Expression



Co-expression Network


Homologous


species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) G272803 NA non-coding NC_047611.1 CM018557.1 20990343 ~ 20990551 (+)