G143380


Basic Information

Item Value
gene id G143380
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030140.1
NCBI id CM030140.1
chromosome length 22460246
location 4084099 ~ 4089273 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU180325
CCTTTGCTTTCTCCGGAGTGAAAGTCTCAAAGTTAGACCCTTGGAATGAGGTGAACTTCACTAGAGGCCAACTGCATTTGTTTGTGGGCATTCCAACATGTTGGTTTGTGTACTAGAGGCAGTGAAGTTTCTCAGTGGTATACAACTCTTTCATTGctgttgtctttttaatttcaagatTTAAATGACTTTTTAATCAGACTACATGTCAGTTTAAAAGTCCCTCTTACCAGTGCTTATTGCATTGCTGTTACCCACAGATTCTATCATTCAAGCACTTGTATCTGTCATGcctattataactattatttgtattcatactGACCTCAGTGTGTTTGTAGGTCCCCTTGGAGCtttagatgttttctttttctgccacATTGAAGCACATTATAAGTCATGTTTCAGATATACTGTGAAGCTAATTGCTCAATAGCCTTAAGTGCTTTTCTACATGTTATACTCAGCAACAATTTCTATTGAAGTCAAGGGCTAGGAAGATGCCGATTTGAAGATTTCAATCTGTTTTTCTAAAGCAGCTTTAACAGCATATCAGttcaggaacaaaaataaattaaataaaatcacctGTAAAAGATAGCCCGCTAACCCACACCCCAATCTTTCTTTCTGGAAATAGAAGTGATGTTGTCAGGAAGGAAGACACAAACTCCACTCTGGTGTGCCTTTAGGAAGTGCCCTTCAGATCTGTTGCAGAACTGTAAGACTGTACTACCTGACATCTGAAAGCCTTGATCAGTCTACGCCATGTTGGGAAGTGCTCCAGAGAGAAGCTTAGTTATACCCCTCTATGAACTTGGGTTTCTGCAGGCCGCTGACATTTAAGGCACGGCATCTGTTTTTGATACCCAGTCCAGGATTTAATACCTACCCTTAAATTCTGCTCTGCCCTTCCCTACTTCCCAGCATCTGCTCATAAGCTAGCAATGAAACCTTAACTCTATCTCTATGAAGTCACTTCCAAGTTAGCAGCAGGGTTATACCAGCTTACCAGGTGAACGGGTATATTGGATAATGACCCTGATTCATTCAGGGGAGTACATTTCCTAAACTCAGGACTGGATGCCTGACATGGAGATccatttaaacaatatagaaCTTAGCCTTTCTGAAGGATTCCAGTCAACATCAaccagaccaaaaaaaaaaaaaaaagtttcttccCTTTATGGTTGTCTTGCCAGTGGGAGACATGGTCTCATTACACATCTGATTGGCTATAACACACCACAACGCTCTTAGTAGGCAAAGAGAAACCAAAGCTTTTGAAGAGATGGTTCATTCCAGTCGATGTAGCATGAACACACAGGCCCCCCCCCTTGGTTCAAGACAGCCTAGCCTTAGGGCACTCTCCCTACATCACTCTTCTCTGGACTTGTGGCTTTCAGAGCTTTGCTCTATTGACTATAAATTGTACACGACgacgacgatgatgatgatgatgtacgTTATTGGTACATTTTCCAGTTCTGCTTCTTTCTGAtgtgtttgtacttttttgtaGACCGATATATACTGGTCTCTCGAGACAGTGTGCGATCTTAAGCACCATTTTTTGGTGGAACTTCTTTTACGTATAATCTGtgtaatattatgattattattactattcttgttctgattattattattgcttggGACAGAGCTATTGACACTTAAGCAATCGTAAAGATTGGTTATGAAAGAGCCTGGCTgagagacacacaaaaacaaacaaaaaaaacaaaaataatagccacatttgtatttatatttttgacatGTGAAGGGGCTTTTTTGGGCCTAGCTCTTCTTGTTACACCACATTCTAAGGGGTGATCGTGTGCAAGCTCTGGATTCTTCATCTCCAAGCTCCCAAATCCAACCAACACATTTTAAGCAGCATTTaccatcaatttaaaaaaaaacaaatcgcTCCTTTCCCCCTGATTCTAATTCTGGGCTTAGAACCACCAAGTTTAGAAACTAACTTAAATTATCAATCTTATGCTATATCCTTCGGATTGTGTGGGAAATGTCTTTCTGCACCGTAATAAGGAATCCTGTAGATTTTGGCTTAGATTTGTAAGTGTCAGCTCAGCAAAGCCTCAAGGAGCTTTGGCAGTGCTTTATTGAAGGCGTTTCATAATTTCAGGAGTGCATGTCAATTGAGGTGGTTAAAGTAATCAGAACTGCTTGACCAAACAGGGTTAATGGCACCTGTTAGCCAAAATACCACCCTGTCCAGTAGGCTTCAAGTACTAGATGGTCACCCCCCAATTAATGTGCCTTTTGGCaggtttttgaatatatttaaggTTTGGGTACATaacatctgtaaataaaatatatataatgtgcaacTGTTAATATACTCGCTTGGAGTcagcatttatattaaatgatcTCTACAAATCAGTAATGCAATGATCTGTAACTGGTTGCCAATGCAGAACTGAACAACTCTTATCCTTTCTTAGTCAAAGGAGTTCAGTGCCAGACTTGTAACATTTGTTTACTTAGCCATTTTGTGTctgtacaaagaaaaacaaacaatttccaaaaaataagaagaaatcTCTAGCTTAATGTAAGGTTGTACTGTATTGAATGTTTTGTGTATTCAGGTATTGACAGGCCCTCGCCTTGGCTTATTTATAGCTGATAAACCATGCCACGGTTGAggaagtcatgttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttccaacatgcTTGTAGTTCAGTCAGTGGAGGGGATTGTGGGTAAAAACATGCAAGACCCACTCTTTAtcctttgttttattctaatttggcctttaactttaaaacaacaacaacaatctccTGCACTGGGTAAATggtattaaaaatagaatagaatagtACATCAGACAAATAATTCAGGTCAATAAACTACAAATCCCTGTGGAAATTCAAGCAGGCCAATTGCAGCCAAGATGGACCGATTTGCCCAAACAGACGCCAAACATGTAGCATTTTCTTCTGACATTCACACTTTCCATGTTCAGCGCCCATTCATTTTGCTGGAGATGGAGCACATGTAATTTCTACTGTCATTCTTTGACAATGCTGAAACAAAATTTCAGTACAGCACATTTGTCTAGTCGTTGAGACATCGGTCAAAGTCCACGTGGTCTTGCtagttcatttgtattttaatattttttggcagcaaaaggtaGTTACAGGTCTGTATCCCCcaactggaaaatgtttttttataaacttgCCATTAATATCAGTTGTCATAATTACTGCCCTACTGAAAATGTGTGAACacataactaaaatataaaataaaacttaattttctAAAAAGATTTGAACAATTAATGTTAACAAGAACAAGTTAACTAGTTAATAAAAACAAGGGGCTATTTTGAGTGTGGTaaaattttctttgttttagtcTTTCCGTTTTAAGCAGCTGTTTGAATTGGGGGATGCACCTGGGCAATCTGAAAATCCTTGCATTTAAATACTCAAATCCACCACATGATACACCCCCACATTACCATATAAAGAAAGTTTCTTCTGCCACGTCAACATTTTTTGCTTACGGTCTTCCATTGATCACAATACAGATCTTCTGATACATATAGTGGAACAACATACCTACTGTTTACCTTCTGCAGTCTGGAAATGTTTGTAATTGGattgtcatatatattttttgttttttgtttatttatataaagcatTTGTCTTTACCTTACGTCCCTGACTGAGAAAACTTCATACAGAGTGGCTGTTTTTACTCACATTGGGAGAAACTGATCACtttgttaataaattaaaaaaaaaatctaatttgaatacaaaacaaccaatttccaaatgtattcccCAAACCCCTGCCTTGATAAATATGATCTAAAGACTAGCACATGCCACACTGCAGTTCTCCTGTGTACCAAGAATTATGGAAGCAGATTCACTTGATTGGTagatttttaattgtgtatgtaggggggtgggtgggggaagTAATGATAGCAAGCTACAGTTTAAGGCAGTATTTTCACTGACCAGTTGGCCGTCAGtgtgcctctctctcactccttgAATTTTGGTGGATtagtttggtttttgttttgatctttgTAAGATCTGTGTTGGTCACTGTATCAGTTGTACAGTGCTCTTTGTCCAGTTACATGCATGGGGAAGTGGATCGCATTGGGCAAAATTCCATATGACAGGCTTCAGTGACGCGCACTGGTTAATTGCTTGTAGTTTGACACAGAAACCGGTTCCTATTGAGTCGATTTTCCTTTGAGCACTCATGGCTCTCGGGGGAGTGTTCACCTTAGCCCTCTCTGTATGCTCCTTTAGgaacgttttttttttgcctccaCACAAACTGCATTCATTGTAACAAGATTGGGCTGTTCTTGctgcattatattaattttattcctAACATTGGGAATGTAATTGCTTTTGATGATTACTCCCAAATTGTCTTGTAATAGATTTGCTTAAATTAAGGTACAAGTTtaactcaaaaaaataaaaaataaaaaaaaaatgtttgtttttatattatactcCATTAAGGAATGTTTAGAATTATCTTTCTCCAATATGGATGTAGctgttatactttttttttttttttttttgtaaaagaatTCACTGTGTGAAAATtggtttgcatttttgtataatacaatctgctttttttttcctttgagtTGGGAGGGGTTAACAAACTGGAAgtttgaagacaaaaaaaagaaaaaaataacctgTGAAATTTTAAAGACAATGTAACTTATGTGCAACAGTGATTCTTTACTGGCAGGGACTGTGATTAAAAATTGTAAATCTGATCGGTTGTGTTTTGGGTTCATTGCTTCTTCATATAAGCAGCTGTGCCATGTTACTCACAAGAAAAACCTGTGTAGATGTAATACTTTCAGAACAGAAAAGGTCAGAAGTTTCCATTTACAACGCATTGAAAGGCACAAACCATCAGGACCAACTTCTGAGCACAGTGTACAATTGTCCCGCATTAGCACCAAAGTCTCCAAAATACAATCATCCTAGTCTGAGCAGTACAAGACATCAGAttgctttgtcattttttttcctaGGTCGAGAGAGTGAGGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU180325 True 5148 lncRNA 0.37 2 4084099 4089273

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00004818 NA coding upstream 4510 4053649 ~ 4079589 (+)
AMCG00004814 s1pr1,LOC106613588,LOC106573949 coding upstream 59714 4021807 ~ 4024385 (+)
AMCG00004815 NA coding upstream 62561 4004368 ~ 4021538 (+)
AMCG00004813 NA coding upstream 86853 3960595 ~ 3997246 (+)
AMCG00004810 slc30a7,LOC107653547,LOC107592711 coding upstream 185490 3897939 ~ 3898609 (+)
AMCG00004817 NA coding downstream 1339 4090612 ~ 4100452 (+)
AMCG00004816 NA coding downstream 38953 4128226 ~ 4132115 (+)
AMCG00004822 NA coding downstream 74480 4163753 ~ 4191197 (+)
AMCG00004821 NA coding downstream 135634 4224907 ~ 4225812 (+)
AMCG00004826 NA coding downstream 200536 4289809 ~ 4301784 (+)
G143356 NA non-coding upstream 177178 3906593 ~ 3906921 (+)
G143302 NA non-coding upstream 393906 3689158 ~ 3690193 (+)
G143237 NA non-coding upstream 495994 3581082 ~ 3588105 (+)
G143218 NA non-coding upstream 706828 3377069 ~ 3377271 (+)
G143195 NA non-coding upstream 708075 3310907 ~ 3376024 (+)
G143403 NA non-coding downstream 12989 4102262 ~ 4103856 (+)
G143405 NA non-coding downstream 23988 4113261 ~ 4113488 (+)
G143414 NA non-coding downstream 44002 4133275 ~ 4133909 (+)
G143440 NA non-coding downstream 128764 4218037 ~ 4238860 (+)
G143447 NA non-coding downstream 162436 4251709 ~ 4252089 (+)
G143366 NA other upstream 134262 3949426 ~ 3949837 (+)
AMCG00004793 NA other upstream 688941 3377815 ~ 3395158 (+)
AMCG00004788 NA other upstream 923890 3123081 ~ 3160209 (+)
G143075 elavl4,LOC106613894,LOC103028496 other upstream 1525019 2440541 ~ 2559080 (+)
AMCG00004749 NA other upstream 3961134 116491 ~ 122965 (+)
G143404 LOC107757485,LOC107715094,LOC107588062,LOC107653629,LOC106613586,LOC107592717,LOC107669813 other downstream 19749 4109022 ~ 4109655 (+)
G143471 LOC107575789 other downstream 282436 4371709 ~ 4372089 (+)
G143626 NA other downstream 1334430 5423703 ~ 5424121 (+)
AMCG00004864 NA other downstream 3519628 7608901 ~ 7624070 (+)
AMCG00004868 samd13 other downstream 3583543 7672816 ~ 7692361 (+)

Expression


Co-expression Network