AMCG00006083


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00006083
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030142.1
NCBI id CM030142.1
chromosome length 21087710
location 16454284 ~ 16462165 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00006083
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>TU196870
GCCGCCCTGCGGTGGGctcccacacatacacacacaacaaaacattaaGTAAAGAAGTGACGTCGTGGGACTTTCACGAACGAACATCTATCATTGAAACCAGCGGATTTAACGTCTGCTCGGTTtgaacaacttttttttttgtttgtactaaACGAAGGGAAGGCAATGGGGAAAATGGAGATTCCTGTGGCTTTATTCACATTGTTGGTACTCTGTGCTCGCTCGGTGGCGGAAAGTGACAATTCACCACTGACACCCATCTTAGAAACAACCACCGTCAACAAAGCCGTCAATCTGCCGACGAAGCCTCACAACTCGTCGGTGTCTCACAATGTGACGGAGAAAGGCGACGTGATCCACAGCCTGAACGTGGACAGCTCGATGATCCGCAGGGCCCTGTACGTCCTCATGGGCATTACTGTGATCGGGGTGCTGTACTTCATTGCCAGGGCTGTCAGGTTGAAGAAAACATCGCAGAGAAAGAAGTACGGGCTGCTGTCTAATTACGATGAAAATGTGGAGATGGCGCCGTTGGAAAGCGACGAGGAAGACACGACTGTTTACGAAGCCAAGACCTTGAGGAGATGAGCGGGTCTGTGATCCATGGGAAAAACCTGAAGACTGGAAGGATGAAACATTCCCAGCTTTATTTTTCTACTactccaattttttttttttttttttaatcgttgttctctcccctcccctctccttccAGAGAGTTACAGATGTttttcagagattttttttctctctttttttatgtaacaaACTTTAATATATGgatttaaactaaaactaaaaaaatatggtgaacaagaaaaagaatgaCGGTGGAGAACGGTGACATTGGTGACTAGATGGATCCTCTTATTGACTTCTAAAACCGAGGATCTTTATTCACAGGAAGAGGAGCGTGGTAGTTATTTTGCCTGGGCTGAAATCGACTGGATGTCTAAGTTGCCAAAACGATTTGCATGAAGTTAGTCAGTGATTTGCCCTTTTCAAATGTCCCCTGTTGCAACAAATAACCTAATCCACTAATTGATTCCAGTGTACAAGCCTAAGACTCACATAAGACTTAAATATGTctggattttttaaatcttttttttttttttgatgaagCACATGTTTTCCAGAACAATATTTCCCTCacgtggggggaaaaaagaataataacaaaatactgGATCTTCAGTGAATTTGCATTGTCAAACAAGGTGAATACCATCCTGTTTAGCTGCCGTTTTCCCCTCCGTGCCTTGATCTGTGGTACAGATTATGATTCCAGATGGGTCAATTTTCTCAGTTGGGAGTCCACAGACCAGGACAGTGCCGCTGATCGATTGTATCTTCACCGAAGTCAAGAAAAAAGCCAATACGAGGCTGAGCAACTTTTCTCTGCTTGTAGTAGTTGCTGATAAGCCTGTCATCGCCTGTTTAAACCACTTAAAGCGTATctgtttattattcataaaagGAACTCTGCCTCAAGGGCCTTAATTCGAAAATCCATACGCAATTTTCAGAGGTAAGAAAAGTACGGCTGTTTCCTCTGAGCTCTTTATTGATCTTTATCTCCAGATTAAGATCCTTAAAGACGGAACTGCTAAAAATAATCCCACAGATAAGGTGTCAAGaagaaaaccacaacaaaaaaattgattgattgcggGATTGGCTGCAGATTTccatcaaatgcattttgtgtcaaCTAATACAACAGTAACCCGTAGagctttctttattatttattttgtttttggtttctatttgtattttgtgttattaattacTGCAAAGGGGGTGTCTATCTGAAGGGTTTTCTGGTGTTTCCCGTCACTTGCTTCACAGCCTGTTTCATGTGTGATTCCTTGTTAATGGGAGACAACATAAAAAAGAATGGAAAGTAATGTACAATCAGGAGGCAAATAATGGTTTCAGTTCTTCTTTCTGATCAATCTCTGCCTTATATGACCCCTCCCCCACCGATACTCCACAGCGCCTCCATCTCCCTGCCTCAATCGCTGCATTTAAATGTccaacattttctgaaaatggcTTTCCTAATAATTCCTGTATCCAAAATGAGATTGGAAAGCGTATTCCAATTCTAAAAAACATTCCATTTTGTAAAcgtacttcttttttttttggttgttactGCTGCCAGAAAATGTGTGATTAATGTACAGCACCTGCAGATGGACCCATTCGGCCGACTGCTGTATCTGCACAAAGTGCCCTAACTTTTACAGGGGTGGATTTTCCTATCTATACCAGAACTTGACCTGGATTGTtatgcaaacacaaaaaggtGTCTTTCTCAGAAAACCAATTCTGTTATCATATTGTTCATTCTGGGGAAATAATGGCCTCCTGTAAATACTGCTAATCAGTGCAGGATGCATTTCCATGTCCAAATACAGTAGCTACAGTCAATAAAGCCATAAAATAGACatcacaaaacaattaataGGAAGTCCTCTGTAAAGTAGACTAAGCCATCTATCTGTGTGAACTGAACCTTAGACTTTATCATAGAAAGATTAGGCAGGGAAGTGGAATTGTTTCTCTGAAAATGACACGtttacttaattacttatttgcacttcagttttttaaatcCGGTAttgtctgtatctgtatctgtatttgcCAGTTTGGTCACTTGAGACATCCTGCATTCTAAGACCTGGTAAATTTTGCCTGTATGTGTCTAACGCTATGAACACTTggtgtgaattttttttttgtagttctttctatattttctgtttttttttttttttaaataacccaACCTTCTTGTAAAACCGTAAAAGACAAAAGTGAATATTCTATTCTCATTGCTCTGGATgcgatttttctttttaaacacattctgaagattatatatatatataatttaaatatccaATTCAGTGGAGGACTGGAAAGTCATCTAGCTCTGATAAGCTGTTAACTACTGCTGCCCTTATGTCAAGATGTTTGCCGTTGTaccatttttgttattgtggtCTGTCTTGTAGTATCCCCTGTTGCGATTGACAATAATGAGCCCTCCCAGCCTATTAGAAATCGCTTCATGCATCAGAAGATCATGCATatacatacttttttattttttttatttatctttccatCTTTCCTACCTGCTTTCATACAGAACTGAATGTAAAGGACTAGTGGGACTATAATGAAGCTTTCTTCAGAACGGATAGCATCCCTGACAGCATCCGAGAACTGAAATGTGACCGTAAATAACCGagtttgtaatgctttaattgCTGAATTCCTGTAGATCCTTTAACGTGAGCTGGACAGTTCTTCAGTATTTAACCCCAATGAGTGAACTCcgcagtgtgtttgtgtagagaTCATTCGAAAGCCACATTTTCCTGGTTTACTGTATTTCTTAGGCTAGGGGCGCGGGTGTTCAAAAGGCACCCATCTGACCCTTCGTATAACTGGATGCCAAACCTCTCTCCAGTGATCACGGTGGGATGAATTCAGCCCACCATGCTGAAATACCcgtttttgtttgcatttgaagCCTCTGTGTCGGTTGAATTGCCCAGCTGCTGAGGTGCATTGATTTAACAGGTGCTCAATAGTGTTTGCCAAATATTTAATCCAGAGCTGGGCAGGGTCCCAAGGGGGCGCATGGGAAAACTGCTTGGCACCCAGTTCTCTGTTTCAGGTAGAGCGCTCGTACCAGCATGTTAATCAGTAATCTGCCATTTTCCAAACACAATTGCGTCTATGTTGCGTTTAAATAGCGCGCAGCAGTGTGACTGCAAAGAGCAATGAAGTATTTTGACTAGGGCTATGCTGAAACGCAGGTCGCTCATATTAAAGACGCCACCTTCCATTCATAAAGATGGGTAATTGTAATGAATTACTTGTCAGTCAAGGTAAGCGTAATTGAGCATAACACGCCATCCTCACTCAAGTGGTGTTAATGAGATCTTCAACCCAGTGGGCCTGGAATAGTCTCACTTGAGTGCTGTTGTAGTTCTCGGTGTCAGGCTTTTGAGCAGTACCTTCTTGGGGAGACCTCGGCCCTgctggtgggggtggggaatgTATCGGACTGGATTTGGAATCGTGGAACTCAGATTTTCAGATCTTAATTCACAAAGCAAGTGCAGGACTGGGCATAGGCCACTAGGTTTGCCCATTAAATATTGAGCAACTGCTGTTTTATAGCGTTAATAAACTCATAATTATGGTATACGCAGTCCGTGCTATGCGGGAAGTCGGGATGGGAAACCATTTAAGACCAAATAGTAGTTAAATACAGATGAGGCACCCAAATCTATGTGCACTCCATATATTGTACACTGCGGTCTTTCAttatttgatatacatttttctccATCTGGATTTTTAGCACTGTTGGTTTATCCATCATGGGGGAAAAGTTGCCTAAAACTTGAGGGAATAATGGATGTCATATTTGAATCATCTGGACCAAACTGTTATACGAATGTGTATTATTCCAGTTGCCAAGTATTAAGATTCCTTTCCATTTGTGAGAGCTGGGTGGACATGAGAGAGTCCTGTCTCAAAAATACGACGGGGATCCAAACTGTTTTTTGCAAGTTGATATTCTTTGTTTGAATGCAGTAACACTGGCCTTCTCCCCAGCCTTTGTAAGTCAACCCTGATTTAAATGGTTCTTTTCCCACAACAACATGCTGTTCTTGATATGTATGGTTGTTCTTGTCTGTGGGCCatgaatttctgtttttttttaagctggtTTGTTTGGAGCAGTTCACCACGTATCACCAAAATGAAACTGAAGGCCTGAGCTGCTCGCACAGACCCGTACAAATGTGAATGTAGGGACACGTTCCACTGATTCTTCGATCTTCTCAGAGTTCTATTTTTATACAGGGGACaaaattcactttatttttataaggtGATTAATTTttctaatgtttgttttttggaggaTGAATAAACATCTGATGTGGGATTGC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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00006083 True 5582 mRNA 0.41 3 16454284 16462165
TU196870 False 5491 TUCP 0.41 3 16454369 16462159

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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AMCG00006114 LOC107578059 coding downstream 423107 16024475 ~ 16031177 (-)
AMCG00006084 ptbp1,LOC106613576 coding upstream 1847 16464012 ~ 16487227 (-)
AMCG00006119 NA coding upstream 36487 16498652 ~ 16500578 (-)
AMCG00006120 NA coding upstream 66057 16528222 ~ 16566157 (-)
AMCG00006117 NA coding upstream 165808 16627973 ~ 16637966 (-)
AMCG00006146 NA coding upstream 185857 16648022 ~ 16660916 (-)
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G156225 NA non-coding downstream 391212 16062733 ~ 16063072 (-)
G156207 NA non-coding downstream 454245 15994787 ~ 16000039 (-)
G156203 NA non-coding downstream 506757 15947208 ~ 15947527 (-)
G156113 NA non-coding downstream 838497 15615562 ~ 15615787 (-)
G156344 NA non-coding upstream 212633 16674798 ~ 16676047 (-)
G156378 NA non-coding upstream 402933 16865098 ~ 16922863 (-)
G156668 NA non-coding upstream 1670164 18132329 ~ 18137505 (-)
G156670 NA non-coding upstream 1676354 18138519 ~ 18144775 (-)
G156696 NA non-coding upstream 1971441 18433606 ~ 18434245 (-)
G156206 klhl26,LOC107680559,LOC107597147 other downstream 497194 15954076 ~ 15957090 (-)
G156088 rps15,LOC107680474,LOC107685215,LOC107578086 other downstream 962642 15433432 ~ 15491642 (-)
AMCG00006102 slc5a5 other downstream 1446305 14998500 ~ 15007979 (-)
AMCG00006043 NA other downstream 1670004 14782506 ~ 14784280 (-)
AMCG00006037 rpl36,LOC106560598,LOC107678109,LOC107741803,LOC107744644,LOC107577535 other downstream 1771304 14679797 ~ 14682980 (-)
AMCG00006118 NA other upstream 43199 16505364 ~ 16521689 (-)
G156341 NA other upstream 189375 16651540 ~ 16680772 (-)
AMCG00006127 NA other upstream 485832 16947997 ~ 16963650 (-)
G156907 NA other upstream 2813035 19275200 ~ 19293820 (-)
AMCG00006201 LOC105903982,LOC108433090,LOC106600049,LOC105020399,LOC107384124,LOC106569512 other upstream 2986766 19448931 ~ 19463205 (-)

Expression


Co-expression Network