G156228


Basic Information

Item Value
gene id G156228
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030142.1
NCBI id CM030142.1
chromosome length 21087710
location 16066669 ~ 16071528 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU196787
CGCAGTTCCATGtgttattctttattgttttatgtttgaccatttttaaattaaaaaaaaggaagggaaaaaaactaaataaaaaatacaccataTAAGTTAGAGCATAATTGCaccaatattttaatttttctttgtcCTTTTATCTAAAAcaccataaataaaaatctataaacAGTAAAAATGCCATTGCGTTCTTCAATAACGTTCACATATAGAGACAACTTGACAAGTTGAAGTCtaggaaaaagaacaaaaataaaaatgaacaaacggTCCTCATGAATAACAAACCCGATAAGGTACATTCCAGTATTTCTATTACAGCATATAGACAATATTGCCCCAGATATTATActaataaagtattttcttgtTCATAATGATGAATGTGAATTTCAAAAAAATCAAAGACGCAAACAGTGAATCATTTACCCATGttcctatttaaaaaatactgccTAAAATACTTCCCATTTacacttttcttctttaaagTGCTGTGATCAAGGAAAACCCAATGCAAGGTTTCCAGTGAATCTACTTTTCTATTGAATCTATTGCGAACTAAAACTTGCTGCTGGTAATTGCCGtcgatttaaaacaaaataattcagatATGATTGAAAGCAGTTAAGGTGTTCGTGAGATTCAGATATATGTATACAGGGCCTATACATTATAGGCCCATGGCaattgaaaaagaagaaaaagtaggCTGTAATGGTTTTTAAACGCAGGTATAAACgtcaagtgcattttaaattgagcTATCTTAAGGAAAATGTATCggtattcatacattatattttgtgtatcagATTATGAAACAGATTTCTGGTAAAATAGTGATGGTCACTGGCAGATCAAAACTTTGCATTGCAGATTATATATCAATTAGGGTTtatgttattacattttctattatatGGATGCACCTTTTGTAACATTTACGTTCGGTCAAAGCTTGGATTTAATTATTAGAAGGACATAACTCCAAATGAAGTTATAACACAATAGCACTAAATCACAGTCCTAATTGATGTGATTGATATATGACTGATCATTAATGTAATACCTTCCATGGATGTGTAGGCCTATagcttgattattattattatcatgttaATGTATGGAAAAAAGGTGCAAATGACGAACTTTACAACTACTCAGGTAGCTTGTTTAGATTGAAGTCCAGCCTCCCTGCAATGCTTTGCACCTGTTTCACTGCAGTTTTAAACACAAAGTAACCTACGCTTTGGAGTCTTGCATTAGAGACAAAATgggtttaaatgttaaaagacCAGTTATATAAATTGAGCATGTAAAGAAAACCAGACCACACACGAAGACGCCTCTTTGTTTAGAGGAATAAAGTCGAAATTGCTCCAGTCCGAATTCTATCTGGTATTTATAATCTCATAAAGTGGGATGTTAAGGCTCAAATCGCCCTCTGTAACTTCTATTTCATTACTCCAACCCACATAAAACTAAACCCTGCACCCGCTAAGCctaacccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattgatcaTATGATAGTATTGTTCTGTCAAATGTATCTCATAGCAGTTCACATTCGGGAAcattctttataaatgtgtaatgtattgtaCAGGTCTAATTTACAAGACGTTTGCTACCCGTCATGTATTCCCCTATACGTACTTctGCACACTTTTGCCATTGTGTTCAGCTCCAAGAGGGATTACGGACTGCATCAGGAATGTAAAAACATCTATTGCAAGAGTCTAGTTGGGCCGGTTTTGAGGCCCCCTTTTCCATTCCAGGCTGATTGGAGAAGACGCGTTACATgtcctacattttaaatgcatgcaaacaGTCTGCAGGATCACATCCTATTGCAGGCAGAACCGTTCGTCAACCGTTTTGCAATTGTAGTCTACCTATACAGTCTTGAATCTTAATGCAGAAGAAATACGATGCGTTATAAACCAAATGCAAAGGTTCctaaaactgcattaaaaccAGTGTTGTAGtaaaaactattttggtatGCATGCCTACTGAATCCACTTTGTAATGTTGCATCTTTTAAAGTAGAGCTGAAGTCGATTATGTACCTTGACATGAAAGGTTGTTTCACAGTCCTGAACAGCTGTAACTTAAATATGCTTaataaagtttaataaaaacatacaacatagGTTCAGCACCTAAAATTAAAACCGTTCACTACTTGTTCCCCGCATTATATTTTACCTCGCAAACTCGtgattaaaacttaattaaaagcaaactcTGTATTccaattagatttttttctttaaggtCACGgtcaacattaattaattaaccattGCACCATTATCAAAAAGCTGTCGGAGGTGTACCAAATCAAGacaaagaaatctgaaaatgatGGTAACGCTTTAGAGTAATGAACACCAATTCTTAATTGATTCTTCAATTGATTATTGTATGAATCCTACAACACTAACATGATtgcctcatgcacttccactgagttctgatgtccATCACATGTACAAGCCCCAACCCCAAActgtaaccctatccctaacgtTACTATAGCCCTgatggattttgttccaactgaggtcttaattgtttaattgaatccataaattgacctaacaaagcaattcaCCAatcaattaagttattaagacctaggttggaacaaaaaccagcagggcaaggggtactccaggaccgatttgaaaacccctgctatAGCCtaaatgtgattaacagcagaactctcGATTTGCGtgttatttctgcaatattCATACATCCATTCACCAAGAATTGCTGCCCAtgattgtaaagtgtgaccacaATGACAAGTACTTCATTTTGAATGCAGTCCacatgtatttcacattttctaaaataatgcTCACATACTGGAGCATAAAAGTTCGGCGCTCATGCGTTCATTTGTAACTGTATTCAACTACAGTGTGTGTCGTTTAAAGAGACCGGGATCGTTTCCGTTGTTATACCTCCAACCaccaaacaataacaatgaaaaactgGCTCTGAAACGgagcaaaaatgtgtaaatcacaTGCTGCcatttatgaaatattaatattggcCTATGTacatgtattgaaaaaaaatccacagtatatatacacatagtaCGAAAACGACACGATACTACAGCAGTTGCAACAGCAGCGTGTGTTCCATGTGGCTCCAACGTCGCATATATATGACGTCACAAGTTTTCGTCATCATCGCCACTAACTAACTCGACTTCCCCCAACGGTGACCCCGCGCAACACCGTtcatttaatcaaataacatATGATCGTAACCGCTTAAGCGATCTATAAAGTGGCCACCAACACAGATAACATACTTTGCCAGGCCAGCCTTTGTGTAACTGTACACCTTCAACACTTGTAGTTTAATTCTaatgttgcattaaaaaaaaaaaaaaaagtgaatgcagACAATTTTGTAAGACGTGAAGTTGAAGGAATTTTTGACACCAGCAATATTCTATATGCTGGATGtctggtgttcattttaataacccAACAGGTCAttcattgcttttattatttaaaagacacaTAATGTGCTTGTTTCATGGTTGGTGGTTGAACTTGGTTCAAGGTTGGGTCTGGAAAGGTACACCCTCACCCTCTTCCATTCCTCATTCAACTTTCTTCCATTCAGCTTGTGTATCCCCCTCCCTGCTCTCTTAACTTTACTGTCCCCATGTGTGGTACGGCAGGGTATATAAGTCACAGTGTAGATATTCCTGAATACACGTTTGCTTGCAGTTGCACCTTATGCAATTTGAATTCTGGGGGGAAAAATGCTACATTTAACACAAGTAGTCTACAATACTGGGAGATGTTTGGCCAGTTCCTCCTCAAACAATCTGAATAAACCAGACTAATGCCTACACggaagtttaaaaacaaaggtaaaCATTTGGTCTAACTGCAAGAGGACAGCagtattgaaatacatataaatatccAACAGAGTTACTTTTTTACGTGTAGAAATGTAGGGATATCTTCTGTAAACAGCGTTTGATACTATTCCATGATAATAATCAATTACTGgttacaaaaaacaagaagatTGTGTAAACCGGAGAGGGTTTTAGTTGTTAAAACATTGCTTATAAAAGTAGGGCAAGGTGGACACATTGCTGATAGATCAAACCTCGTCTCCACCCTACGActactgcaaaataaacaagctTCCACTGAACGAGCAACGGATCTATAGATCTTAAGTGCTCCGTACAGTCGCATGGTTATCGATTGGCTTGGTTCCAGTCAAGAATCGCTACTTGGCTGCtgcacaattacaaaataatgttagTTCACAGttgacaaaattatttttaaaaaaaagggaGCAAACCTGTTAGGGACACCTTATCatgaacagattaaaaaaaataaaaaattaaacgACATGATCATTTGCTGGACCGCTTTGGGCGCGCACATTAACTCTCCCGACTTTGGCTTTACATTCCCTTTTCCGTCTCAGAAGGTTCAGACAGCGCTGGAGAACACAGAACTTGATCGGCAGTGAAGTCCAAAGAGCAATCTCAATCTACACGTCATACTGGTTGGAGCCGTAACCCATCGTGTAGGTCTGTCTGCTGTACTGGAAGTGATCAGTCAGCACGTTACTCCTGCCGTACTGAAAGTCTGAGCTCTGGGGGAAAGGCCCCGTTCCGTTGGGTTGCATTTTCTCCAACGACACATTTCCGTGATCGAAAGAGACCAGGTCCTGCTTGGAAACTGGCAACAACTTCTTCTTGGCTTCCTGGTTGGCATCGT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU196787 True 4828 lncRNA 0.37 2 16066669 16071528

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00006114 LOC107578059 coding downstream 35492 16024475 ~ 16031177 (-)
AMCG00006116 comp coding downstream 54325 16001553 ~ 16012344 (-)
AMCG00006087 NA coding downstream 189245 15840912 ~ 15877424 (-)
AMCG00006086 NA coding downstream 247813 15789347 ~ 15818856 (-)
AMCG00006085 NA coding downstream 282668 15778207 ~ 15784001 (-)
AMCG00006115 NA coding upstream 1835 16073363 ~ 16075726 (-)
AMCG00006108 NA coding upstream 83778 16155306 ~ 16180536 (-)
AMCG00006109 LOC104962492 coding upstream 119102 16190630 ~ 16208678 (-)
AMCG00006110 LOC106574064,LOC106613575,LOC105011408 coding upstream 205558 16277086 ~ 16287328 (-)
AMCG00006084 ptbp1,LOC106613576 coding upstream 392484 16464012 ~ 16487227 (-)
G156225 NA non-coding downstream 3597 16062733 ~ 16063072 (-)
G156207 NA non-coding downstream 66630 15994787 ~ 16000039 (-)
G156203 NA non-coding downstream 119142 15947208 ~ 15947527 (-)
G156113 NA non-coding downstream 450882 15615562 ~ 15615787 (-)
G156104 NA non-coding downstream 481903 15581857 ~ 15584766 (-)
G156344 NA non-coding upstream 603270 16674798 ~ 16676047 (-)
G156378 NA non-coding upstream 793570 16865098 ~ 16922863 (-)
G156668 NA non-coding upstream 2060801 18132329 ~ 18137505 (-)
G156670 NA non-coding upstream 2066991 18138519 ~ 18144775 (-)
G156696 NA non-coding upstream 2362078 18433606 ~ 18434245 (-)
G156206 klhl26,LOC107680559,LOC107597147 other downstream 109579 15954076 ~ 15957090 (-)
G156088 rps15,LOC107680474,LOC107685215,LOC107578086 other downstream 575027 15433432 ~ 15491642 (-)
AMCG00006102 slc5a5 other downstream 1058690 14998500 ~ 15007979 (-)
AMCG00006043 NA other downstream 1282389 14782506 ~ 14784280 (-)
AMCG00006037 rpl36,LOC106560598,LOC107678109,LOC107741803,LOC107744644,LOC107577535 other downstream 1383689 14679797 ~ 14682980 (-)
AMCG00006083 NA other upstream 382756 16454284 ~ 16462165 (-)
AMCG00006118 NA other upstream 433836 16505364 ~ 16521689 (-)
G156341 NA other upstream 580012 16651540 ~ 16680772 (-)
AMCG00006127 NA other upstream 876469 16947997 ~ 16963650 (-)
G156907 NA other upstream 3203672 19275200 ~ 19293820 (-)

Expression


Co-expression Network