G156640


Basic Information

Item Value
gene id G156640
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030142.1
NCBI id CM030142.1
chromosome length 21087710
location 17973741 ~ 17980637 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU197282
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>TU197284
TCTTATTTAAATAGAAGATCTTTGATTGTAGCATACAGCGGGTCTAGTGAGGCGCAGTACCCCTTGAGACTTCTTATATTGGCGAACGTGGACAGGTATACCACACGATCTGCAGTTTTTAAGTCATTTTGCCTCGATCACGTGATCACTCGTTAGGCTTGTTATTGTCATGTGACCAGGAAGAGCACGCAGCATCTGATGTGGCTCTTGCTGTATGTCTTTGGAGACGGCGTGCACAGCAAGAATAAGCAACTTCAACGTTAGCAGTGTTGTTTTTGACTGCTGGCTTGAGGAATGAGCTCCAAGAGTAAAAAGCGAGTGGTGCTGCCCAGCCGTCCTGATCCGCCGTCTGTGGAACAAATCCTGGAAGACCTCGGCAAAGCAACCCCGAATGACCCCGTCTTCAGCGTTCTTCAGGACGCCCCTCAAGGTATCTCCTTATTACCTCTGCCCAGGGGCGGACTGGACAaaaaaacggccctggacttttacccaAGGGGGCGACGGCTGGTGAAGCTTGGGTCCCAACAAAGtgcaattaataaatgtattgcgctgtttgccaagtgatcgttcaatttcatttgtaaacgaacttctttttaatgcttgtcaatcacccTGGTGCGTTAGTAGGACACTTTACTGTTTATGTCATGTGCTGATGTAGTGGTTAAAATTAAACACAGCTACGAACCTGAGGTTGTGGGTTTTATCCCACATAGTGGGGAAGATATTTATTATGTAGGTGTCAACGAACAccaaaatcactgctgctgccctctagaggagactaagACCGGGACTAATTTAGTCCTGCTCCACCTACGGATTAACTATGGATGGTACCATAGGGGTACAAAATGTGCcaatcacaatgtattgactacttttgtaactgaactacTCATAACTCGATTCATAACCACTAatcgttttgttttacatatcaaaTAGTTACGTATTTGTTTTTGactgacaaaatgtaatttactaataataatgctcTGGTGTACACTGGTGAAATTGACACCACagctaacaaaaaacataattaaaataagaaccagTGTACAAAGTGTCGGTTGAAAGGTTATAGGTTTAactgagaatatattgaaagctCTACAGGAATTATTGCCCAGCaggaattgtaatgcaatattatgttaataaaatggAGTTATAATGTGCTGTATGAACAGGGGTAgatcttaactttttttttcccactagCCAGCAGGACTAGTGGCTCTCAAGTTGCACTAGCCCGCACAAAGTTTCACTAGCCTGCCAATTCGGAtccagtgatttttttttaattattgtcagaaaaagaaaattgttgaaaatattgacagattgttatttaaaactgtGACAAATTTTGTTCCCctgaaaggaataaaacatgATTGTAAATATGTAGATAATTATTAATCTGCAGCTTCTTTGTGCTCAaattttgtatgattttctgTTGTAGTGAAATTCCACCCTTGCTTGCCTTAAAGTACattgagtgacagtgtgacCTGGCTGTAGTTTAAATACTCCCTGCAAAGTAGAAAATATGGTGGCAGTGCATTGCATGACTTTGTGATAGAACTAAGCACTGgaactttcctttttaatggATATAGTTGCACAAAATAACCTGCTGGAAGTATTTCTGTTGGGTGCCTGTGACAAATTTATCCTGCTTACTGCTTTGTAAATGGAATGCctcaagattaaaaaaatgcttgaaCTTAACCACCTGATACATGAGTTaggttttcttatttaatttgcactcaCTGTCACTCAATGTTTTGTCAATTTGCTGCATCATTCAGGCTTCTAATTGGGCTGTATTTGAACAataccacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatcttattctccccattttttttcttcagtcagctcagctctcattggctgctgatttACATCACCCTCCACGATTGGTGCTGATTGAGTTCAAAATATTAAacgtttaataaaatcgtaggggcTCCAACAAGCTTACAATTGGATCGCAGGGCAAGCGATTGCATCTCAGCCTGTCTCGCACTACACGACTATCGGTTGCGGAGACGCGCCCTGACCAGGCTACTtgtcgtgacgatcagtgccAATTTGTTGTGGGCCAAACCAGGCTCAAATCTATCTTAAAAcctgtagtgtgaccccagcataagattttcattaagtatttattaaaatacttcaactaccaatggttgttttggggcaggttattttaaaatactataatgcagggaaaataatattttcatatacaaataccaattagtatgtGTAATTGACCTCGGTCTGCGCAAAATACCGATCCCTACAATGtgatgatcatactgtgggatggatatagcctgtgtgttgctcacctccagctctcacacagAGTAGACAGGCTGTTGCCCTCGCCTCCCCAGTCATGTCTTCACAcgcatcctcttttctctccgcTTTTTGCGTTTGTCTGCACAAAACCAACATAAACGGCAACATCGGCTTGTGGTCGCgttctttccgcagttttgcacacaTCTGCTCTGCTCCACCAATgagatcagtggatttctgcagatctgtgctaCACAGacgtgacctgtaaatgtccacgtccgtgtttgtttaccttttctctggatggatcacaTGTGTTTCTGCGAGACGTGGGAAGTTTAGAGGCTGTGTCGGAGATCCCCAcgacaaaggatttcagatcagtcgtgaAGTGTGTGACCCCCTGTACTTAAGCTATCGtgtagtgtgcactccttcatgacacaaaagacatacattcagtgcaaaatagtcattaattgtgagctgcccactgttcacaaaattgggtcagattgtagaaatcgtgtagtgtgaccccaaaAGGCACCACTGCTCCAGTGTTTTCCAGAAACTGTGACTTGAATGCTTTAGCCCCTGTTTACAAAATTGTGCATCCTTTTGAAAGATCGTGCAGCAGACAGTGTGGTCGAGAGCCGGTACCAGCAGAGCCAGAGGTACCTGGAGCTGAATGAGAGGCTGCAGCAGGCGAAAGGAGAGCTGGCTACCAAGAGGGATGAACTGTGCCTGGCAGGAGAGAGGTTGGAACAGAGTGTGGCTGAGGTAAAGGGGAGAGCACTGTGAGACATGCCTCGCCTAACCCTGGATACCTGGGTACTGGAATCTGAGAACCACACTACCATGTAGTTTAAGCAAAGTCCACCCTCCACATCtaccttatttttaaaatcatagttGTATTTTAGGAAAAAATTAACGACGCCACAATCCAGATACTTGCCAACAGTTTTGTGATGCCAAATTGCGAACATCTTTCAGAATACGCAGTTTGTTTAATGTgcaattattactttttacagCTGTCTGTGCTGCCAGTGATATAATTTGTCATGCATTGTTCTTTGTGACTTATTTCTTCATCGTTATGAATCTTTTAAAATTGAAGCTGACAAAGTAGTGTTTGACAAAGTAGTGTGGAAAAGGTGCCCAACAATGAAGGTACTAACCTGTCATAAttaacatttgtatgtattcattacaaagtcttgtttaatatttgtatttattaattaaaactgtcTTGTTCAGCACATTTAAGATCTTTTTCATCATTCACCTGTATgtgaatattattatattgacaGCAAAACTTATGGGAAGgcaaagagctttttcatttggttttaaCTGACGAAATAAACATGGTGTGAAGGATCTTATGTTTGAGTGTACATAAATATAGATGTAAAATTAAAGTCTGACTGCATTTCCTAAGTGGGATGTATTGGGAAACATCTCTACAACATAAATTGACAGGTCAAGGATAAACTTGCATGGTGAAGACTTGGATTTTCTGGAGTACATGTAAAGGTAAATTGTAAATACAGATCACCTCATGCGAAATCCACAAAATGTCCTGCAAATAGCTATTCATGTTAGTCTCCAGCCAGGAAGTCTTCCAGGTAGTACATTGGGGGTCCAGTTACCTTTTTGTcaggaaatgaaatgcagaggACTTCTGCATCcccattgtttgtttataatgtgGCTTGTGATATATGTACAGTAACACCCCATTTTGTGTGGCTTCTTTTCTGCATCCTCAATTATTTAGTGGAGTATCGCCACAGTTTCATTTTGCATtctctgtggggaaaaaattaaaagagaaataagTATGTaatctccctcctccctctgtAAAGGAATCCCACAAGAATGGGGAGGGGCTAATCATTTAAGGACAAAGATTAATGTACTTGAAAGATTTGATAAAGGTAAATGTCACTTTAGTAATGGTGCTCCAAAGACTTGCCAAGTTCTTTGTATATACAGggatttacatttgtttaatttactttgtatttgtaaagtatatgtatttagtattttatatataattttgtgtgcatttaatattttcctgGTAGTAAATCTGGTTTGTACACCCTTGAAAAAGCAAAGGTTCCCTCTGGACCCCAATGAGTGCCTAGGCGGCCCCCAGACCCCAACCTCGGTGTTCCATTTCTAAATTGCagatatttttctgttctgcCATCTCTGTCTGTtgtttcataacaaaatagcaaaataaaattataaaaaaataaagaccttTTAACAgttgaaactaaaataaagtaaccaTTTCCACAACAATACCTGTTTTTATTATCTTCTGGAAAGGTGTAGTGCTATGTAatactaaatatacattttaagcataaatctaatattttttataaatctaCATTTATATAGAAGGTATGCAACAAGATTTGTTGTATTCTTTTACAGTTACCTTTGTGTttgggtttacattttttaagattttaatatattttttttgtttcttacctTGTTGTAGACGCATGGAGTTAGAACCTGCATCTCgtaaaacaagaaatgcatcAAACTGCTAGCAATGATCTAGGAGTATTatgcc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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU197282 False 2761 TUCP 0.38 3 17973741 17980637
TU197284 True 5333 lncRNA 0.39 3 17973741 17980637

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00006162 LOC106613602 coding upstream 13531 17948523 ~ 17960210 (+)
AMCG00006187 NA coding upstream 68117 17879983 ~ 17905624 (+)
AMCG00006189 thop1,mepd coding upstream 96682 17852039 ~ 17877059 (+)
AMCG00006191 NA coding upstream 162282 17788983 ~ 17811459 (+)
AMCG00006136 NA coding upstream 454908 17511902 ~ 17518833 (+)
AMCG00006164 NA coding downstream 23940 18004577 ~ 18008371 (+)
AMCG00006169 diras1,LOC106573976,LOC105906138,LOC106613605 coding downstream 136001 18116638 ~ 18130496 (+)
AMCG00006139 NA coding downstream 392297 18372934 ~ 18379731 (+)
AMCG00006177 NA coding downstream 473261 18453898 ~ 18455420 (+)
AMCG00006176 NA coding downstream 476077 18456714 ~ 18467995 (+)
G156598 NA non-coding upstream 129765 17842139 ~ 17843976 (+)
G156567 NA non-coding upstream 195871 17774665 ~ 17777870 (+)
G156564 LOC100846954,LOC107575789 non-coding upstream 265020 17707670 ~ 17708721 (+)
G156521 NA non-coding upstream 402209 17567559 ~ 17571532 (+)
G156509 NA non-coding upstream 426380 17535631 ~ 17547361 (+)
G156671 NA non-coding downstream 178203 18158840 ~ 18223148 (+)
G156769 NA non-coding downstream 761965 18742602 ~ 18749749 (+)
G156771 NA non-coding downstream 776289 18756926 ~ 18757205 (+)
G156772 NA non-coding downstream 776629 18757266 ~ 18757542 (+)
G156777 NA non-coding downstream 796555 18777192 ~ 18777554 (+)
AMCG00006190 LOC107695212,LOC107676806 other upstream 209513 17746133 ~ 17764228 (+)
AMCG00006188 adamts10,LOC106584371,LOC108439663 other upstream 238657 17662190 ~ 17735084 (+)
AMCG00006149 NA other upstream 846108 17123205 ~ 17127633 (+)
G156327 NA other upstream 1344559 16627793 ~ 16629182 (+)
AMCG00006089 NA other upstream 1828503 16123128 ~ 16145238 (+)
AMCG00006138 NA other downstream 209587 18190224 ~ 18356589 (+)
AMCG00006174 NA other downstream 497491 18478128 ~ 18480087 (+)

Expression


Co-expression Network