AMCG00006606


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00006606
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030134.1
NCBI id CM030134.1
chromosome length 29342575
location 11305891 ~ 11321973 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00006606
ccaGCGAAGAGGCATCACTGAGAAGGGCCCGACATGCCACCCCCAGCTGGAGGCCCACCAATCGTCACCCCGCCCGATGGGGGTTGGGGCTGGGCTGTGGTCTTAGGAGCCTTCATTTCCATCGGATTCTCGTATGCCTTTCCCAAAGCCATCACAGTCTACTTCAAAGAGATACAGCAGATCTTCAGTACCTCGTACAGCCAAATAGCATGGATTTCATCTATAATGTTAGCAGTCATGTATGCAGGagGTCCCATAAGCAGTATTTTGGTGAATAAATATGGCAGTCGGCCGGTGATGATAATGGGAGGATTCATGTGCTCCATAGGGATGATTGCTGCCTCATTCTGTAACAGTGTCACCCAACTTTACGTTTGCATCGGAGTAATTGGAGGTTTTGGTTTGGCCTTCAATTTGCAACCTGCTCTAACGATGATCGGGAAATACTTCTTCAAGAAACGACCAATAGCAAACGGCTTGGCGATGGCTGGAAGCCCGGTGTTTTTGAGCACGATTGCCCCGCTTAATCAATTTTTGCTCAACACATTTGGCTGGAGAGGGAGCTTCCTCATCCTGGGTGGTCTCCTGTTGAACTGCTGTGTGGCTGGTTCTTTGATGAGGCCTTTGGGACCAAAACCAGCCGCCCCAACCAAAAAAGACGTAGAAGCGGAAACGACAGATCCTCTGCTACAACAGAAGACGAATCCGCAGAAAACGACCGCATGGGAAACTGTTAACAAGTACTTAGATCTCTCACTTTTCAAACACAGGGGGTTCCTCATCTATTTATCAGGGAACGTTATCATGTTCGTGGGCTTCTTTGCCCCGATTGTGTTTTTGGCCGGGTATGCCAAAGACATCGGCATTGATGAGTATTCTGCAGCTTTTCTGCTGTCAATCCTAGCTTTTGTGGACATGTTTGCAAGACCTTCCATGGGACTGCTGGCCAACTCCAAATGGATCAGACCACGGATTCAATATTTCTTCAGTTTTGCCGTGTTGTACAATGGGGTCTGCCATATCCTATGCCCATTAGCAACAGACTATACAGGCCTAGTCATCTATGCAATATTCTTTGGCTTTGCTTTTGGGATGGTTAGTTCTGTCCTCTTTGAAACCCTGATGGACCTTGTTGGTGCTCCAAGGTTTTCCAGTGCTGTGGGACTGGTGACAATCATAGAGTGCTGCCCGGTTCTTATCGGCCCGCCTTTGGGAGGTTGGTTGGTGGATGTGACTGGGAACTACAAGTACATGTATTTTTGCTGTGGCGTCATTGTAATAATTGCAAGTATCTGGCTATTCATTGGGAATGCCATTAACTACAGACTGCTGGATAAGGAACGCAAGAGGGAACAGGAGCTGAAACAGGACGAAATTAATCACGACCACAAAGACGGGGACGCTGACTGCAAGAACAACTCAGAAGATGTGTCTGTGTCCCCCAAAAAACAGCCAGATGATTTAATGCAAAGAGAAACCAATATTTAGATCAGCACCTTTTAAATATGCAGTAACCGAATCCAATATCTCAAATTAATTCAGGTTTGAGCAGTTTTGCAACCAACTGTATTGACTGCTCTTTACTACCAAGCACTGCTGCCAAAGTAAGTTGTGTCTGTTATACATGTATTGTTAATTAAGGGGTTGGTATTACTGAAATCAAAACGCACAATCAAATTCAATACTGCATGTATAAGCCATATGATTGTCATTGAAAATGGGGATATCTGTAGCCAAGTGAGGTTCACCGGATAAAAACTGCttactggagaaaaacaaaaagctgtcaGCAATATTTGAACTGTCTGCTGTCTAGTTGATGTACAGGAACAGGtggattcattttaaatattaatagcaTATGGTCGTTCTTGAGAGAATGTCTGTTTCACATAAAACTTTCACCAATAATGTATTGCCTTAAATTTTCAAATGCAACTAAGAAcactttagtatttttttcagtattgatttaaagaaaatagaatCATTCCCTTTAAAAGGCTGATTATTGTTACCTTAGATTttactaaaaaatatttttttaattttgattatttgTAATGCGTTCCTTAATTTCCTTCACAGTATCCATTTGTGTTGTTAAATTAGTACCACACGTTGTGTTCACGTCACTTCACATAAGCAAATGCCACATGGTTAAAGCTTTGAATCAATATACTGAACATattaagaacatgttttttaaatatgcacttaaaataaaaacttgagtATTACACAATAAACCAATACATGAAGGGTGAACTGCTTTAGAATCTTTAGTTactgatatgtattttttatatcaacaaCGGTATGCATGATATCAAGAACATGAATATTTATATCCAGAATTGAGACTTAAATGGTTGAATACAGCAGTGGCGTATTTTGATATTATACTAGTATCATCAATTAAAAATCTGTAGTACACTTTAAGTAACTACATGATGTTGATCAAATACATGTAACCACTCACACACTCAGTTTGTTAGTGAGATGTGGTCTGTTAATAGAAGACCTGGAAACACTCTCTGTAGGAAGTGATATCTGTAATAGTTTAATGGCAAACATACACTAGTCGTCTATATCGAGTGACGCCGCGGTTACCCTGCAGTGTCAAGGCTGATTTAAacttctgcgtctgcgtctctgcgtacatgCGTGGGCATCATACGCAGACGGTCgcataggtgtctgccaacatacttgcacgtaaTGTTGACGTGTggatagggggcagtgtcgcattaacacatcacaatctacagaaaacaaacacattttctatgGTCCACATAGGATTGCatggatgtaaatcaacactgttaatgacatgaaatgaaacatgcaattttctacacatcatatattcattattatcattatttattgtattagatttgcatcTGATATAGCGCTcatctgatcggctcagcaaatttctaactttcctttgtaATTCAATCTTCATCATGTTGTAAACCCGGGTCCctggatcaatgctttgatcagtcactgtttgatcatgaatccTCATTGTTCATTCCATCCATGGAAAGCAacgtacattttacctttcatCCAAAATTTCCAAGCATGAAATCCATGGGCATTTCGTGGGATacaatgtgaattatgttcacgaaatgtgaattatattaacaaaatgtgcagttcgagggacaaaattctcattatgtgcacaaatgcgtttcgtggatgaggagatgcattttaaatacttttgtatgtcaccacatcgtttctctgacctgctgcagtGCCTACAGCCAGACATCGTACACCGGTCGCCCCAGCACTGTGCGATTGGCCGCGGCTCTCAGAATCTCCTGGCTCAACCAGTCAGCGCTGGCTTGAGATTTCAGAGGAGTGCGCGTCGGCTCCTCTGCGAGCCTCTGCGGGCTACGCTTACCCAGAACCCCCTGCTCTGCATCACTATGAGGAGACACATTACCTACACAGAAGTATTAATCGACAAATGTCTGTTAAATGCAGTTGCGAAAATTTATCTTTTTGAATTTGAGTCAGATCTGTTTCTTcatcttctttctctcttcttaTTCTCCTATTTCCTTATTTCTTTCCAAAACTAAAGACAACAtggaaattgattttatttaagttattcTTTCTACAATTCATGTATGTCGTACAGTCCCTAGAATTGACAACATCCTCTGTAATTCCCCAGACTGGAGAAAGAACCGTCTTTCTTCAAACATCTCCTTCATTGGCAATACTGTATTACCTACAAATATTGGTaatgattgtttaatataaGACTTGCCACTTAATGGcaccaaaatattaattaattatcactGTATCACTATagcaatgttaaaaataaatgttttgtaattgtaaccAATTTGACTTTGCCATGGGTATTTTATTATCACAGAACACTATGTGTGATCAAggaatagtttttaaaataaaagtgttttgtatCAAAGAGTCAGtcaaaaagtgttttaaactacaataaacataaagaaaatgtgGTAACACTAACAGTTCAACTTGGTGTATAAAGGACTGCTTTTTTCTCAGTGCTGGTTCATCTGTGCCAGCTAATTCAATCTATTAGCATCAGTGTATTGGGGGATTTAAAATCCTAAAGGAGATAGCAAAAACACCCAATCAGCTTTGATTGACGGGTGAGTCAAATTTGATTAAATCCAGACCCAAGTGTGGTAGATGAGGAAATAAACGGCCTAACccctatatttaaaacaaataaatgtggcATTTAATGGTCTGTACATGTCCCATACAATGCCTTTGACCAGTCAACCATTGTGTTATAGATGTTGTTGTCCATCTGAAGATCAAGGTGATTATGTGGAGTAAATGGGAAAACAAATGACCAACTCCTATGTCTCCTTTATTGGATTTAGCAAAGCAGCTTAGTGGTATTTTTGAGATAAACAATATACTCCCTGTTAGTGCACTATTGCACAACTTGCTCTTCAATATTTCCCAGCTTATGTGTTGAGGAAGTGACTATCAGATAATACTGGGACCTTCAGAtggaaaatcattaaaatagtGATAAAGCAACAAAAGTGTGCATTGCTGCTACACACATTtgcagattaaatgttttttttttacaagaaagAAGAAGCAATTACTTTTATACTTATAATTATGACTATCAttatctattaaaaaatatttggtgAGCAATTGTGTAACTGGTTCaaagtacaaaaagaaaaatcttaaTGGTATACACCACCACTAGTAATGTCTTCACTGCAAATATGGAATTGGGAATAAGAAACTAAAGCATCTgatgaaattaattataatatttcctTGTTCCTAAATTCCTTGTCAAGCTTTATTACAGTCATTTAGTAACTAAATTGCTCAATATAGCATAGAATTTTATGGGATTAATTCTGCATCTAGATTAAttagtttatatgtttatagtaataatatcataataataataaaaa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Function

GO:

id name namespace
GO:0034220 ion transmembrane transport biological_process
GO:0015718 monocarboxylic acid transport biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0015355 secondary active monocarboxylate transmembrane transporter activity molecular_function

KEGG:

id description
K08184 SLC16A7; MFS transporter, MCT family, solute carrier family 16 (monocarboxylic acid transporters), member 7

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00006606 True 6561 mRNA 0.36 4 11305891 11321973

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00006601 atp23,LOC106609469,LOC106576246 coding upstream 186422 11116560 ~ 11119469 (+)
AMCG00006594 NA coding upstream 432334 10856045 ~ 10873557 (+)
AMCG00006593 arid2,LOC106576411 coding upstream 476382 10828315 ~ 10829509 (+)
AMCG00006595 NA coding upstream 487287 10786260 ~ 10818604 (+)
AMCG00006596 NA coding upstream 542041 10761168 ~ 10763850 (+)
AMCG00006610 NA coding downstream 336914 11658887 ~ 11706824 (+)
AMCG00006609 syn3,LOC106576044 coding downstream 412710 11734683 ~ 11735631 (+)
AMCG00006608 syn3 coding downstream 452013 11773986 ~ 11790179 (+)
AMCG00006614 ptpro coding downstream 561964 11883937 ~ 11902046 (+)
AMCG00006617 tbk1 coding downstream 665487 11987460 ~ 12000919 (+)
G110849 NA non-coding upstream 185156 11120390 ~ 11120735 (+)
G110722 NA non-coding upstream 935960 10369715 ~ 10369931 (+)
G110681 NA non-coding upstream 1274045 10030426 ~ 10031846 (+)
G110590 NA non-coding upstream 1848980 9456665 ~ 9456911 (+)
G110558 NA non-coding upstream 2417399 8887686 ~ 8888492 (+)
G110883 NA non-coding downstream 27911 11349884 ~ 11350117 (+)
G110916 NA non-coding downstream 349596 11671569 ~ 11672448 (+)
G110930 NA non-coding downstream 471195 11793168 ~ 11793535 (+)
G111008 crebl2,crbl2 non-coding downstream 700837 12022810 ~ 12024549 (+)
G111063 NA non-coding downstream 1028784 12350757 ~ 12353363 (+)
AMCG00006565 LOC103366858,LOC103380581 other upstream 1737615 9563952 ~ 9568276 (+)
AMCG00006552 NA other upstream 2581825 8710750 ~ 8724066 (+)
G110445 NA other upstream 3129105 8175760 ~ 8176786 (+)
G110279 NA other upstream 3650697 7653672 ~ 7655194 (+)
G110163 LOC100846954 other upstream 4393637 6911876 ~ 6912254 (+)
AMCG00006624 NA other downstream 823772 12145745 ~ 12323278 (+)
AMCG00006636 NA other downstream 1298089 12620062 ~ 12651815 (+)
G111197 NA other downstream 1689211 13011184 ~ 13043448 (+)
AMCG00006672 NA other downstream 2611693 13933666 ~ 13939475 (+)
AMCG00006811 NA other downstream 9615524 20937497 ~ 20944977 (+)

Expression


Co-expression Network