G112566


Basic Information

Item Value
gene id G112566
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030134.1
NCBI id CM030134.1
chromosome length 29342575
location 21024279 ~ 21031984 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU140973
tataaattcacttcttaaattgaaatttataagtgtaccttacgctacacattGAATAAACCAATAGTGTAGCTGCAGTGGATTTCATATGCACTAAGTATAACCTTAAGGTGACTTCTAATGAGTTATGTAACAATGTTAATGGAGGTGTCATGCCGTGTCATTGACAACACTTCacctttaaattatattactaTTCAGCTTGCTCAGTCTGACAGAATGGGGACGGTAAGAGTAACAGTTGAAAAGCCATTTATGAGTCAAGTTAGCAGTGTAAAATAGGAACAATCTGTTCAAAGACATGGGTTTGAACAGATTGTGTCTTCAATTAATTCAAGTAGAGACTCCAACAGTGAACAAATCCATTATCTTCTGAGCACGCTCAATAGAAGTGGATAACCGCTTTGTATAAATGAACGTCACAGAACAGAAATCATCCAGctatatgtacatttaatttatactgACACACTACGACAGAAGGAACAAATGGTTATATTTACATCCAGATCCAGACAAGCAGTTGAATGGGTAATGTCATTGGTTTATTCTGTCAGAGGGgacaacattttcaaaggagacaaaaaaagagtggtgggggggaagaaattaaaagtatacaaaaataaatctaaaagttagacaaaaataaatgcatcttacGTATAGCTTGGGATTTGTCTTGCTCTCTTATTTAAAACagctcttttattttaatattacaaaagGCTGAGCAGGTGTATAAAGGTTCCTGCTGACCTTTCCTGGCACACCTCAAGAGAAAGACAATGGAGCACCATTGTAAAACAGATTGGAGAGGCACCTGGTACAGCGAAGTTTAAAAATACCTcgaaacatttttcataatcAGCACATCTCTCTGTGCCTTTGTGTGTCCCAAGACTGCTCTCATTATGAATAAAATTAGTAAAGGGAAAAGGGGCAAACAGGAACAGAAACAGGGGAACagaaagcaaaatacaaaactcaaAATACAGAAGCCTCCCCCGGAAGCGGCATCACTGATTAAAATGATACTCCACTGGAAGTGTGGCATGTTAGAGatgttaattaatgttaatgttaatttcacACTTGGCCCTGTTCTCCCAGCCTTGATCTatacatgttttactttttaagcttttcccaaaaacaaacacaaatatgctGCTCTTCTCTGCCACACATTTAAGACATGTGAATGCCCCAACCAATGATAATGCCAATAGTACAGGTTGCTTAAATCAACCATTGTATCCAATTCCAATACGTGGCATACCTCATGTCCTGTATTTATAAGGTCTGTAATGAGGAAATAAATCGCAGAAATAACTAAGTAGCAGAATTCCACAATAAAACATTGGCAGCTATCaaccttatttttctttccaactTCGGCCCCACTTTGTCTTTACAGGAAAAGCTTTAAGTCTTTGTCAGCTGTCATGTACTTTTTCAATATCAGTATGGTGTGGTCTGCCCTTTGATCCAtaagcacaatttaaaaactacatTATCAAAGCAATTGCTAGAACACCATAGGGAACAAACAAGCCAAAgcaattgctgtttttgttcttcctgTAGGGTCATCAGAGACACAGTCTAAATAAGGAATGAGGCTGACCAGCAGGTATTTGTACAAGCCTGCCAGGAAGGAAAATAACCAGGTGTCGTATAAACAGCTGTAGCAATGTTTGgtagaaaacaatgttaaaaataaataaatacaattaaaaaaaaactccctgTGGGCCTGAGGGCAGCACTTTCACTGCCTGCGTATCACCAAATGTTGAAATGAACTCCAAAGAGGAAAGACTCAAATGTGTGTCGGACTCCTCCTCTTCCCAATCAAGTCTAGAAAATGTCAGAAAGCTGGATGAAGGGTAGATATGACTCACACACACTTGCCTTCTTGGGAAACATTGTACAGTTTATTCATTTAGCTAAATTCATCTCTAGGGGTTCCTAAGTAATAATACAGACTGAATATAGCACAAAATAACTTAAACTCTTCGCTCAGAACCTCAGTGTGTTATACTAAGTCACATGCATCAGTCAAAAGTCTTCACATGCCAAAGAGATAATCCTTATCAATGTCTGGATTTTGTTTAAGACATTCACATTTAGTTTGACCCCTCTGTGTTTACATAATGCGCTAGTTTTTGATCACCTGCGACATACAgtagtctttaaaaaaataaaattcaataataataataataatttaaaaacaaatccacaaaatAGTATTATACAAAACGCACTTCACAGTAACTTAGActacaattaatgtttttccattacAGATTCAAATACAGAAAGGATGCACGTATATCTGCTTCTTAGTATTCCTGCACTTTACTGGGGAATCTGTTGTTGTCAATGATGTGCTGCCAGGGAATTAgcagtttgatttgattttaagaACCAGATGTTTCTTataaagatttttaaatgcattaagcaaaagaaaaacaatattactttgttttacCTGGTGCCTTAAAATTAATTCTATTTACTATAATCATTGTGAAGATTACATCTGAAATAGACCTTTATTCCATGCTAGAAGCCATCTTAAAACGTTTTATTCTGATATCAAATTCACTTAATAGAAGCTTCCCTGCCATAAGTAAGACCTGCTAATTGTTTGAATGGTACTTCTATCATTTAACTGTCAAACAGGTTTATATTTGATACGCAAGCCACTGGATATAAACCTCTAaagcttttaaatgagatatagTGGCAAAGTTCACACAGTTCTCCAGATCAGTTCAAAGCTTTCTTTTCCCAGTCTTTAAAATCTTTAGGGGGTATAAAAAAGAGCTTCTGTGAAAAAAAGGGGTTTCCCTTGAGATGGGATGATTCACTATGTATGTAGTCATGTAGGTAAATTAAAACTAAGGGAAATGGCTgttataaatttaaaaaaattggatgttagaaataaacctttttcaacatgtcatgttttgaaaaatggGAGTAAGGGTTATGTAGTTCAGGTCCCTGACTGAGTAAAAACATTGGAAACCTAAATAGACATAGTCAGTAATATCTAAAACGCCACAGCTTTATTTGAAGCACTACAAAAAACAACTGTTAGCTGTAGGTTGAAGACCATTGCTACATATCTTTTTAGGTTCAACAGTTTAAAGGAAAACTGACATTTGCACATGaggtagtttatttttaaagaagcaaaTGCCATCAACCTGCGTTTCAATTTTAGTCTTTTGACGTCGCTTTCGTTTCTCTCTTCAGGCAAAAGCAGCAATCAGCTGTTTTTCTTAAGGGCCTAATTTGCATTgtggaataaaaagaaaacaattcagtatttttgcacttttttatataaaaaacaatgctCCACATGagcactgtaaaaaatatagttcaaactacaaaaaatactcaatttaaaaaaataaaagaattcATAGCTTTGGAAACATACAAATAAGAATCAACCTTTTTTCGgatttggagaaaaaacaaatcaccccCTGTTCAGCTGATTCATAGAAGGATCACAGAGACAGTGAAAGTTCAGTGCTAAAAATGTGTCCTACTTGTATGGAAGCAAAGATAAGATTATACAATTTTTGTAAATTACAATGACAACAATGAAACAGACCAGACCACCAGCCTTTAGCAGTCAGCAGAGCAGTTATATCCAATCCCAGTTCACCAGAGCTGCATTTGTCATTTTTCGGTTTTAAGCTCAGAGTAATTGGAAAGAATAAGCACAGCTGTAGACCTTACCAAGCTAATAACTAACAGTGCCCCCAAGACTTTATTAAGgaaacccccaacacacaaagCTTGACATGTGGTGGCGGCTCTATCACTGCACAGTACAGTTGCCTTTCATCTTTGTTACTTGTGTAATAGGAGCACCTTGGTTGACTGAATgggatgtttttatatatattgtatttgggGAAAACTCTCACGTCAAAGCCAGCAAACAGCCTCTAACGCATAGTGCCTGCCAGTCGTTTGATATGTGGCTCTGTGGGGTTATGCACGGGTCGGGGTGGGGCGGGGGATGGGGGGCAACACACAGTAATTACAACTGAATTCACAGAAACAACTGGATACAGATCTGCAATGTCGACGTACTAACAGCGAAACATGAACAATTAGCAATTATTGTTGagttcatttaataatttaaaagtttgtgtttttggtcTGGCTCATTGCCCATGAAAGAACCTTTACTTGGGCAACTGTAACTAAAGAGTATACAGCTATTTCAGGCATAGTCAGtcaatgcaaatgtaaatagATTTACCCTGGCAGTTCTCTGTACCGTCTCGGGACCTAAGAGTTAATACATGCAGACTGTGGCACAGCAACATTTTGGAGTCTTACATTTCTATCAAATAATATTTCACAAGGGTTATTAACACAGTCAACCAGACGGCATTTGGTACTAGTCATtataatatcaaattaaaaacaacaacaggtattttatttatatcaagGCAGTGGGGGAAAGTCAAATGTAAATCTGAACCCTTTTTAACTTGTACTGTAATTGTGATTCAATTTAATCCTTGCATGTTAATTTATCCTTGTAGATTTCATCACACTGCTGGTTTTCCAATCAATGCCTTTAGAAACGAGTTCAACAGCTTTAGAATCATTGAGAAACTAAACTAGAGAAATTCCATGTTAggcaaaatagaaataaaattataactCCACATTCAAAAAATTTacattgtaacaattataaaaagaaaactttaatACTTCGGATTGAATCATGTGCCCAAGTATTCTGAGCATTACCTAAATAGATATAATAGATAGTATAATGCTATTTGCAATGTTAGGCgtttcagtcattttattttaattggcaaCTTTCCTTAGTGTGCCGGTTTCCACCTTGACAGCTCCAGCTCTATTTTACACCCAACCCCCCCCTAGTCACATGTAAATGCAAATTTGTGAAAAAATGACAACTT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Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU140973 True 7706 lncRNA 0.36 1 21024279 21031984

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00006809 miox,LOC102303880 coding upstream 105869 20908714 ~ 20918410 (+)
AMCG00006802 NA coding upstream 257218 20760427 ~ 20767061 (+)
AMCG00006803 NA coding upstream 272837 20721803 ~ 20751442 (+)
AMCG00006804 NA coding upstream 331666 20675866 ~ 20692613 (+)
AMCG00006801 NA coding upstream 349928 20667348 ~ 20674351 (+)
AMCG00006815 NA coding downstream 56377 21088361 ~ 21102151 (+)
AMCG00006818 NA coding downstream 144564 21176548 ~ 21200739 (+)
AMCG00006822 NA coding downstream 311658 21343642 ~ 21354607 (+)
AMCG00006825 iqsec3,LOC106609634,LOC107689713,LOC105020425 coding downstream 334410 21366394 ~ 21385133 (+)
AMCG00006823 NA coding downstream 467049 21499033 ~ 21505375 (+)
G112564 NA non-coding upstream 1000 21022933 ~ 21023279 (+)
G112541 NA non-coding upstream 90061 20930234 ~ 20934218 (+)
G112535 NA non-coding upstream 100774 20919527 ~ 20923505 (+)
G112510 NA non-coding upstream 251213 20767536 ~ 20773066 (+)
G112470 NA non-coding upstream 298837 20647378 ~ 20725442 (+)
G112573 NA non-coding downstream 24366 21056350 ~ 21056973 (+)
G112754 NA non-coding downstream 1019694 22051678 ~ 22058486 (+)
G112755 NA non-coding downstream 1027388 22059372 ~ 22059605 (+)
G112756 LOC108412581 non-coding downstream 1031720 22063704 ~ 22064035 (+)
G112757 NA non-coding downstream 1033611 22065595 ~ 22065804 (+)
AMCG00006811 NA other upstream 79302 20937497 ~ 20944977 (+)
AMCG00006672 NA other upstream 7084804 13933666 ~ 13939475 (+)
G111197 NA other upstream 7980831 13011184 ~ 13043448 (+)
AMCG00006636 NA other upstream 8372464 12620062 ~ 12651815 (+)
AMCG00006624 NA other upstream 8701001 12145745 ~ 12323278 (+)
G112567 NA other downstream 16352 21048336 ~ 21049038 (+)
G112600 NA other downstream 110881 21142865 ~ 21203201 (+)
AMCG00006820 NA other downstream 233269 21265253 ~ 21304878 (+)
AMCG00006829 NA other downstream 585648 21617632 ~ 21622508 (+)
AMCG00006865 hipk2 other downstream 2477165 23509149 ~ 23554741 (+)

Expression


Co-expression Network