G112754


Basic Information

Item Value
gene id G112754
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030134.1
NCBI id CM030134.1
chromosome length 29342575
location 22051678 ~ 22058486 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU141218
GAAAAACTGAAGAGAACCACatactttattttacagtttcattTACACAACAGATAACTTGCGtacaacaaatggaaaaatattctGGTGTAAAACATGAAGGTTCAGTCTGAAGACTTCCTTACCAAAGACCAAAGACTAAGATGAGCATTAGAGCAAAAGACGaggtttcactttatttttatttttttaaagtataaaatgtgAAGCACCAGGATTTGCAATGAAAGTTTGCGGAGAACCACCTATGGTAAAACAGGGCAGATTCAGGATTTAAAAACTGCATGTATTCCAATACTCATAGCTATATTCAAACCTGTacattgcttctgtttttttaaatcactaataACCTGCTCACTTATGTGGCAATTTCAGTACCTAAACCCTCATGTTtcctgtatgtatgtttatatattctttgttttctttattaacaaAATTTCCCCCCATTAAAATAGGCAATTCAATGAACCAGTGAATAAAGGGAGACTGCTGTTCTGGAACCAGACCTTCACTCTTAGAAGGCCGACAGATTGCATTGTTCTTTAGCTTCTTGTCTGTACAAATACAGTTCTGAAGGTTTCCAATTCATCATCCTAACAATTTCAGTGCAAAACGAAATAACCTTTCCACAGGTTAATCTATTACTGCTAAGAtcttggtctctctctctctctcgctctcccaaGCCCCTACAAACTGCATTTGGCTAGAGCTTTGCCAGGCCTTTCTGTATGGCTGGCTGAGGTTGTTAAGTAAATGTGTGGTCTATCAAACAGGGAGCACGTCAGATTACTCAGGCTTTCACTCCACTCAATCAATGAGGTTCATACCAAGCACCCAATAATCAGGACTGAGTGGTTTCCTTTGCGTTTCTGACTCTTGGTTACAAATGAAACCAGGCCTTCACAGTGATCACATGGACACTACTCTTTTATGGTTTGTATCCCAACTGCTAACTTATTTAAAACCTTAAATGAACTGGTTATTTGCTAAATAAGACTAATGTTTTCATGTAATgtttagtgaaaaaaaaaacatcagttgtCTAATTGTTTACCTGTGCAGTTGAGACAATGGCTCATATACTGGCTTGGGGAAccacaaaaactgaaatcaagTTTCACCCTATTAGTGTTAGTAAGTGGAATCTCCAGATGTTTTAGTTCAATATGCCTACTTCTAACACAAGCTGTACTGTAATGACAAGGCTGTAATACGTTGGCTTGCCAACAGTGCTGTTTACCCCTGGCATCCTTCAGAGAACTAATTTCATTACTGTACCCCtcaatcaataattaaataactattagGATGTATAGTGAGTGCCaagctttaaaaaacagatttgttcacaaagtttttcagtttctatttgtaatgttttcttcaaCAGATCCTGGACACACATCACTCACTCACTTCCCCACTGTGTGATCTTTGATCCAGTAATACAACAACATGattgaaatgtgattttcagCCGTAGTtctaagaaaatacaattagatAAAGGTTGAGAGAGAATAAGAAAATCTGAACTGCAATATGCACTCAATTTGTGCTGACAATGCTGCTTGCAATGTACACTGGCCTCGGCCACATGAGCTGTTACTTAGTTTGCTTTATTATGTAATGCATTGAATACCTTATTACTCAATAGGGATGCCATTTCCAGTCCATGTTTTTAGATGGCAAATACTGCTAGTGCACAGACAGTGGCTTCCGAAATCATCTTAATCTTGACATAAATGACATGAATGTATCTCAGAACTCAACggttggaatgaaaaacagGAGAACCTGTAAGTGGGCAGAATCGGGGATAGAGAGTCCTGTACAAAAGTGTCATAGGTTTCAGTGGCTGAGAGTTAACACCTGAATACATGGGCCAATTTAGCCAAATTCAGCTTTTTGCATGTCTTGCttattgaatacaaattgaaCTAATGTATAGGTACTGTATGttgaattacttttatttaaaatcacaaaaaaggtttacaaaatgtaataattagcTTAACTAGACTGGCTTCCAACCCTAGTATTCTACATCCTCCAGATCACGTTTACACTATAacctgttctttttttgttgtttaaactAATGTCTTTGcgaaacaatgtaattaaagaGTGGGAACTGGgatgaaacaaacaacataaaacaacacagtATTAAATGATATCACAATCTCCTcatgcttttgcttttcatgAAGAAAACTTTTTGGTGGATTCTTAATCATAAGTACCTTAAAAGTTGTAATCAGAGTTTTGAATATGGGCAGTATAAATACACCAAAAATATTTTAGTGATTCTTATTATACTTCATGGtctcagtattattatttaattttattttcttgttattgaGAACGCCTTCACCAGTTTTAAACATATGACTTCCaaagtttacaaaaatacattttgatgaacATTTCCCAAAAGGGGCTTCTATTGGGTTAGTAACTCACACAAACTATAAAATGAATCTCGTAACTATCAGTAGTTCAGCCCAGAGAATTTCTGGGGAACAAAATGTTATGAGGGAAATAACAGTAACAACTGAAGTTCAATTAATGCTCCTCACTgtgacattaatttaaaatttagtTTTGGCAATGTTAGacagtgtaaatgtatttaattcaagaCAGATAACTAAGAATTACACCTTAAGATAATACAACTCTTCCAGGTTTTCAGCAGCAGATAAATACCAAGTGCAATATGTAGGCCACggaaaagacaaattaatagataataacaataatagtaatatggTGAATTCAAGGATCTACATTTTTTTGTGATGAAGGCTTCTGTTATAGAGGAAGTAAGATACTAAACTGACCAattaagctttatttttatttttttaataatttattttattcaatcaTTTACTGATGTTTTTGGACAGCGGGATTCAAATCAATTGCTACATGACTCACCTCCGAGCttggttttcattattgtttttaatgtttttagtatttattaatgacatgcacaacaacacacattgTAAATAATCAAAACCTAATAGTCATAAAACATGCAGTTTGTTAAACCACCCATGAGTTGGACCTGCCAACCTTTTTTTTGTcctccacaaaaacaaacatacaaacaagtcaattttacaaacatacaagaaaaaaaaacaatataaagaaacaaaggaTCTGTTAGGTGGTAGAATGACTGCCGTGTGCTGAACAGTTGTGAATAACAGTACTGACACATTAGATTTACCAACTACTATTAGAACAAATTAGTATCTAAACATTTTCAGTCAACCTTCAGGTGTGTTTCATTAATTGTAGGGGAAAACGAATGGCAAACCATCTGAAAAGACTTGCACAGGTGTGGTAAAATTATAAGGCACATACTGGGCTAAGGATTTGTACCAAATGCATGGTAGATAGCTAATTGTGTCTTTAAAGCTTAAgcgttttttttctccttcagacCTTTTGTCACGCTTGTGTTCAATGATGCTACCATTATGCCACCCAGTTCTGCTGAAAAATCCAATTCCCTTCACAGCTTTAGAAATGACCAAAAACCTCTGCGATGCCACACCACATTGAAAACTAACATTATGAATCAGTTACTGATGTCGTCATCAACAAATGGGATTTtaagtcatgtttttgtttctttttagtttttattttaaatactatcAACTGTTCAACATCTACAAAACTTTATTAGATTCAAAACATTCCCACAGAGATGAGGAAAAGTCAGTGAAATGAGCCAACTCAGGTGACAGATCGTTTACTTTGGTCAGACCTTTAAGGGAGAACTTTGCCCTGTGTCTCCAGAACAATCACACATTTGAGATCCCCTGCGTCCAActgatttgatttcagtttAACAATAATTGTAGTTCACACACTGGAGCGATGGATAAAGGAACATGAAACAAGCTCCCAGAATTAGCTGATCTTTCAGGGCCATTTAAAATGGTTCAGATTATCACTGAGCAGTTCATGAAAACATAAGAGaaccaacacaaacaaaatacatttattttggtgcAGCAGTTTTAGTAAactcaatttgtttgttttaaaaagctatCCTGACAGAAAACCTAGTATTGCTGCCTAGTTTAGACATCAATTTGAAAAGCCCAAAGCATTCACAACCTTGTCTGCTGTCTTCACTGTACAGTCCTATCTGATGCAGCATTGAACTAACACATGGGTTATATGACTGTTCTTTGCAAATATTACCTGAAGATGCTGACTCACAGTTAAGAGGCTTCAAAATAAGGCGAGCTTTGGAAGGCAAGCCTAGAAGCTATCAAAACCCATCTTCTTACTGTAGCACTGTAGACAACCATTTGAGAGGAAAATGGGCACTTGAAGGAGAGAAATAGAGACACACAAGGAACTGGGAGAAGAAACATCAAACTGAGTTTAGTGAATTCTGAAATCTAGTCCTCGAGGAccaacaggttttataggtctctACAGGTGaataaattacttcaattaactaattaagggCTCAGGTTGAATATGATTATGAAGCAGAAGTGTTTTGGCCCTTAAAGTCCAGATTTCAAGGTCACTGTACTAGTCCTTCTATAATACTGATAGCTGTCCATTTTTCTGTCTGGTCATTTTCAATTGATCTATTCATACTACGGGTTCCCCAACTAAAATGCTTTACTCCAAATCCTACTGTCGATAATCTACACCTGCTTTTTCTCTTACTTAATGGCAAACTCTGcaacatgatttaaaaacaatggtAAAACTCCTGCTCAAGGTagactaaaataaaatttgttttccgctgaaatacaaaacaccttttaaaaaacaactcatCGGCTGTGTTTTCTGGTTAAAGATCTGCAAGAAGTCAGCTTTAATTCTGATGCAGTCCGGAAGTCAGTGCTCTCCTGTTTCCAACCATTTCTCTGAGATGGACAAGAAGAACAAACTCCAATACCTTTGGGTGTTTC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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU141218 True 6809 lncRNA 0.39 1 22051678 22058486

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00006835 NA coding upstream 37847 22004352 ~ 22013831 (+)
AMCG00006834 NA coding upstream 51952 21996225 ~ 21999726 (+)
AMCG00006836 LOC108264267,LOC107559327,LOC108414616 coding upstream 57350 21937375 ~ 21994328 (+)
AMCG00006831 LOC100694777,LOC104940279,LOC101482493,LOC106573176 coding upstream 183442 21855901 ~ 21868236 (+)
AMCG00006830 LOC105018129,LOC106573177,LOC106561385,LOC107587031,LOC107738414 coding upstream 198661 21835875 ~ 21853017 (+)
AMCG00006843 NA coding downstream 297094 22355580 ~ 22399845 (+)
AMCG00006842 LOC105018463,LOC106560992,LOC106584495,LOC107701192,LOC103380318,LOC105913395,LOC101155025,LOC105938539 coding downstream 341608 22400094 ~ 22447422 (+)
AMCG00006844 akr1d1,LOC108425343,LOC105020260,LOC108240983,LOC102198112 coding downstream 594378 22652864 ~ 22672256 (+)
AMCG00006849 kdm5a coding downstream 630698 22689184 ~ 22714844 (+)
AMCG00006850 NA coding downstream 696202 22754688 ~ 22772629 (+)
G112573 NA non-coding upstream 994705 21056350 ~ 21056973 (+)
G112566 NA non-coding upstream 1019694 21024279 ~ 21031984 (+)
G112564 NA non-coding upstream 1028399 21022933 ~ 21023279 (+)
G112541 NA non-coding upstream 1117460 20930234 ~ 20934218 (+)
G112535 NA non-coding upstream 1128173 20919527 ~ 20923505 (+)
G112755 NA non-coding downstream 886 22059372 ~ 22059605 (+)
G112756 LOC108412581 non-coding downstream 5218 22063704 ~ 22064035 (+)
G112757 NA non-coding downstream 7109 22065595 ~ 22065804 (+)
G112758 NA non-coding downstream 9735 22068221 ~ 22068423 (+)
G112762 NA non-coding downstream 78999 22137485 ~ 22211792 (+)
AMCG00006829 NA other upstream 429170 21617632 ~ 21622508 (+)
AMCG00006820 NA other upstream 746800 21265253 ~ 21304878 (+)
G112600 NA other upstream 848477 21142865 ~ 21203201 (+)
G112567 NA other upstream 1002640 21048336 ~ 21049038 (+)
AMCG00006811 NA other upstream 1106701 20937497 ~ 20944977 (+)
AMCG00006865 hipk2 other downstream 1450663 23509149 ~ 23554741 (+)
AMCG00006878 ndufb2,LOC102790702 other downstream 1973603 24032089 ~ 24036112 (+)
AMCG00006884 ccnd2a,ccnd2,LOC106573197,LOC106561356,LOC107575166,LOC107686624,LOC107732799 other downstream 2246210 24304696 ~ 24335916 (+)
AMCG00006893 ndufa9,LOC107572617,LOC107686627,LOC107732787 other downstream 2450517 24509003 ~ 24587119 (+)
G113369 LOC108442871 other downstream 3559581 25618067 ~ 25618445 (+)

Expression


Co-expression Network