G113395


Basic Information

Item Value
gene id G113395
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030134.1
NCBI id CM030134.1
chromosome length 29342575
location 25741068 ~ 25745985 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU142000
ATTTGGGCAAATCTGTTGAGCCGATGAAAACCGATGAGCAACCtggatatcttttttttttttttttttttttttttttttggccagaCCCATCACACCTCACATCAATATCACTCTGAATCTAGGCCATCGTGCGTGACCGGATTTGCTGAAACAAGAGTAACTCTTACCTCACTGGAGGGATGAGGAAGAAAGGAAgaggcagtttttttttttatattttgtttttttgttttttttttaagcaaaagtTATTAACTCAGGTGTAGAAAAGAAGGTTCCTAATGCTGTAGAGAGATCCACATGGTTTAGAAACCAGTTTACATGAATTACagttgcctttttattttatttcttttcaatgTACTTGTAAATAAATTGTAGCTATATAGGAAAGGAGCAAAAAGAGGGAGACCACTGGAGTTGGGTTTGCATGGATCATCCATTGTACTGGTCAGTGAGGATGCTGGAAACCTATTTCAAAAGTGGGCTGTGTTAGTTCAGTTGCTCCATCTACTAGCTTCTTAATATAAAGAACATTTTGGTTCAGATGAATTTGTGCACCCTTAAAAGCTGAATTTACTGTGAAAACTTATTTATTCCTCAGACTGATGCAGAGCTTAGTAGCTCCATAGTTGTGCACTGGATTTTAGTAGCCAAATACTGGAATAGAGGCCTTGGAAATGTCTTACTAGGGGAACAGGCCTACATCCTAGTCTTACTGTATTGTTGTGGACTCGACAAAGTGAgtgctgcttttttcttttggaagcACCTTGATTGTTTAAGAATGCTTTCTCAGCTGTGAGAAAATGGCCTTAATTTACACACAGTCAAGCAGTAGGGGTGGGGATAGGTCCTCACCCATCTAAGGCCACTTTTTCCTGCCTCCACTAATATGAAGCGCATGAATCTCCAGCAAATAATGTGAGAGTTTTCTTTGGCTGTTCCCCTTTCAGTTCTGTGCATGTGCTTTAAAAGTGTTAAAGTGTATAGTGTTCTTAAACATCTAAAAAGATCAAGATAACAGCAAGGAAAGGTTAACAACATATTGCTATAACTTACAACTGGTTTATTCATTTAGGTTCTTGTGAACTAAATTGGACATACTATACATTAGGTAAGATATTGTAGTGTAGATTCCTTTTCTTGTCCTAATGTCctaattttgtttcttcttttgttttctttttccacatttgtatatttaaaaacaatgaactAAATATAATTCCCCAcaagaaattaatgaaatgtatacTCAGGGTGTATGtgtaacagtgttttaatacgggtattttttaattactttatttgaaGGACAGTATTGATAGAGGAAATTAAGTGACTTCTCTACTATGATGGACAAACTAACCACAGTTCCTGacattttcctttgaaaatTCATTAAACGTCTCTAATAAACACTAACTTTTGCCACTTGATTTTTAATTCCCTGCTTGTTTCCTCTGGTAATCTAACTGGATGAGAACTTCCATTCTGCAATTTTGGCCTAATAGGTTTCTTGATCCTGCTGAAAACTTGGGTGATCCATTTCACTTATGTAAAACTTGGTTGACGTTGTTTAGTTTTAGGTTTTAGTTTGGTAGTATGACTGCGCTGAACCttcaagtatatattttttgtacaattgttttagtttctttaaaCCTATGTTGATATAacctgctgttttgttgttgtttgttcattttgtaaagctctttgtatttttatttgtggaaaacaaaatcagtgaCCAATCTATAGTTTACAGCAATACAGATCTTTCACTTAGCCTGTTTCCAAGCAATGGTTGCATGCATTTGAATAGCTTTAGGCTCTGTATATTACCTAATGTTCTTCAGCTTTGGGaaatgatttctgttttttccaAAGTCCTAATACTATACTGACATGTTACTCTTGAAACACTTTGAGAGGTTCAGCTAAAGCCCCTTTGGActttttactgatatttcaaTTTTTCCGCATTGCTATTCTCACCTGTGAATGTTGGGCTATAGTGAGGACAAGTAGGAAAACTACCTCAATGTCATTTCCTGACATCGGATCTGCCCTTCATTGCTGTGAGAACGCATAACGAAGGTGCACGCTACTTGTGCTCTTCAGCTGAGATTCCTCTGCATGCTTATCTGATGAAATAACAGCCACTGTTTTAAGTTCGATGGTGATGGAAGACCCAGAGGAAAGCTGTCTGTCATTCTTAATCAGGTTAAATGAGCTTCCTTGGTGTTTGGATACTGCTGTGTATGTATGcaatatacagacacacaacagaATTGTTAACCCACATCTCTCCTCTCAATAGGTTTTAATATGTCAGATCCTTTGTTTTACCACAGAAATATGAGCAATGATAAAAGATGGATTGCACAGACCCAGACCTCAATGACTGCGATTGTCAGTTAAGTGAGCTGCAAACTGAGGAAATGGCTTGTGATATTCTTCCAATAACCATGTTGTGACACATAAATTCTCTGCCATTCCCTTTCAGTCTTTACTTACTCGGCAGCAAAAAGTAATTCCCAGTGTTGGTCTCACAATAAGAGCCGATTGCATTTTGTGGATAGAGTTGTCGAATACAAATGGAAGTAGTAGTGGTATACATTTGAAAGAGACAttcaatagaaatgtatatttttgctGTATGGAGTCAGAAGTCACCTGTTGTTGCTATGCCAGAACTAACCTTGAGTTGAGAGTATTCATCCTGGACAGTTTTCGATGTGAGAATTAGTCCGGTCTCTTAATTGATTCTTTGACCAGTGGCCATGTGACACCTAGAGAAAAATCACTGTACCTGTACTAGGATGTCCTGACCTACACATAGtgggattttttgttgttgttgtgcaatAGTGTTACCCCAGAATGTACAGCTTTTTGTATAGCTCAGCCTCACAGGTGTGATGGTGCAGACTATTATACAACTTCAGTTACTGTCTGAATACATATCAGTGGTAGACGTAGTGAAGGGAGGGGGAATGCATGTAAACACAGATTGACTGGTTTTGTAAATGGTAATGACATGCTGTGTGAGAATTCATTGCAGTTTTTCTATGAGACAAACTGCCAAAGACATTCTCATAGATGTCACTAGATTTAGacttactttatttaatttaatgtgtattttttctacCATATAACATTTAAGATCAAATTCCATGTGTGTAAGACCCTACCTGtgccattacattttcatgttaatatGGGGGAAGGTAGATAGCTGGTGGAGTGATTAAAATTCTGCTTTCTTAAGCTAtcttcatattaaattaaatgttcaattaCTCTCCAAATCTTTTCACACATACACTGATCCATAAAGGGATAAAAAGTGGAACATTGACGTTCTCTGAGCACCTTCAGAATCTTGCAAACTGCTATTTTGTAGACTGTTGCTTTTGGCTCATTGTAGAAGTTTTGAGCTGAAAACATCCATCTCATTACTGATGCCATGTTAAGGAGGTCTTCAAAAATTCCTAAATATCTTGCGGAAAGTTCTACACAAACCAAACTACTGAACCTACTTGAATgctatagtatactgtaataTTCTTGCTGGCCTGACCATTAACCGCATGTTGAATCGAGCTTAAGAACAAAGAGTGAAGTCTGCCTGTACCTACCTGTACAGTGCCAAGGTCTGGATGCTCCATCACAGACatctaaaattaaaagaaaatgtagcacCTCCTGAACAAATTGCCGGCATCAAGTGTATAGATGTAATATTGGACAAACCGATCCTGTTCTAATAATTAGCAGGGAATGGATGCAATGGTTGGCTCATTTAATATAGAGCTAAAAAAGTGTGCTTCAAAAGAAACCCTAAAAACGTACAAACATCAAAGCAGAAACGCAAGTTCTTAATTAATCTCTTGGGTTTAATAGTGTAGATCCGATAGAGACATTTTCTAGTATCAAGGAGGAGTTGTGAATATAAAACCTTATACAATTATTTGcctaaaagattatttttattaaataacttaaactGATCGATATTTCAATAGCCACACTAAAGGGACTTTTAGAAGTTTGACTTGATTTGAATTTTCTATTAACTACTGTCTGTTCAAATCACAATTTAAGGCGGAAACATTGGTCCCAAAATGCATAACTGCATTCATGATGATTGCATTCTGATGAACATTCCTgtgattaattgaaatgtgtgaCCATTCAAACTTGACTGGAAAATGGATAACAAACTGTTTACTATTAGGAAAACACTGTCAGTACAGTCATTTGTTGCAATTTATACCTCAGTGTGTTATACATTTGTCCGGGAGGGAGGAAtctgttaattgtatttatgcataGTGGGATACATTGCTGTTGatgatctggaaaaaaaaatgcatttagtatACATATTAACATGCAATGAATGTTCTGTTGgaagttgtttttctctttgatGTAATAAATTGTCCACTCCTCCTGATCTGATTGTACAGATATAAAGTTATTAGGGGAAAACGTATCTAACTGTTAAAATGCTGTTAAAATCGTTGCAAGTGTCAAAGAAAAGGGCTACATTGACTTTCGACTCAGAAATTTTGGTTTTAATGTGATACTGCCATCTGGGGGTTGTGGAGTGAAACATCAAACGAGCCTGTGGAATCAGCTCGTTTAGTATACTAGTTCCACAAACTGTCGCTTTGTTTGTCTTCTGGTTTGTCTGCactagtaaaatacattaactagACTGGAATTAATGtgaatcatatttatttgtactttaaattctgtatattttgacttttgttttaaatgtaaatgtgacatttttcttttttaataacatttgacACTTACCTCAATAGAATGTtggaagtttgttttttcagtttatattttgaagTTTACATAAGTTGTTACCTGA
>TU142003
TTAGTTCAGTTGCTCCATCTACTAGCTTCTTAATATAAAGAACATTTTGGTTCAGATGAATTTGTGCACCCTTAAAAGCTGAATTTACTGTGAAAACTTATTTATTCCTCAGACTGATGCAGAGCTTAGTAGCTCCATAGTTGTGCACTGGATTTTAGTAGCCAAATACTGGAATAGAGGCCTTGGAAATGTCTTACTAGGGGAACAGGCCTACATCCTAGTCTTACTGTATTGTTGTGGACTCGACAAAGTGAgtgctgcttttttcttttggaagcACCTTGATTGTTTAAGAATGCTTTCTCAGCTGTGAGAAAATGGCCTTAATTTACACACAGTCAAGCAGTAGGGGTGGGGATAGGTCCTCACCCATCTAAGGCCACTTTTTCCTGCCTCCACTAATATGAAGCGCATGAATCTCCAGCAAATAATGTGAGAGTTTTCTTTGGCTGTTCCCCTTTCAGTTCTGTGCATGTGCTTTAAAAGTGTTAAAGTGTATAGTGTTCTTAAACATCTAAAAAGATCAAGATAACAGCAAGGAAAGGTTAACAACATATTGCTATAACTTACAACTGGTTTATTCATTTAGGTTCTTGTGAACTAAATTGGACATACTATACATTAGGTAAGATATTGTAGTGTAGATTCCTTTTCTTGTCCTAATGTCctaattttgtttcttcttttgttttctttttccacatttgtatatttaaaaacaatgaactAAATATAATTCCCCAcaagaaattaatgaaatgtatacTCAGGGTGTATGtgtaacagtgttttaatacgggtattttttaattactttatttgaaGGACAGTATTGATAGAGGAAATTAAGTGACTTCTCTACTATGATGGACAAACTAACCACAGTTCCTGacattttcctttgaaaatTCATTAAACGTCTCTAATAAACACTAACTTTTGCCACTTGATTTTTAATTCCCTGCTTGTTTCCTCTGGTAATCTAACTGGATGAGAACTTCCATTCTGCAATTTTGGCCTAATAGGTTTCTTGATCCTGCTGAAAACTTGGGTGATCCATTTCACTTATGTAAAACTTGGTTGACGTTGTTTAGTTTTAGGTTTTAGTTTGGTAGTATGACTGCGCTGAACCttcaagtatatattttttgtacaattgttttagtttctttaaaCCTATGTTGATATAacctgctgttttgttgttgtttgttcattttgtaaagctctttgtatttttatttgtggaaaacaaaatcagtgaCCAATCTATAGTTTACAGCAATACAGATCTTTCACTTAGCCTGTTTCCAAGCAATGGTTGCATGCATTTGAATAGCTTTAGGCTCTGTATATTACCTAATGTTCTTCAGCTTTGGGaaatgatttctgttttttccaAAGTCCTAATACTATACTGACATGTTACTCTTGAAACACTTTGAGAGGTTCAGCTAAAGCCCCTTTGGActttttactgatatttcaaTTTTTCCGCATTGCTATTCTCACCTGTGAATGTTGGGCTATAGTGAGGACAAGTAGGAAAACTACCTCAATGTCATTTCCTGACATCGGATCTGCCCTTCATTGCTGTGAGAACGCATAACGAAGGTGCACGCTACTTGTGCTCTTCAGCTGAGATTCCTCTGCATGCTTATCTGATGAAATAACAGCCACTGTTTTAAGTTCGATGGTGATGGAAGACCCAGAGGAAAGCTGTCTGTCATTCTTAATCAGGTTAAATGAGCTTCCTTGGTGTTTGGATACTGCTGTGTATGTATGcaatatacagacacacaacagaATTGTTAACCCACATCTCTCCTCTCAATAGGTTTTAATATGTCAGATCCTTTGTTTTACCACAGAAATATGAGCAATGATAAAAGATGGATTGCACAGACCCAGACCTCAATGACTGCGATTGTCAGTTAAGTGAGCTGCAAACTGAGGAAATGGCTTGTGATATTCTTCCAATAACCATGTTGTGACACATAAATTCTCTGCCATTCCCTTTCAGTCTTTACTTACTCGGCAGCAAAAAGTAATTCCCAGTGTTGGTCTCACAATAAGAGCCGATTGCATTTTGTGGATAGAGTTGTCGAATACAAATGGAAGTAGTAGTGGTATACATTTGAAAGAGACAttcaatagaaatgtatatttttgctGTATGGAGTCAGAAGTCACCTGTTGTTGCTATGCCAGAACTAACCTTGAGTTGAGAGTATTCATCCTGGACAGTTTTCGATGTGAGAATTAGTCCGGTCTCTTAATTGATTCTTTGACCAGTGGCCATGTGACACCTAGAGAAAAATCACTGTACCTGTACTAGGATGTCCTGACCTACACATAGtgggattttttgttgttgttgtgcaatAGTGTTACCCCAGAATGTACAGCTTTTTGTATAGCTCAGCCTCACAGGTGTGATGGTGCAGACTATTATACAACTTCAGTTACTGTCTGAATACATATCAGTGGTAGACGTAGTGAAGGGAGGGGGAATGCATGTAAACACAGATTGACTGGTTTTGTAAATGGTAATGACATGCTGTGTGAGAATTCATTGCAGTTTTTCTATGAGACAAACTGCCAAAGACATTCTCATAGATGTCACTAGATTTAGacttactttatttaatttaatgtgtattttttctacCATATAACATTTAAGATCAAATTCCATGTGTGTAAGACCCTACCTGtgccattacattttcatgttaatatGGGGGAAGGTAGATAGCTGGTGGAGTGATTAAAATTCTGCTTTCTTAAGCTAtcttcatattaaattaaatgttcaattaCTCTCCAAATCTTTTCACACATACACTGATCCATAAAGGGATAAAAAGTGGAACATTGACGTTCTCTGAGCACCTTCAGAATCTTGCAAACTGCTATTTTGTAGACTGTTGCTTTTGGCTCATTGTAGAAGTTTTGAGCTGAAAACATCCATCTCATTACTGATGCCATGTTAAGGAGGTCTTCAAAAATTCCTAAATATCTTGCGGAAAGTTCTACACAAACCAAACTACTGAACCTACTTGAATgctatagtatactgtaataTTCTTGCTGGCCTGACCATTAACCGCATGTTGAATCGAGCTTAAGAACAAAGAGTGAAGTCTGCCTGTACCTACCTGTACAGTGCCAAGGTCTGGATGCTCCATCACAGACatctaaaattaaaagaaaatgtagcacCTCCTGAACAAATTGCCGGCATCAAGTGTATAGATGTAATATTGGACAAACCGATCCTGTTCTAATAATTAGCAGGGAATGGATGCAATGGTTGGCTCATTTAATATAGAGCTAAAAAAGTGTGCTTCAAAAGAAACCCTAAAAACGTACAAACATCAAAGCAGAAACGCAAGTTCTTAATTAATCTCTTGGGTTTAATAGTGTAGATCCGATAGAGACATTTTCTAGTATCAAGGAGGAGTTGTGAATATAAAACCTTATACAATTATTTGcctaaaagattatttttattaaataacttaaactGATCGATATTTCAATAGCCACACTAAAGGGACTTTTAGAAGTTTGACTTGATTTGAATTTTCTATTAACTACTGTCTGTTCAAATCACAATTTAAGGCGGAAACATTGGTCCCAAAATGCATAACTGCATTCATGATGATTGCATTCTGATGAACATTCCTgtgattaattgaaatgtgtgaCCATTCAAACTTGACTGGAAAATGGATAACAAACTGTTTACTATTAGGAAAACACTGTCAGTACAGTCATTTGTTGCAATTTATACCTCAGTGTGTTATACATTTGTCCGGGAGGGAGGAAtctgttaattgtatttatgcataGTGGGATACATTGCTGTTGatgatctggaaaaaaaaatgcatttagtatACATATTAACATGCAATGAATGTTCTGTTGgaagttgtttttctctttgatGTAATAAATTGTCCACTCCTCCTGATCTGATTGTACAGATATAAAGTTATTAGGGGAAAACGTATCTAACTGTTAAAATGCTGTTAAAATCGTTGCAAGTGTCAAAGAAAAGGGCTACATTGACTTTCGACTCAGAAATTTTGGTTTTAATGTGATACTGCCATCTGGGGGTTGTGGAGTGAAACATCAAACGAGCCTGTGGAATCAGCTCGTTTAGTATACTAGTTCCACAAACTGTCGCTTTGTTTGTCTTCTGGTTTGTCTGCactagtaaaatacattaactagACTGGAATTAATGtgaatcatatttatttgtactttaaattctgtatattttgacttttgttttaaatgtaaatgtgacatttttcttttttaataacatttgacACTTACCTCAATAGAATGTtggaagtttgttttttcagtttatattttgaagTTTACATAAGTTGTTACCTGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU142000 True 4918 lncRNA 0.36 1 25741068 25745985
TU142003 False 4423 lncRNA 0.36 1 25741068 25745490

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00006913 NA coding downstream 5187 25725239 ~ 25735881 (-)
AMCG00006909 LOC108442871 coding downstream 69325 25545313 ~ 25671743 (-)
AMCG00006908 NA coding downstream 222745 25516575 ~ 25518323 (-)
AMCG00006907 LOC108442871 coding downstream 292656 25400710 ~ 25448412 (-)
AMCG00006906 LOC107656325,LOC106609811,LOC107658849,LOC107572035,LOC107726030 coding downstream 427627 25309625 ~ 25313441 (-)
AMCG00006914 NA coding upstream 1151 25747136 ~ 25778618 (-)
AMCG00006915 atp6v1e1,LOC107085735,LOC100708725,LOC102197685,LOC102784574,LOC101477634,LOC106514808,LOC106914460 coding upstream 92770 25838755 ~ 25847485 (-)
AMCG00006920 NA coding upstream 142272 25888257 ~ 25893080 (-)
AMCG00006919 NA coding upstream 153566 25899551 ~ 25911582 (-)
AMCG00006918 NA coding upstream 191722 25937707 ~ 25949127 (-)
G113393 NA non-coding downstream 2201 25738554 ~ 25738867 (-)
G113391 NA non-coding downstream 21493 25719362 ~ 25719575 (-)
G113390 NA non-coding downstream 22276 25718417 ~ 25718792 (-)
G113389 NA non-coding downstream 24081 25716525 ~ 25716987 (-)
G113375 NA non-coding downstream 342370 25395536 ~ 25398698 (-)
G113431 NA non-coding upstream 120400 25866385 ~ 25867279 (-)
G113468 NA non-coding upstream 249656 25995641 ~ 25995929 (-)
G113479 NA non-coding upstream 255461 26001446 ~ 26038323 (-)
G113573 NA non-coding upstream 1313384 27059369 ~ 27059594 (-)
G113586 NA non-coding upstream 1409550 27155535 ~ 27155857 (-)
AMCG00006866 NA other downstream 2169935 23568155 ~ 23571133 (-)
G113050 NA other downstream 2333861 23404175 ~ 23407207 (-)
AMCG00006854 NA other downstream 2782762 22953176 ~ 22958306 (-)
AMCG00006841 NA other downstream 3543404 22130495 ~ 22197664 (-)
AMCG00006813 NA other downstream 4776506 20854057 ~ 20964562 (-)
G113530 NA other upstream 754030 26500015 ~ 26500681 (-)
G113645 ptn,LOC106609498 other upstream 1656615 27402600 ~ 27527348 (-)
G113775 LOC100846954 other upstream 2521277 28267262 ~ 28292598 (-)
G113833 NA other upstream 2965234 28711219 ~ 28812548 (-)

Expression


Co-expression Network