AMCG00007604 (asb7,LOC107755647,LOC107662256,LOC107742335,LOC106562481,LOC102792420)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00007604
gene name asb7,LOC107755647,LOC107662256,LOC107742335,LOC106562481,LOC102792420
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030123.1
NCBI id CM030123.1
chromosome length 53548854
location 23657850 ~ 23670079 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00007604
TCGGAATTGGGGGGTTGGTTCAGTAAAGTGTATATAAATTTAAtccattattaatttacttcttTATCTATATATTATCGACAGTCTCGAAGAAAATAAGAACTTTTATGCCAGCGGCGTCTCCAAATATGGGCGCCGGTGCTTTAAATCGCTTGTTTGAAACACCAGGGAAAAACTCTGACATGTAGAGTCTTGTGCAAAAGgtttatgTATCAATTTCCTTAAAGAATGCTTGGTTGGTGCTTAAGTATGTGTAAAGCACTAAGAAAAGGCCCTTTCAGAGATCAACAAAGTTGAAACAAGTCGGCAGAAACTCTGCAGGTCTCGATGAATCTCCCTTAACGAGATGTAACAGGATGCTTCCCCATCACTGTCGAAGGAACCCCGAGCTGCAAGAGGAACTGCAGATCCAGGCTGCGGTCGCGGCAGGGGATGTCCACACTGTGCGCAAGATGCTGGAGCAGGGCTACTCCCCGAATGGCAGGGATGCCAACGGGTGGACCCTGCTTCATTTCTCAGCAGCAAGAGGCAAGGAGAGATGTGTGCGGGTCTTCCTGGAACATGGAGCTGATCCTACAGTGAAAGACTTAATCGGTGGCTTCACTGCCCTGCATTACGCAGCTATGCACGGCCGAGCACGGATTGCACGCTTGATGTTGGAGTCGGAGTACCGAAGTGACATTATCAATGCCAAGAGCAACGATGGTTGGACGCCCCTCCATGTGGCGGCCCACTATGGCAGGGACTCGTTTGTGAGACTCCTGCTGGAGTTCAAGGCCGAGGTCGATCCGCTCAGTGATAAAGGCACCACGCCGCTTCAGCTGGCCATCATCAGGGAGAGATCCAGCTGCGTGAAAATCCTCCTGGACCACAACGCCAACATCGATATCCAGAACGGCTTCCTCTTACGCTACGCCGTGATCAAAGGCAATCACTCCTATTGCCGCATGTTCCTCCAGAGGGGGGCGGACACAAACTTGGGGCGCTTGGAAGACGGGCAGACGCCGCTACACTTGTCTGCTCTCAGGGACGACGTGCTCTGTGCACAAATGCTGTACACGTACGGGGCAGACACGAACACCAGGAACTATGAGGGGCAGACACCAGTGGCTGTGTCTGTCAGCATGTCCGGGGCTAGTCGGCCTTGTCTGGATTTCCTACAAGAAGTCACAAGACAGCCAAGAAATCTGCAGGACATGTGCAGAATAAAAATCCGCCAGTGTATAGGACTTCAGAACTTAAAGCTCCTCGAAGACTTGCCAATTGCCAAGGTCATGAAAgactatttaaaacacaaatttgacAGCATCTGATCCCTGCAAACCTTGCAAGGAAAAGGACCACAGATCTGTTCCCTCAATGGAAGTATATCCTATGCAATTGCTGATTTTTCTATATGAAAGCTCAGAGCAcaggtatacatttttatataacctATAAGTCTTAGCATTgttttcgtttttgtttttccttaccccagttttacagaaaataagctTTATTAAAATTGAGTTTTGTATAAaggctttttccttttttaataaaacaaatgttatcgGTAATAATATGGGGGGGTATGGGGGGAGTTTTGGACCCTTTTTTATATGTAGCCAATgtgtaattgaattgaatgatGTGGTGTTTATTTGGCTTCTGAGTGCTGTAGTACAGTGGCAAAACATTGACTTTTTGTTGTAACCTGAGCTGCACTGAGCAATAGCCTCCTGGGACTGACACATGTATCATAACTGCTTAAtactgtcatttttatttagttttattattcattgtttaaaagtgaaacaaatcGGTATACCCTTTttgacaaatgtttttaaaaaaataaatttgatcCTAAAGGAACGTTTGCATTGGCAATGGTTGTCAATTAGCCTTTGttctaaatattacaatattgctCAACATATATAGAAAATAACCCCTAATTATAATGTTAGTTTCAATTATCTTTTCTGATTCGATTTTTCTGTGGATTTGGATTTCACTTAAACAGTTCCAGTTgatattattgaaatgttttgcatttgaatcTCTTTCGAGCCTTAATCTCCATGACAAGAACAATTGTAAGGTATTCCTTAAATACTTATGCTTAGTTAGGACAAAATCCTTCTCAGTTACAATGCATATTTCTAGTAATGCAGTTCTCAAAGATTCATATCAGTGGaggtattatttttgtattgataaacTTAAGCGATCAAATGGGTCATCAGTTTAGAATGttaccattgtttttttgttaaagctgaacatgttcatgttttaaatgaggTACAGATACTTATGTGCTGGGGTATTGAAAAAGATAATACATATGTAGATGCCCTCTTTTCTAAGGTACTTTAAGAAGAGCTGTGAATTTGTCTGAATTGAAATTATAGAAACCAGAAAATGGTTTCACATTGCCACAAGGtggatttaaatttaaaacttgCAAGTCACTGTGTTTAGTAAACCCATTATTCCAGGGAAGGTATTAAGTCTCATACAATGCAACTGTGTACAGTCTTCACTGCTGTTTgatccatttaatttatttaattgcctTTTGATAAATGAAACGTTATTGAAACTGTCGGAGACCAAGTTTGTGTTACTTGGAGAGAAAAATGCCATGGCAAggagtggttttgttttcagttcttttAAACAAACCCACACTCTTTGCTTATTGCCCCATAAATATAATAGGAAAAAGGCCATGCAAAGACTTAATCTTGGCATTAACAAGACATGGGAAATGTACACAGGAAAAACGCTgagagaaatgcatttcagtgttcagtgtagaATCGTGAAAGCATCTTGCAGTGAACCAATCGCCATGTATTGACAAAATGTTTAAAGCCGCtcgagaaaataaattaataaatacaaataatttatgtaaatatttgtgttataaatgtacagcagatatttttttaagattatttaaaaactacGATATCTTGACTATTATCAAAGTGTATGGAAAAATGTTGAAAGGTCTTGTGTTTGTTCTGATGTGGCTTGTTTAGTGTCTGTTTGCGCAATGCTGAGGGCTTTGAAGTGGTAGAAACTATTGTGTTCCAGGGCGAGTGAATGGGAATTCTTCATTTTGCTTGCAGACAGAATAGGCACAGTGAGGTGGGATTTAGGAGCCTTAGTTTTACGAGAGAACAGTATTTGCTGCATCTGAAGAGCAAAAAGGGACTGCACCTGTTCTAGAAAATATCTGCATCTAAATGACATGCCTTAAGTAGGTTATGTGTTAAGACCAAACTATAACTCAAAAAGTAACATTCTCTGAGCATTTCCTACTACActagtggtaaaaaaaaatctaattgtaTCTTTTATTTTGGCTTAATTTAactttgacttttgaaaagttTGCTATTATGTCCGTATTATgagttttgtgattttgttttagttgccAAAACTTTTTTGACTAAAAacgttacatttatttacatgaaGCTGAAAACTGTACTTGGACATCCTTTCTCTTCCTTGACAAAAGTACCTGAATGGAAtctgatttttatgtttttccagGAACTAAAACTTAGTGCAGTTTTTTGTTCTTATGGCAACAACAAACATGATTTAAACCCAATAGTTTATTTACTAATCTTTCCTTTTAATGTACTGAtgctttttattatgttattatttttctttaaaaagctcAGAAGGGGTACAGGGAATTGCGAAAGTAATTAACAAAGTtaacaaaattatgaaaatgtataaggTATTTAAAGACTTTATCAAGTCTTTAAAGACTTGACAAAATCAAAggcttttttcagttttctagCCTTGTATAAATTGTAGTTCTGACTcgaatagatttattttctaaattgtgAGGCTCCTGTTACTGAGGTATCTGACACATGAGAGCAGCCATGCCGGGATTGGTGTTCCCTAATCTAGCAGCAGTGTGTGCTAATGCAGAAGGgtgaagtgtttgtgtgttattgaagtttaatgttattttagatgAAGTGCTTCcagtaaattataaaatgtacttgGAAATCCTTTTATAAATACACTGAGTATTTTTCTTCAGATCAGCACAGCATAAATTGTCCCTGTATTTTTGGCCCATACCAGCCAAGAAAATTGTAATGAAATCCAGCTGCCTCCTCTGCTCCTATCTCTTCTAATCGtacaaatgcagtttaattgTTCCTTGCTCCACGTGTCCTGGAAATTGTGAGAATGCTGGGAATTAGGTCACCATCGTCATCTTCTGttcttttgatttttgattggagaaatacattttatctaaTGATATCGTCAGCATTGAAATGCTATGAATTGAAACTATGAAGCACTTCTGTCATATACCTTTGTATCATACGCATTGTAAATTGCCCATTCCTTTCAGCTGTTGGAATACTCACTCAATTTTGATAACATGAACAACAGTTTGAAAGACTaaaagttggaaaaaaaaaaaactaaattgtcaGTAAGAAAGGTCACAGTTCTGCTACTTCAGAAAATAGTTTATCTTGTAATTTCAGAGTCTTCCAAGCCATCAAGTGCTGAAtgtcagtttaaaacaaaaagaaagatgttGAAAACACACTGTCTGCTAATTTGTATCTGTACAAATCTGTGAATAAAAAAGGGAAGTTCTAATA
>TU31291
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>TU31292
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Function

symbol description
asb7 Predicted to be involved in protein ubiquitination. Predicted to act upstream of or within intracellular signal transduction. Orthologous to human ASB7 (ankyrin repeat and SOCS box containing 7).

NR:

description
PREDICTED: ankyrin repeat and SOCS box protein 7-like isoform X1

GO:

id name namespace
GO:0035556 intracellular signal transduction biological_process
GO:0016567 protein ubiquitination biological_process

KEGG:

id description
K10329 ASB7; ankyrin repeat and SOCS box protein 7

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00007604 True 4673 mRNA 0.38 5 23657850 23670079
TU31291 False 2705 lncRNA 0.33 1 23667363 23670067
TU31292 False 499 lncRNA 0.36 2 23658158 23659898

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00007593 NA coding upstream 226129 23422016 ~ 23431721 (+)
AMCG00007598 NA coding upstream 270010 23387661 ~ 23387840 (+)
AMCG00007589 mesdc2,LOC107591313 coding upstream 455081 23199152 ~ 23202769 (+)
AMCG00007586 tmc3,LOC107736984,LOC107553743,LOC107373975 coding upstream 525576 23116851 ~ 23132274 (+)
AMCG00007580 mex3b,LOC107662268,LOC107709501,LOC107584525,LOC107685193,LOC107736985,LOC107553747 coding upstream 704332 22950692 ~ 22953518 (+)
AMCG00007605 aldh1a3,LOC106562593 coding downstream 23163 23693242 ~ 23708772 (+)
AMCG00007606 lrrk1,LOC106593346,LOC106591281,LOC106562602,LOC106593412 coding downstream 43104 23713183 ~ 23759994 (+)
AMCG00007612 NA coding downstream 235124 23905203 ~ 23919949 (+)
AMCG00007614 NA coding downstream 272632 23942711 ~ 23960914 (+)
AMCG00007613 clpx,LOC107737000,LOC107594724 coding downstream 299762 23969841 ~ 23977600 (+)
G24898 NA non-coding upstream 232410 23406984 ~ 23425440 (+)
G24897 NA non-coding upstream 251013 23405959 ~ 23406837 (+)
G24856 NA non-coding upstream 372835 23282688 ~ 23285015 (+)
G24793 NA non-coding upstream 703008 22953609 ~ 22954842 (+)
G24742 NA non-coding upstream 1074696 22581469 ~ 22583154 (+)
G24992 pcsk6 non-coding downstream 175425 23845504 ~ 23851902 (+)
G24997 NA non-coding downstream 190603 23860682 ~ 23863793 (+)
G25011 NA non-coding downstream 251841 23921920 ~ 23923225 (+)
G25013 NA non-coding downstream 254160 23924239 ~ 23926154 (+)
G25056 NA non-coding downstream 360955 24031034 ~ 24031304 (+)
G24824 mesdc1,LOC107553753,LOC107691577,LOC107709503,LOC107662264 other upstream 464329 23189460 ~ 23193521 (+)
AMCG00007585 star5,stard5,LOC104953929 other upstream 518329 23133811 ~ 23139521 (+)
G24606 NA other upstream 1374892 22281700 ~ 22282958 (+)
AMCG00007553 NA other upstream 1391441 22263520 ~ 22266409 (+)
AMCG00007554 cdc42se2,LOC107710816,LOC107577486 other upstream 1453899 22189245 ~ 22203951 (+)
AMCG00007631 NA other downstream 522142 24192221 ~ 24194481 (+)
AMCG00007640 NA other downstream 806408 24476487 ~ 24499650 (+)
G25822 NA other downstream 4413743 28083822 ~ 28094741 (+)
AMCG00007735 LOC104966693,LOC107388733,LOC105916711,LOC106514397,LOC105007422,LOC106561846 other downstream 4768565 28438644 ~ 28454707 (+)
AMCG00007754 NA other downstream 5012092 28682171 ~ 28700062 (+)

Expression


Co-expression Network