AMCG00007788


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00007788
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030123.1
NCBI id CM030123.1
chromosome length 53548854
location 29622311 ~ 29724734 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00007788
ATGGAGGCAAGGGCCCAACCTGGCGGGGGCCGCGACTCCCTGATGTTCCCGTTGCCCTCGTCGTCAGACTCCCCAGTGGCTAGGCCGTCCACCACCTTGAACTTGGTGCTCTGCTTGCCCCACACGTGGTGGATCTGCATGGCTGCCTCCCTCTCGGCCGCCAGGTCCAGGTCCTGTTGTGCCAGGTGCGCCCGCAGCTGCCGGATCTCAAACtgcaaacacagcagcacagactcAATCACAACCAAACAGTGTCCAGACGCCTTCCCTCCAGTCACTCACCGCCTGCTCCTGACAGATCTGCGTGAGCCTCTCCAGCTGCTCCTCTCGCATGGCCTTGCCCTTCTCATACTGCTGGATCACCATCTCCATCTCAACTTTCACCTGCAGGACGTAGGCTGCAACGACAACAACGACACACAGCACCTCAGTCCAGCTGCCCTGTCCCACACCTTGTTCAAAGATACCCAGGACCACGATCCTAAAGAcagtctgaaaaagaaagaaaaagaaaggatgGAGCTTGGTGTCTATGAGGAGCTCCAGAGCCAGAAGAaccaccaccagcaccacaCATGCCACCAGGATGCAGTTGAGGCCAGCACTGAGCAGAAACACCTGCCAGACTGCTGCCCGTCGACCACAGCACGGCTTGAGCCAGTTAGAGCTGGAGACAGGGAGCGCAGGACAGGCAGAGGGGAAGGAGATGAGTTTCAGTGTGGGAAGCACCGAAAGTCTTCCAGCAGTATGACAAACCTCAGAAGAGTCAATGAAATGGCTAAACACCGGGCTCACCACCTCAGTCTGCTCACTGTTCCAGTCAAGAAGATCGATGGCCTGAACTCTATGAATAAGTATACTCCATTTGTCATGACAAAGAACCACTGCGTCACTCAATGCAACTATGTCTCGCAGACTGGAAAGCTATACGTTCAAAGCAATTTCCCCTCCAACACTGCCATAAATGCACGGGTTAGAGAGAAGCTGAGAGCCGGCCAGGGAGAGGTCCAAGGCAGCCAGAGTCACCTGAGCTGGGCTTTGAACAGGGCGTTGTTCTGCATTCTCAAACTGAACATCTGTAACAGGAGTATTCAAGGTCAGGATGATGGAGAATGGTACTTACTGAGGGCTGGTCATGGTGAAAGAGTTGGCTGCAAACCAGGCTACAAAGGAAGCAGATGTGAGGAGCTCCAGCTACTGAGCAGTTCCAGCAATGATGACGAGAAGGGCTTGATAGCAGTGATGGTTATTCTGGTGCTCCTTATTCTCATTGTTCTCGCTGTGGTGATCTATTGTGCTTGCAAGTTTCggagaaagaaagacattcACACCAACAGAatatctatatataaataa
>TU32910
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00007788 False 1356 mRNA 0.53 13 29622311 29724734
TU32910 True 5339 lncRNA 0.36 6 29712499 29724420

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00007787 etfa,LOC107712526,LOC107557988 coding upstream 13714 29586473 ~ 29608597 (+)
AMCG00007784 scaper,LOC106561156 coding upstream 137128 29437666 ~ 29485183 (+)
AMCG00007785 NA coding upstream 185278 29433012 ~ 29437033 (+)
AMCG00007781 tspan3,tspan3a,LOC107690355 coding upstream 220310 29392907 ~ 29402001 (+)
AMCG00007777 kti12,LOC107562123,LOC107715238,LOC107725737 coding upstream 260824 29355051 ~ 29361487 (+)
AMCG00007796 NA coding downstream 205014 29929748 ~ 29941831 (+)
AMCG00007797 vps13c coding downstream 220386 29945120 ~ 30043181 (+)
AMCG00007798 rora,LOC103141220,LOC106561150 coding downstream 663459 30388193 ~ 30401103 (+)
AMCG00007799 NA coding downstream 684297 30409031 ~ 30429130 (+)
AMCG00007800 anx2a,anxa2,LOC108433632 coding downstream 705106 30429840 ~ 30438133 (+)
G26196 LOC107575789 non-coding upstream 82249 29539683 ~ 29540062 (+)
G26171 NA non-coding upstream 246433 29374376 ~ 29375878 (+)
G26167 NA non-coding upstream 254588 29367373 ~ 29367723 (+)
G26146 NA non-coding upstream 310367 29311623 ~ 29311944 (+)
G26103 frmd5,LOC107691145,LOC107556247,LOC103373640,LOC570903 non-coding upstream 539930 29074456 ~ 29082381 (+)
G26243 LOC106587622,LOC106562410 non-coding downstream 1660 29726394 ~ 29729537 (+)
G26249 NA non-coding downstream 13968 29738702 ~ 29741082 (+)
G26262 NA non-coding downstream 75023 29799757 ~ 29803603 (+)
G26319 NA non-coding downstream 677831 30402565 ~ 30406647 (+)
G26360 NA non-coding downstream 785801 30510535 ~ 30522510 (+)
AMCG00007769 acsbg1 other upstream 615932 29003095 ~ 29006379 (+)
AMCG00007763 tbc1d2b other upstream 710745 28900058 ~ 28911566 (+)
AMCG00007754 NA other upstream 922249 28682171 ~ 28700062 (+)
AMCG00007735 LOC104966693,LOC107388733,LOC105916711,LOC106514397,LOC105007422,LOC106561846 other upstream 1167604 28438644 ~ 28454707 (+)
G25822 NA other upstream 1527570 28083822 ~ 28094741 (+)
G26258 tpm1,tpma,LOC108237348 other downstream 30306 29755040 ~ 29819552 (+)
AMCG00007827 ell3,LOC103370942,LOC102298519,LOC102798071,LOC108431223,LOC107714787 other downstream 1689420 31414154 ~ 31440378 (+)
AMCG00007854 NA other downstream 4038779 33763513 ~ 33794941 (+)
AMCG00007873 fam174b,LOC103466638,LOC101474125,LOC102798031,LOC103147863 other downstream 5886248 35610982 ~ 35620801 (+)
AMCG00007889 NA other downstream 6571484 36296218 ~ 36302841 (+)

Expression


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