AMCG00007873 (fam174b,LOC103466638,LOC101474125,LOC102798031,LOC103147863)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00007873
gene name fam174b,LOC103466638,LOC101474125,LOC102798031,LOC103147863
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030123.1
NCBI id CM030123.1
chromosome length 53548854
location 35610982 ~ 35620801 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00007873
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>TU33841
ACAGACCAATGCGACGTGGGTGACGAATTCTTCCGGGTTTATATCATCCACATTTCCTCCCATTACCTCCTATTCCACATAAAACAACCAGGAAGAGATTGCACTGGGCACAGCTCCGTAAGACAGACATGCTGCGCCAACAGGAGGGCTGCAAATAACGAGCACAGCTGCTGTCCGAGCAAAGCAGGTGAAATGAGGCTCTTTCAGGAGCGCCTTGCATACGTCGAATTGCATTTTCTCCAAATCGTCACGCTTGGGATCTCGGCAGTAGACTGGCAGAGCGAAGAGTGACTTTCAATTTAACGCACAACTGGAAGTGCATGTTCTAGCTCGTATATCATTAATAATCATATCCGTAAACAAGCTGGGTCAAAAGTCACGTTTGAGAGGCAGTAAGATCACGCTTTTGTCTGCCTGTGCATTGAAGCAGGTGACGGTATGTACCGGTTCTGCTTTGCCTGCACTTGCGTGGCTGCGGTGGCGTGGGGCGCTTTCGCCGTCCCGCAGAGCCCGCCGTCCCCCGCCGCGCCGCTGAACGCGTCCACCGCGGCCACCCCGGACGGGCTGTCCAGCAACCGCACACAGGACCGCCTGTCCATGGGCTCCCGCATCTCCTCCCTCGTCAGGGACCTGCCCACGCTCAAGAACATCGTCATCTTCATCTGCGGCTTCACGGCGTTTCTCATCACCTGTCTGGTCGTCAAAGTGTGCAGATCCGGAAGGAAGATCAGAAAGACACGCAAGTATGACATCATCACGACCCCAGCTGAGCGGGTGGAGATGGCGCCGCTGAATGAAGACAATGACGACGACGAGGACTCCACGCTGTTTGATGTGAAATACAGGTGAAGACTGCTGTGTTTCAGAATGATCCTTCTCCAGTTTCCATGGAAAACCCCCCCACAAACAAGGGACAAACATTATGCGTATTGTCTTTTGCTTTCGTCCACTCCACTTGTTCAGTGTCTCAACCAAACACTCCTGAAGCAACCAGAACACAAGAGTTGAAGGTTTGGTTCACTGTGCAACATCAACCAGTCTAATAGTATAAAGAAAAGATAGgtcatgtgtatttattttatttttgtttttgttttggtgtaaCACTATCAATGAAGCCTGAAATAGGACCAGCTAAAATGTGTGAAACCTGAAGCATTTCCAAGATTGGAAAATGATTACAATGATCTTCTTTGAACAAAACCTATTCAATTGcaataacaggaaaataaacttCTCAACAGATTAATGCATGTACTGTAGTTGAATAGGAGCCTTTTGTCTGCTGCCTAAGGGAACTGAACAGGCCGTCTTTCATTGGCCAGTTCCAGCATAACCTAAACCTTGGACTTCATGCTGTTCACATATGTTCCCTCAAgctttatgttgtttattttatggctATTTATCAGAGCAGAGTTCAAATTGCACCTATAGTCTGGAAATGAACTGCAAACTAAGCAAAACTGAAACTTTCATCTCGTTTCATAATCAGGAGTTTATCGGCAGTGAGAAATTACTGCTTAACAGCATCTGTGTCAAACGTAACTCTCCAAGAAATTACACAGAGTGAGGTGGTTTGTTTCCAACAGCAGTGTATTGTTTCTGCTTTGCTAAAGTCACCATGCAGACTGACTTACATGGTTGATGAATAATTCCTCAAAAGTGTGTTTCTGGAAAAATCTtaaaccagttaaaaaaaaaaaaaaaaaaagtccacagCAGGATTTTTCAGCTTTGCTTTTTTGAGTCCCCGTGGGCCAAGACTACTAGTGCCAGTGAATGTGCCCCCTTCTCTGCCCTGTGGTGTCTCTGGCCGGACGAAGAGCAGCCTGCCCTCACACACAGATTTTGAAGTTTTTGGATGTTATACTGAAGGATTTcgatccatttttattttgagttttctcCAGGAAAATGTCAAATCAGTGACACATTAgccatttcaatgttttctcATTTCAGGGTTCATTGATAATGTCAGTCCAGCAATACtggatctgtgtgtgtctgcctcaCAAAAAAGTCATCATCACtcaaatggtaaaaataaattacttctGCCACATAAACTTGACGGCTGTGGGGCTGGggcagaagcagaaaaaaataataggaaCCCAATACACCcaaaacatatacagtaaaaaaaataaaaaataaaaatacgcATTTTTATAAACTAAAACTGGGTCGTTTGAGGAGAGGAAATCCTGAAAACTCATCAATGCTTACTTGCGAGTTATCGTGTGTTTCCTAACTGTTTCgtattgctgtaaaaaaaataaaaaaaaacaagacgaAAACCTATATGTAAAGTTAAATCGTGTTCTAAATAGAGATAGAGTTTATTTTCTATAGTTATATACCTTTGTGGTCAATGTTGAAAAGATGAAAAGAATACAATGgatgtttaaatattgtgatTTACATGTGCTCGATGATCCTTGGGTATTCTGTTGTATAGAATATTACCTATCCACTAACCACTAGTCGTGCGTATGAACTGTTTGACTGCATTGCAGATTGCTTTTTGTGATGCCCTTTAAAACTGGGCCTCCAtaggtgtttttgttgtatCTTTGGGATTCCCCTATGTTGCTGCTACAAGGGCTGGGAttggaaattatttttgcatAAGGAACTACATGTTGTTTGAAGTCGGACAATCTtgcataaaatgtatgaaagcaCAGTTCCTGATGAACTTGTTTTGGGCAAGAGCATAGGACGTGTTTATTCTAGTGTAGTGAATGCAAATGAAAGGTGTACAATTGATACTAATGCAATGGTATTCCAAAAGCTTTATTAGTTAAGAGTAGTTGAGTAGTCTGTTCTGTTGAATACCTGAATAGTAATATCCCCTGTTGATAAGCTGTATTTCAGTGATTATTCCAGAGGATTATcaattgtttgattgatttatctcttttggttgtattttttgtgaACTGAGATCAGTTTTGAATGTGTTATTCTTAAATGAAGTGCCCAAAGTGTTTCCAGTATTATCAGTCTACTGGTGGGATAGTTTCCTTCAGGTCCAGTAGGGCCTAACAATTTACAGTGTGGGTTTTTACTAGCCTATATGAAGGGTCTTGcagaagtatatatttataatcaaattaaatgaagactTTCAAGCCACATCTTTAGTTTTTTGCtcaatttagttttgctttacCCCTTTGATAACTTTATTCTACTTGAATTGAGTTTGAGGCATACATCGCCATCATCGTTTACGGAGACGGCAGCACTATCGCTCAGAAACATGTTTTGCGATTATGTTCAGGCAAAGCAACGATGGCACATCTGCCTGCTCTCCCACGAGGCTCCCGGTAAAGGATTGCTGCACTCCGTGGGCAAGCCGGGGCAGCTTATCTCAATAATGACCTAATCACTTTCAGTATTCAAGCACATCTACTCGTCGGTGGCAAAAGATAACGTACCGATTCATCACAAGACGGCTGCCGGCATCGCACCCGCAGTAAACATCTTTGCTTGTGTTGCAGATTCAGTACCGGCGACTAGCTTTTTGTCCGGTAGATGTGATAAAAGCAGCTTTCGAAATTGAAATGCACGaatcccttttaaaaataacaaaaaaaacccaaagaaaaacaattccaGTTGAGAAAAAATATAGCTGTGCCATCATTTGTTGAaacccttattattattattattattaatattattattattattattattacagcattgttatttaaaaatagaccaaaTTCCTAAAGATGTGCACTAGTAAATGCATTAGAATTGAGGACAAAGCTCTAGTATCTGACTAGAGGTCACGTTTCAGGTAGATTGTCAGTAGAGTGCTTTAAAAGTTATTGCAGAGATTGCATTGAATGAAGGTGACCTTTGTTCTACTAATTCAACTGAACACTGAGTCAAAAAGGGTATCCGCCGTCGGAGAAACCTAAAGAAAGTTGATCTCTTGAACTGGGCTTATTTTTCAATCAATTGATAATTGCACTTTGCCAGCGAAATGAAGCCAATATCATGAATGTCAAATATCTAGATCACGTGAAATTCTACTGTTAAAGTCATGCAtgggaaatataaataaaaatacaatgttcaaGGTTATTGTGTGATTCTGATAAGGTGTCCGAATAAAGGTGGTGAGGTAAGCGGCGTCTTTCCGACTCCAGTCCTGTTTCAATCACACTACATTTCGggaactactactactactgcactACTATATTACAAGCTAAACCACCAGATGGATGTTTCTGCCCAGCTGCtatgtaattaaattgtgtCTCTGATATTAAACTGTTACTATTAAAAGATGTACACAGTGTGTTGACCTATGTAAGattctgtagtttttgttattttccccTCGACTCTAGCTGGTCTTAGGTATTGACTTTGTTCCACTGATCAGTCTCATTTTCTGCTCCATTAATCAAAGTAATGTAACCAAACTCCCATCCTCACCCCCATTTGTCGATCTGATCCCAGTGTGGGGATTTTTCCATTACACATTTGCGTTCCCTACTAGCCAGATGAAATGAGTGCACCTGCTGTTGACCTGCTGCGTAGGTAGAGGAAGTCATTTTCTATTCTGGGTCCCAGGTTGCAAGGAGTCAATCCCTCTAGGCAATGAGTTCTGAGAGGTGTGTTGCTGTGTCTGCTCTTGAAAATGACACGTTATTCCCTAGAGAGGACAGATTCCTCAAACAGGGTGTCAGTTAGGATCAGTCAGGCTTGGTCTGTGGAGCATACAGCTGTTTCAAGATGAAGAGGGTCCTTGACCTTTTAACCACCTGTAATTCCTCAGGGCTTCAGAGCATTTCAATAGGGCCTCCTGGGTAAGACGATCTATGGTGCCAGTTAGACACATCACTGCACTGTTTCTATGTAACCGTTTTGTAGGTGCACTTAAACCTATTGCCACGGCAGCCAAGTTACCTGGTTACGTTTGCAGATCTCTTTCCCTGGCAACctgttttgcaaattaaaac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Function

symbol description
fam174b Predicted to be involved in Golgi organization. Predicted to be located in Golgi apparatus and plasma membrane. Orthologous to human FAM174B (family with sequence similarity 174 member B).

NR:

description
PREDICTED: membrane protein FAM174B

GO:

id name namespace
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00007873 True 6108 mRNA 0.40 3 35610982 35620717
TU33841 False 6058 TUCP 0.40 3 35611116 35620801

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00007872 LOC106561144,LOC106573775 coding upstream 62075 35537561 ~ 35548907 (+)
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AMCG00007867 NA coding upstream 1257348 34348487 ~ 34353634 (+)
AMCG00007868 NA coding upstream 1285566 34271763 ~ 34325416 (+)
AMCG00007878 si:dkeyp-59c12.1,LOC106561194,LOC108431221,LOC107690407,LOC107549016,LOC107715600,LOC107693031 coding downstream 190925 35811726 ~ 35815067 (+)
AMCG00007881 NA coding downstream 239830 35860631 ~ 35931488 (+)
AMCG00007884 NA coding downstream 396886 36017687 ~ 36019684 (+)
AMCG00007888 NA coding downstream 664182 36284983 ~ 36294189 (+)
AMCG00007892 NA coding downstream 783867 36404668 ~ 36425781 (+)
G27025 NA non-coding upstream 2345 35608423 ~ 35608637 (+)
G27021 NA non-coding upstream 7800 35595413 ~ 35603182 (+)
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G26993 NA non-coding upstream 58479 35550842 ~ 35552503 (+)
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G27052 NA non-coding downstream 186567 35807368 ~ 35842842 (+)
G27079 NA non-coding downstream 282243 35903044 ~ 35903259 (+)
G27089 NA non-coding downstream 366500 35987301 ~ 36000934 (+)
G27108 NA non-coding downstream 408657 36029458 ~ 36030333 (+)
G27111 NA non-coding downstream 481495 36102296 ~ 36182722 (+)
AMCG00007854 NA other upstream 1816041 33763513 ~ 33794941 (+)
AMCG00007827 ell3,LOC103370942,LOC102298519,LOC102798071,LOC108431223,LOC107714787 other upstream 4170604 31414154 ~ 31440378 (+)
G26258 tpm1,tpma,LOC108237348 other upstream 5791430 29755040 ~ 29819552 (+)
AMCG00007788 NA other upstream 5886248 29622311 ~ 29724734 (+)
AMCG00007769 acsbg1 other upstream 6604603 29003095 ~ 29006379 (+)
AMCG00007889 NA other downstream 675417 36296218 ~ 36302841 (+)
AMCG00007923 LOC105031092,LOC105901836,LOC102299656,LOC101482251 other downstream 1583069 37203870 ~ 37216558 (+)
G27518 NA other downstream 2524183 38144984 ~ 38146850 (+)
AMCG00007952 romo1,LOC102788570 other downstream 2547769 38168570 ~ 38170146 (+)
AMCG00007957 raly other downstream 2735128 38355929 ~ 38423155 (+)

Expression


Co-expression Network