G22298


Basic Information

Item Value
gene id G22298
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030123.1
NCBI id CM030123.1
chromosome length 53548854
location 8976117 ~ 8980818 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU27939
tttaaatataaatatgtaattaaatagtaattgtttcttaaatgaaaaaaggaTACCTTGGGACAAACTAGTGGGTATGTGATTACATTACCCataaatattttcagagattcttaaaagtattttgtgtcATTGATGTTCTAAATTCccttgtaatgtttatttttaattaggttttgtattattacttaaGTTGGATATTTAAACCTAGACTATAGGTTTGCTGGTCATCGTTGTAGTGGTATCTGAGAGGTTATGCCATTTTTGTAACTACAGACAGGACCCAGTTGTTCCTGTTGGCACAGTTTGGGTGTTCTTCTGCAGTAGGCCGGAGTTAAACACCTCTCTGTACCCATGCAGCCAGAACAGCAATTCATCCATTCCTACCCATGGCAACCTTTGCCCCAAGGGGGTGCCATCTGTCTCCAAATTGTTTGGAGTATCTACGAGAGGCAAACAATGGGGAATCTGAAGCATCATTGATTGTGCTGTTCATCAAAGTGCTCTCACAAGGCTGCAATGCGAAAGGGCCACAAGATGCTGGTGAGCAGATGGAACAAGTGAGTCAAGCTGTGGGGGATTATTAAAATGACTGACGAGTAGGTATCGTCTCAAATAGAACATTATTAATGTATGAGTCTTGTTATTTTTGGTATGCCCTTGAACTGGTCTATTTCATTAGTAACAAACAGTGTCAGccagcaaaaacatttcaacGTTCCAACCTATATGGCTGCGGATCTTTACCTGCATTAACTGTGACTGATGATCACTCTGTTACTTTCAACAATTAGCAAGGTactgatagtttttttttttttttaattatgcattcaaatggttggcttttacattttgatcaAATTTTAAATCTCCCAAGTTTTTCATTTAGAGTATTTATTAAGGTCTTAAAACTTTTTAGCAGTTCTCAATAGATccccgtgtttttttttgtgtgttgttgttgttgttgtttttgttgttgttgttgttgctgttgtgtatAGAAAGCTAAGTAGGACGTTTTATAtgagtattgtatttttttattttattttttgcacacaGGCAAACATTTTTAGGTTTTAGGttattcttttcatttgtttgtttggattttcATTCTCCATGACCATGCCAAAATAATATTCTGCAGGCTGGTGGAAAACAAAGGACTGTTCTTGGGACTGAAACTTGATTGCGCTtgtagtacaaaaaaaataataataactcacaCAGAGACGTTGTTTCATAAGTGTTATAAGCACTGGATATAAATGGTATTTTTTATCAATTCTGACTAATGTGAAGCTGTTGTacgaaaaaaactaaatgaacaaAAGTCATCAGTTTCGACTCGTGTGGGCTTGTCTCACAGTTGCCAGATTTGAGTCATTTTTCTGTctagttattttgtttatttatgcaaaaATGCGTTATGTATGAACACTTTGTTTTAGCTCCAGTGCTGCCTAGGCAACAATGTTCAGTGAACTCAGCCATACGGCTCACATAGTGACTGGTCAACTGAGACACACAGGACTCCAAAAGCCCATTTTATTGGTCAcatgtttgtattgtatattgtattttaagctATATAGTGCATATAGACATATTATCGTATTTATTAGCCAGTGTTGGCTCTAAAAGTGTCAGTGCAACATAATAAAAGGAcaatcagaaagaaaaaataataaacacataagaTTTGTAACATTTGAACCCGAATTGGAGCTcaaaacaaagttttttttgtgttttggttttttaaataaattcaccatctcataatagatttttttttaattgtaaatataacaTAGGAAAATAGAATTCTATTTTTGTTCATGAATACTTAGTGAAGTATAagttatgtattttacttttttttttttttttatacatcagTGTATGTTGGTCCATGTTAAAAACTGACAAGTCACTGTACCTCATGTAGATGCTGAATTTACAACCGTGATGAAAGAGAGCAGTATTGGACCTGTAGCTGAGTCAGCAAGGCACCCTCacttgtttgtatttcaatgatttatttgttcAGGGATACAATTTACCAATAATATATGATGTTTCTCGTATAGGTACTTATTTTGGTATAACTTTATAATGTGGCAAAGtgacaaacttaaaaaaataggCCTTTCTTATGTAAGATTGTTAGATTGTAAATATTCCATAGCCATACAGTATTTTGTCTTTGGATTGGCAACTTGCTAATTGCACCAAAATGATatcgctgctgctgctactgttgATTACAAATCATATATAAGAGTATGCATTCTATGTAATCTGCTGGTTATTAAAGATAGCAGCAGTCATTCTggtataaatactgtattataaagtgtttgACATAACACAAGATTAAGATGAGGGGAAACAAATATaggattgatattttaaaacttgccAAATACTTCaagttaaatttaaatatacttcaCATGAGGTACACAAGATTAGATGGTAGTactaaaaattaaaacaggGAAATCAATGTAACATCTTTCATGAGGGCAGTGTACAGATCAAGCACTTAATGTAAAGACTTTAGCCAGAGTCTTTGTTTACACTTTGTACTAGTTACAAAATGATTTAATCCCATTCATTAAAGTACTCTGTAATTTAACCGATAAGTAATGAACCCATAGTAGTTAAGGTATGTGCCAAAACTGATGGGGAAatcacagtgaaaataaatacagaaagcaGTGTGACAGTGCACCATTTTTGGAAGGGTAGCAGGAGATTGTTTATagatattttgttgaaaaacaCAAGTGAGGGTCTTGGTGAATTTAGATTATAGGGGACGTGCAAATATTTATTAGTTTGAATGCTGCACATTGCAGAGCCACTAGTGTgcattttctgtctgtcttcctttagtcctttttgtgtttcactctattaaaagtaaaaaaaaataaaaaaaatgttagccCGTCCAGCTTGTGGCAAGTTTAGTACGCTTtcgcatttttttgtttgttttgttaattcatTATTGTCTTTGCCATGTAAAAGCAAGTTTAATAACTAAAGACAAGCTAAAAAGCTGTTACTACATAACTTATCTTACTGTAACTATGTTCTGACATTGGAATTTGTTTGTGATGTATATTGTGAGATTGTTCTCTGTGTTAATTTAATCAGCACAATTCACTGACATGCTGGACTGACTTGCTAGCTGCTGTTCTGAAGTGTAAAATTTGCTGTTGGGGACAACCCAGGCTGTTGTCAATGGTACTTTGCTTTTTTTAGTTTCTATAGCAACACTGTGGGTGTGGCTCTTCTTTCGCTAGGGctgctatttttttaaacccGCTAGCAGACTCTTACAAGCAAATTCTCTGCATAGAAATCCTTCACTGCAGGTACCTTGGCCCACGGCAGGTATTGTTTGGGCGttaatagagaaaaaaaataatagtgtCTGTTgctgctttgaaaaaaaaaaaaaaaaagtctgaaaatgtaaatagtttatcAGAATATCTTGTACAGTCCAGTGTaaagtttttaattgaacttaAAAAAGGTTGCCATCACATTTGTCTTCACACTCTTATTTCTACAGTACAAAAGACAGCTATTTGCTAAgaatattattgttaaaaaagaaaaatcttttttttttttttgcttggctTCATAATGTAAACCAGCCAGTCATTGGTTTTCATGTGCAGTATTGACGTGAGGTAAAATTAAGGTAAAATAATCTACAGTGGTACGTATGGAGCCTTTGTCTCCTCTGTTTTGgtagtatttaatattaaaaaggtaATACACCAGCTGAACAACACATTCTGGTGTATGTAGGCACCTTATCTATGTGTACAAAACCTTAGGTCTTTTTTCCacacaaagcatttttttgGCATATTGTAATGTAACACCATCTTTAGATATACCTAATCAGTTGATGTGA
>TU27941
TTTGGTATCTTAATGAAACAGCATAAGTAAAggacttttctctttttttctctcactaCAATAGTAAAGTACTCAGGAATCTGGAAACAGGATGTTGTTAAGTTGTGGATATTGTTGCCACAGTGCACGTGCCCAAATCGCTTTTGCCTGTTGATGTGCCATGAGTGCAGCATTTTCTATAGAAAGCACAATAGAGTGATCACCGGTTACTTATCAGTCACATCTACAGGAATCCATTTTCCTGCCATGTTCAGTCCACGTCCAATGCTGTAAGTTCCTTATTCAGCCCTTGCATTCAGTCTTATGGAGTTAGTTCTTAATCAGAGTGATAGTAATCATTCCAGAATGTCAAAGGGCCAACGGCTTCCCATCTGGGAAATTGGAAAGGCAGCTTTGGTGGCATTAGAATTGCTGTAGTACAGGATGTACACtagattttatttaacacttcACCCCTTAGTAATATATGAAGTTTAAATTCAttaaccaccaccaccaccacaaataATCACTTAAAGTCTTAAAGCTGATAGAGAATGTTTACATGATGTGCATAACATTATCAAGTCTTAAGAAACCCATGGCTGGGATGGAACTGGCAGTCCTTCTAATGCAGGTGACAAAAGCTCTCgattgcatttgaaatgacCAAAGAGGCAAATCACAAATAACACTCTTACTTTATATCAGTTGACTTGATGtcactgatgttttttgttcgttttatctataagaatatatatttttaaatataaatatgtaattaaatagtaattgtttcttaaatgaaaaaaggaTACCTTGGGACAAACTAGTGGGTATGTGATTACATTACCCataaatattttcagagattcttaaaagtattttgtgtcATTGATGTTCTAAATTCccttgtaatgtttatttttaattaggttttgtattattacttaaGTTGGATATTTAAACCTAGACTATAGGTTTGCTGGTCATCGTTGTAGTGGTATCTGAGAGGTTATGCCATTTTTGTAACTACAGACAGGACCCAGTTGTTCCTGTTGGCACAGTTTGGGTGTTCTTCTGCAGTAGGCCGGAGTTAAACACCTCTCTGTACCCATGCAGCCAGAACAGCAATTCATCCATTCCTACCCATGGCAACCTTTGCCCCAAGGGGGTGCCATCTGTCTCCAAATTGTTTGGAGTATCTACGAGAGGCAAACAATGGGGAATCTGAAGCATCATTGATTGTGCTGTTCATCAAAGTGCTCTCACAAGGCTGCAATGCGAAAGGGCCACAAGATGCTGGTGAGCAGATGGAACAAGTGAGTCAAGCTGTGGGGGATTATTAAAATGACTGACGAGTAGGTATCGTCTCAAATAGAACATTATTAATGTATGAGTCTTGTTATTTTTGGTATGCCCTTGAACTGGTCTATTTCATTAGTAACAAACAGTGTCAGccagcaaaaacatttcaacGTTCCAACCTATATGGCTGCGGATCTTTACCTGCATTAACTGTGACTGATGATCACTCTGTTACTTTCAACAATTAGCAAGGTactgatagtttttttttttttttaattatgcattcaaatggttggcttttacattttgatcaAATTTTAAATCTCCCAAGTTTTTCATTTAGAGTATTTATTAAGGTCTTAAAACTTTTTAGCAGTTCTCAATAGATccccgtgtttttttttgtgtgttgttgttgttgttgtttttgttgttgttgttgttgctgttgtgtatAGAAAGCTAAGTAGGACGTTTTATAtgagtattgtatttttttattttattttttgcacacaGGCAAACATTTTTAGGTTTTAGGttattcttttcatttgtttgtttggattttcATTCTCCATGACCATGCCAAAATAATATTCTGCAGGCTGGTGGAAAACAAAGGACTGTTCTTGGGACTGAAACTTGATTGCGCTtgtagtacaaaaaaaataataataactcacaCAGAGACGTTGTTTCATAAGTGTTATAAGCACTGGATATAAATGGTATTTTTTATCAATTCTGACTAATGTGAAGCTGTTGTacgaaaaaaactaaatgaacaaAAGTCATCAGTTTCGACTCGTGTGGGCTTGTCTCACAGTTGCCAGATTTGAGTCATTTTTCTGTctagttattttgtttatttatgcaaaaATGCGTTATGTATGAACACTTTGTTTTAGCTCCAGTGCTGCCTAGGCAACAATGTTCAGTGAACTCAGCCATACGGCTCACATAGTGACTGGTCAACTGAGACACACAGGACTCCAAAAGCCCATTTTATTGGTCAcatgtttgtattgtatattgtattttaagctATATAGTGCATATAGACATATTATCGTATTTATTAGCCAGTGTTGGCTCTAAAAGTGTCAGTGCAACATAATAAAAGGAcaatcagaaagaaaaaataataaacacataagaTTTGTAACATTTGAACCCGAATTGGAGCTcaaaacaaagttttttttgtgttttggttttttaaataaattcaccatctcataatagatttttttttaattgtaaatataacaTAGGAAAATAGAATTCTATTTTTGTTCATGAATACTTAGTGAAGTATAagttatgtattttacttttttttttttttttatacatcagTGTATGTTGGTCCATGTTAAAAACTGACAAGTCACTGTACCTCATGTAGATGCTGAATTTACAACCGTGATGAAAGAGAGCAGTATTGGACCTGTAGCTGAGTCAGCAAGGCACCCTCacttgtttgtatttcaatgatttatttgttcAGGGATACAATTTACCAATAATATATGATGTTTCTCGTATAGGTACTTATTTTGGTATAACTTTATAATGTGGCAAAGtgacaaacttaaaaaaataggCCTTTCTTATGTAAGATTGTTAGATTGTAAATATTCCATAGCCATACAGTATTTTGTCTTTGGATTGGCAACTTGCTAATTGCACCAAAATGATatcgctgctgctgctactgttgATTACAAATCATATATAAGAGTATGCATTCTATGTAATCTGCTGGTTATTAAAGATAGCAGCAGTCATTCTggtataaatactgtattataaagtgtttgACATAACACAAGATTAAGATGAGGGGAAACAAATATaggattgatattttaaaacttgccAAATACTTCaagttaaatttaaatatacttcaCATGAGGTACACAAGATTAGATGGTAGTactaaaaattaaaacaggGAAATCAATGTAACATCTTTCATGAGGGCAGTGTACAGATCAAGCACTTAATGTAAAGACTTTAGCCAGAGTCTTTGTTTACACTTTGTACTAGTTACAAAATGATTTAATCCCATTCATTAAAGTACTCTGTAATTTAACCGATAAGTAATGAACCCATAGTAGTTAAGGTATGTGCCAAAACTGATGGGGAAatcacagtgaaaataaatacagaaagcaGTGTGACAGTGCACCATTTTTGGAAGGGTAGCAGGAGATTGTTTATagatattttgttgaaaaacaCAAGTGAGGGTCTTGGTGAATTTAGATTATAGGGGACGTGCAAATATTTATTAGTTTGAATGCTGCACATTGCAGAGCCACTAGTGTgcattttctgtctgtcttcctttagtcctttttgtgtttcactctattaaaagtaaaaaaaaataaaaaaaatgttagccCGTCCAGCTTGTGGCAAGTTTAGTACGCTTtcgcatttttttgtttgttttgttaattcatTATTGTCTTTGCCATGTAAAAGCAAGTTTAATAACTAAAGACAAGCTAAAAAGCTGTTACTACATAACTTATCTTACTGTAACTATGTTCTGACATTGGAATTTGTTTGTGATGTATATTGTGAGATTGTTCTCTGTGTTAATTTAATCAGCACAATTCACTGACATGCTGGACTGACTTGCTAGCTGCTGTTCTGAAGTGTAAAATTTGCTGTTGGGGACAACCCAGGCTGTTGTCAATGGTACTTTGCTTTTTTTAGTTTCTATAGCAACACTGTGGGTGTGGCTCTTCTTTCGCTAGGGctgctatttttttaaacccGCTAGCAGACTCTTACAAGCAAATTCTCTGCATAGAAATCCTTCACTGCAGGTACCTTGGCCCACGGCAGGTATTGTTTGGGCGttaatagagaaaaaaaataatagtgtCTGTTgctgctttgaaaaaaaaaaaaaaaaagtctgaaaatgtaaatagtttatcAGAATATCTTGTACAGTCCAGTGTaaagtttttaattgaacttaAAAAAGGTTGCCATCACATTTGTCTTCACACTCTTATTTCTACAGTACAAAAGACAGCTATTTGCTAAgaatattattgttaaaaaagaaaaatcttttttttttttttgcttggctTCATAATGTAAACCAGCCAGTCATTGGTTTTCATGTGCAGTATTGACGTGAGGTAAAATTAAGGTAAAATAATCTACAGTGGTACGTATGGAGCCTTTGTCTCCTCTGTTTTGgtagtatttaatattaaaaaggtaATACACCAGCTGAACAACACATTCTGGTGTATGTAGGCACCTTATCTATGTGTACAAAACCTTAGGTCTTTTTTCCacacaaagcatttttttgGCATATTGTAATGTAACACCATCTTTAGATATACCTAATCAGTTGATGTGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU27939 False 3958 lncRNA 0.34 1 8976117 8980074
TU27941 True 4702 lncRNA 0.34 1 8976117 8980818

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00007249 LOC105889041 coding downstream 277968 8695461 ~ 8698149 (-)
AMCG00007248 psma1,LOC107748950,LOC107687760 coding downstream 349772 8620538 ~ 8626345 (-)
AMCG00007247 copb1 coding downstream 358818 8603478 ~ 8617299 (-)
AMCG00007246 rras2,LOC106676223 coding downstream 415677 8552097 ~ 8560440 (-)
AMCG00007240 tub,LOC106587536,LOC106562367,LOC107750543,LOC107754678 coding downstream 509323 8443327 ~ 8466794 (-)
AMCG00007255 sox6,LOC107700618,LOC107593388,LOC107754684 coding upstream 752 8981570 ~ 9011201 (-)
AMCG00007256 sox6 coding upstream 111114 9091932 ~ 9098606 (-)
AMCG00007261 NA coding upstream 207793 9188611 ~ 9233981 (-)
AMCG00007260 plekha7,LOC103378745 coding upstream 337362 9318180 ~ 9318690 (-)
AMCG00007258 NA coding upstream 350371 9331189 ~ 9335174 (-)
G22249 NA non-coding downstream 285366 8690198 ~ 8690751 (-)
G22217 NA non-coding downstream 532973 8439852 ~ 8443144 (-)
G22193 NA non-coding downstream 721450 8253893 ~ 8254667 (-)
G22191 NA non-coding downstream 723453 8252027 ~ 8252664 (-)
G22111 NA non-coding downstream 991607 7913604 ~ 7984510 (-)
G22305 NA non-coding upstream 200200 9181018 ~ 9184829 (-)
G22393 NA non-coding upstream 436950 9417768 ~ 9437269 (-)
G22414 LOC106562319,LOC107683603,LOC107754690,LOC106587508,LOC107750553,LOC107688160 non-coding upstream 617874 9598692 ~ 9599154 (-)
G22415 alx4,LOC107593440,LOC106587508,LOC107688160,LOC107750553,LOC107683603,LOC107754690 non-coding upstream 643748 9624566 ~ 9624878 (-)
G22416 alx4,alx4a,LOC107754690,LOC107593440,LOC107683603,LOC103356993 non-coding upstream 652991 9633809 ~ 9640829 (-)
G22200 NA other downstream 579893 8393196 ~ 8396224 (-)
G21942 NA other downstream 1469242 7499447 ~ 7506875 (-)
AMCG00007201 NA other downstream 1633776 7324424 ~ 7342341 (-)
AMCG00007173 madd other downstream 2922053 6007640 ~ 6054064 (-)
G21632 psmc3,prs6a,LOC107758446 other downstream 3155833 5816809 ~ 5820284 (-)
AMCG00007267 NA other upstream 476670 9457488 ~ 9463337 (-)
AMCG00007282 NA other upstream 979244 9960062 ~ 10001165 (-)
AMCG00007299 NA other upstream 1171662 10152480 ~ 10246746 (-)
AMCG00007289 bet1l,LOC107740886 other upstream 1206490 10187308 ~ 10190204 (-)
AMCG00007298 NA other upstream 1284227 10265045 ~ 10272695 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G57053 NA non-coding CI01000009 null 8948856 ~ 8949181 (-)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G129272 NA non-coding CI01000026 null 3268309 ~ 3271606 (-)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) LOC111192554 NA non-coding NC_035901.1 CM008304.1 38676060 ~ 38687227 (-)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) G29279 NA non-coding NC_035899.1 CM008302.1 58862851 ~ 58863495 (-)