G29271


Basic Information

Item Value
gene id G29271
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030123.1
NCBI id CM030123.1
chromosome length 53548854
location 45725983 ~ 45734261 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU36682
cccccatccccccatacacacaccagcactTCAATAAAACAAGTGTGAGCTTCACTCTTGGGCTGGAAATACTGCCCAACCAAGTACAATACAGACGGGCCTTTCCAAATACCAGTATCAACAGTCAAATCGTAGCATGTGTTGACCAAAAATACTTAATCtgcattgttttgtaatgtCATATTTGATGCAtgtgttgcatgtttttttccatgtctACTGATCTTATTTCATAGTGAAAAGGTGATAATTCTGTTTTCAAGGATCTGTTTAGTATGCACAGGTAGTCTGAAGTCTTGGGGCCTTTTTCAGAAATATGTAGCTCACTATGTGCACTTCAGAACGCTAGGTTGCAGGCCTTTCTTGTAAATGTAGTGTAATTCCTCTTATTTTCCACCCAAACTGAAACTAAAGGACTGGTGAACCTATGCTGTATTTGTAATGGATGCACAGAGAATATTCTGTGCATCCACAAACATATAGCATTCAAACATAGGAAAACCTTGGATGCAAAATCACACCAAACAGGGACTACGGGTTCATTACTTTTCTCTGGGTTGTTTACaagacagaaatgaaaacagaatttgAACAGCAATCAATCCCTCTCCAACAACCCTCAATGCTCTATAAGAAACAAATCCTCGTTTTTGTCCATGTGATCAAGGCTACACTAAATTCCTTCCTCCCTGGCTGCCCTCCAGAAAGAGGCTATAGGAGTCAGGCTCAAAGAGAGGCCTTCCCCAAAACTGCCATTCCTCTGGCTTCCTGAGGTTAAGACAGCTGTGTAGAAATAAAGGAAGTGATTATGCACACAGCACTGAAGAATCCAACATGGCGTTAGAGGGAAAAGGAGAAGTGGGCCCCTGTTTCATGAATAGGATGACAATGCAATAAGGTATAGGAACATGCAGAGTGCTGCCGAAAATATCTGTAGTGGCTGATTAATTCGTAAGGAATTTGCCACAAGGGAATAAATGCACAGCACTCAGAAATCATCCATAAACATGAGATAAGACACTGTCAGGACAAGTCCCACTTTCCAAATTCCTACCGTTACATGTAAGAGAGCATTGCAGATTTATTCACAggacatatataatacatttgattattatatttaaaaatgaacaaaaacaaacttgagTCCATTTTTATTTCGTGTTAATTGAATTGGTTtacttaaatgcaaatattctGTAGTGGTTTTGCTTTAAAACTTCCTGGTTTTCCACTAtccaaacaaatgttattttacattataattctataagtcattacattaaaatatatagatatttaactttcttttattttaatgattaaaattaataaaaaaaaaaaaaaacacgatgACAGTGGATTGTCCAGTTTTTAAAGCAGTGCCCTGGTCAGAGTTGTAAAGCTAGCTGTCACTTTTCCTTTGCACTTAATAAACAGCTGATCCTTGAGGTTTCTCTGATTTACCGTCTTAACACTGGCAGCTCTGAGAGCATCTGGCAAATATACAGAGAGGCCTGCTTTGTCAATGTAGTCAACAGTGACGTCTGACACAAAAACCTCACCCTCTCCATGTGGCCTTTAATGAACCGCCGCCTACTAAATACATGGCTTGGTAGTCTAATTTAGGATTTTCAAAGTATGCATGTTGATTTCTTCAAATATGAGTGGATTCCTTTAACATTGCCTTTAAACACCCTGCTTTAAACGGTAAAAGCCTTTCATTTCTTAGAATTTGCTTAAAGCTGTGAAGTTCAGCGAAGGCACAGTATTCTCCTTTACCCCCATTATATGAATACCCCCTGTCCTGGGTGGAACGACTGCAGATACAGCAAAAGGGTGGTTTCACACTAGACCTAGGGGAGCTTTAAGCAACGGTGCTTGATTTGTGTGATCAAGCCTGTATTGTTATGTGAAACAGCACTCTGAGTGAGGTGGGTGGGGGTGCAACAAAAATCTAGCCAGGGATTGTCCTCTGAATGGTGTGGTTTTAGGATCGGCTGTAAAGACCCTCAGCGTTGTCTTCACAGAAGGAGAGTGATAGGTTGCCTAGTGCCTTTCACTTTCAAAGAATGGCATCGAATCCTACTTCACTATTGCAGTGGAAAACACTGACATTCTCAGAGTTTTATTTCCATAGATAACAGCAAAAATGAAATTGATAGAATTTTAACTTCAGAAAGGGATTATGATCTTTATATAGAGTAGCCTTCACACTTTCCAGATTTGcagatttatgattataatcattgttattataaaCATATCTGGACCCTCATGCCAAACATCTataaccccccaaaaaaacaaagcctCTTTCAATAGATTACCTGCAATGAGTACACAACACAGTCTGCTTTGAAACTACAGGAGCATTTCCAATGAGGATTACTGGCTAAAATACATGTCTAATCAAGTCATCCATGCCCAAAGCAAAGCTGGATTTGTTTAAAGCAGTGTTGACTGGGGGGCAATTTATCGTCTGCTGTCCTCAAACAACCCAGAGAGAAATGCAGCAAATTTGGACAGTGACGTCTCGGCAGAACAGCATGAAGCTTTGCAGAACGAGGGGATGATTTAGTGGCCGAGACGCGACAGCCTGAGGATACAGTGTAGGAAACACCATGCTTGAAATTAAAAGCCAAATGTGATGTTCTTCAGCATGCATTAAGGGTCCCTAGACAGTTTGCTTTATCTTCCAGACAATCAAGGAAATGCAGTGTAGAACAGGACGGTTTGGATAGCAGTGAGGGACACATGGACATACAATTAAACACCACTGTCCCTGCACAGCTTCCAGAAAACAAGCAGGGAGGAAGCAAGTGATCCTCTAGTTCAGTGGTTCTCAGTTCTTGTCCTGgtcctaccctgctggtttgtgttccaactgagctctcaatagAAGTAatgtgattacatttgaatatttaaattgtgcaaCTGATAAAAAggtggttccttaataagatgaTAAtctccttatacaattttatacttaacttaaaaaccCCActgttaaaaatgattaaaaggctctgatttaggaaatgattagttcaattaagggttcctcaggaccaggactgagaaccactgctttagcTTAACCCTGATCCTCTTGCCCcatgccttttaaaatgcacataagTATGTTTTCTTCATAAGTGGTGGATAGCTTATTTAGTGCCTCCTCTTTAACACCATATCATTATTGAAGTAGGATCTGTTCTCATCAtagaaagtgagagagaagcTGGCTGACTGGTTAAAGAAAATGCCTGGCTGCCCAGAGGTTCCAGATGTTGCCACTGACTCTGAACAGATAGCTTAGCCTTCTTGGACTCTGTCCTCAGCCCTACTGATGCATCATTCAGTTCCTAGTCTCTTTGTTGCttgttgaaatatgtaattattattattattattataaatgtttttgattcACCTTCCTCCTGGTTGGGGGAGTTCGATAGCAGAAACATTTGGAACTGCCGTATTTCTGAGACCTTTAAGATTTAGACTGGTCTCAATTGTGACACTGATCaatcagagaaaataaatcagagaAATACACAGGAGGTGTGTAGAGAtcacatataataaaatacaagtcaAGAGAGAGTGCTAGGGAAGTGCTTTATGTAAAACAGTATTTCCCAAACAGGGTACTGTGGGACATTGCTGTACCCACAGAATTTGTAAAAAgtcacaaatgaaaaaaaataactaaaataaaataaataactgatacCTAAGTTAAGTAAGCATTTcttattgtattacatcaatAAGTTACCTACCTGCCTTAAACACTGAAATCTTCACTTTCTACAGGGATACAAAATAACTGACctaatatttttcttaaacatacAAATCTTCACTTCATACAGACATGACAATTAGCTTAATACCTCAATGACATTTAGAAACCTTATGCTGCACGGTGATACTGCACTGGTGCAGAAAGAGACACTTTTCACTATAGCTCATTGTTTTACATCAGTAATACAATAGGTTACAGTAATGCCCCATTAAAGGCCAAACAAAAGCCTGAAACCTATCCACCCGATTCAATTAagtcagtagaaaagcaaccctaaGTTTAAGAAAGCCCCAAGTTTACCGAGCACTCTAACCCTAATTTGAtcacttaattacattttatgtgcAAAATGGTGCTACATTGTTAAAACTATTTGCTCCCTAAACAacctgaaatgtacatttgttcTCTAAACAACCTTAAATGTAATCAGTAGACCATTTCTACTTTCCAGTTTagctttgtaaaatgttaagattTAGGATTTTCCattaaacatccaaatcttcagTTAATGCATATATGAAAGTTAAACAGACCTTATTTAAAACACCTAAATTATATTCAGAAACTTTGTGAACCGTCACTGTGTATTGCAGTGTTGAAAGTGTAGaccattgtattacatcagcTGGTTATCTGCTCCTAATTTAAACATACCCAATCACATTTCGGATGTGCCACAAGAAAAATTGTATTACGTAAATCATTCCTACCAGAAATGCACAACTCTGTACACCAGTAGAAGCTGATTTTCAAATAATGAGTGAGAaccacaaaattaaatgtttagttgaTGTGATGTGAAAAGTTTGGAAAACACTGACATAGAGGCTGCATTTGCCACACCAAAAAACATATtaccattatatatttattattattgatgaaataataatacaatggtAAAATTGTACCTTACTGAAACCTCTGTGATATTAAAACAGAATATCAGATGGATTTTAATTATAGGCTGCAATGTTCAGCTACACAGAATGATAAACCACAAGGCAAGGAAGTGTCAGCATAGTAAGCAGGTCTAGTTGAGACAAGCCTGCCAGGGACACATCGTTTTAAAGTGTTTGTATATTAATACTCGGCAGGTAGGTAGATATAGTGAAGCCCAAATATGCACAAATAGATGcatctgtatttaaatactgtCCAAAGTGCT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04911 Insulin secretion

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU36682 True 8279 lncRNA 0.39 1 45725983 45734261

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00008212 myl9,LOC106565219,LOC103045271,LOC101062217,LOC100697131 coding upstream 11940 45708568 ~ 45714043 (+)
AMCG00008211 NA coding upstream 87194 45599200 ~ 45638789 (+)
AMCG00008210 NA coding upstream 237017 45488632 ~ 45488966 (+)
AMCG00008198 NA coding upstream 239016 45484630 ~ 45486967 (+)
AMCG00008205 NA coding upstream 257524 45443938 ~ 45468459 (+)
AMCG00008218 NA coding downstream 133082 45867343 ~ 45911607 (+)
AMCG00008219 NA coding downstream 305687 46039948 ~ 46068818 (+)
AMCG00008220 NA coding downstream 343046 46077307 ~ 46090993 (+)
AMCG00008221 LOC102785565 coding downstream 389869 46124130 ~ 46131017 (+)
AMCG00008226 NA coding downstream 796189 46530450 ~ 46530758 (+)
G29223 NA non-coding upstream 183777 45539769 ~ 45542206 (+)
G29153 NA non-coding upstream 347630 45378011 ~ 45378353 (+)
G29148 NA non-coding upstream 371904 45353716 ~ 45354079 (+)
G28991 NA non-coding upstream 909320 44768677 ~ 44816663 (+)
G28995 NA non-coding upstream 927520 44795924 ~ 44798463 (+)
G29291 NA non-coding downstream 153688 45887949 ~ 45888412 (+)
G29320 NA non-coding downstream 358647 46092908 ~ 46093489 (+)
G29355 NA non-coding downstream 534414 46268675 ~ 46268989 (+)
G29358 NA non-coding downstream 744231 46478492 ~ 46478774 (+)
G29368 NA non-coding downstream 776123 46510384 ~ 46531909 (+)
G29183 NA other upstream 284919 45440513 ~ 45441064 (+)
AMCG00008194 acot8,LOC107730625,LOC107670930,LOC107722006 other upstream 382069 45340574 ~ 45343914 (+)
AMCG00008185 NA other upstream 554155 45147397 ~ 45171828 (+)
AMCG00008177 rbm38,LOC101475440,LOC103365886,LOC105906784 other upstream 689567 45023148 ~ 45036416 (+)
AMCG00008132 NA other upstream 2420453 43292596 ~ 43305530 (+)
G29353 NA other downstream 533630 46267891 ~ 46268327 (+)
G29418 NA other downstream 1845952 47580213 ~ 47586235 (+)
G29421 NA other downstream 1860843 47595104 ~ 47595686 (+)
AMCG00008232 ddx27 other downstream 1888691 47622952 ~ 47671421 (+)
AMCG00008238 hsp70l,hsp70.3,LOC105896343,LOC105896344 other downstream 1930256 47664517 ~ 47716582 (+)

Expression


Co-expression Network