G30059


Basic Information

Item Value
gene id G30059
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030123.1
NCBI id CM030123.1
chromosome length 53548854
location 50328270 ~ 50334605 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU37596
attgcattaatgagaaattgaacaggtgttcctaataatcctttggGCTGGTTGAACTACCCTCTGGAGCGATGTGGATTTTGGCGGGCACTTGAAGACCTGATCCAGGGGGTGACAGGGGAGAAGCCCAGGTCTGACGACATGAAGTGGGCTCAAAAAACGAAGTAACCCAGCCAACTGGCAATGTCCCTACCTTGGaaacccaccccccacccacaccaCTTAGCCTTTCCCTCCCCTTAGAGGAAGATTCAGCCTAACTCGCAGCAATGGCCTGGCTTGTAAGCcttaaacaaaatagtgttttttttttttttttttttttggtgcagttaatggaagaaacacaaaggcCTATTGTCCAAATCTGAGTGGCTCCAGAACGCAGAGCTTTGAAAGGCTGCACATGACTGAGCTTTGCTTTTGCGATAGCCATCAGCTCTAGATTGGATCTGCCCCTtaagcccccccacccctccctttCTGCCTACTAACCCTGACCAGTGCCAGAGTTCAACACAAAAAGCCATTTTCCCCAACAAGAATGGGGTCTGGAGAAGCAGCACCCAACTCTACAAAGACTAGAGAGCAAGAGATTCAACTTTATATGTtcctttctttacttttttttaacgATCATATGAAAACTAATACTTGAAGAACAAATTGGCTTCCTAACCAGTCACTAATCGATTCTTAAGacgagaggagaaaaaaaaacaaaaaacatgcatgcaAGCGATTGGGAGAGGACAAGCACCACCTCCTCCCCCACTGCTTGTTAAGTGGTCCTTACCTTCCAGTAGAATCTCAAACTAGTCTCCTGATCTCCACCTGCCTGGATCCCAGCCCAAGCCTGTAAGTAGGCCCTCCCTGTCTTTGTGGAATTCCAATCAGCCCCAGTCACACCAGAGTCTTTCTTAACCCACAGATTTTGACAGCGCTGTATACCATTTTTCCtccacagttttttttctcctttcttattggattttaatgaagcgtgtttttttttttttttcgtggtGGGCACCTCAGAGTGCTTAACATTGAAGACCTCAGTTCTTGGCAGAACCTATGAGTCAGCCTTATATCAAGAGTTATATATCATCCCCTGCATTTAATATGTCATTTTGTCTTGGGATTCAGTGCATTTGTAAGTGCTTTTCAGTTTCTATTTCACCCCTATTAGCCAAGAGGAGAGATTCTAAGCACACACCCAGCCATTCAATTCAGCTTACTTAAACTCACCTGATCACGACCTTCCCCAGCTTTGAAGGCTTGGAAATGGTTGAAAATATCATAAATTGGTGAGTTTGAATTGAATGGATGGGAACTCCTAGAGCCTGGATTAGAAGGCCTCGGAGGTGAATTGGACACCTCTGACAAGTCTGTGCTATGGCATTTAAATGGTTGGGTTAAACTTTATAGCGATTAGTTCTCTAGACTTGAATCTTCAGCCCCCTGTCCAGGGATGGGAACTGTAAACAGTCTATCACCGCTTGCCAAAACTCTCTGTGTGATTTGCTTTGCTCTTTATTACAACTTATACCTTGACAGGATCTAAAATACTGCTTTTAATACATTCTAGTTAATATCAGCAGCATAGTTACTATATATCAAATTGCAAATGTCCAACCAGGGAAGGGTTCTTGTTGAACGCAATAGCTTGAAAAGAGTTCCCCCAGCCATTAGAGAGCAGGACTAACGGCCCTAATTACACTGCTATTTTAAGGGTACTTTTCCCCAGTTTTGGGTGCCTCAGTGTATGCATCGCCAGAACAGCACGGTCAAAGACCAAGTCTTTGCGAGTGTTCCTCTCCATCTTGCCTTCCATTTGAGACGTCAACGTGAACCACTCCAGATCCTACAGTGTTTGTGCATCATTTTAACGCATTTTGGAGTTCTGTTTTTAAGTGTAAGAAATCTCAGTATGACATCAGAAGGTACCATAATCAACAATGTATGAGCacccacaaaaacaacataacccTGATCATATTCATGAACAAGGTTAAAAAAgggattaaaacagaaataaataaataaataaatgaaatttgCTGTCATTATGTGACATCTAAAGATGTGTCAAAATAGTTTGCCAATAAGAAGACTGTCAATGTTTTCAGCTGGGtttttttaatatcatgttttttgacTTTACTTTTGACAAGCTGCCTTTTTGTCCCCACCTCCTGCTTCCTGTATTATTCATTTGCAGGAAAGAAAGTTAATCAAAGAACATAGAGGAGATTTACACACAAAAGCATATCATTTCAAGTGTCTTCATTCCCTGCTAGAATATGTGAtctatttactgaaaacaaaactcaagagaaatgcattttgttgaaGATTAATATTGTGAAACAGAGCTAGCTAATctcaatgtattattgtttacgtatttatatatttatatgaaatacatacatattgccACCCAGAGCTCAATAAATGggctcaaaataaatacagtggaGCTATTTTAGATCAGCACTGAAAATTCAATCTGAATGCTATAAACCAGTTTTCAGAATCAGGATGTCTTTAATATGAAATCCTTGTCAGtgaaatgtttgcaaaatgtatgtCTTCTCTTAATATGGCTTTCCAGAGCTAAAATTAAGTTAACCAATGTACCAGTGTAGAAATTCCCACTTAATGTGACCTGATACTAGCCTAATTGAAAGAGGAAATGAGTGgtactgtttgttttcataacaaGAAGCAAAACCATGATTTATCTCGCAAGGGGTGgggtttgtttgcattttgacAGAAACAGATTTAGTTAATTGGATTCACTTTATGTCTCTGACAGTTCCTTCACTCTTTGAGCCAGCTGCTCCCATCTGACTATCTGATGAATTGTCTCTGGTTTGTGAGTGAATCCAGATTAGCAATGCTTGAAAAGCCTCTGGTGCAAAACTCTCCACTATCATTGAATTGCTGCTCTTGTGTGCGAGTCAGCAAAAATCTCTGAAAGGTATGCACTTTGTGTtctaatgacattttaatagatCAATACATGTTCAGTTGTGTAACTGGTGATGCAGATCCCAAAATATTAGGTCAACCTGACACAGTATTGCTACACTGTTACAAATTCAAGAGaactattttttcttcttttttgttttgtttggaaactGTCCCTTCCTTGACAATGCAATTAAGTAGGTGCTCTTGACAGACATCTTGGCAAGATCTTTAGTGTTTACAAGCAAAATGACTTGACTGGGACAATGTAAATGTgggtttcaaatgaaataaacatggtGGGTGTGGGGGGAAGAGAAAAGCACAAGGCACAATTGCCAGGAATCTGACCCTCACTCACAGATTCACACAATGTGTTGTGTCTTTCACCAGTGCTAGAACAGACACTCAGCCCAGTCAGACCAGGTCCTTCTGTAGATATAAATAGATGCCCATCAGTGATAGAAAGTTCTCTATTTTATTTCAGGCAACCTTCAGCACTATTATGGTTGAGAGTACAAGCACATGCCTTCTCATTTCAAAGAATGAATAATGTATGCCTCTCCAGTTATTAATTAACACTGCAAAACCACTGCCATTtggaattttaaattaatcctccaaattattttcctttataattCCCATCTcccttttattttcaacaaaataacaagcactgaCCATTTTGACCATATTCTAAAGAATCGAGAGATTGAGACTGAAAGTACTTCCAGACTTTGATCGTTACAGTCCATCACATAAACTGTGTAACTTTATCAAAATGTTTAGCAAAATATTTGCTTTCATgctccactttttttttttttttttttttttgttcctctctTCAGGTCATTCTCATGTTCACTGATCTAGCTTGGTTATGACCATATGCTTCTCAAAGCCATAGCTTTTAAGAACATTAGTGAAAGTGTCCAGGGGATCAGAAATCTAGTAACACCTGTGTCCTTTAGTGAAGAGtatggaggggagggggggcggggtgtaaactaaaataataaaactggaCCAGGTGATTACGTTGCTTCCATTAAGTTCTGCCGACTTTAACACACTGGGTTTTCAGTATACTTTTGTTACTGTGACTAGAGTGGATGGAAATGACTATAATGTTTTGGGTAGTGACTGGAAGGTGGTGGAGGGATGAATGATCCCTAGCAATGCAAGAATGGGTAAATGTTCAAGCAGAAGAATGAATTCTGGTGTTTGGTAATGCTTTATATAAAATGGGCCAATTTAGGGAGCTAATATAGGCCACAAAAACATGCAGGTGGGTTTGACTATTTTTTCTTAGAGAGTTGGTACAAGCCTGCCTACCCATTGAAAGGAAACGGCTTAAACGGCTTAAACACtacttcagtttgttttcatagactgaaaggaaaacactttcttcaaagTTCTCTTTAGCTTTGTACTTGGAATGGGGGTAACCCTGTGTTTAAAACACcccaaaggaaacaaaagtcCTTGAATTATTAAAGTTAAACCAATCTCCCTTTACAAATGCcttaaaataattgaacactatggttatatttaaagaaagatgTACAAGGGGCTTTGCAAAACATCTGTACTTGTTAGGGTATATTTGTTAGGTGGGCAACaaccatttctgtatttaaactcCATTAACCTTGGcgacaataaaaaaaaataatcttcatttatacacattttctcaTAGCCAAGTGTAGAAACCGTATTTTGTATATTCCACTGCTTATTTCAAactatattgtattaatttgattaatttgcaattaatttgacattcagtattattattttattgaaggcTTTGCCAGATCTTCACCATCTTAAACCATTAGGTCTTTTCATTCTGATCCAAATATTTAAGATGTTGACAAGAGTTTAATTTATTAGTTGCCAACAGTATCTTAAGCCATGCTTCAAGttagcaaaatgaaaacatgaaatgcagTGTGGACAATTTTCAAGAATGTGGCACAAATATGTGAGCTGGCCAAGAGTATGCCTGTAATTCCACACAATCCTTTCGAAAAGGAGGAATTTTCACTCCCTTATTAGGCTGTGACCCACTAACCTATGACAAAACAAATGGTGCTTTGTTCTCAGCAAGGTTGAAAAACAGACCTTCCCCCTCTAAAATATCTTCGTatgctgaatttgaattttgtacTTGATGAGATCTACAGCTGACTCTTCAATGACAAATGGCTCAGAAAAATACCTcagaaaactgcaaaaacaacaaattgattattttgttataagATGTTCTTAAAAGGGTGTTTGGTATTATAATCACTATTACTATAAACTAATTTAGGCAAAGCCTTTATCCTAGGtgatttacatgtttttatcaaacaaacatacaatgtacTATATCTCTATATGTGCAGCATAATAAGGGGATACAaccctaaaatatatatttcaatttaagctatatcattatttttaactgccCATAACTGGTTTTCTTAAAAGCCATTCTTAAATTCAGTCACTTTTTGGCGTTACTCATTTAATATGAAGCATTACCCTTCATTCTCAGTAGGAATATCAGTGGTGTTAAGAGGAAGTACCTCTGTTGTGGTTAACATCTGTAAATATCAGAGAATTTAATGCCTtaatgcctttttgttttcttcctttggggaaatatgtaatgtttaaatgtatatattatatttataattaaaaaataaacaact

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU37596 True 5717 lncRNA 0.38 2 50328270 50334605

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00008289 LOC105022328,LOC106572481,LOC107572061,LOC107683645,LOC108425074,LOC103044311 coding downstream 14835 50308778 ~ 50313435 (-)
AMCG00008290 slc52a3 coding downstream 34907 50292332 ~ 50293363 (-)
AMCG00008287 scrt2,LOC103139108,LOC102228875 coding downstream 172405 50147817 ~ 50155865 (-)
AMCG00008286 NA coding downstream 208964 50116033 ~ 50119306 (-)
AMCG00008285 tcf15,LOC106567197,LOC107669611,LOC107594541 coding downstream 238503 50087093 ~ 50089767 (-)
AMCG00008293 ptpn1,LOC107669644,LOC107751444,LOC107556311,LOC106522952 coding upstream 63134 50397739 ~ 50406216 (-)
AMCG00008295 LOC107738191,LOC107754892,LOC107590469,LOC107558752,LOC106567112 coding upstream 116482 50451087 ~ 50518539 (-)
AMCG00008297 kcng1,LOC102780788,LOC107711602,LOC107558732 coding upstream 215460 50550065 ~ 50559321 (-)
AMCG00008300 nfatc2 coding upstream 457471 50792076 ~ 50798319 (-)
AMCG00008299 NA coding upstream 475774 50810379 ~ 50813806 (-)
G30058 NA non-coding downstream 13845 50314172 ~ 50314425 (-)
G30053 NA non-coding downstream 60835 50267076 ~ 50267435 (-)
G30051 NA non-coding downstream 67083 50260756 ~ 50261187 (-)
G30049 NA non-coding downstream 76348 50251710 ~ 50251922 (-)
G30003 NA non-coding downstream 142993 50185032 ~ 50185277 (-)
G30061 NA non-coding upstream 19290 50353895 ~ 50356348 (-)
G30065 NA non-coding upstream 51655 50386260 ~ 50386559 (-)
G30070 NA non-coding upstream 111114 50445719 ~ 50448970 (-)
G30086 NA non-coding upstream 266852 50601457 ~ 50602050 (-)
G30091 NA non-coding upstream 278983 50613588 ~ 50613903 (-)
G30054 NA other downstream 54087 50273738 ~ 50274183 (-)
G29974 LOC101154678 other downstream 274168 50053825 ~ 50054102 (-)
G29928 NA other downstream 423181 49795971 ~ 49905089 (-)
AMCG00008273 gdap1l1,LOC107599436,LOC107664149,LOC107594051,LOC107707014 other downstream 790989 49497400 ~ 49537281 (-)
AMCG00008264 NA other downstream 1075026 49175725 ~ 49253244 (-)
AMCG00008298 NA other upstream 189382 50523987 ~ 50528036 (-)
AMCG00008318 NA other upstream 1994631 52329236 ~ 52339097 (-)
AMCG00008325 znf341,LOC106566899 other upstream 2046451 52381056 ~ 52384567 (-)

Expression


Co-expression Network