AMCG00008639


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00008639
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030126.1
NCBI id CM030126.1
chromosome length 46242406
location 7296886 ~ 7315850 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00008639
ATGAATAACATGTTACAACTGTCTTCTGTTTCCAGGAATGGATACCAATTCAACTACTACACCTGAGactgTCAACATAGCTGCTATTGTGGCCCCCAGTGTTATTGGAGGTCTGGCTGTTATCCTGGCTGTCTTCcttattgttttctgtgtcaTAAGAGGGAAGAGGCAGACAGAAGGCACATATAGGCCAAGCAGCGAAGAACAGACTGGATCACGTGTGGAGACCAATGATGCTCTTAAGCTGCCAAAGGAGGAGCGTCTGATCTAAATGGCCATATGAGGTCCACACAACATTGAAGTCAAGAATGTAGAGCTTGATATCAAATCGGTAACCAAAGCACTAGAGTTCgaaatgaaaactacattttgGCTGTGTCAGTGGATTATAAATATCTGATTTTCTAAACATTGGCTTGTGTGATAAATATCAAGCAGATTGCAAGGGAAATATTGCCACAAGACACTGAGGTTTTGAGGTTTCCCCATCAACCCAAATATGTATCTTCCCAGTTCGGAACGTTTGTGACTCCAGAATCGGAACCTCAAGGTGATCAATTTTCAAACGATATGGAACAGGAgttgttttaaacatgttgaAATGAGAGGTGGTGTTTGGGTTCTACCTTATCCAttattgtgttgcatttaaaacCTCAAAGTTGATACAGTAAATGCATAGAGCATGGGCTTACAAGTTAATTGAATTGCACGTTTCATATTAAAATCTCTCCATTTATAGTGTAATAGAACaaagtaatgtatattttttgttaatgtacgTTTTAACTAATGTCTATTATGCATATTGAAATGGGTGTAAATATGAGATTTCCTCCATCCCAGATCCTTGTGTTTACCTTGAAACCAGtataaactgaaacattttcattgaagTATCAGAGGATGATGCTAtatattaattacttttcaagTTTAGAGTAGCACTTTACTGTAGTCATGTTTAGAGATTTACATCAAACCTGTTATTTActttaacataacatttttttcatagTCGGAAgcaatatgtaattaaattgtacaCAATTAACAAACATCTTAATAAATTTTGATattgtgttttgcttgtttgaCGCAGTGAATGAAATGTGCCTATGTTTAACTGTAACTTACATTCATCtaagaaatgtttgttttgatacatttatccatgacaatatatttgtaatttgacTTAATTGTTGTGTTCTGCTGGACCTTATTTTTTCTAAGGATAAATATCTCCCTTTGTTTAGCTGTGAAATGAAGCAGtgccttttcttattttctgtttaccTTCTAAAAATGTGTTGCTCAAACTGAGTGTCTTTCTATCACACTTAGAGGCCAAGTTAAATAATTTAGTGTATGTAGTGTAAAACTGAATacaacttttttatatatatatatatataaatgttattgttattaaataacAACTCATGAGCCACGAGGCACTGTTTCcacaactcttttttttttatggtgtacaaaacaaaaagtaaaaaatctttaactaaaacaattaaaatgctacaattttaaacaaattgcaTATTCAGCAAAGCCTTCCTTGGAACTTTGCTGGGGTTTATCTGGGCCTGTTAacaaccattttttttattttataaagaactTTAAAGTGGAGACTGCTATGTGGAGTATGGACTACCATGTTTGTGTTAAACTGCCAATCATCTTATCAGTactatgtaaaatgttgtacaaaacaaattcaccagcattttgttaaacaagttttttttttgacatGAAGACCTTTTTTGTATTGGTCTTGTATTGggcattaatacaaataatacacatgatgtatgttttaaatgccTCTAATAAGTTAAAGCTTTTTCTAAGAATAGCTTTTCTTATAAACTAAGGAATACGTCAACTGGTTTCCTTCCATGTAAGAAATTAGATATTTTGTATCAACTACATTACTATTTATAGATGTATACTTACATTTTACTGGCATCCAATCTCATGTtccaatttgcatttttaacaggTGTCTATTACACTTCTAAGTAACTAATTGTTTGAGTCGAATAGTGGATAAATGGAATATCTTATCTCACACATTGTCCTTTTGTTAATCCagtaaaagtattatttatattaaattgtata
>TU63121
ATAACCAAAGACaaactcaacaacaacaacaacattgtccACAAGGTTGAATGTCAATCAATCACAAGGGTAATACTGTTGATATAAGATGTTAATGAAGAACTACTGGTTGACAAGAAACAAGTCTCGTTTTAATTGTACTGTAAACTTCATTACAATTTTTGATTGAAAAAGAATATGAcgtcttttaaaataaaaaaatgcatatcaaTTACAAACGTGGTTGTTAAGTAAGTTGCATGGTGTGCATGGTCCGTGCACAACGTTATCCAGCAGCTGAAGTATGCCGGCGCGCAGGCGCGCAGGCGCGGCTCACTCAGGCGCGGGCAGGTGCTGCGTTACAGGTGGGTAATGCGAGACCGACGACACGTGATTGGTGAAGGAGGAAGTGCAgaactgagaagaaaaaaacagacacagGTACCTGTTGTAATATCACATGGGCCAGGTTTAGTATGGCGTTAACCGGCTGGTGACCGTGTGCCGCGGCGCTCTGCAGTTCCTGCTGAAAGTCGTGTGGAGGAGGCTGGTGGAAAGgGCAATCCCATTTTATCCGCAAATGTAAGGATGTTGGTGTAACTACTgGGGAAGacacaattctttttttttaaggaatacGCAACAATACAAGTCTTCCATGACCTATATTTTTTAACCGAAGAAGTGGACAGAGCAATCCAAGGActgtgtgacttttttttttttttttaatatgaaacactAACTGAAATGGCTTCCCATTTCATTAAATGtctataataaaaatgaagtcTCAAAAGCTGGCAGCCTTATGCATTATCCTTATCCTTCAGTCACTTCGGACAGCTGGAATGGATACCAATTCAACTACTACACCTGAGactgTCAACATAGCTGCTATTGTGGCCCCCAGTGTTATTGGAGGTCTGGCTGTTATCCTGGCTGTCTTCcttattgttttctgtgtcaTAAGAGGGAAGAGGCAGACAGAAGGCACATATAGGCCAAGCAGCGAAGAACAGACTGGATCACGTGTGGAGACCAATGATGCTCTTAAGCTGCCAAAGGAGGAGCGTCTGATCTAAATGGCCATATGAGGTCCACACAACATTGAAGTCAAGAATGTAGAGCTTGATATCAAATCGGTAACCAAAGCACTAGAGTTCgaaatgaaaactacattttgGCTGTGTCAGTGGATTATAAATATCTGATTTTCTAAACATTGGCTTGTGTGATAAATATCAAGCAGATTGCAAGGGAAATATTGCCACAAGACACTGAGGTTTTGAGGTTTCCCCATCAACCCAAATATGTATCTTCCCAGTTCGGAACGTTTGTGACTCCAGAATCGGAACCTCAAGGTGATCAATTTTCAAACGATATGGAACAGGAgttgttttaaacatgttgaAATGAGAGGTGGTGTTTGGGTTCTACCTTATCCAttattgtgttgcatttaaaacCTCAAAGTTGATACAGTAAATGCATAGAGCATGGGCTTACAAGTTAATTGAATTGCACGTTTCATATTAAAATCTCTCCATTTATAGTGTAATAGAACaaagtaatgtatattttttgttaatgtacgTTTTAACTAATGTCTATTATGCATATTGAAATGGGTGTAAATATGAGATTTCCTCCATCCCAGATCCTTGTGTTTACCTTGAAACCAGtataaactgaaacattttcattgaagTATCAGAGGATGATGCTAtatattaattacttttcaagTTTAGAGTAGCACTTTACTGTAGTCATGTTTAGAGATTTACATCAAACCTGTTATTTActttaacataacatttttttcatagTCGGAAgcaatatgtaattaaattgtacaCAATTAACAAACATCTTAATAAATTTTGATattgtgttttgcttgtttgaCGCAGTGAATGAAATGTGCCTATGTTTAACTGTAACTTACATTCATCtaagaaatgtttgttttgatacatttatccatgacaatatatttgtaatttgacTTAATTGTTGTGTTCTGCTGGACCTTATTTTTTCTAAGGATAAATATCTCCCTTTGTTTAGCTGTGAAATGAAGCAGtgccttttcttattttctgtttaccTTCTAAAAATGTGTTGCTCAAACTGAGTGTCTTTCTATCACACTTAGAGGCCAAGTTAAATAATTTAGTGTATGTAGTGTAAAACTGAATacaacttttttatatatatatatatataaatgttattgttattaaataacAACTCATGAGCCACGAGGCACTGTTTCcacaactcttttttttttatggtgtacaaaacaaaaagtaaaaaatctttaactaaaacaattaaaatgctacaattttaaacaaattgcaTATTCAGCAAAGCCTTCCTTGGAACTTTGCTGGGGTTTATCTGGGCCTGTTAacaaccattttttttattttataaagaactTTAAAGTGGAGACTGCTATGTGGAGTATGGACTACCATGTTTGTGTTAAACTGCCAATCATCTTATCAGTactatgtaaaatgttgtacaaaacaaattcaccagcattttgttaaacaagttttttttttgacatGAAGACCTTTTTTGTATTGGTCTTGTATTGggcattaatacaaataatacacatgatgtatgttttaaatgccTCTAATAAGTTAAAGCTTTTTCTAAGAATAGCTTTTCTTATAAACTAAGGAATACGTCAACTGGTTTCCTTCCATGTAAGAAATTAGATATTTTGTATCAACTACATTACTATTTATAGATGTATACTTACATTTTACTGGCATCCAATCTCATGTtccaatttgcatttttaacaggTGTCTATTACACTTCTAAGTAACTAATTGTTTGAGTCGAATAGTGGATAAATGGAATATCTTATCTCACACATTGTCCTTTTGTTAATCCag
>TU63122
ATAACCAAAGACaaactcaacaacaacaacaacattgtccACAAGGTTGAATGTCAATCAATCACAAGGGTAATACTGTTGATATAAGATGTTAATGAAGAACTACTGGTTGACAAGAAACAAGTCTCGTTTTAATTGTACTGTAAACTTCATTACAATTTTTGATTGAAAAAGAATATGAcgtcttttaaaataaaaaaatgcatatcaaTTACAAACGTGGTTGTTAAGTAAGTTGCATGGTGTGCATGGTCCGTGCACAACGTTATCCAGCAGCTGAAGTATGCCGGCGCGCAGGCGCGCAGGCGCGGCTCACTCAGGCGCGGGCAGGTGCTGCGTTACAGGTGGGTAATGCGAGACCGACGACACGTGATTGGTGAAGGAGGAAGTGCAgaactgagaagaaaaaaacagacacaggGGGAAGacacaattctttttttttaaggaatacGCAACAATACAAGTCTTCCATGACCTATATTTTTTAACCGAAGAAGTGGACAGAGCAATCCAAGGActgtgtgacttttttttttttttttaatatgaaacactAACTGAAATGGCTTCCCATTTCATTAAATGtctataataaaaatgaagtcTCAAAAGCTGGCAGCCTTATGCATTATCCTTATCCTTCAGTCACTTCGGACAGCTGGAATGGATACCAATTCAACTACTACACCTGAGactgTCAACATAGCTGCTATTGTGGCCCCCAGTGTTATTGGAGGTCTGGCTGTTATCCTGGCTGTCTTCcttattgttttctgtgtcaTAAGAGGGAAGAGGCAGACAGAAGGCACATATAGGCCAAGCAGCGAAGAACAGACTGGATCACGTGTGGAGACCAATGATGCTCTTAAGCTGCCAAAGGAGGAGCGTCTGATCTAAATGGCCATATGAGGTCCACACAACATTGAAGTCAAGAATGTAGAGCTTGATATCAAATCGGTAACCAAAGCACTAGAGTTCgaaatgaaaactacattttgGCTGTGTCAGTGGATTATAAATATCTGATTTTCTAAACATTGGCTTGTGTGATAAATATCAAGCAGATTGCAAGGGAAATATTGCCACAAGACACTGAGGTTTTGAGGTTTCCCCATCAACCCAAATATGTATCTTCCCAGTTCGGAACGTTTGTGACTCCAGAATCGGAACCTCAAGGTGATCAATTTTCAAACGATATGGAACAGGAgttgttttaaacatgttgaAATGAGAGGTGGTGTTTGGGTTCTACCTTATCCAttattgtgttgcatttaaaacCTCAAAGTTGATACAGTAAATGCATAGAGCATGGGCTTACAAGTTAATTGAATTGCACGTTTCATATTAAAATCTCTCCATTTATAGTGTAATAGAACaaagtaatgtatattttttgttaatgtacgTTTTAACTAATGTCTATTATGCATATTGAAATGGGTGTAAATATGAGATTTCCTCCATCCCAGATCCTTGTGTTTACCTTGAAACCAGtataaactgaaacattttcattgaagTATCAGAGGATGATGCTAtatattaattacttttcaagTTTAGAGTAGCACTTTACTGTAGTCATGTTTAGAGATTTACATCAAACCTGTTATTTActttaacataacatttttttcatagTCGGAAgcaatatgtaattaaattgtacaCAATTAACAAACATCTTAATAAATTTTGATattgtgttttgcttgtttgaCGCAGTGAATGAAATGTGCCTATGTTTAACTGTAACTTACATTCATCtaagaaatgtttgttttgatacatttatccatgacaatatatttgtaatttgacTTAATTGTTGTGTTCTGCTGGACCTTATTTTTTCTAAGGATAAATATCTCCCTTTGTTTAGCTGTGAAATGAAGCAGtgccttttcttattttctgtttaccTTCTAAAAATGTGTTGCTCAAACTGAGTGTCTTTCTATCACACTTAGAGGCCAAGTTAAATAATTTAGTGTATGTAGTGTAAAACTGAATacaacttttttatatatatatatatataaatgttattgttattaaataacAACTCATGAGCCACGAGGCACTGTTTCcacaactcttttttttttatggtgtacaaaacaaaaagtaaaaaatctttaactaaaacaattaaaatgctacaattttaaacaaattgcaTATTCAGCAAAGCCTTCCTTGGAACTTTGCTGGGGTTTATCTGGGCCTGTTAacaaccattttttttattttataaagaactTTAAAGTGGAGACTGCTATGTGGAGTATGGACTACCATGTTTGTGTTAAACTGCCAATCATCTTATCAGTactatgtaaaatgttgtacaaaacaaattcaccagcattttgttaaacaagttttttttttgacatGAAGACCTTTTTTGTATTGGTCTTGTATTGggcattaatacaaataatacacatgatgtatgttttaaatgccTCTAATAAGTTAAAGCTTTTTCTAAGAATAGCTTTTCTTATAAACTAAGGAATACGTCAACTGGTTTCCTTCCATGTAAGAAATTAGATATTTTGTATCAACTACATTACTATTTATAGATGTATACTTACATTTTACTGGCATCCAATCTCATGTtccaatttgcatttttaacaggTGTCTATTACACTTCTAAGTAACTAATTGTTTGAGTCGAATAGTGGATAAATGGAATATCTTATCTCACACATTGTCCTTTTGTTAATCCag
>TU63128
ATAACCAAAGACaaactcaacaacaacaacaacattgtccACAAGGTTGAATGTCAATCAATCACAAGGGTAATACTGTTGATATAAGATGTTAATGAAGAACTACTGGTTGACAAGAAACAAGTCTCGTTTTAATTGTACTGTAAACTTCATTACAATTTTTGATTGAAAAAGAATATGAcgtcttttaaaataaaaaaatgcatatcaaTTACAAACGTGGTTGTTAAGTAAGTTGCATGGTGTGCATGGTCCGTGCACAACGTTATCCAGCAGCTGAAGTATGCCGGCGCGCAGGCGCGCAGGCGCGGCTCACTCAGGCGCGGGCAGGTGCTGCGTTACAGGTGGGTAATGCGAGACCGACGACACGTGATTGGTGAAGGAGGAAGTGCAgaactgagaagaaaaaaacagacacagGTACCTGTTGTAATATCACATGGGCCAGGTTTAGTATGGCGTTAACCGGCTGGTGACCGTGTGCCGCGGCGCTCTGCAGTTCCTGCTGAAAGTCGTGTGGAGGAGGCTGGTGGAAAGgGGGAAGacacaattctttttttttaaggaatacGCAACAATACAAGTCTTCCATGACCTATATTTTTTAACCGAAGAAGTGGACAGAGCAATCCAAGGActgtgtgacttttttttttttttttaatatgaaacactAACTGAAATGGCTTCCCATTTCATTAAATGtctataataaaaatgaagtcTCAAAAGCTGGCAGCCTTATGCATTATCCTTATCCTTCAGTCACTTCGGACAGCTGGAATGGATACCAATTCAACTACTACACCTGAGactgTCAACATAGCTGCTATTGTGGCCCCCAGTGTTATTGGAGGTCTGGCTGTTATCCTGGCTGTCTTCcttattgttttctgtgtcaTAAGAGGGAAGAGGCAGACAGAAGGCACATATAGGCCAAGCAGCGAAGAACAGACTGGATCACGTGTGGAGACCAATGATGCTCTTAAGCTGCCAAAGGAGGAGCGTCTGATCTAAATGGCCATATGAGGTCCACACAACATTGAAGTCAAGAATGTAGAGCTTGATATCAAATCGGTAACCAAAGCACTAGAGTTCgaaatgaaaactacattttgGCTGTGTCAGTGGATTATAAATATCTGATTTTCTAAACATTGGCTTGTGTGATAAATATCAAGCAGATTGCAAGGGAAATATTGCCACAAGACACTGAGGTTTTGAGGTTTCCCCATCAACCCAAATATGTATCTTCCCAGTTCGGAACGTTTGTGACTCCAGAATCGGAACCTCAAGGTGATCAATTTTCAAACGATATGGAACAGGAgttgttttaaacatgttgaAATGAGAGGTGGTGTTTGGGTTCTACCTTATCCAttattgtgttgcatttaaaacCTCAAAGTTGATACAGTAAATGCATAGAGCATGGGCTTACAAGTTAATTGAATTGCACGTTTCATATTAAAATCTCTCCATTTATAGTGTAATAGAACaaagtaatgtatattttttgttaatgtacgTTTTAACTAATGTCTATTATGCATATTGAAATGGGTGTAAATATGAGATTTCCTCCATCCCAGATCCTTGTGTTTACCTTGAAACCAGtataaactgaaacattttcattgaagTATCAGAGGATGATGCTAtatattaattacttttcaagTTTAGAGTAGCACTTTACTGTAGTCATGTTTAGAGATTTACATCAAACCTGTTATTTActttaacataacatttttttcatagTCGGAAgcaatatgtaattaaattgtacaCAATTAACAAACATCTTAATAAATTTTGATattgtgttttgcttgtttgaCGCAGTGAATGAAATGTGCCTATGTTTAACTGTAACTTACATTCATCtaagaaatgtttgttttgatacatttatccatgacaatatatttgtaatttgacTTAATTGTTGTGTTCTGCTGGACCTTATTTTTTCTAAGGATAAATATCTCCCTTTGTTTAGCTGTGAAATGAAGCAGtgccttttcttattttctgtttaccTTCTAAAAATGTGTTGCTCAAACTGAGTGTCTTTCTATCACACTTAGAGGCCAAGTTAAATAATTTAGTGTATGTAGTGTAAAACTGAATacaacttttttatatatatatatatataaatgttattgttattaaataacAACTCATGAGCCACGAGGCACTGTTTCcacaactcttttttttttatggtgtacaaaacaaaaagtaaaaaatctttaactaaaacaattaaaatgctacaattttaaacaaattgcaTATTCAGCAAAGCCTTCCTTGGAACTTTGCTGGGGTTTATCTGGGCCTGTTAacaaccattttttttattttataaagaactTTAAAGTGGAGACTGCTATGTGGAGTATGGACTACCATGTTTGTGTTAAACTGCCAATCATCTTATCAGTactatgtaaaatgttgtacaaaacaaattcaccagcattttgttaaacaagttttttttttgacatGAAGACCTTTTTTGTATTGGTCTTGTATTGggcattaatacaaataatacacatgatgtatgttttaaatgccTCTAATAAGTTAAAGCTTTTTCTAAGAATAGCTTTTCTTATAAACTAAGGAATACGTCAACTGGTTTCCTTCCATGTAAGAAATTAGATATTTTGTATCAACTACATTACTATTTATAGATGTATACTTACATTTTACTGGCATCCAATCTCATGTtccaatttgcatttttaacaggTGTCTATTACACTTCTAAGTAACTAATTGTTTGAGTCGAATAGTGGATAAATGGAATATCTTATCTCACACATTGTCCTTTTGTTAATCCag

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00008639 False 2148 mRNA 0.32 2 7311736 7315850
TU63121 True 2912 lncRNA 0.35 6 7296886 7315821
TU63122 False 2748 lncRNA 0.34 4 7296886 7315821
TU63128 False 2865 lncRNA 0.35 5 7296886 7315821

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00008629 NA coding upstream 548001 6747711 ~ 6748885 (+)
AMCG00008626 tecr,LOC107573605,LOC107703756,LOC107694603 coding upstream 577795 6692745 ~ 6719091 (+)
AMCG00008619 NA coding upstream 933856 6305726 ~ 6363030 (+)
AMCG00008618 NA coding upstream 1089135 6188494 ~ 6207751 (+)
AMCG00008617 NA coding upstream 1177534 6108963 ~ 6119352 (+)
AMCG00008641 NA coding downstream 38415 7354265 ~ 7354886 (+)
AMCG00008640 NA coding downstream 56178 7372028 ~ 7376143 (+)
AMCG00008645 gdf11 coding downstream 99949 7415799 ~ 7416230 (+)
AMCG00008643 gdf11,LOC108254821,LOC106513268,LOC107562248,LOC107573429,LOC107683628,LOC107385665 coding downstream 171320 7487170 ~ 7496005 (+)
AMCG00008644 NA coding downstream 227870 7543720 ~ 7552782 (+)
G50461 NA non-coding upstream 48844 7233420 ~ 7248042 (+)
G50459 NA non-coding upstream 74030 7220740 ~ 7222856 (+)
G50458 NA non-coding upstream 77705 7212746 ~ 7219181 (+)
G50450 NA non-coding upstream 129946 7022461 ~ 7166940 (+)
G50451 NA non-coding upstream 246524 7040921 ~ 7050362 (+)
G50506 NA non-coding downstream 63198 7379048 ~ 7379506 (+)
G50534 NA non-coding downstream 217124 7532974 ~ 7542850 (+)
G50546 NA non-coding downstream 358291 7674141 ~ 7676185 (+)
G50561 NA non-coding downstream 377086 7692936 ~ 7828902 (+)
G50563 NA non-coding downstream 423345 7739195 ~ 7740429 (+)
G50448 NA other upstream 278761 6957611 ~ 7018125 (+)
G50243 NA other upstream 1554136 5738541 ~ 5742750 (+)
G50215 NA other upstream 1700087 5596023 ~ 5596799 (+)
AMCG00008580 pnpla6,LOC106564686 other upstream 2724012 4561991 ~ 4572874 (+)
G49982 NA other upstream 3131403 4162058 ~ 4165483 (+)
G50583 NA other downstream 617979 7933829 ~ 7939771 (+)
AMCG00008664 Tuba1a,LOC107714908,LOC108433351,LOC103385219,LOC108255233,LOC108275946,LOC105930792 other downstream 963003 8278853 ~ 8324778 (+)
G50747 NA other downstream 1134316 8450166 ~ 8666548 (+)
G50900 rnf41,LOC107701697,LOC107756409,LOC107723732,LOC107671855 other downstream 1765977 9081827 ~ 9087967 (+)
AMCG00008696 nabp1,LOC106565411,LOC106575791,LOC107675336 other downstream 1800825 9116675 ~ 9122812 (+)

Expression


Co-expression Network