AMCG00009269


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00009269
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030126.1
NCBI id CM030126.1
chromosome length 46242406
location 30972953 ~ 30985995 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00009269
aTGGTAGACAAGTTAATAAGGGGAGCAGCAGACCCAGAGATCCCTGTAGTGTCGGAAATCCCCCATGATGTCTCGGAGAGGTCCACTTCAGGACAGTCCCAGGGGCCTCTGAATGCAGGGGTTAATCCAGAGTGTGTGGCCCCACCAGCGCAGCCCCCCAACACTACCAGCAACAAGCGCATCCAGCAGTCACAGGCCCAGGTGAAGGAGGTTGTGGATGTCATGAGGATGAACATGGAGAAGGTGATGGAGAGAGACACCAAGCTCTCAGAACTGGATGACCGTGCAGATGCCCTTCAGGCTGGTGCATCCCAATTTGAGACCAGTGCTGccaaactgaagagaaaaaattGGTGGAAAAACTGCAAGATGATGATTATACTGGGAGGAGTTTGTGCTGTCATTCTTATCATCATCATTGtttatttctgcaCCTAAAGAGCAGTGAAGATGATGGTATTGTGAGGCTTTGCTGTCTGGTAGTCCTTACCTTTCCTACAGTATCGTGACCTCAGCAGGAAGTGGTTGTGGCTGTTTGTTGTTCTGCTTCTAAATAATTGTAGAGAGTATGAGGGGGTCGCATGGTCACTGCTGCGGACCACTGTCTGTGACAACTACACCAGCTAAATACtgccaaatgtttatttttgtgtaagtATTTCACATTGTCTGCAACATGCCTGACAAGGAGGAGAATTATAAATGACATTTTgatgtaatgttgtttttttcactttatttgacattttcttgTGGGCGGCATAACAATCATCTCAATGGCCTTCAGAAATGCTTGCTTTATGGCATTTGCCAAATACATACAGTATCTACAATACTTCCCACAATCCAATCTCTTTGTGTTATGTTATTTGTAGATACAATTATGTCCTTTGACATTGATGATAATTGCACAGTGGCTGTTTTATGTGCATTTATGCCCCCTGTAACAGCCTGAGCCAAACTTGTCTCATTTAGCCCCACATATTTACAGTAACTACTaggaaagtaaaacaaaataacacattttaatagttaAATCTTTAACATctattatttaacattaaatagtTTTCATATGAATCATAATGTTTCACTTCCAACTCAGACTGACAAAAACCCATAGAACCGCATATTTAGATTTAACCAGGAAGCTAACATTACATTCAACACTGTGGAAAATCAAGGACAGTGTCTCTTGCATACCTTTCAGATACCTTCTCATCTAGATGTAAACACACTCAGTGCACATTTTATGTGTTATTTGGCAAATTGCCTTTGTGAATTTCTGgtccatttaaataatacattgatatatgaaaattaatagtttaatatacagtttttagaggggaaaaaaatgttttgtgcacactttattctgtacatttgttttgattcttGTTTTTGTACCAATATATTCACAAGTGCTTGTTGGTATTGTAATTTTACAAGTGTAATGTTTGCATACTAAGAATATTATGTGAATAGTTTTGCTGTTGGGAGTACAAAAGTGCTTATGTAAGagctaacatgcaaatgttttatatgcatACTTTGTGTGGTAAGTCAACACTGTGCCCTTATTACAAAACCAGTCTAATCATATTCTTATAGTGCCTGGACTGAACTCAAGAAGCTTAATTACAGCTTCAAATTAAGACTTTTCTAAGTCCAAGTTATTTATCCAGTGGTGTATACATGTTTACACTGCAAAATAGTGACAGTGCACAAAGGCAGGGATGGTTTTGAGCATTCTAAAGTAGCATTCTAACTTGTACAGCTTTTTTGATGGTATTTTCTGTCTGTGGTGAAGTTGTGCCTTAAGCATATTACTTTACTTGATGTATATTCCGGTATGTAAAATGTTACCTTATGCAAGCTTTCATACAACATTACGTGTAGTAGAGCTACCTTTTCACTGGGCTGTGTTTTAAGGTATTGGTGATCCTAAGTATTTTCTCTTTGTACCCTATTTTCTTGCTAGCCACAGAACGTTAATAACTCACCATGCTCTCTGCTTCTTTACTTTGTAATGAACTTTGTCTGGTTTGTAAGAGGTATGACATtcctttgtaaaataatatatgccaatatgtttttgaaatgtaatgcctatattacataattaatcTCTCAAGCTTTTACCTGTGCAAACCAATGATATTGTATAAGTGCCAAAGTTGGAGATCAGTTTAAGATCATTCCCAATTCCTTAATGTTCTGCCTGGGAATTGCATGGTTAAACTGTTTTTGATTAACAATTacgttttgcattttgcaactGTGATACTATTTATGATGGATATTTGGTATCATATTGTGTGCTTGACTTGATAAGTTGATGCGGTTAATTGGTATTGTACTCGTGTATTACATGTAAAAGCACACATGCATTTAGTTAAAAAcacgtgtgagtgtgtgtttattatatgtTCTTTAACTTCCCATGTTTTTAATCACCTGGACATGatcttcaaataaaaacaggtaTTGTGGTTGACCATCATGAATGAA
>TU69861
CCGGATGCCGTGCACTCAATGGTTTTTACTGGATTCAAAAGCCATCTTTGTTAGCGGCAGCTGAAGAATCGGACTTAGTGCCCAGACTGCAGCTTCAAGCTATATCACATAGCGACAATGTCCACTTCAGGACAGTCCCAGGGGCCTCTGAATGCAGGGGTTAATCCAGAGTGTGTGGCCCCACCAGCGCAGCCCCCCAACACTACCAGCAACAAGCGCATCCAGCAGTCACAGGCCCAGGTGAAGGAGGTTGTGGATGTCATGAGGATGAACATGGAGAAGGTGATGGAGAGAGACACCAAGCTCTCAGAACTGGATGACCGTGCAGATGCCCTTCAGGCTGGTGCATCCCAATTTGAGACCAGTGCTGccaaactgaagagaaaaaattGGTGGAAAAACTGCAAGATGATGATTATACTGGGAGGAGTTTGTGCTGTCATTCTTATCATCATCATTGtttatttctgcaCCTAAAGAGCAGTGAAGATGATGGTATTGTGAGGCTTTGCTGTCTGGTAGTCCTTACCTTTCCTACAGTATCGTGACCTCAGCAGGAAGTGGTTGTGGCTGTTTGTTGTTCTGCTTCTAAATAATTGTAGAGAGTATGAGGGGGTCGCATGGTCACTGCTGCGGACCACTGTCTGTGACAACTACACCAGCTAAATACtgccaaatgtttatttttgtgtaagtATTTCACATTGTCTGCAACATGCCTGACAAGGAGGAGAATTATAAATGACATTTTgatgtaatgttgtttttttcactttatttgacattttcttgTGGGCGGCATAACAATCATCTCAATGGCCTTCAGAAATGCTTGCTTTATGGCATTTGCCAAATACATACAGTATCTACAATACTTCCCACAATCCAATCTCTTTGTGTTATGTTATTTGTAGATACAATTATGTCCTTTGACATTGATGATAATTGCACAGTGGCTGTTTTATGTGCATTTATGCCCCCTGTAACAGCCTGAGCCAAACTTGTCTCATTTAGCCCCACATATTTACAGTAACTACTaggaaagtaaaacaaaataacacattttaatagttaAATCTTTAACATctattatttaacattaaatagtTTTCATATGAATCATAATGTTTCACTTCCAACTCAGACTGACAAAAACCCATAGAACCGCATATTTAGATTTAACCAGGAAGCTAACATTACATTCAACACTGTGGAAAATCAAGGACAGTGTCTCTTGCATACCTTTCAGATACCTTCTCATCTAGATGTAAACACACTCAGTGCACATTTTATGTGTTATTTGGCAAATTGCCTTTGTGAATTTCTGgtccatttaaataatacattgatatatgaaaattaatagtttaatatacagtttttagaggggaaaaaaatgttttgtgcacactttattctgtacatttgttttgattcttGTTTTTGTACCAATATATTCACAAGTGCTTGTTGGTATTGTAATTTTACAAGTGTAATGTTTGCATACTAAGAATATTATGTGAATAGTTTTGCTGTTGGGAGTACAAAAGTGCTTATGTAAGagctaacatgcaaatgttttatatgcatACTTTGTGTGGTAAGTCAACACTGTGCCCTTATTACAAAACCAGTCTAATCATATTCTTATAGTGCCTGGACTGAACTCAAGAAGCTTAATTACAGCTTCAAATTAAGACTTTTCTAAGTCCAAGTTATTTATCCAGTGGTGTATACATGTTTACACTGCAAAATAGTGACAGTGCACAAAGGCAGGGATGGTTTTGAGCATTCTAAAGTAGCATTCTAACTTGTACAGCTTTTTTGATGGTATTTTCTGTCTGTGGTGAAGTTGTGCCTTAAGCATATTACTTTACTTGATGTATATTCCGGTATGTAAAATGTTACCTTATGCAAGCTTTCATACAACATTACGTGTAGTAGAGCTACCTTTTCACTGGGCTGTGTTTTAAGGTATTGGTGATCCTAAGTATTTTCTCTTTGTACCCTATTTTCTTGCTAGCCACAGAACGTTAATAACTCACCATGCTCTCTGCTTCTTTACTTTGTAATGAACTTTGTCTGGTTTGTAAGAGGTATGACATtcctttgtaaaataatatatgccaatatgtttttgaaatgtaatgcctatattacataattaatcTCTCAAGCTTTTACCTGTGCAAACCAATGATATTGTATAAGTGCCAAAGTTGGAGATCAGTTTAAGATCATTCCCAATTCCTTAATGTTCTGCCTGGGAATTGCATGGTTAAACTGTTTTTGATTAACAATTacgttttgcattttgcaactGTGATACTATTTATGATGGATATTTGGTATCATATTGTGTGCTTGACTTGATAAGTTGATGCGGTTAATTGGTATTGTACTCGTGTATTACATGTAAAAGCACACATGCATTTAGTTAAAAAcacgtgtgagtgtgtgtttattatatgtTCTTTAACTTCCCATGTTTTTAATCACCTGGACATGatcttcaaataaaaacaggtaTTGTGGTTGACCATCATGAATGAAAGATTGAGTgatatttgttaaattatatgtGTTTACCCATTTACCCATGAgtcttcaaattatttttagaaatcaaCATTCCATTAATTGATGAGACTAAACATGTTCTTCATATATAACATTGATATCTGCAGTACAACTAAACTACATTTAGCATGCTACCATTTAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00009269 False 2514 mRNA 0.37 5 30973122 30981907
TU69861 True 2722 TUCP 0.37 5 30972953 30985995

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00009270 NA coding downstream 2095 30947298 ~ 30970858 (-)
AMCG00009263 cab39 coding downstream 55331 30906868 ~ 30917622 (-)
AMCG00009261 itm2c,LOC102237697,LOC105920507,LOC104919396 coding downstream 67189 30895975 ~ 30905764 (-)
AMCG00009267 NA coding downstream 169323 30801745 ~ 30803630 (-)
AMCG00009266 NA coding downstream 276358 30693699 ~ 30696595 (-)
AMCG00009271 pik3cb,LOC106581359,LOC106613172 coding upstream 1129 30987124 ~ 31019808 (-)
AMCG00009272 foxl2,LOC101448029,LOC100136214,LOC106613173 coding upstream 80535 31066530 ~ 31067024 (-)
AMCG00009274 copb2,LOC106599054,LOC105021140 coding upstream 150574 31136569 ~ 31148800 (-)
AMCG00009280 spsb4,spsb4a,LOC108267127,LOC103021520,LOC108440634,LOC107743001 coding upstream 487758 31473753 ~ 31477141 (-)
AMCG00009279 slc25a36,slc25a36a,LOC107706334,LOC107668959,LOC108440632,LOC107694658 coding upstream 556667 31542662 ~ 31563060 (-)
G55861 NA non-coding downstream 156862 30809576 ~ 30816091 (-)
G55760 NA non-coding downstream 317932 30652912 ~ 30655021 (-)
G55722 NA non-coding downstream 480973 30491238 ~ 30491980 (-)
G55703 NA non-coding downstream 489580 30480779 ~ 30483373 (-)
G55648 NA non-coding downstream 736558 30236159 ~ 30236395 (-)
G55975 NA non-coding upstream 929173 31915168 ~ 31915373 (-)
G55991 NA non-coding upstream 964427 31950422 ~ 31950673 (-)
G56012 NA non-coding upstream 1012082 31998077 ~ 32031970 (-)
G56163 NA non-coding upstream 1814540 32800535 ~ 32800895 (-)
G56185 NA non-coding upstream 1858100 32844095 ~ 32844336 (-)
G55881 NA other downstream 25742 30944367 ~ 30947211 (-)
G55878 NA other downstream 35702 30934564 ~ 30937251 (-)
AMCG00009265 NA other downstream 315341 30599474 ~ 30657612 (-)
AMCG00009241 NA other downstream 716454 30249871 ~ 30256499 (-)
AMCG00009235 NA other downstream 982143 29977937 ~ 29990810 (-)
AMCG00009275 NA other upstream 164917 31150912 ~ 31184966 (-)
AMCG00009332 NA other upstream 3021608 34007603 ~ 34026160 (-)
AMCG00009333 NA other upstream 3056081 34042076 ~ 34050737 (-)
AMCG00009342 kcnab1 other upstream 3241279 34227274 ~ 34274084 (-)
G56438 kcnab1a,kcnab1,LOC107671078,LOC107675612,LOC107566585,LOC108263953 other upstream 3253489 34239484 ~ 34316008 (-)

Expression


Co-expression Network