G51483


Basic Information

Item Value
gene id G51483
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030126.1
NCBI id CM030126.1
chromosome length 46242406
location 11712712 ~ 11716482 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU64429
CGGAAACTTCCGCCATATCTTATCAGAATGATCCTCTTTATTTAACACTATTTGGCCATGAAGATTAACAGCTGtaagttaaaaaaacagaacactaTGCAcaaaaattaattcaaattaattactgTACAGTCAGCATTCCAACATCTTGTATGCTGTAGAACTTCATGATGTGTAAATATTACAGATGTCCTTTCACCCCCCCTGCCCAAGTTAAATTCATTCCCGTTTGTTACTGATGGGGGTGTACAGTTGCCCTCCCCAAAACTagaagtaaaaaacaaaaatattagtCTAATTTCAAATTACTGACTGCAAAATCACACAGGCGATGGGGCAGGGGCAGAAAAAGTTCTACAAAAGCATCCTATCCTGACCAGCTGTGATCCTACTGGGTGTATAGGATACCTTGTATGGTAGATCCCAAGCAAAACTCTTTCAACAACGCTGCACTAAGTGATATCAGAAGCATGATTTAAGATTAAAGTTTCATGATCAAAGCTTGGTCAGATCACATGGATTCATGATCCTATAATGTCCAGTGAAGATAGCATTGGACCATTTAGCAGAACCATATCAGTTGGACTGCTTGGGATGAAATTAATTGGATCCTTTCATCTTGGATAGACATCAAAGATAGACGTCCATTATTCAAAATTCTGTTTCTTGCTCTACAGCTTGATTGTGTGCTTTAGTAACCAGCCCTAATTATGCAAGTTGATCAAGAAAGATTACATTATTGTTTTCCCCTCCCACAACATTTAAAGAACCtgccataaaaaaacaaaacctaaattaAGTGGTTTAGGCagcataattttttttttttttacaaaacaaagctGGCTATATACTGCTTTGTTTAGTATATgcctgtatatttgtatgtaaatatactgtgtgtatatattttatatataaaacatacacacacacacacatatatataatacaatacaatacaatacaatacatttaatctaggtgcaatgtttttatgaaaatttgtattcagttacaaaaatttaaaaaatgcaataataaaaaaaaaaaactattgggTTAATGAGAGATCTAAGAAAtgattataaatgtaaacagatgTCCAATGACAATGGGGAAAGACGTTTTTTGCAGATTTCAGAGCACCGGGTCCCAGATGACCCAGGTTACCattggaagattttttttattttttattttttgttatacacacgcacctccaaaaaaaaagatattacTCTTTCTGACAGAGGTCCCAGCCCCTGTAACCATGTTCAATTAAAGATTCAGTCAAAATGACACTGCAGAGCTGTTTAAAGATGGTTTGTCAACAATATCTAAAACTAAGAAGTTGCAAtatgtatgtagtgtgtgtgtatgtgtgtatatatatatatatatatgtatattatagtaATTAATCTTAGTAGACACTAAAGTGTCACACCGAGACTAGGCGGTGTTCTAAGTACCAACAGCTGCTAAGTgataatagaaataatatattgtgatTATAATTCATAATATAGACCACCATGGGAACTTGTTGTGCATTTGATactaattgattttaatttaatcctccAGGAAAGGGAAGACAGGTTTTGTcacagaggaagagggggaaactGCTGCCTCTGGATCGCCAGATTCCACACAAAACACTCCCAACCCCAAGCTGAAATGCACATACGTGTGCAGACACCCCCTGGAGTCTCACAGCTGTCCGTGGCCCCGGACTGAAGACTGTATAATCACAGGCAAAGATGACTATACTGACATGTAGGCTTCCTCAggactaattaattaattaattaattaattaattaattaagtcacACCTTAAGAGAACTCCAGGGCTCCTAATAAGGCTCAGTTGAGGTTAATTAAGTTCAATCACAAATCCAAGAGTGTCTGAACACAATAAACtgcttttcttaaattattcattttcataatttctaatatatatatatatatatatatatatatatatatataatgtatcacacacacatacacacacacacgatatATACTTTTCCTCCTCATTTTAGCAGGAGTGGTGGTTCATTACACGGAGGTTACTGAACAGCCTGCTGGGAAGGGATGTCTGTAGCCTGTGGTGAGTGGAATGGGACACCTGCGGCCTGGCAGTCCCTTTAAACAAGATCCCGGCTCAGTGTGAGACGGGCACAGCGCTGCTAACACACGGCCAGCACTGCCATTTGTTTTCCAGACAGTTCAGAAGGATCACGCGTGGAGGACCAAGTAAAACAGGATTCAAAACAGAAGGTGCCTTAGTCTTTTTGTCAGTCAATCAGAGATCAGAAGGCTGGGACGATGGCAGCAGGGTGGATTTGTTGCTCCACTCTGTGTGAGatgctcctctctctctccctctcttaccCCTTTCTCCCCATTTTCCTCGGGGCTAGTGATCCTGGAACCCAGGCATGGGGAAGGAACGGGCAAACTTCTCCACACGCTGCCTCAGGTCTGCAATCTTGGCCTTGGTCTCTGGGTCCTGCAGGAGGAAGTTCTTGAAGTCTTGGAGCTTAGCTGGAGAGCAGAAGGagCAGAGCGTCGGACATGGACTTCGCGTTACGGAGGACCTGGGCAGCATAATCCTTGAACATGGGGGAAGCAGCCTGAtgggagagagtgaaagagg
>TU64430
CGGAAACTTCCGCCATATCTTATCAGAATGATCCTCTTTATTTAACACTATTTGGCCATGAAGATTAACAGCTGtaagttaaaaaaacagaacactaTGCAcaaaaattaattcaaattaattactgTACAGTCAGCATTCCAACATCTTGTATGCTGTAGAACTTCATGATGTGTAAATATTACAGATGTCCTTTCACCCCCCCTGCCCAAGTTAAATTCATTCCCGTTTGTTACTGATGGGGGTGTACAGTTGCCCTCCCCAAAACTagaagtaaaaaacaaaaatattagtCTAATTTCAAATTACTGACTGCAAAATCACACAGGCGATGGGGCAGGGGCAGAAAAAGTTCTACAAAAGCATCCTATCCTGACCAGCTGTGATCCTACTGGGTGTATAGGATACCTTGTATGGTAGATCCCAAGCAAAACTCTTTCAACAACGCTGCACTAAGTGATATCAGAAGCATGATTTAAGATTAAAGTTTCATGATCAAAGCTTGGTCAGATCACATGGATTCATGATCCTATAATGTCCAGTGAAGATAGCATTGGACCATTTAGCAGAACCATATCAGTTGGACTGCTTGGGATGAAATTAATTGGATCCTTTCATCTTGGATAGACATCAAAGATAGACGTCCATTATTCAAAATTCTGTTTCTTGCTCTACAGCTTGATTGTGTGCTTTAGTAACCAGCCCTAATTATGCAAGTTGATCAAGAAAGATTACATTATTGTTTTCCCCTCCCACAACATTTAAAGAACCtgccataaaaaaacaaaacctaaattaAGTGGTTTAGGCagcataattttttttttttttacaaaacaaagctGGCTATATACTGCTTTGTTTAGTATATgcctgtatatttgtatgtaaatatactgtgtgtatatattttatatataaaacatacacacacacacacacatatatatatatatatatatatatatatatatataatacaatacaatacaatacaatacatttaatctaggtgcaatgtttttatgaaaatttgtattcagttacaaaaatttaaaaaatgcaataataaaaaaaaaaaactattgggTTAATGAGAGATCTAAGAAAtgattataaatgtaaacagatgTCCAATGACAATGGGGAAAGACGTTTTTTGCAGATTTCAGAGCACCGGGTCCCAGATGACCCAGGTTACCattggaagattttttttattttttattttttgttatacacacgcacctccaaaaaaaaagatattacTCTTTCTGACAGAGGTCCCAGCCCCTGTAACCATGTTCAATTAAAGATTCAGTCAAAATGACACTGCAGAGCTGTTTAAAGATGGTTTGTCAACAATATCTAAAACTAAGAAGTTGCAAtatgtatgtagtgtgtgtgtatgtgtgtatatatatatatatatatgtatattatagtaATTAATCTTAGTAGACACTAAAGTGTCACACCGAGACTAGGCGGTGTTCTAAGTACCAACAGCTGCTAAGTgataatagaaataatatattgtgatTATAATTCATAATATAGACCACCATGGGAACTTGTTGTGCATTTGATactaattgattttaatttaatcctccAGGAAAGGGAAGACAGGTTTTGTcacagaggaagagggggaaactGCTGCCTCTGGATCGCCAGATTCCACACAAAACACTCCCAACCCCAAGCTGAAATGCACATACGTGTGCAGACACCCCCTGGAGTCTCACAGCTGTCCGTGGCCCCGGACTGAAGACTGTATAATCACAGGCAAAGATGACTATACTGACATGTAGGCTTCCTCAggactaattaattaattaattaattaattaattaattaagtcacACCTTAAGAGAACTCCAGGGCTCCTAATAAGGCTCAGTTGAGGTTAATTAAGTTCAATCACAAATCCAAGAGTGTCTGAACACAATAAACtgcttttcttaaattattcattttcataatttctaatatatatatatatatatatatatatatatatatataatgtatcacacacacatacacacacacacgatatATACTTTTCCTCCTCATTTTAGCAGGAGTGGTGGTTCATTACACGGAGGTTACTGAACAGCCTGCTGGGAAGGGATGTCTGTAGCCTGTGGTGAGTGGAATGGGACACCTGCGGCCTGGCAGTCCCTTTAAACAAGATCCCGGCTCAGTGTGAGACGGGCACAGCGCTGCTAACACACGGCCAGCACTGCCATTTGTTTTCCAGACAGTTCAGAAGGATCACGCGTGGAGGACCAAGTAAAACAGGATTCAAAACAGAAGGTGCCTTAGTCTTTTTGTCAGTCAATCAGAGATCAGAAGGCTGGGACGATGGCAGCAGGGTGGATTTGTTGCTCCACTCTGTGTGAGatgctcctctctctctccctctcttaccCCTTTCTCCCCATTTTCCTCGGGGCTAGTGATCCTGGAACCCAGGCATGGGGAAGGAACGGGCAAACTTCTCCACACGCTGCCTCAGGTCTGCAATCTTGGCCTTGGTCTCTGGGTCCTGCAGGAGGAAGTTCTTGAAGTCTTGGAGCTTAGCTGGAGAGCAGAAGGagCAGAGCGTCGGACATGGACTTCGCGTTACGGAGGACCTGGGCAGCATAATCCTTGAACATGGGGGAAGCAGCCTGAtgggagagagtgaaagagg

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU64429 False 2677 lncRNA 0.39 3 11712712 11716482
TU64430 True 2705 lncRNA 0.38 2 11712712 11716482

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00008782 LOC107563942 coding upstream 93857 11602415 ~ 11618855 (+)
AMCG00008783 r3hdm2 coding upstream 113075 11567858 ~ 11599637 (+)
AMCG00008778 NA coding upstream 320683 11369713 ~ 11392029 (+)
AMCG00008775 NA coding upstream 376491 11331875 ~ 11336221 (+)
AMCG00008774 LOC106566145,LOC107558166 coding upstream 421412 11279912 ~ 11291300 (+)
AMCG00008787 NA coding downstream 116804 11833286 ~ 11834344 (+)
AMCG00008791 NA coding downstream 266296 11982778 ~ 12002806 (+)
AMCG00008798 tuba4l,LOC105008555,LOC107706828,LOC107669576 coding downstream 396902 12113384 ~ 12126602 (+)
AMCG00008795 NA coding downstream 416004 12132486 ~ 12143358 (+)
AMCG00008800 NA coding downstream 513045 12229527 ~ 12235458 (+)
G51446 NA non-coding upstream 246629 11465812 ~ 11466083 (+)
G51298 NA non-coding upstream 655276 11020216 ~ 11057436 (+)
G51283 NA non-coding upstream 759292 10951077 ~ 10953420 (+)
G51265 NA non-coding upstream 802067 10867935 ~ 10910645 (+)
G51252 NA non-coding upstream 908605 10803906 ~ 10804107 (+)
G51582 NA non-coding downstream 345592 12062074 ~ 12062289 (+)
G51584 NA non-coding downstream 359006 12075488 ~ 12077513 (+)
G51586 NA non-coding downstream 362215 12078697 ~ 12080204 (+)
G51614 NA non-coding downstream 474251 12190733 ~ 12249909 (+)
G51665 NA non-coding downstream 709451 12425933 ~ 12426222 (+)
AMCG00008784 NA other upstream 8299 11694654 ~ 11704413 (+)
G51445 NA other upstream 247224 11460363 ~ 11465488 (+)
G51297 NA other upstream 672038 10984890 ~ 11040674 (+)
AMCG00008752 LOC107666323 other upstream 866276 10828568 ~ 10846436 (+)
AMCG00008749 krt8,LOC108429286,LOC107705699,LOC107666380,LOC107681386,LOC107559866,LOC108411779,LOC106935308,LOC103152763,LOC102227940,LOC106915440 other upstream 941037 10692377 ~ 10771675 (+)
AMCG00008810 NA other downstream 823116 12539598 ~ 12549618 (+)
G51734 NA other downstream 999012 12715494 ~ 12716786 (+)
G51756 NA other downstream 1126233 12842715 ~ 12846233 (+)
G51812 NA other downstream 1208756 12925238 ~ 12926794 (+)
AMCG00008837 march9,LOC107664138,LOC107593952,LOC107714987,LOC106583285 other downstream 1264322 12980804 ~ 12992725 (+)

Expression


Co-expression Network